mRNA片段化方法及基于其构建测序文库的方法
技术领域
本发明涉及分子生物学技术领域,尤其涉及一种使mRNA样本片段化的方法,以及基于该mRNA片段化方法构建测序文库的方法,以及所构建测序文库在高通量测序中的应用。
背景技术
新一代测序技术又称高通量测序技术,其主要特点是测序通量高,测序时间短和测序成本低。RNA-seq又称转录组测序技术,即用高通量测序技术把mRNA、小RNA(smallRNA)、非编码RNA(noncodingRNA)等或把其中的某些RNA的序列测出来,以检测它们的表达水平。
通常,在构建RNA测序文库时,需要首先纯化mRNA,然后把纯化得到的RNA样本片段化,最后在待测序列片段的两端加测序接头。目前加接头的方法有很多种,可以在mRNA水平或在cDNA水平上通过连接法加接头,也可以在反转录时通过随机引物引入接头。加接头的方法不同,建库流程的繁琐程度及建库成本也将大有差异。
为解决现有的RNA测序文库构建中存在的接头连接步骤过多,整体文库构建时间长等问题,特提出了本发明。
发明内容
本发明的目的在于提出一种mRNA样本的片段化方法,以及基于该mRNA片段化方法构建RNA测序文库的方法。本发明的mRNA片段化方法在适当比例和投入量的正、反向桥式探针的存在下,通过一步反转录及连接反应即可实现对mRNA样本的打断,不需要对样本进行另外的物理性打断,且在反转录时tttt同时引入两端接头,得到带有两端接头的cDNA文库,省去了传统方法建库中末端修复、先加一端接头、再加另一端接头的繁琐步骤。基于上述mRNA片段化方法所得到的两端带接头的cDNA文库,可直接进行环化反应,得到单链环状核酸的测序文库,实现PCR-free(无需PCR扩增)的测序文库构建;也可先通过PCR扩增上述cDNA文库,再进行环化反应,得到单链环状核酸的测序文库。
为达此目的,本发明采用以下技术方案:
第一方面,本发明提供了一种使mRNA样本片段化的方法,其包括:
(1)以所述mRNA样本为模板,以下述正向桥式探针和反向桥式探针的混合物为引物,在逆转录酶的作用下进行逆转录反应;
所述反向桥式探针的3’端区域含双链DNA接头1,其5’端游离且为由4-9个碱基组成的随机序列,该随机序列在逆转录反应过程中与mRNA模板随机结合,但不延伸;
所述正向桥式探针的5’端区域含双链DNA接头2,其3’端游离且为由4-9个碱基组成的随机序列,该随机序列在逆转录反应过程中与mRNA模板随机结合,并在逆转录酶的作用下向3’端延伸,直至所述反向桥式探针结合处;
(2)在连接酶的作用下,使正向桥式探针经延伸的3’端与反向桥式探针的5’端进行连接反应,形成两端分别带双链DNA接头1、2的cDNA片段。
上述mRNA样本片段化方法中,作为优选,步骤(1)中,所述mRNA样本为经纯化的mRNA样本;
优选地,所述mRNA样本的纯化方法包括如下步骤:
(1’)采用特异性针对rRNA的寡核苷酸探针,使其与总RNA中的rRNA进行杂交,形成DNA:rRNA杂交体;
(2’)使用RNaseH消化步骤(1’)所得DNA:rRNA杂交体中的rRNA;
(3’)使用DNaseI消化步骤(2’)所得产物中的DNA寡核苷酸探针。
上述mRNA样本纯化方法中,优选地,所述寡核苷酸探针是至少10个50nt的短片段的等分子量的混合物,其序列与18S、25S rRNA、28SrRNA、12S mtrRNA、16S mtrRNA和5.8S RNA互补,此外还包括3种针对血液样品中的球蛋白RNA的寡核苷酸探针,可以更好地去除血液中的球蛋白RNA,得到高纯度的原始转录本RNA。
上述mRNA纯化方法,采用寡核苷酸探针与rRNA杂交以去除rRNA、富集mRNA,与传统的oligo-dT磁珠法相比,避免了富集到的mRNA具有3’偏向性,使富集到的mRNA更均一;并且,对样本的质量要求也没那么苛刻,即使样本有轻度的降解,也可以用于后续的测序,获得较好的测序数据。此外,上述纯化mRNA的方法不仅可以富集到带有polyA的mRNA,还可以富集不完整的mRNA及不带polyA的mRNA,甚至可以富集ncRNA、snoRNA等感兴趣而oligo-dT磁珠法难以富集的RNA。该mRNA纯化方法,与oligo-dT磁珠法相比,测序数据有更好的随机性、基因覆盖度、QPCR相关性及基因表达量相关性。
上述mRNA样本片段化方法中,作为优选,所述反向桥式探针或正向桥式探针中的随机序列由6个或9个碱基组成;
优选地,所述反向桥式探针的3’端区域包括标签序列;
优选地,所述正向桥式探针与反向桥式探针的加入量之比为10:1~1:20,优选为1:2。
最终的cDNA片段文库中,cDNA片段的大小取决于相邻两个正、反桥式探针的距离,而这取决于正、反向桥式探针的加入量及加入比例。
作为优选,上述mRNA样本片段化方法还包括以下步骤:
(3)用RNase酶处理步骤(2)所得产物,以去除mRNA模板,并对其进行变性处理,形成两端分别带接头序列的单链DNA片段;
优选地,所述RNase酶为RNaseA和/或RNaseH;
优选地,采用碱变性法或高温变性法进行变性处理。
第二方面,本发明提供了一种RNA测序文库的构建方法,其包括:
(1)采用第一方面所述的mRNA样本片段化方法,对mRNA样本进行片段化处理,获得两端分别带接头序列的单链DNA片段;
(2)将步骤(1)所得单链DNA片段进行环化,形成单链环状核酸产物,即为测序文库;
优选地,利用介导片段实现所述核酸单链的环化,所述介导片段具有相应互补序列用于连接核酸单链的两端;
优选地,还包括在核酸单链环化完成后,消化线性单链的步骤。
上述RNA测序文库的构建方法中,作为优选,所述反向桥式探针由下述两条核苷酸链组成:
a)5’-N*NNNNN-SEQ ID NO:1-xxxxxxxxxx-SEQ ID NO:2-3’所示核苷酸链,其中,N表示A、C、G或T任一种;*表示硫代修饰;xxxxxxxxxx表示标签序列;
b)SEQ ID NO:3所示核苷酸链;
优选地,所述正向桥式探针由下述两条核苷酸链组成:
a')5’-SEQ ID NO:4-NNNNNN-3’所示核苷酸链,其中,N表示A、C、G或T任一种;和
b')SEQ ID NO:5所示核苷酸链。
SEQ ID NO:1序列(从5’到3’)为:AAGTCGGAGGCCAA;
SEQ ID NO:2序列(从5’到3’)为:GCGGTCTTAGGAAGACAAGCTC;
SEQ ID NO:3序列为:5’-TTGGCCTCCGACTT-3’;
SEQ ID NO:4序列(从5’到3’)为:
GACTCACTGAGATCGGGCTTCGACTGGAGAC;
SEQ ID NO:5序列为:
5’-GTCTCCAGTCGAAGCCCGATCTCAGTGAGTC-3’。
本方面所述RNA测序文库的构建方法包括:
取3~5ug总RNA样品,使用探针法去除总RNA中的rRNA以富集mRNA。用正反桥式探针随机杂交到mRNA上,并与溶液I混匀反应,得到带有两端接头、片段大小合适的cDNA,文库插入片段的大小取决于相邻两个正反桥式探针的距离,即可以通过调整两端接头的比例及接头和模板的比例,得到不同大小的cDNA文库。通过桥式寡核苷酸和T4DNA连接酶将cDNA单链环化,用酶消化没有环化的片段。用磁珠纯化环状文库,最后使用高通量测序平台测序。与一般的测序相比,它不需要对文库进行PCR扩增,因此避免了由PCR扩增引入的碱基错误和复制偏差,使测序数据更真实可信。但是PCR-free方案需要更多的总RNA的投入量来提高cDNA的产量。
第三方面,本发明提供了另一种构建RNA测序文库的方法,其包括:
(1)采用第一方面所述的mRNA样本片段化方法,对mRNA样本进行片段化处理,获得两端分别带接头序列的单链DNA片段;
(2)PCR扩增:
第一轮:使用针对一端接头序列设计的引物,对步骤(1)所得单链DNA片段进行扩增,得到其互补链;
第二轮开始:使用分别针对两端接头序列设计的引物,对步骤(1)所得单tttt链DNA片段和第一轮扩增得到的其互补链进行PCR扩增;
(3)对步骤(2)所得PCR产物进行高温变性处理,获得单链核酸;
(4)利用介导片段,将步骤(3)所得单链核酸进行环化,形成单链环状核酸产物,即为测序文库;所述介导片段具有相应互补序列用于连接核酸单链的两端;
优选地,还包括在核酸单链环化完成后,消化线性单链的步骤。
上述RNA测序文库的构建方法中,作为优选,所述反向桥式探针由下述两条核苷酸链组成:
i)5’-+G+G+GHHNNNN-SEQ ID NO:6-xxxxxxxxxx-SEQ ID NO:7-3’所示核苷酸链,其中,N表示A、C、G或T任一种,H表示A、T或C任一种;xxxxxxxxxx表示标签序列;+表示LNA修饰;
ii)如SEQ ID NO:8所示核苷酸链;
优选地,所述正向桥式探针由下述两条核苷酸链组成:
i')5’-SEQ ID NO:9-+G+G+GNNN-3’所示核苷酸链,其中,N表示A、C、G或T任一种;+表示LNA修饰,用于提高引物与模板结合的紧密度,阻止链置换;
ii')如SEQ ID NO:10所示核苷酸链。
SEQ ID NO:6(从5’到3’)序列为:GTCTCCAGTCGAAGCCCGA;
SEQ ID NO:7(从5’到3’)序列为:TCGAGCTTGTCTTCCTAAGACC*T*T;
SEQ ID NO:8序列为:5’-TCGGGCTTCGACTGGAGAC-3’;
SEQ ID NO:9(从5’到3’)序列为:GCTTGGCCTCCGACTT;
SEQ ID NO:10序列为:5’-AAGTCGGAGGCCAAGC-3’。
上述第二方面或第三方面的构建方法构建的均为单链环状RNA测序文库,tttt然而本发明所述的mRNA样本片段化方法也可用于普通双链文库的构建,只需要把接头序列改成相应的测序平台的接头序列即可,因此,本发明还要求保护如下第四方面所述的技术方案。
第四方面,本发明提供了一种RNA测序文库的构建方法,其包括:
(1)采用第一方面所述的mRNA样本片段化方法,对mRNA样本进行片段化处理,获得两端分别带接头序列的单链DNA片段;
(2)PCR扩增:
第一轮:使用针对一端接头序列设计的引物,对步骤(1)所得单链DNA片段进行扩增,得到其互补链;
第二轮开始:使用分别针对两端接头序列设计的引物,对步骤(1)所得单链DNA片段和第一轮扩增得到的其互补链进行PCR扩增,所得扩增产物即为测序文库;
优选地,所述接头序列为相应测序平台的接头序列。
第五方面,本发明提供了一种RNA测序文库,其由第二方面、第三方面或第四方面所述构建方法制得。
第六方面,本发明提供了如第五方面所述的RNA测序文库在高通量测序中的应用。
本发明基于正、反向桥式探针对mRNA样本进行打断,而不需要对RNA进行另外的物理性打断,并且在同一管中建立反转录和连接反应体系,通过一步反转录和连接反应就能同时引入两端接头,得到带有两端接头的cDNA文库;从mRNA到单链环化或PCR扩增之前只需要一步即可完成,省去了传统方法建库中末端修复、先加一端接头、再加另一端接头的繁琐步骤。
反转录后有两种建库方案:(1)PCR-free的建库:不需要对cDNA进行PCRtttt扩增,直接进行环化反应,实现了PCR-free的建库技术,流程见图2;由于无需对文库进行PCR扩增,一方面避免了由于PCR引入的复制偏差和复制时的碱基错误,提高了数据的真实可靠性,另一方面也简化了建库流程,缩短了建库周期,同时还可以在反转录时引入标签序列(实施例中称为barcode),在环化时可以实现多样本同时环化,大大降低了建库成本,可自动化,易操作,可以用于大批量建库。(2)PCR扩增建库:由于在反转录时引入两端接头及任选地标签序列(实施例中称为barcode),只需要一步反转录就能得到带两端接头的单链cDNA文库,再经PCR扩增以富集带有两端接头的cDNA,省去了第二链合成的步骤,简化了实验流程,流程见图2。由于反转录时标签序列(即barcode)的引入,在PCR扩增时可以实现多样本同时PCR,降低建库成本。PCR扩增的方法可以减少总RNA的投入量,使少量的RNA样本也可以实现建库。
附图说明
图1是本发明所采用的富集mRNA的方法示意图;
图2是本发明的RNA测序文库构建流程图;
图3是PCR-free RNA测序文库的尿素变性胶检测结果;
图4是UHRR样品PCR产物分布;
图5是HBRR样品PCR产物分布;
图6是小鼠RNA样品PCR产物分布;
图7是YH RNA样品PCR产物分布;
图8是8个样本混合文库片段分布。
具体实施方式
下面结合附图并通过具体实施方式来进一步说明本发明的技术方案。
样品来源:人细胞RNA(UHRR)、人脑参考RNA(HBRR)、人血液细胞tttt系(YH)RNA与小鼠RNA,共4种RNA标准品,每个标准品做2个平行。
寡核苷酸探针序列:参考专利申请“富集原始转录本信息的RNA文库的建库方法及其应用”(申请号:2014105057932)中披露的探针序列。
实施例1无需PCR扩增(PCR free)的RNA测序文库构建
1、纯化mRNA
(1)DNA探针与总RNA中的rRNA杂交
反应条件:95℃2min,0.1℃/秒(梯度降温),22℃,5min.
(2)RNaseH消化与DNA探针杂交的rRNA
反应条件:37℃30min
(3)DNaseI消化DNA探针
反应条件:37℃30min
(4)反应结束后,用1.2×RNA Clean XP磁珠纯化。
2、逆转录和连接反应
下述3T、5T及分别与之互补的序列3B、5B订购于invitrogen。
3T序列如下:
5’-N*NNNNNAAGTCGGAGGCCAAxxxxxxxxxxGCGGTCTTAGGAAGACAAGCTC-3’;此处下划线部分为SEQ ID NO:1,斜体部分为SEQ ID NO:2;
3B序列如下:
5’-TTGGCCTCCGACTT-3’(SEQ ID NO:3);
5T序列如下:
5’-GACTCACTGAGATCGGGCTTCGACTGGAGACNNNNNN-3’;此处下划线部分为SEQ ID NO:4;
5B序列如下:
5’-GTCTCCAGTCGAAGCCCGATCTCAGTGAGTC-3’(SEQ ID NO:5)。
注:N表示A、C、G或T;xxxxxxxxxx表示标签序列;*表示硫代修饰,作用是防止外切酶消化。
具体地,适用于各样品的标签序列如下:
标签序列-25:AGCCCCAGGG(SEQ ID NO:14,适用的样品名及编号:UHRR-1);
标签序列-26:CACTTGAAAC(SEQ ID NO:15,适用的样品名及编号:UHRR-2);
标签序列-27:CCAACCCAGA(SEQ ID NO:16,适用的样品名及编号:HRR-1);
标签序列-28:TTAGAGCTCC(SEQ ID NO:17,适用的样品名及编号:HRR-2);
标签序列-29:TTTCATCACA(SEQ ID NO:18,适用的样品名及编号:YH-1);
标签序列-30:TTAGGGGCTA(SEQ ID NO:19,适用的样品名及编号:YH-2);
标签序列-31:AATTTGTATT(SEQ ID NO:20,适用的样品名及编号:MOUSE-1);
标签序列-32:GTGTTAACTA(SEQ ID NO:21,适用的样品名及编号:MOUSE-2)。
将序列3T、5T、3B、5B均稀释到100μM,然后按如下比例分别配制成40μM AdA3'、AdA5'接头。
AdA3'接头:
AdA5'接头:
AdA mix(AdA5':3'=1:2):
向5μl已纯化的mRNA中加0.6μl 10μM AdA mix(接头),25℃孵育5min;加溶液I:4μl第一链缓冲液,2μl 0.1M DTT,0.3μl 10mM dNTP,4μl 50%PEG8000,0.5μl 10mM ATP,0.5μl Super ScriptⅡ(200U/μl),0.5μl T4DNA连接酶(600u/μl),0.5μl RNase抑制剂,补水至总体积20μl,混匀,在PCR仪上按照以下程序进行反应:
步骤125℃5min
步骤237℃1h
步骤312℃保持
反应结束后,向以上反应体积中加2μl RNaseA、2μl RNaseH,37℃30min~1h,95℃变性5min,立即置于冰上2min.
3、纯化:用1.0X Ampure XP磁珠纯化,用EB或纯水回溶。
取1μl样品用HS Qubit定量。按照测定的浓度调整下一步反应使用的样本tttt起始量(不超过400ng),使用ddH2O将总体积补为60μl。
4、取60μl上述步骤的DNA(200~400ng)到PCR管中,95℃变性5min,立即置于冰上2min。
5、单链环化
5.1提前5分钟左右准备引物反应混合液,配制如下:
其中,ON1587为介导引物,其具体序列为:5’-TCGAGCTTGTCTTCCTAAGACCGC-3’(即SEQ ID NO:11)。
5.2将上述混合液震荡充分混匀
5.3提前5分钟准备连接酶反应混合液,配制如下:
5.4将连接酶反应混合液震荡充分混匀,离心后,向已经加入引物反应混合液的EP管中加入连接酶反应混合液50μl,震荡10s混匀,离心。
5.5置于孵育箱中37℃孵育1.5h。
6.酶切消化(ExoI和ExoIII)
6.1提前5分钟左右准备引物反应混合液,配制如下:
6.2将上述混合液震荡充分混匀,离心后,向上一步得到的120μl的样品中分别加入8μl的酶反应混合液;
6.3震荡10s混匀离心,置于孵育箱中37℃孵育30min。
6.4酶切30min完成后,向样品中加入6μl 500mM EDTA终止酶反应。
6.5上述样品用1.3X PEG32beads/tween20纯化,方法如下:
将上步骤样品转移到1.5ml不粘管中,加入170μl的PEG32磁珠/tween20(预先室温平衡30min),室温结合15min,期间吹打混匀一次;
6.6将不粘管置于磁力架上3-5min后弃去上清,用700μl 75%乙醇洗涤两次,洗涤时将不粘管前后方向反转,使得磁珠在乙醇中游动,每次洗涤游动2-3次;
6.7室温下晾干后用40μl 1XTE回溶,溶解时间共计15min,中间混匀一次;
6.8把上清转移到一个新的1.5ml EP管中,将最终得到产物用QubitTMssDNA Assay Kit测定浓度。
6.9取5μl样品至PCR管中与5μl 2x RNA loading buffer混匀,同时取2μl low Range RNA ladder到PCR管,将样品与ladder置于PCR仪中95℃变性2min,迅速转移至冰上冷却2min,再进行6%的尿素变性胶检测。在此列举样品UHRR-1的结果,如图3所示。
实施例2需要PCR扩增的RNA测序文库构建
1.纯化mRNA
(1)DNA探针与总RNA杂交
反应条件:95℃2min,0.1℃/sec(梯度降温),22℃,3min。
(2)RNaseH消化与DNA探针杂交的rRNA
反应条件:37℃30min
(3)DNaseI消化DNA探针
反应条件:37℃30min
(4)反应结束后,用1.2X RNA Clean XP磁珠纯化
2、逆转录和连接反应
LNA修饰的接头序列3T、5T及分别与之互补的序列3B、5B:探针订购于invitrogen。
3T序列如下:
5’-+G+G+GHHNNNNGTCTCCAGTCGAAGCCCGAxxxxxxxxxxTCGAGCTTGTCTTCCTAAGACC*T*T-3’;其中,N表示A、C、G或T任一种;*表示硫代修饰;+表示LNA修饰,xxxxxxxxxx表示标签序列;此处的下划线部分为SEQID NO:6,斜体部分为SEQ ID NO:7。
具体地,适用于各样品的标签序列如下:
标签序列-1:TGTCATAAAT(SEQ ID NO:22,适用的样品名:UHRR-1);
标签序列-2:TTAATTAAGG(SEQ ID NO:23,适用的样品名:UHRR-2);
标签序列-3:GACTCACTGA(SEQ ID NO:24,适用的样品名:HBRR-1);
标签序列-4:ATAAGGCAGT(SEQ ID NO:25,适用的样品名:HBRR-2);
标签序列-5:TTGATAGATT(SEQ ID NO:26,适用的样品名:YH-1);
标签序列-6:CCTTCCTGGT(SEQ ID NO:27,适用的样品名:YH-2);
标签序列-7:AATATCTCTC(SEQ ID NO:28,适用的样品名:mouse-2);
标签序列-8:CATGTTTCCC(SEQ ID NO:29,适用的样品名:mouse-2)。
3B序列如下:
5’-TCGGGCTTCGACTGGAGAC-3’(SEQ ID NO:8);
5T序列如下:
5’-GCTTGGCCTCCGACTT+G+G+GNNN-3’;其中,N表示A、C、G或T任一种;+表示LNA修饰;此处的下划线部分为SEQ ID NO:9。
5B序列如下:
5’-AAGTCGGAGGCCAAGC-3’(SEQ ID NO:10)。
将序列3T、5T、3B和5B均稀释到100μM,然后按如下比例分别配制成40μMAdA3'、AdA5'接头。
AdA3'接头:
AdA5'接头:
AdA mix(AdA5':3'=1:2):
向5μl已纯化的mRNA中加0.6μl 10μM AdA mix(接头),25℃孵育5min;加溶液I:4μl第一链缓冲液,2μl 0.1M DTT,1μl 10mM dNTP,4μl 50%PEG8000,0.5μl 10mM ATP,0.5μl SuperscriptⅡ(200U/μl),0.5μl T4连接酶(600u/μl),0.5μl RNase抑制剂,补水至总体积20μl,混匀,在PCR仪上按照以下程序进行反应:
步骤1 25℃ 5min
步骤2 37℃ 1h
步骤3 12℃ 保持
反应结束后,向以上反应体积中加1μl RNaseA、1μl RNaseH,37℃30min~1h,95℃变性5min,立即置于冰上2min。
3、纯化:用Ampure XP磁珠纯化,Elution Buffer或纯水回溶。
4、PCR扩增及纯化
向反转录得到的18.6μl cDNA中加2.5μl 10xPfx缓冲液,1μl 10mM dNTP,1μl 50mM MgSO4,0.5μl 20μM P1,1μl 10μM P2,0.4μl Platinum Pfx DNA polymerase聚合酶,总体积25μl。
其中,P1和P2为用于PCR扩增的两条引物的代号,其序列分别为:
P1(即SEQ ID NO:12):5’-TCCTAAGACCGCTTGGCCTCCGACT-3’;
P2(即SEQ ID NO:13):5’-AAGGTCTTAGGAAGACAAGCTCGA-3’。
反应程序设置如下:
其中,步骤2~4,13个循环
纯化方法:首先加0.7X Ampure XP磁珠结合PCR产物,然后上清液再用0.5X Ampure XP磁珠结合,用Elution Buffer或纯水回溶。回收产物中,每个平行样品随机选取一个使用高敏芯片Agilent 2100检测,其结果如图4-7所示。
取1μl样品用HS Qubit测定浓度。按照测定的浓度调整下一步反应使用的样本起始量不超过400ng,使用ddH2O将总体积补为60μl。
5、取60μl上述步骤的DNA(200~400ng)到PCR管中,95℃变性5min,立即置于冰上2min。
6、单链环化
6.1提前5分钟左右准备引物反应混合液,配制如下:
其中,ON1587为介导引物,其具体序列为:5’-TCGAGCTTGTCTTCCTAAGACCGC-3’(即SEQ ID NO:11)。
6.2将上述混合液震荡充分混匀
6.3提前5分钟准备连接酶反应混合液,配制如下:
6.4将连接酶反应混合液震荡充分混匀,离心后,向已经加入引物反应混合液的EP管中加入连接酶反应混合液50μl,震荡10s混匀,旋转离心。
6.5置于孵育箱中37℃孵育1.5h。
7.酶切消化(ExoI和Exo III)
7.1提前5分钟左右准备引物反应混合液,配制如下:
7.2将上述混合液震荡充分混匀,离心后,向上一步得到的120μl的样品中分别加入8μl的酶反应混合液;
7.3震荡10s混匀离心,置于孵育箱中37℃孵育30min。
7.4酶切30min完成后,向样品中加入6μl 500mM EDTA终止酶反应。
7.5上述样品用1.3X PEG32磁珠/tween20纯化,方法如下:
将上步骤样品转移到1.5ml不粘管中,加入170μl的PEG32磁珠/tween20(预先室温平衡30min),室温结合15min,期间吹打混匀一次;
7.6将不粘管置于磁力架上3-5min后弃去上清,用700μl 75%乙醇洗涤两次,洗涤时将不粘管前后方向反转,使得磁珠在乙醇中游动,每次洗涤游动2-3tttt次;
7.7室温下晾干后用40μl 1XTE回溶,溶解时间共计15min,中间混匀一次;
7.8把上清转移到一个新的1.5ml EP管中,将最终得到产物用QubitTMssDNA Assay Kit测定浓度。
7.9取5μl最终产物至PCR管中与5μl 2x RNA loading buffer混匀,同时取2μl low Range RNA ladder到PCR管,将最终产物与ladder置于PCR仪中95℃变性2min,迅速转移至冰上冷却2min,再进行6%的尿素变性胶检测。
7.10每个最终产物各取1ul充分混合后,使用高敏芯片Agilent 2100检测,其结果如图8所示。
对于不同样品建库,各个样品的PCR产物均集中在180~220bp左右,片段比较集中。环化后的文库,片段大小集中在212nt左右,有很好地重复性和实验稳定性。
由上述结果可以看出,本发明所述RNA测序文库的构建方法重复性好,稳定性高。
申请人声明,本发明通过上述实施例来说明本发明的详细工艺流程,但本发明并不局限于上述详细工艺流程,即不意味着本发明必须依赖上述详细工艺流程才能实施。所属技术领域的技术人员应该明了,对本发明的任何改进,对本发明产品各原料的等效替换及辅助成分的添加、具体方式的选择等,均落在本发明的保护范围和公开范围之内。