一种溪黄草及纤花线纹香茶菜的DNA鉴别方法
技术领域tt
本发明属于植物物种鉴定领域，具体而言，本发明涉及溪黄草、线纹tt香茶菜的物种鉴别方法。tt
背景技术tt
中药溪黄草是广东福建一带居民传统用药，其利湿退黄，用于肝炎、急tt慢性胆囊炎、痢疾等疾病的治疗，并作为凉茶日常保健食用。tt
在中药界，部分中药材的名字与其基原，即植物分类学名字不一致。中tt药溪黄草就存在着这种状况，民间传统使用的中药溪黄草是唇形科植物线纹tt香茶菜[拉丁名为Rabdosia lophanthoides(Buch.-Ham.ex D.Don)H.Hara或ttIsodon striatus(Benth.)Kudo]及其变种纤花香茶菜[拉丁名为Rabdosia ttlophanthoides(Buch.-Ham.ex D.Don)H.Hara var.graciliflora(Benth.)H.Hara或ttlsodon lophanthoides(Buch.-Ham.ex D.Don)H.Hara var.graciliflora(Benth.)ttH.Hara]；同时，由于没有相关标准规范，在药材市场上有唇形科植物溪黄草tt[拉丁名为Isodon serra(Maxim.)Kudo或Rabdosia serra(Maxim.)H.Hara]混tt同使用；另外，相关学术专著及地方标准专著中收录的溪黄草的基原不一致，tt关于基原的确定及品种的鉴别都有矛盾之处：《常用中草药手册》、《广东中tt兽医常用草药》、《全国中草药汇编》(上册)、《中药大辞典》及广东、广西、tt湖南等地方的中药材标准，均记载为溪黄草的基原是线纹香茶菜Isodon ttlophanthoides(Buch.-Ham.ex D.Don)Hara)，其中《广东省中药材标准》tt第二册同时将植物溪黄草Rabdosia serra(Maxim.)H.Hara作为基原之一收录tt进去，但是在植物鉴别中，溪黄草Rabdosia serra(Maxim.)H.Hara的一些生tt药特征不符合标准(本专利申请下文中所述“溪黄草”均指的是唇形科植物tt溪黄草[拉丁名为Isodon serra(Maxim.)Kudo或Rabdosia serra(Maxim.)ttH.Hara]，而不是中药溪黄草)。tt
植物溪黄草与线纹香茶菜为双子叶植物唇形科下的两个种，新鲜的植株tt上两者的茎、叶等形态外观上差异大，但经干燥或切段后两者不易分辨。在tttttt市场流通的中药材通常为干品。有效的鉴别方法既能区别植物溪黄草与线纹tt香茶菜，又能在基原的确立研究中提供部分技术手段。tt
目前针对这两种植物及饮片的鉴别方法有性状鉴定、显微鉴定和理化鉴tt定等方法。这些现有技术对操作人员的经验依赖度高，而传统鉴定方法的理tt论基础建立于分类群的性状特征分析，这些性状特征是与环境紧密相关的表tt现型，在鉴别时易受环境因素影响及样品形态和材料部位的限制，出现误差。tt
中药的品种真伪鉴别直接关系到用药安全及临床疗效。因此，目前迫切tt需要提供能够准确鉴定溪黄草植物物种、从而能够帮助准确用药的新方法。tt
分子生物学鉴定是目前应用DNA分子标记技术来鉴定中药原植物及其tt药材和饮片的新方法。简而言之，从分子遗传角度来看，物种的表现型归根tt结底应追溯到基因型的差异，即在DNA序列上的差异。因此，对基因组序tt列差异的比较研究为植物分类和鉴定提供了最本质的依据。tt
近年来，随着分子生物学技术的发展，DNA分子标记技术已广泛用于tt药用植物遗传多样性、系统学、分类学研究，并逐渐渗透到中草药的鉴定领tt域，推动了中草药鉴定研究的发展。DNA分子作为遗传信息的载体，信息tt含量大，在同种内具有高度的遗传稳定性，且不受外界环境因素和生物发育tt阶段及器官组织差异的影响，因此用DNA分子特征作为遗传标记进行中草tt药鉴别具有更为准确可靠，非常适用于近缘种、易混淆品种、珍稀品种等的tt植物鉴定。tt
目前，用于中草药鉴定的分子标记技术主要有“限制性片段长度多态性”tt(RFLP)技术、“随机扩增多态DNA”(RAPD)技术、“微卫星”(SSR)技tt术、ISSR标记技术、“扩增片段长度多态性”(AFLP)技术等等，及DNAtt条形码技术(DNA barcoding)。其中，DNA条形码鉴定是分子鉴定的最新进tt展，其定义为利用基因组中一段公认标准的、相对较短的DNA片段来对物tt种进行快速、准确地识别和鉴定分子诊断新技术。其优势在于，只需一个或tt少数几个合适的基因片段即可对整个属、科的绝大部分物种进行准确的鉴tt别；鉴别速度更快；重复性和稳定性高；实验过程简单化、标准化，更易实tt现物种鉴别的自动化。DNA条形码鉴定技术是传统鉴别方法的有效补充，tt能够实现中药基原鉴定的标准化，有助于缓解传统鉴定人才缺乏的现状。tt
在利用DNA条形码技术鉴定植物时，DNA条形码的筛选及确定是重要tt一环。通常，DNA条形码筛选有以下标准：(1)标准的短片段；(2)要有tt足够的变异可将物种分开来，种间差异比较大，便于进行种与种的区分，种tttttt内序列变异尽量小，从而使种间和种内变异有一个明晰的界定；(3)序列两tt段相对保守，以方便引物的设计。tt
因为缺乏通用引物使其成功扩增，植物核基因组的大多数单拷贝基因和tt它们的内含子首先被排除作为条形码的候选者。另有研究者提出，核DNAtt的内部转录空间ITS和ITS2则可能成为潜在的DNA条形码序列。并且，叶tt绿体基因组的基因及其内含子的研究发现，psbA-trnH的非编码区和ITS可tt能作为潜在的DNA条形码序列用于鉴定多样性的被子植物物种。还有人提tt出，matK基因可以作为通用条形码鉴定有花植物，而matK和psbA-trnH两tt者都适用于肉豆蔻科植物。因此，迄今为止，对于适用于植物鉴定的DNAtt条形码，目前已先后提出了matK、psbA-trnH、rbcL、rpoC1、rpoB、matK、ttITS2等序列，但是没有一个条形码能在所有植物科属种内适用。tt
已有一些研究者尝试将DNA分子生物学鉴定方法用于鉴定溪黄草，如tt利用RAPD技术来进行鉴定。RAPD技术是第二代分子标记技术，没有DNAtt条形码技术稳定。并且，虽然研究者不断地完善DNA条形码技术在植物物tt种鉴定中的应用，但是由于目前还有报道任何一条DNA条形码可以适用所tt有植物的鉴别，因此对具体的植物物种，仍需要进行实验来寻找到合适的基tt因序列作为DNA条形码使用。tt
基于上述情况，目前如要利用DNA条形码技术来对唇形科植物线纹香tt茶菜与唇形科植物溪黄草进行准确鉴定，需要对可能使用的DNA条形码进tt行筛选，找到最适合的基因序列作为DNA条形码。tt
发明内容tt
本发明的一个目的是提供最适合鉴别溪黄草和线纹香茶菜的DNA条形tt码，即特定的DNA序列。tt
本发明的另一个目的是，通过采集已确定物种的溪黄草、线纹香茶菜(包tt括变种纤花香茶菜)原产地的多份样品，建立溪黄草、线纹香茶菜的DNAtt条形码基因库。tt
本发明的又一个目的是，通过将新的待检样品与该DNA条形码基因库tt的基因片段进行比对，建立该未知样品的鉴别方法。tt
本发明的再一个目的是，提供该DNA条形码或基因库在溪黄草和线纹tt香茶菜中的用途。tt
本发明的具体技术方案如下：tt
一方面，本发明人经过大量实验，就溪黄草、线纹香茶菜(包括变种纤tt花香茶菜)的DNA条形码基因的筛选，从ITS2、matK、psbA-trnH、rbcL4tt个序列中筛选出最适合溪黄草和线纹香茶菜的鉴别的DNA条形码，即rbcLtt基因或rbcL基因的序列片段。tt
rbcL基因编码1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/氧化酶大亚基，位于cpDNA(植tt物叶绿体基因组)的大单拷贝区，总长约1400bp，是植物分子系统学研究中tt应用最普遍的基因之一。虽然rbcL基因在不同植物类群中的进化速率有着tt较大的差异，但总的来说相对保守，为植物较高分类阶元的系统发育研究提tt供了重要的性状来源。本发明人经过筛选研究发现，相比于其它基因诸如ttITS2、matK、psbA-trnH、rbcL序列具有通用、易扩增、易比对的特点。并tt且，尽管现有文献显示rbcL的变异主要存在于种以上水平，物种水平上通tt常变异不够大，但本发明人发现，在唇形科植物线纹香茶菜和唇形科植物溪tt黄草中，rbcL基因有良好的扩增性和鉴别效果，可以作为DNA条形码而用tt于鉴别上述植物物种。tt
因此，本发明在此方面提供rbcL基因或其序列片段在鉴别唇形科植物tt线纹香茶菜和唇形科植物溪黄草中的用途。其中，所述rbcL基因序列片段tt优选通过采用下述序列作为引物从待鉴别植物样品的基因组DNA中扩增得tt到：SEQ ID NO.42和SEQ ID NO.43。tt
另一方面，本发明提供了包括溪黄草和线纹香茶菜的rbcL基因序列片tt段的基因库。具体而言，首先采集溪黄草和线纹香茶菜原产地的多份样品，tt以植物传统分类学方法鉴别各自的物种，然后分别提取其基因组DNA，以tt其基因组DNA为模板，采用特定引物序列、优选SEQ ID NO.42和SEQ ID ttNO.43扩增样品的rbcL基因序列片段，由此建立包括溪黄草和线纹香茶菜tt的rbcL基因序列片段的基因库。所述基因库包括下述序列编号所示的rbcLtt基因序列片段：SEQ ID NO.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、tt14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、tt31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41。其中，SEQ ID NO.1-8为tt以植物传统分类学方法鉴定为溪黄草样品各自的rbcL基因序列片段；SEQ ttID NO.9-15为以植物传统分类学方法鉴定为线纹香茶菜样品各自的rbcL基tt因序列片段；SEQ ID NO.16-41为以植物传统分类学方法鉴定为线纹香茶菜tt(变种纤花香茶菜)样品各自的rbcL基因序列片段。tt
又一方面，本发明提供了溪黄草和线纹香茶菜植物物种的鉴别方法，所tttttt述方法包括将待鉴别植物的rbcL基因或其序列片段与上文所述的基因库进tt行比较的步骤。具体而言，所述方法包括下述步骤：tt
1)提取待鉴别植物的基因组DNA；tt
2)以步骤1)得到的基因组DNA为模板，扩增rbcL基因或其序列片tt段；tt
3)将步骤2)得到的rbcL基因或其序列片段与本发明提供的基因库进tt行比较，从而鉴别所述待鉴别植物的物种。tt
在本发明提供的鉴别方法中，步骤1)中可以采用任何植物基因组DNAtt提取方法或商业提取试剂盒进行。根据本发明的具体实施方式，取待鉴别植tt物的样品例如叶片，使用75％乙醇水溶液擦洗表面后晾干，称取5mg-2g，tt经液氮研磨后，用植物基因组DNA提取试剂盒进行提取。tt
步骤2)中可以采用任何可扩增rbcL基因或其序列片段的条件进行。根tt据本发明的具体实施方式，在扩增待鉴别植物样品的rbcL基因序列片段时，tt其引物及扩增条件如下所示：tt
引物——tt
SEQ ID NO.42(正向)：ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCtt
SEQ ID NO.43(反向)：GTAAAATCAAGTCCACCRCGtt
反应体系——tt
ExTaqMix25μl，上、下游引物各1.0μl，DNA模版3.0μl，加灭菌蒸馏tt水至50μltt
反应程序——tt
95℃，4min；94℃-30s，55℃-1min，72℃-1min，35次循环；72℃-10mintt
检测、测序和结果处理——tt
采取琼脂糖凝胶电泳方法检测PCR产物。电泳后，PCR产物应在相应tt的DNA条形码序列长度位置出现一条目的条带，阴性对照应无条带。将有ttPCR扩增条带的样品送测序公司进行DNA序列测定，使用DNA测序仪对tt目的条带进行双向测序，PCR扩增引物作为测序引物。测序结果采用序列拼tt接软件CodonCode Align er V2.06(CodonCode Co，USA)校对拼接，去除tt低质量序列及引物区，序列方向应与PCR扩增正向引物方向一致。tt
在步骤3)中，在将步骤2)得到的rbcL基因或其序列片段与本发明提tt供的基因库进行比较时，相似度最高或匹配度最高或遗传距离最小的对应物tt种即为待鉴别植物的物种。可以通过将待鉴别植物的序列与基因库内已有的tttttt序列之间进行比对，获得多个序列间的相似性，得出其物种类别。BLASTtt分析、距离法、建树法都是基于序列比对鉴别物种的方法。tt
根据本发明的具体实施方式，将待鉴别样品的rbcL基因序列片段与此tt基因库的基因片段进行两两比对，获得待鉴别植物的序列与基因库内已有的tt多个序列之间的多个最小变异值，再跟已计算出的溪黄草和线纹香茶菜的种tt内最大变异值比较，进行结果判定。如：根据实施例1所述，溪黄草rbcLtt基因和线纹香茶菜rbcL基因的种内最大变异值分别为“0.2”和“0”，采用tt序列比对的计算机软件，如MatGat2.01、MEGA5、Vector NTI Suite组件ttAlignX等，对待鉴别植物的序列与基因库内的线纹香茶菜的多个序列之间逐tt个两两比对，得到多个序列间最小变异值，这些值等于0，则对应物种为线tt纹香茶菜；同样采用计算机软件对待鉴别植物的序列与基因库内的溪黄草的tt多个序列之间逐个两两比对，得到多个序列间最小变异值，这些值等于或低tt于0.2，则对应物种为溪黄草。tt
具体而言，首先，将从待鉴别样品获得的rbcL基因序列片段峰图文件tt导入CodonCode Aligner V3.7进行拼接，然后人工检查拼接效果，包括(1)tt调整序列正反向(edit—reverse complement)，(2)去除引物或其他边界序列tt(sample—trim vector…)，(3)查看剩余碱基质量值(qual需要大于等于20)，tt最后导出一致序列为标准条形码数据。然后，将此标准条形码数据与rbcLtt基因序列片段的基因库的数据一起导入序列比对软件(MatGat2.01)，选择tt默认计分矩阵(Scoring Matrix:blosum50)进行多重比对(align)，保存计算tt结果(Similarity table)，数值保留小数点后一位，根据后续软件TaxonGaptt所需格式调整(两个txt文件，一个是物种名称目录，一个为物种DNA序列tt比对结果，即相似性矩阵)。接下来，利用软件TaxonGap2.4.1查看鉴别结果。tt在软件主界面导入物种名称目录(Files—Data Files—Load)，在Biomarkertt选项下导入物种DNA序列比对结果(Biomarker—Add—Load—Save)，其他tt次要参数可参考软件说明书进行设置。运行软件后(Run—Execute)获得结tt果，在txt文件的适宜图中，查看待检样品序列与溪黄草、线纹香茶菜(包tt括变种纤花香茶菜)各个样品序列分别对应的“种间最小变异值”(假设待tt鉴别样品是一个新物种)，若待检样品序列与溪黄草各样品的序列片段之间tt的最小变异值(即“种间最小变异值”)等于或小于0.2，即可判定该待检物tt种为溪黄草；若待检样品与线纹香茶菜各样品的序列片段之间的最小变异值tt(即“种间最小变异值”)为0，即可判定该待检物种为线纹香茶菜。tt
也可以采用诸如下述其它方法，这几种方法也是通过序列比对、比较匹tt配度或比较相似性等，确认物种之间的归属：tt
BLAST分析——tt
来源于未知样品的DNA条形码序列(query sequence)与DNA条形码数据tt库(reference library)进行比对，如果在DNA条形码数据库中找到完全一样的tt序列(reference sequence)，那么未知样品就是该reference sequence对应的物tt种；反之未知样品在数据库中不存在。可利用下面的方法进一步鉴定，在这tt种情况下，需要重点关注与未知样品DNA条形码序列最相关10个序列的物tt种，或者比对中出现频率最高的物种，可以将未知样品确定为某一科属。同tt时该方法也可直接与GenBank数据库进行比对，以保证利用全球最新的核苷tt酸数据指导鉴定。tt
距离法——tt
计算未知样品DNA条形码序列(query sequence)与数据库中每一个序列tt(reference sequence)的遗传距离，未知样品应为具有最小平均遗传距离(mean ttdistance)的物种或者具有最小遗传距离(nearest distance)的物种。遗传距离的tt阈值(threshold)是在“构建药用植物DNA条形码鉴定平台”过程中确定的，tt理论上对同一个物种，取样涵盖了其全部的地理分布(不同居群)和同一居群tt中的足够个体，该阈值可以准确反映该物种的遗传变异大小，也有利于更好tt地确定未知样品的物种，但考虑到研究成本，一般认为同一物种取样最好包tt括5个居群，每个居群2个个体。tt
建树法——tt
先应用CLUSTAL进行MSA，选用合适的遗传距离模型(一般用K2Ptt距离模型)计算种内和种间的遗传距离，应用MEGA或PAUP等软件构建ttNJ、UPGMA、MP等系统发育树，检验未知样品的DNA条形码序列(query ttsequence)与数据库中序列(reference sequence)聚类在一起的物种，根据聚类情tt况进一步确定物种。tt
成对序列比对法——tt
通过以上方法仍不能将未知样品鉴别到种时，可以将未知样品与密切相tt关的10个物种的reference sequence进行成对比对，通过分析碱基变异位点tt来鉴别物种，或判断为新种，或判断为reference library中尚未收录的物种。tt
相比于现有技术，本发明作出了以下贡献和有益效果：tt
首先，本发明对溪黄草、线纹香茶菜和纤花香茶菜的基因条形码进行筛tttttt选，从ITS2、matK、psbA-trnH、rbcL4个基因序列中筛选出最适合鉴别溪tt黄草和线纹香茶菜的DNA条形码，即rbcL基因或其序列片段。相比于其他tt基因，rbcL序列具有通用、易扩增、易比对的特点。并且，尽管现有文献显tt示rbcL的变异主要存在于种以上水平，物种水平上通常变异不够大，本实tt验研究发现，在唇形科植物线纹香茶菜与唇形科植物溪黄草中，其有良好的tt扩增性和鉴别效果。tt
第二，本发明经过采集溪黄草、线纹香茶菜(包括变种纤花香茶菜)原tt产地的多份样品，得到了包括rbcL基因片段的基因库，从而建立了溪黄草、tt线纹香茶菜的标准rbcL序列基因库。tt
第三，基于上述发现，本发明还建立了新样品的鉴别方法，包括将新的tt待鉴别样品与此基因库的基因片段进行比对，判断新样品的物种。特别是通tt过计算种内种间变异值；对于基因库内的溪黄草和线纹香茶菜序列，已经计tt算出溪黄草和线纹香茶菜各自的种内最大变异值和两个物种间的种间最小tt变异值，当新的待鉴别样品与此基因库的基因片段进行逐个两两比对后，得tt到多个序列间的最小变异值(即“种间最小变异值”)，这些值等于或小于已tt计算出的某物种的种内最大变异值，可视为与其同一物种。此鉴别方法可以tt鉴别溪黄草、线纹香茶菜的全草、器官和饮片。相比于溪黄草和线纹香茶菜tt的现有鉴别方法，本发明的方法具有对于样品的完整程度要求低，鉴别指标tt可以量化的优点。tt
附图说明tt
以下，结合附图来详细说明本发明的实施方案，其中：tt
图1显示了本发明提供的DNA条形码鉴定方法效果图，其以植物物种tt为类别，采用TaxonGap法。其中种间最小变异值显示为深色条；种内最大tt变异值显示为浅色条，Rs代表物种溪黄草，Rlvg代表物种纤花香茶菜，Rltt代表物种线纹香茶菜。tt
具体实施方式tt
以下参照具体的实施例来说明本发明。本领域技术人员能够理解，这些tt实施例仅用于说明本发明，其不以任何方式限制本发明的范围。tt
下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施tt例中所用的药材原料、试剂材料等，如无特殊说明，均为市售购买产品。tt
实施例1DNA条形码的筛选和包括rbcL基因序列片段的基因库的建立tt
本实施例就溪黄草、线纹香茶菜和线纹香茶菜(变种纤花香茶菜)的ttDNA条形码基因的筛选，从ITS2、matK、psbA-trnH、rbcL4个序列中筛选tt出最适合溪黄草和线纹香茶菜的鉴别的DNA条形码，即rbcL基因序列片段。tt此外，本实施例建立了包括溪黄草和线纹香茶菜的rbcL基因序列片段的基tt因库。tt
1仪器、材料与试药tt
1.1材料tt
在7个采样点(广东，福建)，收集了溪黄草、线纹香茶菜和线纹香茶tt菜(变种纤花香茶菜)共41份样品，详细情况见下表1。下述条形码筛选实tt验以植物叶片为材料。tt
表1样品信息表tt
1.2试剂与仪器tt
采用了植物基因组DNA提取试剂盒(北京天根生物技术有限公司)；10tt×PCR Buffer缓冲液、Tris碱(上海爱紫特生物科技有限公司)；Taq DNAtttttt聚合酶、dNTP(TaKaRa宝生物工程(大连)有限公司)；PCR扩增引物合tt成(华大基因)；D-37520型台式离心机(德国Eppendorf公司)；PTC-100tt型PCR仪(美国MJ Research公司)；DDY-Ⅲ型电泳仪(北京六一仪器厂)；tt凝胶成像系统(美国BIO-RAD公司)。tt
2方法tt
2.1DNA的提取tt
材料收集后，用变色硅胶进行干燥。实验时取约100mg植物组织，经液tt氮研磨后，用植物基因组DNA提取试剂盒进行提取。本实验植物基因组DNAtt提取均采用“天根”植物基因组DNA提取试剂盒(离心柱型目录号：DP305)，tt具体操作步骤如下：tt
1)取植物新鲜组织约100mg或干重组织约30mg，加入液氮充分研磨。tt
2)将研磨好的粉末迅速转移到预先装有700μl65℃预热缓冲液GP1的tt离心管中(实验前在预热的GP1中加入巯基乙醇，使其终浓度为0.1％)，迅tt速颠倒混匀，将离心管放在65℃水浴20分钟，水浴过程中颠倒离心管以混tt匀样品数次。tt
3)加入700μl氯仿，充分混匀，12000rpm(～13400*g)离心5分钟。tt
4)小心地将上一步所得上层水相转入一个新的离心管中，加入700μltt缓冲液GP2，充分混匀。tt
5)将混匀的液体转入吸附柱CB3中，12000rpm(～13400*g)离心30tt秒，弃掉废液。tt
6)向吸附柱CB3中加入500μl缓冲液GD，12000rpm(～13400*g)离tt心30秒，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。tt
7)向吸附柱CB3中加入700μl漂洗液PW，12000rpm(～13400*g)离tt心30秒，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。tt
8)向吸附柱CB3中加入500μl漂洗液PW，12000rpm(～13400*g)离tt心30秒，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。tt
9)将吸附柱CB3放回收集管中，12000rpm(～13400*g)离心2分钟，tt倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残tt余的漂洗液。tt
10)将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位悬tt空滴加100μl洗脱缓冲液TE，室温放置2-5分钟，12000rpm(～13400*g)tt离心2分钟，将溶液收集到离心管中。tt
2.2PCR扩增tt
植物组DNA提取产物进行PCR扩增，引物由华大基因合成，DNA聚tt合酶等原料购自宝生物工程(大连)有限公司。具体引物序列、反应体系及tt反应程序如下表2所示。tt
表2引物序列、反应体系及反应程序tt
2.3测序tt
PCR扩增产物交由华大基因测序(部分序列由基迪奥公司测序)，得测tt序峰图。峰图质量标准为所有碱基质量值(QV)大于20，即99％正确率以tt上。tt
2.4数据处理tt
测序结果采用序列拼接软件CodonCode Aligner V3.7(CodonCode Co，ttUSA)校对拼接，去除低质量序列及引物区，获得所有标准条形码数据。将tt得到所有标准条形码数据导入序列比对软件(MatGat2.01)，选择默认计分tt矩阵(Scoring Matrix:blosum50)进行多重比对(align)，保存计算结果tt(Similarity table)(数值保留小数点后一位)，根据后续软件TaxonGap所需tt格式调整(两个txt文件，一个是物种名称目录，一个为物种DNA序列比对tt结果，即相似性矩阵)，利用软件TaxonGap2.4.1进行鉴定效果分析。tt
3.结论tt
3.1各序列测序成功率统计tt
样品共计41份，经过基因提取、扩增及测序后的结果显示：ITS2序列tt测序成功36条，matK序列成功29条，psbA-trnH序列成功37条，rbcL序tt列成功41条(见表1)。以rbcL序列测序成功率最高为100％，实际操作中tt易用。tt
3.2序列鉴定效果tt
在软件TaxonGap2.4.1下进行结果分析。在软件主界面导入物种名称目tt录(Files—Data Files—Load)，在Biomarker选项下导入物种DNA序列比对tt结果(Biomarker—Add—Load—Save)，其他次要参数可参考软件说明书进tt行设置。运行软件后(Run—Execute)获得结果。如图1所示，某标记tt(Biomarker)条件下物种对应的种内最大变异值(Heterogeneity)即示意图tt上的浅色条长度值，对应的种间最小变异值(Separability)即示意图上的深tt色条长度值。若物种的种内最大变异值(Heterogeneity)值小于种间最小变tt异值(Separability)，则意味着两个物种可以鉴别开。图1中Rs为溪黄草的tt缩写，Rl为线纹香茶菜的缩写，Rlvg为纤花香茶菜的缩写。图1中的结果tt显示，对于ITS2序列，溪黄草的种内部的最大变异值为4.8，线纹香茶菜和tt纤花香茶菜种内部最大变异值为1.4，溪黄草与线纹香茶菜种间最小变异值tt为15.1；对于psbA-trnH序列，溪黄草的种内部最大变异值为3.9，线纹香茶tt菜和纤花香茶菜种内最大变异值为0；溪黄草与线纹香茶菜种间最小变异值tttttt为25.4；对于rbcL序列溪黄草的种内最大变异值为0.2，线纹香茶菜和纤花tt香茶菜种内最大变异值为0；溪黄草与线纹香茶菜种间最小变异值为1.4。具tt体见下表3。tt
表3溪黄草与线纹香茶菜的种内最大变异值和种间最小变异值tt
3.3结论tt
3.3.1matK序列测序成功率较低，不适于本实验的物种鉴别。tt
3.3.2以rbcL序列测序成功率最高为100％，且种内变异最小，最适合tt用于溪黄草和线纹香茶菜鉴别。tt
3.3.3溪黄草的“种内最大变异值”为0.2；线纹香茶菜和纤花香茶菜的tt“种内最大变异值”都为0；溪黄草与线纹香茶菜(含变种纤花香茶菜)“种tt间最小变异值”为1.4；线纹香茶菜和纤花香茶菜的“种间最小变异值”为0，tt即属同一个种的两者不可区分。tt
3.3.4根据实验结果可看出线纹香茶菜和纤花香茶菜同属一个种无法区tt分，即新来的物种只要鉴别出是否是溪黄草或是否是线纹香茶菜即可，无需tt再针对纤花香茶菜鉴别。tt
3.3.5不能将线纹香茶菜与其变种纤花香茶菜鉴别开；可鉴别溪黄草和线tt纹香茶菜，符合中药材对于“中药基原鉴别至种”的需要。tt
4rbcL序列基因库tt
按照上文所述方法，以基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO.42和SEQ ttID NO.43作为引物扩增各个样品的rbcL基因序列片段，由此建立包括溪黄tttttt草和线纹香茶菜的rbcL基因序列片段的基因库。所述基因库包括下述序列tt编号所示的rbcL基因序列片段：SEQ ID NO.1、2、3、4、5、6、7、8、9、tt10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、tt27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41。其中，ttSEQ ID NO.1-8为以植物传统分类学方法鉴定为溪黄草的样品的rbcL基因tt序列片段；SEQ ID NO.9-15为以植物传统分类学方法鉴定为线纹香茶菜的tt样品的rbcL基因序列片段；SEQ ID NO.16-41为以植物传统分类学方法鉴tt定为线纹香茶菜(变种纤花香茶菜)的样品的rbcL基因序列片段。tt
实施例2未知溪黄草、线纹香茶菜植物物种的鉴别tt
本实施例采用本发明提供的方法对未知溪黄草和线纹香茶菜植物物种tt的样品进行了鉴别。tt
选疑似但未经鉴定的，溪黄草和线纹香茶菜的，新鲜或晒干后的全草，tt分为两份，一份用传统分类学方法鉴定。另一份用本发明中所用方法鉴别。tt
本发明中所用方法的样品准备：除特殊标明外，药材使用75％乙醇水溶tt液擦洗表面后晾干，称取5mg～2g叶片备用。tt
采用实施例1中所述步骤提取植物组织叶片中的基因组DNA，以SEQ ttID NO.42和SEQ ID NO.43作为引物扩增rbcL基因序列片段，条件如表2tt所示。如实施例1所示，进行PCR产物检测、测序、DNA条形码序列获得，tt然后进行下述结果判定。tt
将获得的rbcL基因序列片段与实施例1获得的包括rbcL基因序列片段tt的溪黄草和线纹香茶菜(包括变种纤花香茶菜)基因库比对，进行结果判定。tt特别是通过计算种内种间变异值；对于基因库内的溪黄草和线纹香茶菜(包tt括变种纤花香茶菜)序列，已经计算出溪黄草和线纹香茶菜(包括变种纤花tt香茶菜)各自的种内最大变异值和两个物种间的种间最小变异值，当新的待tt鉴别样品与此基因库的基因片段进行比对后的序列间最小变异值(即“种间tt最小变异值”)等于或小于已计算出的种内最大遗传距离，可视为同一物种。tt
具体而言，将待检样品获得的rbcL序列峰图文件导入CodonCode ttAligner V3.7进行拼接，然后人工检查拼接效果，包括(1)调整序列正反向tt(edit—reverse complement)，(2)去除引物或其他边界序列(sample—trim ttvector…)，(3)查看剩余碱基质量值(qual需要大于等于20)，最后导出一tt致序列为标准条形码数据；将此标准条形码数据与rbcL碱基序列库的数据tttttt一起导入序列比对软件(MatGat2.01)，选择默认计分矩阵(Scoring ttMatrix:blosum50)进行多重比对(align)，保存计算结果(Similarity table)，tt数值保留小数点后一位，根据后续软件TaxonGap所需格式调整(两个txttt文件，一个是物种名称目录，一个为物种DNA序列比对结果，即相似性矩tt阵)；利用软件TaxonGap2.4.1查看鉴别结果：在软件主界面导入物种名称目tt录(Files—Data Files—Load)，在Biomarker选项下导入物种DNA序列比对tt结果(Biomarker—Add—Load—Save)，其他次要参数可参考软件说明书进tt行设置。运行软件后(Run—Execute)获得结果，在txt文件的适宜图中，tt查看待检样品与溪黄草和线纹香茶菜对应的“最小种间变异值”，若待检样tt品与溪黄草对应的“最小种间变异值”等于或小于0.2，即可判定该待检物tt种为溪黄草；若待检样品与线纹香茶菜(包括变种纤花香茶菜)对应的“最tt小种间变异值”等于或小于0，即可判定该待检物种为线纹香茶菜。tt
经本方法鉴别后的，得到的结论与传统方法对比，结果一致。tt
但经过比较，本方法对样品的要求比传统方法的要求易得。tt
本方法所需样品为植株上的某个易获得植物DNA的部位，新鲜植株较tt易获得植物DNA，通常采用叶片作为提取植物DNA的样品，不要求植物的tt全株或某个器官完整。tt
传统鉴别方法需要保持能反映特征植物植株部位，对未知溪黄草和线纹tt香茶菜植物物种的鉴别时，需要保持茎的形态完整、叶片完整，以完成其性tt状鉴别和显微鉴别；在传统分类方法中，若植物植株上有花和果实，则更能tt反映出种间差别，但作为中药材使用时，溪黄草和线纹香茶菜都要在开花前tt采收，难以提供花和果实的形态；这些情况都造成了传统鉴别方法的局限性。tt
实施例3未知溪黄草和线纹香茶菜饮片物种的鉴别tt
本实施例采用本发明提供的方法对未知溪黄草和线纹香茶菜饮片物种tt的样品进行了鉴别。tt
选疑似但未经鉴定的，溪黄草和线纹香茶菜的饮片，分为两份，一份用tt传统分类学方法鉴定。另一份用本发明中所用方法鉴别，鉴别步骤同实施例tt2。tt
经本方法鉴别后的，得到的结论与传统方法对比，结果一致。tt
但经过比较，本方法对样品的要求比传统方法的要求易得。tt
本方法所需样品为植株上的某个易获得植物DNA的部位，虽然饮片为tttttt已经晒干和破碎后的样品，但其DNA没有得到破坏，仍然较易提取得到。tt
传统分类学方法鉴别需要样品保持能反映特征的植株部位，对未知溪黄tt草、线纹香茶菜植物物种的鉴别时，需要保持茎的形态完整、叶片完整，以tt完成其性状鉴别和显微鉴别；对于切段的但能满足上述要求的饮片，能够通tt过传统分类学方法进行鉴别，但是对于切制后特别破碎的饮片，若要通过传tt统分类学方法鉴别则存在较大的困难。在传统分类方法中，若植物植株上有tt花和果实，则更能反映出种间差别，但作为中药材使用时，溪黄草和线纹香tt茶菜都要在开花前采收，难以提供花和果实的形态；这些情况都造成了传统tt鉴别方法的局限性。tt
实施例4已知溪黄草和线纹香茶菜的器官的物种鉴别tt
本实施例采用本发明提供的方法对已知溪黄草和线纹香茶菜的叶片或tt茎的样品进行了鉴别，鉴别步骤同实施例2。tt
经本方法鉴别后的，得到的结论与已知结果一致。tt
传统方法下只拿到叶片、茎或某个器官的样品时，难以确认其植物物种，tt但本方法可以对其进行鉴别。tt
以上对本发明具体实施方式的描述并不限制本发明，本领域技术人员可tt以根据本发明作出各种改变或变形，只要不脱离本发明的精神，均应属于本tt发明所附权利要求的范围。tt
