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膜透过性高的环状肽化合物及包含其的文库

2021-03-18 13:30:31

膜透过性高的环状肽化合物及包含其的文库

  技术领域

  本发明涉及膜透过性高的环状肽化合物、包含其的文库,及它们的制造方法以及筛选方法等。

  背景技术

  近年来,中分子化合物(分子量:500~2000)由于在能够与困难的靶标接触(access)这方面优于低分子化合物,在可以移动至细胞内这方面可能优于抗体而广受瞩目。天然物质环孢菌素A为中分子化合物的代表例子,它是抑制细胞内靶标亲环蛋白(cyclophilin)的可口服施用的肽。

  至今已开发成新药的中分子化合物几乎均为天然物质或其衍生物,大多需要复杂的化学合成。因此,现状为与使用低分子化合物(分子量500以下)开发成的新药相比,对中分子新药的类药物性(代谢稳定性和膜透过性优异的性质)的阐明没有进展。作为中分子化合物的代表性的分子种类有肽,但肽通常被认为代谢稳定性、膜透过性较低。但是,近年来已报道了为了满足类药物性,中分子肽所需的条件(例如:具有环状部、N取代氨基酸数、氨基酸残基数的范围、脂溶性)(专利文献1)。另外,也有着眼于非天然氨基酸N-甲基氨基酸,通过翻译合成而构建了N-甲基肽文库的报道(专利文献2)。

  另一方面,关于文库的设计,提倡基于对已知的大环状分子的分析结果而用于对合成大环状分子文库进行设计的指导方针(非专利文献1)。但是,这是从包括除了肽以外的分子的大环状分子推导出的指导方针,因此,对于肽而言,可以怎样适用该指导方针尚不明确。

  现有技术文献

  专利文献

  专利文献1:国际公开第2013/100132号

  专利文献2:国际公开第2012/033154号

  非专利文献

  非专利文献1:Villar et al.,Nat Chem Biol.2014 September;10(9):723-731

  发明内容

  发明要解决的问题

  本发明鉴于这样的情况而成:在非限定性的一个方面中的课题在于提供用于筛选细胞膜透过性(也称为“膜透过性”)高的环状肽化合物的环状肽化合物的文库。另外,本发明在非限定性的一个方面中的课题在于提供:用于有效地筛选能够与靶分子特异性结合的环状肽化合物的环状肽化合物的文库。本发明在其它方面中的课题在于提供膜透过性高的环状肽化合物或其制造方法,或筛选方法。

  用于解决问题的方案

  本发明人发现,在筛选能够与靶分子特异性结合的环状肽化合物时,使用包含在环状部具有长侧链的环状肽化合物的文库,可提高能够与靶分子特异性结合的环状肽化合物的命中率,即,可提高筛选的效率。

  另一方面,令人惊讶地发现,以往在口服低分子药物中采用的作为具有吲哚骨架、羟苯基的氨基酸残基的色氨酸、酪氨酸残基,实际上不适合用于以高膜透过性为目的的肽,即,具有该结构的肽难以显示高膜透过性。

  本发明人发现:特别是使用包含色氨酸、酪氨酸残基这样的具有长侧链的氨基酸残基的环状肽化合物文库而重复进行对能够与靶分子结合的化合物的淘选时,则将膜透过性低的环状肽化合物作为命中化合物而浓缩。

  另外,虽然无意用特定的理论进行限制,但认为从通过上述而浓缩的环状肽化合物中意图通过命中至先导策略(hit to lead)而得到具有高膜透过性的环状肽化合物时,由于被认为有助于与靶分子的结合的长侧链本身具有难以显示高膜透过性的结构,获得能够兼顾(i)与靶分子的结合亲和性、和(ii)高膜透过性的环状肽化合物的可能性较低。

  为此,本发明人发现在环状部具有长侧链且不具有难以显示高膜透过性的侧链的环状肽化合物的文库,作为能够有效地筛选膜透过性高且能够与靶分子特异性结合的环状肽化合物的文库的一个实施方式,从而完成了本发明。

  本发明在非限定性的具体一个实施方式中,包含以下内容。

  (A1)环状肽化合物,其中:

  (1)在其环状部的侧链中,不具有甲硫基、硫羟基、吲哚骨架、及取代或未取代的羟苯基;

  (2)在其环状部具有酸性侧链的情况下,该酸性侧链的pKa为3.5~10;

  (3)在其环状部具有碱性侧链的情况下,该碱性侧链的碱性pKa为4.0~10;

  (4)在其环状部具有侧链的长度为6.0~13埃的长侧链;

  (5)该长侧链中包含R1,其中,R1为,

  (a)苯基,或(b)环内具有1~3个从由氧原子及氮原子组成的组中独立选择的杂原子的4~6元的杂环基,

  其中,(a)及(b)任选具有至少一个从下述A组独立选择的取代基,

  A组:氧代、卤原子、任选被卤原子取代的C1-C4烷基、及C1-C4二烷基氨基(其中,C1-C4烷基中的不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代),

  或,

  (c)以下通式(II)、(III),或(IV)表示的基团:

  

  [式中,

  X1表示单键,或任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基;

  X2表示单键,或任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基;

  Y1表示单键、氧原子、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-);

  Y2表示单键、任选被C1-C4烷基取代的C1-C2亚烷基、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-);

  Z1表示单键、任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的亚甲基,或氧原子,

  R2及R3各自独立地表示氢原子、C1-C6烷基、C2-C4烯基,或C2-C4炔基,其中,该C1-C6烷基任选被卤原子取代,另外,该C1-C6烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代,

  任选R2及R3,或R2及X1结合而形成4~6元环的环状结构,在这种情况下,该环状结构任选被C1-C4烷基或卤原子取代,环内任选具有氧原子,该环状结构任选是部分不饱和的,

  R4表示C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基,或C1-C6烷酰基,

  R5表示氢原子、C1-C6烷基、C2-C6烯基,或C2-C6炔基,R4和/或R5的C1-C6烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代,

  或者,R4及R5,或R5及X2任选与它们结合的原子共同形成4~6元环的环状结构,在这种情况下,该环状结构任选被C1-C4烷基或卤原子取代,环内任选具有氧原子,该环状结构任选是部分不饱和的,

  R6、R7、R8、R9、及R10各自独立地表示氢原子、卤原子、C1-C4烷基、C2-C4烯基,或C2-C4炔基,该C1-C4烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代,

  

  表示结合点,

  B组:卤原子、C1-C4烷基、及C1-C2烷氧基]。

  (A2)根据(A1)所述的环状肽化合物,其中,上述长侧链为以下通式(I-3)表示的侧链,

  -(CH2)n-R1 (I-3)

  [式中,n为1~5的整数;

  亚烷基的不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代;

  R1与(A1)的记载同义]。

  (A3)根据(A1)或(A2)所述的环状肽化合物,其中,上述杂环基选自下组:吡啶基、哌啶基、吗啉代基、及氮杂环丁烷基的基团,这些基团任选具有至少一个从上述A组中独立选择的取代基。

  (A4)根据(A1)~(A3)中任一项所述的环状肽化合物,其中,在上述环状部的侧链中不具有2个以上芳环形成的稠环结构。

  (A5)根据(A1)~(A4)中任一项所述的环状肽化合物,其中,上述酸性侧链的pKa为5.0~10。

  (A6)根据(A1)~(A5)中任一项所述的环状肽化合物,其中,上述碱性侧链的碱性pKa为4.0~7.5。

  (A7)根据(A1)~(A6)中任一项所述的环状肽化合物,其中,构成环状部的氨基酸的数量为5~15个。

  (A8)根据(A1)~(A7)中任一项所述的环状肽化合物,其中,构成除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量为5~20个。

  (A9)根据(A1)~(A8)中任一项所述的环状肽化合物,其中,构成除了核酸连接部以外的肽部分的N取代氨基酸的数量为3个以上。

  (A10)根据(A1)~(A9)中任一项所述的环状肽化合物,其中,构成除了核酸连接部以外的肽部分的非天然氨基酸的数量为4个以上。

  (A11)根据(A1)~(A10)中任一项所述的环状肽化合物,ClogP/总aa为1.0~1.8。

  (A12)根据(A1)~(A11)中任一项所述的环状肽化合物,其在环化部具有酰胺键。

  (A13)根据(A1)~(A12)中任一项所述的环状肽化合物,其中,Papp为1.0×10-6cm/秒以上。

  (A14)根据(A1)~(A13)中任一项所述的环状肽化合物,其中,上述环状部的侧链中包含的芳环的数量为0~3个。

  (A15)根据(A1)~(A13)中任一项所述的环状肽化合物,其中,上述环状部的侧链中包含的芳环的数量为1~3个。

  (A16)根据(A1)~(A15)中任一项所述的环状肽化合物,其中,上述长侧链中包含的芳环的数量为1~3个。

  (A17)根据(A1)~(A15)中任一项所述的环状肽化合物,其中,上述长侧链中包含的芳环的数量为2~3个。

  (A18)根据(A1)~(A17)中任一项所述的文库,其中,上述长侧链为在其侧链中不包含酰胺键,或包含1个酰胺键的侧链。

  (A19)根据(A1)~(A18)中任一项所述的环状肽化合物,其中,上述长侧链为选自以下C组中的至少一个氨基酸的最长的侧链:

  C组:表2-1~表2-6中记载的氨基酸。

  (A20)环状肽化合物,其选自表26中记载的pd100~pd247及pd300~pd504。

  另外,本发明在非限定性的具体一个实施方式中包含以下内容。

  (B1)含有(A1)~(A20)中任一项所述的环状肽化合物的文库。

  (B2)环状肽化合物的文库,其中,上述文库实质上由在环状部的侧链中不具有吲哚骨架的环状肽化合物组成。

  (B3)环状肽化合物的文库,其中,上述文库实质上由在环状部的侧链中不具有2个以上芳环形成的稠环结构的环状肽化合物组成。

  (B4)根据(B1)~(B3)中任一项所述的文库,其中,上述文库实质上在环状部的侧链不具有取代或未取代的羟苯基的环状肽化合物由组成。

  (B5)根据(B1)~(B4)中任一项所述的文库,其中,在上述文库中包含在环状部具有酸性侧链的环状肽化合物的情况下,所述环状肽化合物实质上该酸性侧链的pKa为3.5~10的环状肽化合物由组成。

  (B6)根据(B5)所述的文库,其中,上述pKa为4.5~10。

  (B7)根据(B5)所述的文库,其中,上述pKa为5.0~10。

  (B8)根据(B1)~(B7)所述的文库,其中,在上述文库中包含在环状部具有碱性侧链的环状肽化合物的情况下,所述环状肽化合物实质上由该碱性侧链的碱性pKa为4.0~10的环状肽化合物组成。

  (B9)根据(B8)所述的文库,其中,上述碱性pKa为4.0~9.5。

  (B10)根据(B8)所述的文库,其中,上述碱性pKa为4.0~9.0。

  (B11)根据(B8)所述的文库,其中,上述碱性pKa为4.0~8.5。

  (B12)根据(B8)所述的文库,其中,上述碱性pKa为4.0~7.5。

  (B13)根据(B8)所述的文库,其中,上述碱性pKa为4.0~7.2。

  (B14)根据(B1)~(B13)中任一项所述的文库,其中,上述文库包含在环状部具有长度为5.4~13埃的长侧链的环状肽化合物。

  (B15)根据(B1)~(B13)中任一项所述的文库,其中,上述文库包含在环状部具有长度为6.0~13埃的长侧链的环状肽化合物。

  (B16)根据(B1)~(B13)中任一项所述的文库,其中,上述文库包含在环状部具有长度为6.0~10埃的长侧链的环状肽化合物。

  (B17)根据(B14)~(B16)中任一项所述的文库,其中,上述长侧链为在其侧链中不包含酰胺键,或包含1个酰胺键的侧链。

  (B18)根据(B1)~(B17)中任一项所述的文库,其中,上述文库包含在环状部的侧链具有芳环的环状肽化合物。

  (B19)(B14)~(B18)中任一项所述的文库,其中,上述长侧链中的至少一种为具有芳环的侧链。

  (B20)根据(B14)~(B18)中任一项所述的文库,其中,上述长侧链中的两个以上为具有芳环的侧链。

  (B21)根据(B1)~(B20)中任一项所述的文库,其中,上述文库实质上由在其环状部的侧链中不具有甲硫基的环状肽化合物组成。

  (B22)根据(B1)~(B21)中任一项所述的文库,其中,上述文库实质上由在其环状部的侧链中不具有硫羟基的环状肽化合物组成。

  (B23)根据(B1)~(B22)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的构成环状部的氨基酸的数量的均值为5~15个。

  (B24)根据(B1)~(B22)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的构成环状部的氨基酸的数量的均值为8~13个。

  (B25)根据(B1)~(B22)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的构成环状部的氨基酸的数量的均值为8~11个。

  (B26)根据(B1)~(B25)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的构成除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量的均值为5~20个。

  (B27)根据(B1)~(B25)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的构成除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量的均值为8~13个。

  (B28)根据(B1)~(B27)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的ClogP的均值为4~18。

  (B29)根据(B1)~(B28)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的ClogP/总aa的均值为1.0~1.8。

  (B30)根据(B1)~(B29)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分中包含的非天然氨基酸的数量的均值为4以上。

  (B31)根据(B1)~(B30)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分中包含的氨基酸的数量中,N取代氨基酸数量所占比例的均值为30%以上。

  (B32)根据(B1)~(B30)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分中包含的N取代氨基酸的数量的均值为3以上。

  (B33)根据(B1)~(B32)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物为在环化部具有酰胺键的环状肽化合物。

  (B34)根据(B1)~(B33)中任一项所述的文库,其中,上述文库为用于在能够与靶分子特异性结合的化合物的鉴定中使用的文库。

  (B35)根据(B1)~(B34)中任一项所述的文库,其中上述文库为用于在能够口服施用化合物,或其前体的鉴定中使用的文库。

  (B36)根据(B1)~(B35)中任一项所述的文库,其中,上述文库为用于在Papp为1.0×10-6以上的环状肽化合物的获得中使用的文库,。

  (B37)根据(B1)~(B36)中任一项所述的文库,其中,上述文库具有1×104以上的多样性。

  (B38)根据(B1)~(B36)中任一项所述的文库,其中,上述文库具有1×1010以上的多样性。

  (B39)根据(B1)~(B38)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的分子量的均值为500~2000。

  (B40)根据(B1)及(B14)~(B39)中任一项所述的文库,其中,上述长侧链中包含R1,其中,R1与(A1)的记载同义。

  (B41)根据(B1)及(B14)~(B40)中任一项所述的文库,其中

  上述长侧链为以下通式(I-3)表示的侧链:

  -(CH2)n-R1 (I-3)

  [式中,

  n为1~5的整数;

  亚烷基的不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代;

  R1与(B40)同义]。

  (B42)根据(B40)或(B41)所述的文库,其中,上述杂环基选自下组:吡啶基、哌啶基、吗啉代基、及氮杂环丁烷基的基团,这些基团任选具有至少一个从上述A组中独立选择的取代基。

  (B43)根据(B40)~(B42)中任一项所述的文库,其中,上述R1为选自包含上述(a)及(b)的组中的至少一个基团。

  (B44)根据(B40)~(B42)中任一项所述的文库,其中,上述R1为选自以下(1)~(6)中的基团:

  (1)为上述通式(II),其中,Y1为单键或氧原子,X1为单键,或任选被取代的C1-C2亚烷基,R2及R3各自独立地表示氢原子或C1-C6烷基,其中,该C1-C6烷基任选被卤原子取代;

  (2)为上述通式(III),其中,R5为氢原子,Y2为单键、羰基或磺酰基,X2为任选被取代的C1-C2亚烷基,Z1为氧原子;

  (3)为上述通式(III),其中,R5为C1-C6烷基且未形成环状结构,Y2为单键、任选被取代的C1-C2亚烷基、羰基或磺酰基,X2为单键或任选被取代的C1-C2亚烷基,Z1为单键或任选被取代的亚甲基;

  (4)为上述通式(III),其中,R4及R5与它们结合的原子共同形成4~6元环的环状结构,该环内任选具有氧原子,该环状结构任选被C1-C4烷基或卤原子取代,X2为单键,或任选被取代的C1-C2亚烷基,Y2为单键,或任选被取代的C1-C2亚烷基,Z1为单键、任选被取代的亚甲基,或氧原子;

  (5)为上述通式(III),其中,R5及X2与它们结合的原子共同形成4~6元环的环状结构,该环内任选具有氧原子,该环状结构任选被C1-C4烷基或卤原子取代,Y2为单键,或任选被取代的C1-C2亚烷基,Z1为氧原子,R4为C1-C4烷基;

  (6)为上述通式(IV),其中,R6、R7、R8、R9、及R10各自独立地为氢原子、卤原子、甲基或乙基。

  (B45)根据(B1)及(B14)~(B44)中任一项所述的文库,其中,上述长侧链为选自(A19)所述的C组中的至少一个氨基酸的最长侧链。

  (B46)根据(B1)及(B14)~(B44)中任一项所述的文库,其中,上述长侧链中的至少一种为包含芳环的侧链。

  (B47)根据(B40)或(B41)所述的文库,其中,上述R1为任选具有至少一个从上述A组中独立选择的取代基的苯基。

  (B48)根据(B1)、(B14)~(B47)中任一项所述的文库,其中,上述长侧链为选自由卤苯基、及C1-C4卤代烷基苯基组成的组中的至少一个基团的侧链。

  (B49)根据(B1)~(B48)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的环状部的侧链中包含的芳环的数量的均值为0~3个。

  (B50)根据(B1)~(B49)中任一项所述的文库,其中,在上述文库中包含的环状肽化合物的构成环状部的氨基酸的数量中,芳环占的数量的比例的均值为40%以下。

  (B51)根据(B1)~(B50)中任一项所述的文库,其中,上述文库中包含的环状肽化合物的环状部的长侧链中包含的芳环的数量的均值为1~3个。

  (B52)根据(B1)~(B51)中任一项所述的文库,其中上述文库为核酸展示文库。

  (B53)编码(B1)~(B52)所述的环状肽化合物的文库的核酸的文库。

  另外,本发明在非限定性的具体一个实施方式中包含以下内容。

  (C1)能够与靶分子特异性结合的环状肽化合物的筛选方法,包括以下工序:

  (i)使(B1)~(B52)中任一项所述的文库中包含的环状肽化合物与该靶分子接触的工序;及

  (ii)选择能够与该靶分子特异性结合的环状肽化合物的工序。

  (C2)根据(C1)所述的方法,其中,上述靶分子为蛋白质。

  另外,本发明在非限定性的具体一个实施方式中包含以下内容。

  (D1)用于制造肽化合物的无细胞翻译系统,其实质上不含选自包含以下(a)~(c)组中的至少一个:

  (a)在侧链具有吲哚骨架的氨基酸,或编码该氨基酸的核酸;

  (b)在侧链具有2个以上芳环形成的稠环结构的氨基酸,或编码该氨基酸的核酸;及

  (c)在侧链具有取代或未取代的羟苯基的氨基酸,或编码该氨基酸的核酸。

  (D2)根据(D1)所述的无细胞翻译系统,实质上不含(D1)所述的(a)、(b)或(c)。

  (D3)根据(D1)或(D2)所述的无细胞翻译系统,在上述无细胞翻译系统中,在该翻译系统包含具有酸性侧链的氨基酸经酰化而成的tRNA、及编码该氨基酸的核酸的情况下,该氨基酸的侧链的pKa为3.5~10。

  (D4)根据(D1)~(D3)中任一项所述的无细胞翻译系统,在上述无细胞翻译系统中,在该翻译系统包含具有碱性侧链的氨基酸经酰化而成的tRNA、及编码该氨基酸的核酸的情况下,该氨基酸的侧链的碱性pKa为4.0~10。

  (D5)根据(D3)或(D4)所述的无细胞翻译系统,其中,上述pKa为5.0~10。

  (D6)根据(D4)或(D5)所述的无细胞翻译系统,其中,上述碱性pKa为4.0~7.5。

  (D7)根据(D1)~(D6)中任一项所述的无细胞翻译系统,其包含具有长度为5.4~13埃的长侧链的氨基酸。

  (D8)根据(D7)所述的无细胞翻译系统,其中,上述长侧链的长度为6.0~10埃。

  (D9)根据(D7)或(D8)所述的无细胞翻译系统,其中,上述长侧链中的至少一种为具有芳环的侧链。

  (D10)根据(D7)或(D8)所述的无细胞翻译系统,其中,上述长侧链的两个以上为具有芳环的侧链。

  (D11)根据(D1)~(D10)中任一项所述的无细胞翻译系统,其中,在上述翻译系统中包含的氨基酸的种类的数量中,40%以上为N取代氨基酸。

  (D12)根据(D1)~(D11)中任一项所述的无细胞翻译系统,其中,上述肽化合物为环状肽化合物。

  (D13)根据(D1)~(D12)中任一项所述的无细胞翻译系统,其中,上述翻译系统中包含的氨基酸的种类的数量中,具有芳环的氨基酸的种类的数量占的比例为40%以下。

  (D14)无细胞翻译系统,其被调整为使得具有由8~11个氨基酸构成的环状部的环状肽化合物的环状部的侧链中包含的芳环的数量的均值为0~3。

  另外,本发明在非限定性的具体一个实施方式中包含以下内容。

  (E1)肽化合物的文库的制造方法,所述方法包括选自由以下(a)及(b)组成的组中的至少一个工序:

  (a)制备实质上不含在侧链具有吲哚骨架的氨基酸的氨基酸池,将该池中包含的氨基酸的一部分或全部作为构成氨基酸而合成肽化合物的工序;及

  (b)制备实质上不含编码在侧链具有吲哚骨架的氨基酸的核酸的模板池,由该模板池合成肽化合物的工序。

  (E2)根据(E1)所述的方法,其中,上述工序(a)及(b)的池,分别为实质上不含在侧链具有2个以上芳环形成的稠环结构的氨基酸、及编码该氨基酸的核酸的池。

  (E3)根据(E1)或(E2)所述的方法,其中,上述工序(a)及(b)的池,分别为实质上不含在侧链具有取代或未取代的羟苯基的氨基酸、及编码该氨基酸的核酸的池。

  (E4)根据(E1)~(E3)中任一项所述的方法,其中,在肽化合物的合成时使用的氨基酸池中包含具有酸性侧链的氨基酸、且模板池中包含编码该氨基酸的核酸的情况下,该氨基酸的侧链的pKa为3.5~10。

  (E5)根据(E4)所述的方法,其中,上述pKa为5.0~10。

  (E6)根据(E1)~(E5)中任一项所述的方法,其中,在肽化合物的合成时使用的氨基酸池中包含具有碱性侧链的氨基酸、且模板池中包含编码该氨基酸的核酸的情况下,该氨基酸的侧链的碱性pKa为4.0~10。

  (E7)根据(E6)所述的方法,其中,上述碱性pKa为4.0~7.5。

  (E8)根据(E1)~(E7)中任一项所述的方法,其中,肽化合物的合成时使用的氨基酸池为包含具有长度为5.4~13埃的长侧链的氨基酸的池。

  (E9)根据(E1)~(E7)中任一项所述的方法,其中,肽化合物的合成时使用的氨基酸池,为包含具有长度为6.0~10埃的长侧链的氨基酸的池。

  (E10)根据(E8)或(E9)所述的方法,其中,上述长侧链中的至少一种为具有芳环的侧链。

  (E11)根据(E1)~(E10)中任一项所述的方法,其中,在肽化合物的合成时使用的氨基酸池中包含的氨基酸的种类的数量中,50%以上为非天然氨基酸。

  (E12)根据(E1)~(E11)中任一项所述的方法,其中,肽化合物的合成时使用的氨基酸池中包含的氨基酸的种类的数量中,40%以上为N取代氨基酸。

  (E13)根据(E1)~(E12)中任一项所述的方法,其中,上述肽化合物为环状肽化合物。

  (E14)根据(E13)所述的方法,其包括选自包含以下(c)及(d)中的至少一个工序:

  (c)制备了调整使得在翻译合成的环状肽化合物中,在构成环状部的氨基酸的数量中,具有芳环的氨基酸占的数量的比例的均值为40%以下的氨基酸池,将该池中包含的氨基酸的一部分或全部作为构成氨基酸而合成肽化合物的工序;

  (d)制备了调整使得在翻译合成的环状肽化合物中,构成环状部的氨基酸的数量中具有芳环的氨基酸占的数量的比例的均值为40%以下的模板池,由该模板池合成肽化合物的工序。

  (E15)肽化合物的文库的制造方法,其包括使用(D1)~(D14)中任一项所述的无细胞翻译系统而合成肽化合物的工序。

  (E16)根据(E1)~(E13)中任一项所述的方法,其包括使用(D1)~(D14)中任一项所述的无细胞翻译系统而合成肽化合物的工序。

  (E17)根据(E1)~(E16)中任一项所述的方法,其中,上述文库具有1×104以上的多样性。

  (E18)根据(E1)~(E17)中任一项所述的方法,其中,上述文库为核酸展示文库。

  (E19)用于制造(B1)~(B44)中任一项所述的文库的(E1)~(E18)中任一项所述的方法。

  (E20)根据(E1)~(E19)中任一项所述的方法得到的文库。

  (E21)构成(E20)所述的文库的环状肽化合物。

  另外,本发明在非限定性的具体一个实施方式中包含以下内容。

  (F1)环状肽化合物的制造方法,包括以下工序:

  (i)使(B1)~(B52)中任一项所述的文库中包含的环状肽化合物与靶分子接触的工序;

  (ii)选择能够与该靶分子结合的环状肽化合物的工序;及

  (iii)基于(ii)中选择的环状肽化合物的氨基酸序列而制造环状肽化合物的工序。

  (F2)根据(F1)所述的方法制造的环状肽化合物。

  另外,本发明在非限定性的具体一个实施方式中包含以下内容。

  (G1)具有长度为5.4~13埃的长侧链的上述氨基酸,该长侧链中包含R1,其中,R1与(A1)的记载同义。

  (G2)具有长度为5.4~13埃的长侧链的氨基酸。

  (G3)选自包含表2-1~表2-6中记载的氨基酸的组中的氨基酸。

  (G4)根据(G1)~(G3)所述的氨基酸,其主链氨基被保护基团保护。

  (G5)根据(G1)~(G3)所述的氨基酸,其主链氨基被Fmoc基保护。

  (G6)根据(G1)~(G5)中任一项所述的氨基酸,其用于在环状肽化合物的合成中使用。

  (G7)在(G1)~(G5)所述的氨基酸的羧基以酯键与pdCpA或pCpA连接而成的pdCpA氨基酸,或pCpA氨基酸。

  (G8)根据(G1)~(G5)、及(G7)中任一项所述的氨基酸,其用于在环状肽化合物的翻译中使用。

  (H1)在侧链具有以下通式(II)或(III)表示的基团的氨基酸:

  

  [式中,

  X1表示单键、任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基;

  X2表示单键,或任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基;

  Y1表示单键、氧原子、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-);

  Y2表示单键、任选被C1-C4烷基取代的C1-C2亚烷基、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-),

  Z1表示氧原子;

  R2及R3各自独立地表示氢原子、C1-C6烷基、C2-C4烯基,或C2-C4炔基,其中,该C1-C6烷基任选被卤原子取代,另外,该C1-C6烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代,

  任选R2及R3,或R2及X1结合而形成4~6元环的环状结构,在这种情况下,该环状结构任选被C1-C4烷基或卤原子取代,环内任选具有氧原子,该环状结构任选是部分不饱和的,

  R4表示C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基,或C1-C6烷酰基,

  R5表示氢原子,R4的C1-C6烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代,

  

  表示结合点。

  B组:卤原子、C1-C4烷基、及C1-C2烷氧基]。

  (H2)肽化合物文库,其包含选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种氨基酸的肽化合物。

  (H3)肽化合物文库的制造方法,所述肽化合物文库包含选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种氨基酸的肽化合物,所述方法包括利用包含以下(i)及(ii)的无细胞翻译系统翻译合成肽化合物的工序:

  (i)结合选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种氨基酸的tRNA;

  (ii)编码上述肽化合物文库的核酸文库,

  其中,该核酸文库中包含含有至少1个与上述tRNA的反密码子对应的密码子的核酸。

  (H4)用于制造选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种氨基酸的肽化合物的无细胞翻译系统,其包含以下(i)及(ii):

  (i)结合有选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种氨基酸的tRNA;

  (ii)编码上述肽化合物的核酸,

  其中,该核酸包含至少1个与上述tRNA的反密码子对应的密码子。

  (H5)包含选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种氨基酸的肽化合物的翻译合成方法,其包括以下(i)及(ii):

  (i)制备结合选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种氨基酸的tRNA的工序;

  (ii)利用无细胞翻译系统翻译包含至少1个与上述tRNA的反密码子对应的密码子的核酸,从而得到上述肽化合物的工序。

  发明效果

  根据本发明的一个实施方式,可实现有效地筛选能够与靶分子特异性结合的环状肽化合物。另外,根据本发明的一个实施方式,可实现得到具有高细胞膜透过性的环状肽化合物。

  附图说明

  [图1]示出膜透过性的测定方法的一个实施方式的概要的图。

  [图2]示出使用了Caco-2细胞的细胞膜透过性测定的前提和实际的概念图。

  [图3-1]示出翻译合成的包含非天然氨基酸的肽化合物的质谱的图。

  [图3-2]示出图3-1的后续的图。

  [图3-3]示出图3-2的后续的图。

  [图4]示出翻译合成的包含非天然氨基酸的肽化合物的质谱的图。

  [图5]示出翻译合成的包含非天然氨基酸的肽化合物的质谱的图。

  [图6]示出翻译合成的包含非天然氨基酸的肽化合物的质谱的图。

  [图7]示出根据传统法培养Caco-2细胞至3小时的TEER的推移的图。

  [图8]示出根据改良方法培养Caco-2细胞至24小时的TEER的推移的图。

  [图9]示出根据传统法测定的Papp与Fa的相关的图。

  [图10]示出根据改良方法测定的Papp与Fa的相关的图。显示与常规方法相比,改良方法中与Fa的相关高。

  [图11]示出将不具有Trp的侧链的环状肽化合物作为母集合的情况下的ClogP/总AA和Papp的关系的图。

  [图12]示出将具有Trp的侧链的环状肽化合物作为母集合的情况下的ClogP/总AA与Papp的关系的图。

  [图13]示出将具有Phe(4-CF3)的侧链的环状肽化合物作为母集合的情况下的ClogP/总AA与Papp的关系的图。

  [图14]示出环状肽化合物的ARC与细胞膜透过性的关系的图。

  具体实施方式

  以下说明本申请的优选的非限定性的实施方式。

  对在后述的本实施例中记载的所有要素(element)而言,其记载意在不受在意图对本专利申请的要求权利的国家中可以将实施例中记载的内容解释为限定性的方式的任何专利实务、惯例、法规等的限制,而是视为理所当然地也相同记载在本“具体实施方式”中。

  对本申请中任一项所述的一或多个要素(element)的一部分或全部任意地进行的组合而言,只要与基于本领域技术人员的技术常识的技术不矛盾,就也包括在本申请中,且作为本领域技术人员理应理解的内容被记载。

  在本说明书中使用以下缩略词。Ala(丙氨酸)、Arg(精氨酸)、Asn(天冬酰胺)、Asp(天冬氨酸)、Cys(半胱氨酸)、Glu(谷氨酸)、Gln(谷氨酰胺)、Gly(甘氨酸)、His(组氨酸)、Ile(异亮氨酸)、Leu(亮氨酸)、Lys(赖氨酸)、Met(甲硫氨酸)、Phe(苯丙氨酸)、Pro(脯氨酸)、Ser(丝氨酸)、Thr(苏氨酸)、Trp(色氨酸)、Tyr(酪氨酸)、Val(缬氨酸)。另外,除了这些以外,使用在表2-1~表2-6及表4-1~表4-32中记载的缩略词。

  在本说明书中,“烷基”,是指脂肪族烃从除去1个任意氢原子衍生的1价基团,在骨架中不含有杂原子(指除了碳及氢原子以外的原子)或不饱和的碳-碳键,具有含有氢及碳原子的烃或烃基结构的部分集合。烷基包含直链状或支链状的那些。作为烷基,为碳原子数1~20(C1-C20,以下“Cp-Cq”是指碳原子数为p~q个)的烷基,优选可列举:C1-C6烷基、C1-C5烷基、C1-C4烷基、C1-C3烷基等。作为烷基,具体而言,可列举:甲基、乙基、丙基、丁基、戊基、己基、异丙基、叔丁基、仲丁基、1-甲基丙基、1,1-二甲基丙基、2,2-二甲基丙基、1,2-二甲基丙基、1,1,2-三甲基丙基、1,2,2-三甲基丙基、1,1,2,2-四甲基丙基、1-甲基丁基、2-甲基丁基、3-甲基丁基、1,1-二甲基丁基、1,2-二甲基丁基、1,1-二甲基丁基、1,2-二甲基丁基、1,3-二甲基丁基、2,2-二甲基丁基、2,3-二甲基丁基、3,3-二甲基丁基、1-乙基丁基、2-乙基丁基、异戊基、新戊基等。

  在本说明书中,“烯基”,是指具有至少1个双键(2个相邻SP2碳原子)的1价基团。根据双键及取代组分(存在时)的配置不同,双键的几何学形态可以取共同(E)或相反(Z)、顺式或反式构型。作为烯基,可列举直链状或支链状的那些,包含含有内部烯烃的直链等。优选C2-C10烯基、进一步优选为C2-C6烯基、可列举C2-C4烯基。

  作为这样的烯基,具体而言,可列举例如:乙烯基、烯丙基、1-丙烯基、2-丙烯基、1-丁烯基、2-丁烯(包括顺、反)基、3-丁烯基、戊烯基、己烯基等。

  在本说明书中,“炔基”是指具有至少1个三键(2个相邻SP碳原子)的1价基团。可列举直链状或支链状的炔基,包含内部亚烷基。优选为C2-C10炔基、进一步优选为C2-C6炔基、可列举C2-C4炔基。作为炔基,具体而言,可列举例如:乙炔基、1-丙炔基、丙炔基、3-丁炔基、戊炔基、己炔基、3-苯基-2-丙炔基、3-(2′-氟苯基)-2-丙炔基、2-羟基-2-丙炔基、3-(3-氟苯基)-2-丙炔基、3-甲基-(5-苯基)-4-戊炔基等。

  在本说明书中,“环烷基”是指饱和或部分饱和的环状的1价的脂肪族烃基,包含单环、二环、螺环。优选可列举C3-C10环烷基。环烷基可以是部分不饱和的。作为环烷基,具体而言,可列举例如:环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基、环辛基、二环[2.2.1]庚基等。

  在本说明书中,“芳基”是指1价的芳香族烃环、优选可列举C6-C10芳基。作为芳基,具体而言,可列举例如:苯基、萘基(例如,1-萘基、2-萘基)等。

  在本说明书中,“杂芳基”,是指构成环的原子中(在本说明书中也称为“环内”)优选含有1~5个杂原子的芳香族性的环的1价的基团,可以是部分饱和的。环可以为单环,或2个稠环(例如,苯或单环杂芳基缩合而成的2环式杂芳基)。构成环的原子的数量优选为5~10(5-10元杂芳基)。作为杂芳基,具体而言,可列举例如:呋喃基、噻吩基、吡咯基、咪唑基、吡唑基、噻唑基、异噻唑基、噁唑、异噁唑、噁二唑基、噻二唑基、三唑基、四唑基、吡啶基、嘧啶基、哒嗪基、吡嗪基、三嗪基、苯呋喃基、苯噻吩基、苯噻二唑基、苯噻唑基、苯噁唑基、苯噁二唑基、苯咪唑基、吲哚基、异吲哚基、吲唑基、喹啉基、异喹啉基、噌啉基、喹唑啉基、喹喔啉基、苯并二氧杂戊环基、吲嗪基、咪唑并吡啶基等。

  在本说明书中,“芳基烷基(芳烷基)”是指同时包含芳基和烷基的基团,例如:上述烷基的至少一个氢原子被芳基取代而成的基团,可列举优选为“C5-C10芳基C1-C6烷基”。可列举例如苄基等。

  在本说明书中,“亚烷基”是指从上述“烷基”进一步除去1个任意氢原子而衍生的二价基团,亚作为烷基,可列举优选为C1-C2亚烷基、C1-C3亚烷基、C1-C4亚烷基、C1-C5亚烷基、C1-C6亚烷基。作为亚烷基,具体而言,可列举例如:亚甲基、1,2-亚乙基、1,1-亚乙基、1,3-亚丙基、四亚甲基、五亚甲基、六亚甲基等。

  在本说明书中,“亚芳基”是指从上述芳基进一步除去1个任意氢原子而衍生的2价基团。亚芳基可以为单环也可以为稠环。构成环的原子的数量没有特别限定,优选为6~10(C6-C10亚芳基)。作为亚芳基,具体而言,可列举例如:亚苯基、亚萘基等。

  在本说明书中,“杂亚芳基”是指从上述杂芳基进一步除去1个任意氢原子而衍生的2价基团。杂亚芳基可以为单环也可以为稠环。构成环的原子的数量没有特别限定,优选为5~10(5元~10元杂亚芳基)。作为杂亚芳基,具体而言,可列举:吡咯二基、咪唑二基、吡唑二基、吡啶二基、哒嗪二基、嘧啶二基、吡嗪二基、三唑二基、三嗪二基、异噁唑二基、噁唑二基、噁二唑二基、异噻唑二基、噻唑二基、噻二唑二基、呋喃二基及噻吩二基等。

  在本说明书中,“亚烷基亚芳基”为上述亚烷基与上述亚芳基在任意位置结合而成的2价基团,亚烷基结合在基本骨架侧。作为亚烷基亚芳基,具体而言,可列举-C1-C6亚烷基-C6-C10亚芳基等。

  在本说明书中,“亚芳基亚烷基”为上述亚芳基与上述亚烷基在任意位置结合而成的2价基团,亚芳基结合在基本骨架侧。作为亚芳基亚烷基,具体而言,可列举-C6-C10亚芳基-C1-C6亚烷基等。

  在本说明书中,“亚烷基杂亚芳基”为上述亚烷基与上述杂亚芳基在任意位置结合而成的2价基团,亚烷基结合在基本骨架侧。作为亚烷基杂亚芳基,具体而言,可列举-C1-C6亚烷基-5-10元杂亚芳基等。

  在本说明书中,“杂亚芳基亚烷基”为上述杂亚芳基与上述亚烷基在任意位置结合而成的2价基团,杂亚芳基结合在基本骨架侧。作为杂亚芳基亚烷基,具体而言,可列举-5-10元杂亚芳基-C1-C6亚烷基等。

  在本说明书中,“活性酯”是指包含与氨基和反应而生成酰胺键的羰基的基团,为在该羰基上结合例如:OBt、OAt、OSu、OPfp、SR1等而成的基团,可促进与胺的反应的基团。

  在本说明书中,“反应辅助基团”,是指为了在需要的位置选择性地引起反应,而被导入进行结合的官能团的附近,对于结合反应活化该官能团的基团,例如,为了使羰基与胺发生反应,可以在羰基和胺侧中的任一,或者两者中导入反应辅助基团。可以使这样的反应辅助基团在结合反应时,或在结合反应后脱离。

  在本说明书中,术语“氨基酸”中包含天然氨基酸及非天然氨基酸。在本说明书中,“天然氨基酸”,是指Gly、Ala、Ser、Thr、Val、Leu、Ile、Phe、Tyr、Trp、His、Glu、Asp、Gln、Asn、Cys、Met、Lys、Arg、Pro。对非天然氨基酸没有特别限定,可例示:β-氨基酸、γ-氨基酸、D型氨基酸、N取代氨基酸、α,α-二取代氨基酸、侧链与天然不同的氨基酸、羟基羧酸等。作为本说明书中的氨基酸,允许为任意立体构型。对氨基酸的侧链的选择不设具体限制,除了氢原子以外,例如可从烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷基、环烷基中自由选择,这些基团中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-)取代。可以各自被赋予取代基,对这些取代基也没有限制,例如可从包括:卤原子、O原子、S原子、N原子、B原子、Si原子或P原子的任意取代基中独立自由选择1个或2个以上。即,可例示任选被取代的烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷基、环烷基等。另外,在本说明书中的氨基酸任选具有后述的“长侧链”作为侧链。在非限定的一个实施方式中,本说明书中的氨基酸,为在相同分子内具有羧基和氨基的化合物即可(即使在这种情况下,在氨基酸中也包含诸如脯氨酸、羟基脯氨酸的亚氨基酸)。

  氨基酸的主链氨基,可以是非取代(NH2基)的,也可以是发生了取代的(即,-NHR基:R表示任选具有取代基的烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷基、环烷基,这些基团中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-)取代,还可以像脯氨酸那样,结合有N原子的碳链与α位的碳原子形成环)。上述R的取代基,与上述氨基酸侧链中的取代基同样选择。在主链氨基发生了取代的情况下的上述R,包括在本说明书中的“氨基酸的侧链”中。该R可以为后述的“长侧链”。这样的主链氨基发生了取代的氨基酸,在本说明书中称为“N取代氨基酸”。作为在本说明书中的“N取代氨基酸”,优选可例示:N-烷基氨基酸、N-C1-C6烷基氨基酸、N-C1-C4烷基氨基酸、N-甲基氨基酸、具有长侧链的N取代氨基酸,但不限于这些。

  在本说明书中构成的肽化合物的“氨基酸”中,包括各自对应的全部同种型。“氨基酸”的同种型,为有至少1个原子被原子编号(质子数)相同且质量数(质子和中子的数量之和)不同的原子取代而成。作为构成本发明的肽化合物的“氨基酸”中包含的同种型的例子,有:氢原子,碳原子,氮原子,氧原子,磷原子,硫原子,氟原子,氯原子等,分别包括:2H、3H、13C、14C、15N、17O、18O、31P、32p、35S、18F、36Cl等。

  作为本说明书中的卤原子,可列举F、Cl、BR及I,例示优选为F或Cl。作为包含卤原子的取代基,没有限定,可列举:氟(-F)、氯(-Cl)、溴(-BR)、碘(-I)等。另外,例示以它们进行了1个以上取代的在取代基中具有卤素的烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷基等,更具体而言,可例示:氟代烷基酯、二氟代烷基酯、三氟代烷基酯等。

  作为包含O原子的取代基,可列举:羟基(-OH)、氧基(-OR)、羰基(-C=O-R)、羧基(-CO2H)、氧基羰基(-C=O-OR)、羰氧基(-O-C=O-R)、硫基羰基(-C=O-SR)、羰基硫基(-S-C=O-R)、氨基羰基(-C=O-NHR)、羰基氨基(-NH-C=O-R)、氧基羰基氨基(-NH-C=O-OR)、磺酰氨基(-NH-SO2-R)、氨基磺酰基(-SO2-NHR)、氨磺酰基氨基(-NH-SO2-NHR)、硫基羧基(-C(=O)-SH)、羧基羰基(-C(=O)-CO2H)等基团。

  作为氧基(-OR)的例子,可列举:烷氧基、环烷氧基、烯氧基、炔氧基、芳氧基、杂芳氧基、芳烷氧基等。作为烷氧基,优选为C1-C4烷氧基、C1-C2烷氧基,其中优选甲氧基或乙氧基。

  作为羰基(-C=O-R)的例子,可列举:甲酰(-C=O-H)基、烷基羰基、环烷基羰基、烯羰基、炔羰基、芳基羰基、杂芳基羰基、芳烷羰基等。

  作为氧基羰基(-C=O-OR)的例子,可列举:烷氧基羰基、环烷氧基羰基、烯氧基羰基、炔氧基羰基、芳氧基羰基、杂芳氧基羰基、芳烷氧基羰基等。

  作为羰氧基(-O-C=O-R)的例子,可列举:烷基羰氧基、环烷羰氧基、烯羰氧基、炔羰氧基、芳基羰氧基、杂芳基羰氧基、芳烷羰氧基等。

  作为硫基羰基(-C=O-SR)的例子,可列举:烷基硫基羰基、环烷硫基羰基、烯硫基羰基、炔硫基羰基、芳硫基羰基、杂芳硫基羰基、芳烷硫基羰基等。

  作为羰基硫基(-S-C=O-R)的例子,可列举:烷基羰基硫基、环烷基羰基硫基、烯羰基硫基、炔羰基硫基、芳基羰基硫基、杂芳基羰基硫基、芳烷羰基硫基等。

  作为氨基羰基(-C=O-NHR)的例子,可列举:烷基氨基羰基(例如:C1-C6或C1-C4烷基氨基羰基,其中可例示乙基氨基羰基、甲基氨基羰基等)、环烷基氨基羰基、烯氨基羰基、炔氨基羰基、芳基氨基羰基、杂芳基氨基羰基、芳烷氨基羰基等。除了这些以外,可列举-C=O-NHR中的与N原子结合的H原子进一步被烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷基取代而成的化合物。

  作为羰基氨基(-NH-C=O-R)的例子,可列举:烷基羰基氨基、环烷基羰基氨基、烯羰基氨基、炔羰基氨基、芳基羰基氨基、杂芳基羰基氨基、芳烷羰基氨基等。除了这些以外,可列举-NH-C=O-R中的与N原子结合的H原子进一步被烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷基取代而成的化合物。

  作为氧基羰基氨基(-NH-C=O-OR)的例子,可列举:烷氧羰基氨基、环烷氧羰基氨基、烯氧基羰基氨基、炔氧基羰基氨基、芳氧基羰基氨基、杂芳氧基羰基氨基、芳烷氧基羰基氨基等。除了这些以外,可列举-NH-C=O-OR中的与N原子结合的H原子进一步被烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷基取代而成的化合物。

  作为磺酰氨基(-NH-SO2-R)的例子,可列举:烷基磺酰氨基、环烷磺酰氨基、烯磺酰氨基、炔磺酰氨基、芳基磺酰氨基、杂芳基磺酰氨基、芳烷磺酰氨基等。除了这些以外,可列举-NH-SO2-R中的与N原子结合的H原子进一步被烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷基取代而成的化合物。

  作为氨基磺酰基(-SO2-NHR)的例子,可列举:烷基氨基磺酰基、环烷基氨基磺酰基、烯氨基磺酰基、炔氨基磺酰基、芳基氨基磺酰基、杂芳基氨基磺酰基、芳烷氨基磺酰基等。除了这些以外,可列举-SO2-NHR中的与N原子结合的H原子进一步被烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷基取代而成的化合物。

  作为氨磺酰基氨基(-NH-SO2-NHR)的例子,可列举:烷基氨磺酰基氨基、环烷基氨磺酰基氨基、烯氨磺酰基氨基、炔氨磺酰基氨基、芳基氨磺酰基氨基、杂芳基氨磺酰基氨基、芳烷氨磺酰基氨基等。并且,-NH-SO2-NHR中的与N原子结合的2个H原子可以被独立选自由烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、及芳烷基组成的组中的取代基取代,另外,这些中的2个取代基也可以形成环。

  作为包含S原子的取代基,可列举:硫醇(-SH)、硫基(-S-R)、亚磺酰基(-S=O-R)、磺酰基(-SO2-R)、磺基(-SO3H)等基团。

  作为硫基(-S-R)的例子,可以选自烷基硫基、环烷硫基、烯硫基、炔硫基、芳硫基、杂芳硫基、芳烷硫基等。

  作为磺酰基(-SO2-R)的例子,可列举:烷基磺酰基、环烷磺酰基、烯磺酰基、炔磺酰基、芳基磺酰基、杂芳基磺酰基、芳烷磺酰基等。

  作为包含N原子的取代基,可列举:叠氮(-N3,也称为“叠氮基”)、氰基(-CN)、伯氨基(-NH2)、仲氨基(-NH-R;也称为单取代氨基)、叔氨基(-NR(R′);也称为二取代氨基)、脒基(-C(=NH)-NH2)、取代脒基(-C(=NR)-NR′R″)、胍基(-NH-C(=NH)-NH2)、取代胍基(-NR-C(=NR″′)-NR′R″)、氨基羰基氨基(-NR-CO-NR′R″)、吡啶基、哌啶基、吗啉代、氮杂环丁烷基等基团。

  作为仲氨基(-NH-R;单取代氨基)的例子,可列举:烷基氨基、环烷基氨基、烯氨基、炔氨基、芳基氨基、杂芳基氨基、芳烷氨基等。

  作为叔氨基(-NR(R′);二取代氨基)的例子,可列举例如:烷基(芳烷)氨基等,各自独立地选自烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷等中的具有任意2个取代基的氨基,这些中的任意2个取代基也可以形成环。具体而言,可例示二烷基氨基,其中的C1-C6二烷基氨基、C1-C4二烷基氨基、二甲基氨基、二乙基氨基等。在本说明书中,“Cp-Cq二烷基氨基”指氨基被两个Cp-Cq烷基取代而成的基团,两个Cp-Cq烷基可以相同也可以不同。

  作为取代脒基(-C(=NR)-NR′R″)的例子,可列举N原子上的3个取代基R、R′及R″为从烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷中各自独立地选择的基团,例如烷基(芳烷)(芳基)脒基等。

  作为取代胍基(-NR-C(=NR″′)-NR′R″)的例子,可列举R、R′、R″及R″′为从烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷中从各自独立地选择的基团,或者由这些基团形成环而成的基团等。

  作为氨基羰基氨基(-NR-CO-NR′R″)的例子,可列举R、R′及R″为从氢原子、烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷中各自独立地选择的基团,或者由这些基团形成环而成的基团等。

  在本说明书中,“在环内具有杂原子”是指构成环的原子中含有杂原子,作为这样的基团,可例示:吡啶基等杂芳基、哌啶基、吗啉代基、氮杂环丁烷基等。另外,在上述杂原子为氧原子的情况下,标记为“在环内具有氧原子”等。

  在本说明书中,“翻译氨基酸”或“可翻译的氨基酸”是指“氨基酸”中具有可翻译的侧链的那些。在非限定的一个实施方式中,在本说明书中的氨基酸可以为可翻译的氨基酸。

  在本说明书中,“类药物性”或者“类药物”是指代谢稳定性和膜透过性优异的性质。在本说明书中,“类药物性氨基酸”是指α、β及γ氨基酸,主链氨基(NH2基)的2个氢原子中的1个,或主链亚甲基(-CH2-基)的氢原子中的1个或者2个任选被烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、芳烷基等取代。这些取代基任选进一步被“有助于类药物的取代基”取代。作为类药物性氨基酸,优选例示后述的具有“长侧链”的氨基酸。另外,类药物性氨基酸也可以为:L型氨基酸、D型氨基酸、α,α-二取代氨基酸、N取代氨基酸等。类药物性氨基酸不必一定是可翻译的。在类药物性氨基酸中,包括可对于由“翻译氨基酸”得到的肽的侧链部分(例如在通过D-酪氨酸得到命中化合物的情况下,为在该处化学修饰而成的D型氨基酸,在通过β-丙氨酸得到命中化合物的情况下,为在该处化学修饰而成的β-氨基酸),或由N甲基氨基酸的化学转换实现的N取代部分的结构最优化而化学合成的氨基酸。由于这些氨基酸作为类药物性肽化合物的构成要素起作用,因此选自通过翻译后实施的化学修饰得到的肽化合物倾向成为类药的范围。如以下所述,例如具有氨基烷基的赖氨酸,在氨基不参与翻译后修饰的情况下,不包括在类药物性氨基酸中。然而,在将赖氨酸的氨基作为翻译后修饰的反应性官能团利用的情况下(例如,交叉单元),将赖氨酸单元作为类药物性氨基酸的单元包含。像这样,是否属于“类药物性氨基酸”要根据由翻译后的修饰而进行转换后的官能团进行判断。上述分别定义的取代基中可成为这样的取代基的例子,可列举例如:酯基(-CO-OR)、硫基酯基(-CO-SR)、硫羟基(-SH),或者被保护的硫羟基、氨基(-NH2)、单取代氨基(-NH-R)或者二取代氨基(-NRR′),或者被保护的氨基、取代磺酰氨基(-NH-SO2-R)、烷基硼烷基(-BRR′)、烷氧硼烷基(-B(OR)(OR′))、叠氮基(-N3)、酮酸基(-CO-CO2H)、硫基羧酸基(-CO-SH)、磷酰酯基(-CO-PO(R)(R′))、酰基羟基氨基(-NH-O-CO-R)等。在本申请的一个实施方式中,吲哚骨架和/或取代或未取代的羟苯基不包括在本申请中的类药物性氨基酸中,细节在后进行描述。上述类药物性氨基酸的侧链中包含的不相邻的1个或2个亚甲基,可以被氧原子、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-)取代。

  在本说明书中,作为“有助于类药物的取代基”,可例示例如:卤素(F、Cl、BR、I等)、羟基(-OH)、烷氧基(-OR)、氧基(-OR)、酰胺(-NR-COR′或者-CO-NRR′)、磺酰(-SO2-R)、亚磺酰基(-SOR)、氧基氨基(-NR-OR′)、氨基氧基(-O-NRR′)、氧基羰基(-CO-OR)、硫基羰基(-CO-SR)、硫醇(-SH)、硫基(-SR)、伯氨基(-NH2)、仲氨基(-NHR)或者叔氨基(-NRR′)、磺酰氨基(-NH-SO2-R)、硼烷基(-BRR′)、二氧基硼烷基(-B(OR)(OR′))、叠氮基(-N3)、羧基羰基(-CO-CO2H)、磷酰基羰基(-CO-PO(R)(R′))、羰氧基氨基(-NH-O-CO-R)、羟基氨基(-NR-OR′)、氨基羟基(-O-NRR′)等取代基。

  在本说明书中,“稠环结构”,是指在具有二个或其以上的环的环式化合物中,有多个环共有2个或其以上的原子的环式结构。“2个以上芳环形成的稠环结构”是指在具有二个或其以上的芳环的环式化合物中,有多个芳环共有2个或其以上的原子的环式结构。并不意在于限定,作为稠环结构,可例示:吲哚骨架、苯并呋喃骨架、苯并咪唑骨架、喹啉骨架、二环[4.4.01癸烷等。

  在本说明书中,“取代的羟苯基”是指羟苯基的芳环的至少一个氢原子被取代基取代而成的基团。对该取代基而言,与上述氨基酸侧链中的取代基同样选择,优选例示为卤素,其中,优选氟。并不意在于限定,作为取代的羟苯基,可例示3-氟-4-羟苯基。需要说明的是,在本说明书中的芳环的氢原子中不包括羟苯基中的羟基(-OH)的H。例如,甲氧基苯基不包括在本说明书中的“取代的羟苯基”及“未取代的羟苯基”的任一种中。

  在本说明书中,“未取代的羟苯基”是指不具有取代基的羟苯基。另外,有时也将取代的羟苯基及未取代的羟苯基合称为“取代或未取代的羟苯基”。

  在本说明书中,“不具有取代或未取代的XX基”是指既不具有取代的XX基也不具有未取代的XX基。

  在本说明书中,“杂环基”是指在环内具有至少一个杂原子(例如:N、O、S等)的基团。作为杂原子优选为N或O,杂原子的数量为优选为1个或2个,优选为4~6元环。作为杂环基,优选为例示:吡啶基、哌啶基、吗啉代基及氮杂环丁烷基。

  在本说明书中,“翻译合成”,是指从编码肽部分的核酸(例如:DNA、RNA),而翻译并合成该肽部分。翻译是指通过核糖体的作用以mRNA为模板反复进行酰胺键和/或酯键反应,由此得到直链肽的工序。

  在本说明书中,“翻译后修饰”,是指在翻译后核糖体的作用以外中自动地或利用酶、试剂而产生的化学反应,是指并不意在于限定,可列举例如:脱氨基酸反应、环化反应、脱硫反应、脱保护反应、用于形成直链部的反应。

  在本说明书中,“实质上由~组成”是指在该处列举的成分(可例示:环状肽化合物、氨基酸、核酸等,但不限于这些)为主要的成分,而对于其它成分而言,只要是对在本发明的一个实施方式中的效果不造成负的影响的成分,或为不造成负的影响的量,或实施方式,则可以包含。例如,对该处没有列举的成分(例如:副反应物、未反应物等)而言,只要是对在本发明的一个实施方式中的效果不造成负的影响的成分,或为不造成负的影响的量,或实施方式,则可以包含。

  在本说明书中,“实质上不含~”是指不包含在该处列举的成分(可例示:环状肽化合物、氨基酸、核酸等,但不限于这些),或即使包含,该成分也为对本发明的一个实施方式中的效果不造成负的影响的成分,或不造成负的影响的量或实施方式。例如,只要是对在本发明的一个实施方式中的效果不造成负的影响的成分,或不造成影响的量或实施方式,则可以包含在该处列举的成分。

  在本说明书中,涉及发明效果的上下文中使用的“负的影响”,是指会抵消发明效果的影响。例如,当将原本应该发挥的发明效果作为100%的情况下,可将使该效果成为30%、20%、10%,或5%以下的情况作为存在“负的影响”。

  例如,在根据淘选原本应该得到的命中率为1%的情况下,可将使该命中率成为0.3%以下的情况作为存在负的影响。另外,在根据淘选原本得到的不包含Trp的命中化合物的比例为100%的情况下,可将使不包含Trp的命中化合物的比例成为30%以下的情况作为存在负的影响,但不限于这些。

  肽化合物

  并不意在于限定,在本申请中的“肽化合物”中,包括链状肽化合物、及环状肽化合物。另外,本申请的肽化合物中,包括肽、肽与核酸的复合体(肽-核酸复合体)、肽与核糖体与核酸的复合体等。并不意在于限定,本申请的肽化合物中包括:链状肽、环状肽、链状肽部分与核酸的复合体(链状肽-核酸复合体)、及环状肽部分与核酸的复合体(环状肽-核酸复合体)。在非限定的一个实施方式中,环状肽化合物的环状部是通过将翻译合成后的肽化合物用于环化反应而形成的。在本说明书中,有时将肽本身,或肽-核酸复合体中肽的部分记载为“肽部分”。另外,在本申请中的“核酸”中:包括DNA、mRNA及tRNA。在本说明书中,构成肽化合物的“氨基酸”也称为“氨基酸残基”。在本说明书中,有时将具有的环状部的肽化合物称为“环状肽化合物”。在本说明书中,肽化合物的“环状部”是指2个以上的氨基酸残基发生连接而形成的环状的部分。在本说明书中,述及环状肽化合物的部分结构时使用的“直链部”,是指不包含在环状部的主链结构中的部分,并且在该部分的链上至少具有一个酰胺键和/或酯键。另外,在本说明书中的“肽化合物”中,也可以包括其药学上允许的盐。

  在本说明书中的肽化合物的“肽部分”是指2~100个、3~50个,或4~30个氨基酸通过酰胺键和/或酯键连接而成的部位。其中,在肽部分不包含环状部的情况下,对环化部的结合方式没有特别限定。作为环化部的结合方式,优选例如:酰胺键、碳-碳键、二硫键、酯键、硫酯键、硫醚键、内酰胺键、经由三唑结构的键、经由荧光团结构的键等经由共价键的环化,其中,由于代谢稳定性高,故优选酰胺键。即,在一个实施方式中,本申请中的环状肽化合物优选在环化部具有酰胺键。“环化部的结合方式”,是指通过环化反应而形成了环化的部位的结合方式。

  在本说明书中,“环化反应”是指在肽化合物的肽部分形成环状部的反应。在一个实施方式中,将通过环化反应形成有的环状部的肽化合物进行进一步化学修饰或使其反应而得到的肽化合物,也包括在本申请的肽化合物中。另外,可以在环化反应之前进行化学修饰等。

  方案A为本申请的肽化合物的肽部分的环化反应的一例。白圆(○)单元(交叉单元)、黑圆(●)单元(环状部主链单元)、四边形(■)单元(直链部主链单元)、三角(▲)单元(环化N末端单元)分别指构成肽部分的氨基酸残基。各个单元可以为相同的氨基酸,也可以为不同的氨基酸。

  

  方案A

  在本说明书中,“单元”,是指本申请的链状肽化合物的合成后而环化前的氨基酸、环化之后的氨基酸、环化之后的化学修饰结束的时间点的氨基酸中的任一种。在环化之后的化学修饰结束的时间点的氨基酸残基中,包括例如:由1个tRNA翻译而成的氨基酸残基通过翻译后的化学修饰,而化学转换、骨架转换而成的氨基酸残基。

  在方案A中,环状部为由1个三角单元和8个黑圆单元及1个白圆单元组成的部位,直链部为由6个四边形单元组成的部位。方案A的曲线部分为被环化的部位(在本说明书中,也称为“环化部”或“翻译后环化部”)。

  在一个实施方式中,本申请的肽化合物的肽部分,在方案A中记载的三角单元、交叉单元要求反应性官能团,因此,在环化前的肽化合物中,三角单元、交叉单元不一定必须选择类药物性氨基酸。

  在一个实施方式中,即使在环化前的肽化合物中,三角单元、交叉单元不为类药物性氨基酸的情况而为原本不优选的氨基酸的情况下,也可以通过在环化后进行化学修饰等而使三角单元、交叉单元变为类药物性氨基酸和优选氨基酸。

  在一个实施方式中,本申请的肽化合物的环化前的肽部分的三角单元(环化前N末端单元)中,在氨基附近具有硫羟基的氨基酸残基,可以利用将硫羟基和氨基这两者通过保护基团保护后的那些。

  在一个实施方式中,在本申请的肽化合物的环化前的肽部分的交叉单元中,优选使用在侧链具有可通过与三角单元的氨基酸具有的官能团(第一反应点)反应而环化的官能团(第二反应点)的氨基酸。在交叉单元中,由于主链的氨基及羧基在翻译合成等中用于与其它氨基酸残基形成共价键,且第三官能团对环化是必要的,因此,优选具有合计3个以上的官能团。其中,在环化反应中,优选使用交叉单元的侧链部位的官能团。

  对交叉单元而言,可以导入环化前的肽部分中的任意位置,只要是能够环化的位置即可,优选导入到使得在实施了环化,或者环化之后的翻译后修饰后的环状部的氨基酸的数量为5~20个,或7~20个的位置,更优选导入到使得为5~13个、8~13个的位置,进一步优选导入到使得为8~11个的位置。即,对本申请的肽化合物的交叉单元而言,优选导入到从三角单元起至少4个氨基酸残基(例如:4、5、6、7、8、9或10个氨基酸残基)C末端侧的位置。

  黑圆单元、四边形单元根据氨基酸而选择,优选选自类药物性氨基酸。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物的肽部分可以具有一个以上,或2个以上的直链部,作为直链部的数量,可例示0、1或2个。本申请的环状肽化合物,没有特别限定,可以例如像方案A-1或A-2记载的那样。

  

  在本说明书中,“氨基酸的数量”,是指构成肽的氨基酸残基(氨基酸单元)的数量,是指切割连接氨基酸的酰胺键、酯键、及环化部的键时产生的氨基酸单元的数量。因此,肽化合物或肽部分的氨基酸的数量(也称为构成肽化合物或肽部分的氨基酸的数量),是指切割除了核酸部位以外的在包含环状部及直链部的肽部分的全部中包含的酰胺键、酯键,及环化部的键时产生的氨基酸单元数。

  在本说明书中,“构成环状部的氨基酸”(也称为“环状部的氨基酸”),是指在切割在环状肽化合物的肽部分存在的酰胺键、酯键及环化部的键的情况下产生的氨基酸中,存在于环状部的主链上的氨基酸,而构成直链部的氨基酸不包括在其中。在本说明书中,“构成环状部的氨基酸的数量”是指存在于上述环状部的主链上的氨基酸单元数。

  对在本申请的环状肽化合物中的构成肽部分的氨基酸的数量,没有特别限定,优选为30个以下。为了获得高膜透过性,除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量优选为20个以下、更优选为18个以下、16个以下、15个以下或14个以下,特别优选为13个以下,具体而言,可例示9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个及18个。为了获得高代谢稳定性,除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量优选为8个以上、更优选为9个以上,进一步优选为10个以上,特别优选为11以上。如果考虑膜透过性和代谢稳定性的并存,则除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量优选为5~20个,或7~20个、更优选7~17个、8~16个、9~16个,或10~16个、更优选8~13个、10~15个、11~15个、10~14个、10~13个,或11~14个、特别优选11~13个。

  在本说明书中,“除了核酸连接部以外的肽部分”是指在环状肽-核酸复合体中,除了与核酸连接的直链部(也称为“核酸连接部”)以外的部分。另外,在不具有核酸连接部的肽化合物中,将肽部分整体称为“除了核酸连接部以外的肽部分”。例如,在上述方案A-2中,在直链部1的前端与核酸连接的情况下,除了该直链部1以外的部分,即环状部及直链部2合起来的部分成为“除了核酸连接部以外的肽部分”。因此,在环状肽-核酸复合体中的“构成除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量”或“除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量”,是指从构成肽部分的氨基酸中,除去与核酸连接的直链部的氨基酸以外的部分的氨基酸单元数。作为“除了核酸连接部以外的肽部分”,优选为在环状肽-核酸复合体中除了核酸连接部以外的部分。

  本申请的环状肽化合物的构成环状部的氨基酸的数量没有限制,可列举例如:4个以上、6个以上、7个以上、8个以上、9个以上、10个以上、11个以上、12个以上、20个以下、18个以下、16个以下、15个以下、14个以下、13个以下、12个以下、11个以下、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、及16。如果考虑膜透过性和代谢稳定性的并存,则上述构成环状部的氨基酸的数量优选为5~15个,更优选为5~14个、7~14个或8~14个,更优选8~13个、9~13个、8~12个、8~11个或9~12个,特别优选9~11个。

  在非限定的一个实施方式中,直链部的氨基酸的数量(单元的数量)优选为0~8个、更优选0~5个、更优选为0~3个。需要说明的是,在非限定的一个实施方式中,在本说明书的“直链部”中,存在包括天然氨基酸、非天然氨基酸(包括经化学修饰、骨架转换而成的氨基酸)的情况。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分中包含的非天然氨基酸的数量优选为2个以上、更优选为4个以上、5个以上或6个以上,进一步优选为7个以上,特别优选为8个以上,另外可例示优选为20个以下、15个以下、14个以下、13个以下、12个以下、10个以下、9个以下。作为本申请的环状肽化合物中包含的非天然氨基酸的数量,可例示为构成环状部的氨基酸的数量,或除了核酸连接部以外的肽部分中包含的氨基酸的数量的30%以上、40%以上、50%以上、60%以上、70%以上、80%以上。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分中包含的N取代氨基酸的数量优选为3以上、更优选4个以上、5个以上,或6个以上,进一步优选为7个以上,特别优选为8个以上,另外,优选例示20个以下、15个以下、14个以下、13个以下、12个以下、10个以下、9个以下。作为本申请的环状肽化合物中包含的N取代氨基酸的数量,可例示为构成环状部的氨基酸的数量,或除了核酸连接部以外的肽部分中包含的氨基酸的数量的30%以上、40%以上、50%以上、60%以上、70%以上、80%以上。这里所说的N取代氨基酸,可以优选为N-烷基氨基酸,更优选为N-甲基氨基酸。即,在非限定的一个实施方式中,虽然将上述N取代氨基酸的数量作为N-烷基氨基酸的数量,或N-甲基氨基酸的数量例示,但即使在该情况下,也不否定在除了核酸连接部以外的肽部分包含其它N取代氨基酸。

  并不意在于限定,如后述的实施例所示,在除了核酸连接部以外的肽部分、环状部,或环状部的侧链中包含的芳环的数量或比例,可对环状肽化合物的膜透过性造成影响。即使是不包含色氨酸、酪氨酸残基的环状肽化合物,如果在除了核酸连接部以外的肽部分、环状部或环状部的侧链中包含的芳环的数量或比例超过一定数量,则得到具有高膜透过性的化合物的概率将降低。

  在非限定的一个实施方式中,为了高膜透过性,本申请的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分、环状部,或环状部的侧链中包含的芳环的数量优选为3以下,可例示优选为0、1、2或3,例示优选为0~3、1~3的范围。另外,作为与除了核酸连接部以外的肽部分,或构成环状部的氨基酸的数量相比,除了核酸连接部以外的肽部分、环状部,或环状部的侧链中包含的芳环的数量的比例,优选为40%以下,可例示优选为:35%以下、30%以下、27%以下、25%以下、20%以下。

  在非限定的一个实施方式中,为了高膜透过性,对本申请的环状肽化合物中任选包含的芳环的数量存在限制,因此,优选在作为可有助于与靶分子的结合的部位的环状部的长侧链中具有芳环。即,在一个实施方式中,作为本申请的环状肽化合物的环状部的长侧链中包含的芳环的数量,例示为1、2,或3,可例示1~3或2~3的范围。另外,与本申请的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分、环状部,或环状部的侧链中包含的芳环的数量相比,作为环状部的长侧链中包含的芳环的数量的比例的例子,可例示:30%以上、45%以上、60%以上、80%以上,或100%。

  在本说明书中,“芳环的数量”(也称为“Aromatic Ring Count”(ARC)),是指环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分、环状部,或环状部的侧链中包含的芳环的数量,例如,将苯酚基数做1个,诸如吲哚骨架的二环式稠环数做2个,诸如蒽的三环式稠环数做3个。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物的ClogP优选为4以上、更优选额为5以上、进一步优选6以上、特别优选为8个以上、优选例示为18以下、17以下、16以下,可例示4~18、5~17及6~16。本说明书中的ClogP为用计算机计算的分配系数,可以使用DayLight Chemical Information Systems,Inc.的DayLight Version 4.9计算。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物的ClogP/总aa优选为1.0以上、更优选为1.1以上、进一步优选1.2以上、优选例示为1.8以下、1.7以下、1.6以下、1.5以下,可例示:1.0~1.8、1.0~1.7、1.1~1.6、及1.1~1.5。在本说明书中,“总aa”(也标记为“总AA”),是指构成肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量。例如,环状部包含10个氨基酸,不与核酸连接的直链部包含1个氨基酸的环状肽化合物的总aa为11。在本说明书中,ClogP/总aa通过将ClogP除以总aa而算出。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或其除了核酸连接部以外的肽部分的分子量可以为500~2000。

  在本说明书中,术语“侧链”使用在氨基酸的侧链,或环状肽化合物的环状部的侧链等上下文中,将各个不包含于主链结构中的部分称为侧链。其中,当在环状肽化合物的肽部分结合有核酸的情况下,其核酸部分及核酸连接部不包括在环状部的侧链中。

  在本说明书的氨基酸的侧链中,包括在与氨基酸中包含的碳原子(例如:α、β,或γ-碳原子)结合的链,及与氮原子结合的链。在本说明书中,氨基酸的侧链的长度可以通过以下方法求出。即,可以通过将氨基酸单位的N末端利用乙酰基、C末端利用甲基氨基加帽,通过分子建模软件MOE(Chemical Computing Group公司)的LowModeMD使其产生构象,测定离侧链部位结合的原子(在为天然氨基酸的情况下为α-碳原子(Cα碳))最远的同一侧链的原子(氢原子除外)为止的距离而求出。作为例子,将Phe或nBuGly的侧链的长度的求算方法示于以下。

  

  求算氨基酸侧链的长度的方法,Phe(左)、nBuGly(右)

  另外,在氨基酸侧链与主链结构的一部分形成了环的情况下,变为存在多个与侧链部分结合的原子。在该情况下的侧链的长度,作为针对与各个的侧链部分结合的原子相距最远的侧链的原子(氢原子除外)进行与上述相同的计算,而求出的距离中最长的距离。以Hyp(Et)为例,从氮原子获得的侧链的距离为从Cα碳求出的侧链的距离为因此,Hyp(Et)的侧链的距离作为

  

  求算氨基酸侧链的长度的方法,Hyp(Et)

  将根据上述方法算出的氨基酸的侧链的长度示于表1-1及表1-2。

  [表1-1]

  [表1-2]

  

  在本说明书中,“环状部的侧链”是指不包含在环状肽化合物的环状部的主链结构中的部分。对环状部的侧链的起点(侧链部位结合的原子)没有特别限定,可例示构成环状部的碳原子及氮原子,这之中,作为碳原子,可例示构成环状部的氨基酸的α、β、及γ-碳原子。环状肽化合物的环状部的侧链的长度,可以针对构成环状部的各氨基酸,使用上述氨基酸的侧链的长度的算出方法而算出。在本说明书中的“环状部的侧链”,在其侧链中任选具有酰胺键和/或酯键。例如,在环状肽化合物具有由3个以上的氨基酸构成的直链部(例如:由3个四边形单元构成的方案A-2的直链部2)的情况下,在该直链部不与核酸连接时,该直链部也能够成为“环状部的侧链”。在本说明书中,“肽部分的侧链”是指构成肽部分的氨基酸的侧链。

  在非限定的一个实施方式中,在构成本申请的环状肽化合物的环状部或肽部分的氨基酸中,可以包含至少一个、二个或三个具有长侧链的氨基酸。另外,具有长侧链的氨基酸可以连续地存在,也可以在其间夹有其它氨基酸。本申请的环状肽化合物,在其环状部或肽部分可以包含至少一个、二个,或三个长侧链。在一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,可以在其环状部或肽部分具有长侧链。利用该长侧链,能够具有与靶分子的高结合亲和性。另外,在一个实施方式中,通过适当选择长侧链,由此可以得到在保持与靶分子的结合亲和性的同时,膜透过性高的环状肽化合物。在本说明书中,“长侧链”是指5.4埃以上的长度的侧链。上作为述侧链的长度,优选为5.8埃以上或6.0埃以上、更优选为6.2埃以上、特别优选为6.4埃以上。上述侧链的长度的上限没有特别限定,可例示:20埃以下、15埃以下、13埃以下、12埃以下、11埃以下、10埃以下、9.0埃以下、8.8埃以下、8.5埃以下、及8.0埃以下。作为上述侧链的长度,可例示:5.4~20埃、5.4~15埃、5.4~13埃、5.4~10埃、5.4~9.0埃、6.0~20埃、6.0~15埃、6.0~13埃、6.0~10埃、6.0~9.0埃、6.0~8.5埃、6.0~8.0埃。在一个实施方式中,对“长侧链”而言,更优选(i)在其侧链中不包含酰胺键或包含1个酰胺键的侧链,可以为(ii)在其侧链中不包含酰胺键的侧链。即,在非限定的一个实施方式中,例示优选为在其侧链中不具有2个以上的酰胺键,且在环状部具有长度为6.0~10埃的长侧链的环状肽化合物。本申请的长侧链可以具有芳环,也可以不具有。在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物在环状部包含的至少一种,或两个以上的长侧链中任选具有芳环。

  在本说明书中,对“长侧链”而言,从侧链部位结合的原子(在为天然氨基酸的情况下为α-碳原子)到相距最远的同一侧链的原子(氢原子除外)为止的链上的原子数可以为6以上、7以上、8以上,可以为15以下、13以下、11以下、10以下、9以下、8以下。作为具体的原子数,可例示:6、7、8、9、10、11、12、13、14、及15以下。在数上述“从侧链部位结合的原子到相距最远的同一侧链的原子为止的链上的原子数”时,将侧链部位结合的原子(天然氨基酸的情况下为α-碳原子,例如为n取代氨基酸的情况下为氮原子即可)算入。即,例如在Leu、Phe、Tyr中,分别为4、6、7。

  在非限定的一个实施方式中,在本说明书中长侧链,可以包含以下定义的R1。

  在非限定的一个实施方式中,在本说明书中长侧链,可以为以下通式(I-1)或(I-2)表示侧链。

  

  在本说明书中,

  表示结合点,

  表示与氮或碳原子的结合点,

  表示与碳原子的结合点。

  结合的碳原子可以与结合的碳原子相同,可以不同。

  作为上述B1,优选为单键、任选被取代的C1-C5亚烷基,或C3-C8亚环烷基,该亚烷基或亚环烷基的不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代。在B1为亚烷基的情况下,本说明书的长侧链也由以下通式(I-3)表示。

  -(CH2)n-R1 (I-3)

  [式中,

  n为1~5的整数;

  亚烷基的不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代。]

  作为上述B2,优选为以下通式(I-4)或(I-5)表示的基团。

  

  [式中,

  q为1~3的整数;

  M1表示任选被取代的C1-C4亚烷基,该亚烷基的不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代;

  M2表示氢原子或任选被取代的C1-C4烷基;

  M1和M2任选与它们结合的原子共同形成3~6元环的环状结构,该环状结构任选被C1-C4烷基或卤原子取代,在环内任选具有氧原子。]

  在通式(I-4)中,作为M1和M2与它们结合的原子共同形成3~6元环的环状结构的情况下的具有侧链的氨基酸的部分结构,可例示以下这些。

  

  在非限定的一个实施方式中,本申请的R1可以为,

  (a)苯基,或(b)环内具有1~3个从由氧原子及氮原子组成的组中独立选择的杂原子的4~6元的杂环基,

  其中,(a)及(b)任选具有至少一个从下述A组独立选择的取代基,

  A组:氧代、卤原子、任选被卤原子取代的C1-C4烷基、及C1-C4二烷基氨基(其中,C1-C4烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代),

  或,

  (c)以下通式(II)、(III),或(IV):

  

  [式中,

  X1表示单键,或任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基;

  X2表示单键,或任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基;

  Y1表示单键、氧原子、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-);

  Y2表示单键、任选被C1-C4烷基取代的C1-C2亚烷基、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-);

  Z1表示单键、任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的亚甲基,或氧原子;

  R2及R3各自独立地表示氢原子、C1-C6烷基、C2-C4烯基,或C2-C4炔基,其中,该C1-C6烷基任选被卤原子取代,另外,该C1-C6烷基中不相邻的1个或2个亚甲基也任选被氧原子取代;

  R2及R3,或R2及X1任选与它们结合的原子共同形成4~6元环的环状结构,在该情况下,该环状结构任选被C1-C4烷基或卤原子取代,环内任选具有氧原子,该环状结构任选是部分不饱和的;

  R4表示C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基,或C1-C6烷酰基;

  R5表示氢原子、C1-C6烷基、C2-C6烯基,或C2-C6炔基,R4和/或R5的C1-C6烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代;

  R4及R5,或R5及X2任选与它们结合的原子共同形成4~6元环的环状结构,在该情况下,该环状结构任选被C1-C4烷基或卤原子取代,环内任选具有氧原子,该环状结构任选是部分不饱和的,

  R6、R7、R8、R9、及R10各自独立地表示氢原子、卤原子、C1-C4烷基、C2-C4烯基,或C2-C4炔基,该C1-C4烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代。

  B组:卤原子、C1-C4烷基、及C1-C2烷氧基]。

  在一个实施方式中,在上述M1和M2与它们结合的原子共同形成环状结构的情况下的R1,除了上述以外,还可以为选自由卤原子,任选被取代的C1-C4烷基、及C1-C4烷氧基组成的组的基团。

  在非限定的一个实施方式中,上述通式(II)的Y1优选为氧原子,作为X1为任选被取代的C1-C2亚烷基,其中优选为未取代的C1-C2亚烷基,R2及R3各自独立,优选为氢原子或C1-C6烷基,其中,该C1-C6烷基优选被卤原子取代。

  在非限定的一个实施方式中,在上述通式(III)的R5为氢原子的情况下,Y2为单键、羰基或磺酰基,其中优选为羰基,X2为任选被取代的C1-C2亚烷基,其中优选为未取代的C1-C2亚烷基,Z1优选为氧原子。

  在非限定的一个实施方式中,上述通式(III)的R5为C1-C6烷基,且不形成环状结构的情况下,Y2为单键、任选被取代的C1-C2亚烷基、羰基或磺酰基,其中优选为未取代的C1-C2亚烷基或羰基,X2优选为为单键、任选被取代的C1-C2亚烷基,或未取代的C1-C2亚烷基,Z1优选为单键、任选被取代的亚甲基,或未取代的亚甲基。

  在非限定的一个实施方式中,上述通式(III)的R4及R5与它们结合的原子共同形成4~6元环的环状结构的情况下,该环内任选具有氧原子,该环状结构任选被一个或二个以上的C1-C4烷基和/或卤原子取代,X2优选为单键、任选被取代的C1-C2亚烷基,或未取代的C1-C2亚烷基,Y2为单键、任选被取代的C1-C2亚烷基,其中优选为未取代的C1-C2亚烷基,Z1优选为单键、任选被取代的亚甲基,未取代的亚甲基,或氧原子。

  在非限定的一个实施方式中,在上述通式(III)的R5及X2与它们结合的原子共同形成4~6元环的环状结构的情况下,该环内任选具有氧原子,该环状结构任选被一个或二个以上的C1-C4烷基和/或卤原子,Y2为单键,或任选被取代的C1-C2亚烷基,其中优选为未取代的C1-C2亚烷基,Z1优选为为氧原子,R4优选为C1-C4烷基。

  在非限定的一个实施方式中,上述通式(IV)的R6、R7、R8、R9、及R10各自独立,优选为氢原子、卤原子、甲基或乙基。作为卤原子,优选为F或Cl,更优选为F。

  在非限定的一个实施方式中,作为上述R1中(a)苯基具有取代基的情况下的取代基,优选为卤原子、C1-C4卤烷基或C1-C4二烷基氨基,其中,优选为F、Cl、氟甲基(三氟甲基、二氟甲基等)或二甲基氨基。在选择多个取代基的情况下,它们可以相同也可以不同。

  在非限定的一个实施方式中,在上述R1中,作为在环内具有1~3个从(b)由氧原子及氮原子组成的组中独立选择的杂原子的4~6元的杂环基,优选为吡啶基、哌啶基、吗啉代基,或氮杂环丁烷基,这些基团任选具有至少一个从以下A组独立选择的取代基:

  A组:氧代、卤原子、任选被卤原子取代的C1-C4烷基、及C1-C4二烷基氨基(其中,C1-C4烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代)。

  作为卤原子,优选为F及Cl,作为任选被卤原子取代的C1-C4烷基,更优选为氟甲基(三氟甲基,二氟甲基等)、甲基及乙基,作为C1-C4二烷基氨基,例示优选为二甲基氨基。在选择多个取代基的情况下,它们可以相同也可以不同。

  在非限定的一个实施方式中,作为本申请中任选被取代的苯基,可例示:未取代的苯基,被1~5个、优选为1~3个卤原子取代的苯基(卤苯基)、任选为被卤原子取代的C1-C4烷基(C1-C4烷基,或C1-C4卤烷基)进行了取代的苯基(C1-C4烷基苯基,或C1-C4卤代烷基苯基)、二烷基氨基苯基。具体而言,可例示:氯苯基(例如:2、3,或4-氯苯基)、二氯苯基、三氯苯基、氟苯基(例如:2、3,或4-氟苯基)、二氟苯基、三氟苯基、氟甲基苯基(例如:三氟甲基苯基、二氟甲基苯基)、及二甲基氨基苯基。

  在非限定的一个实施方式中,作为本申请中任选被取代的吡啶基,可例示:未取代的吡啶基、氯吡啶基(例如:2-、3-,或4-氯吡啶基)、氟吡啶基(例如:2-、3-,或4-氟吡啶基)、甲基吡啶基、乙基吡啶基、及二甲基氨基吡啶。

  在非限定的一个实施方式中,作为本申请任选被取代的哌啶基,可例示:未取代的哌啶基、氯哌啶基(例如:2-、3-,或4-氯哌啶基)、二氯哌啶基(例如:2,2-、3,3-,或4,4-二氯哌啶基)、氟哌啶基(例如:2-、3-,或4-氟哌啶基)、二氟哌啶基(例如:2,2-、3,3-,或4,4-二氟哌啶基)、甲基哌啶基、乙基哌啶基。

  在非限定的一个实施方式中,作为本申请任选被取代的吗啉代基,可例示:未取代的吗啉代基、氯吗啉代基(例如:2-,或3-氯吗啉代基)、氟吗啉代基(例如:2-,或3-氟吗啉代基)、甲基吗啉代基、及乙基吗啉代基。

  在非限定的一个实施方式中,作为本申请任选被取代的氮杂环丁烷基,可例示:未取代的氮杂环丁烷基、氯氮杂环丁烷基(例如:1-、2-,或3-氯氮杂环丁烷基)、氟氮杂环丁烷基(例如:1-、2-,或3-氟氮杂环丁烷基)、甲基氮杂环丁烷基(例如:1-、2-,或3-甲基氮杂环丁烷基、N-甲基氮杂环丁烷基)、及乙基氮杂环丁烷基(例如:1-、2-,或3-乙基氮杂环丁烷基)。

  在本说明书中,对“长侧链”没有特别限定,将具有该长侧链的氨基酸例示于表2-1~表2-6。并不意在于限定,作为本说明书的长侧链的优选的实施方案,例示这些氨基酸的侧链部分(在1个氨基酸中存在2个以上的侧链的情况下,为最长的侧链部分)。

  [表2-1]

  

  [表2-2]

  

  [表2-3]

  

  [表2-4]

  

  [表2-5]

  

  [表2-6]

  

  在非限定的一个实施方式中,为了本申请的环状肽化合物实现高膜透过性,优选不具有对膜透过性造成负的影响的侧链。在一个实施方式中,即使在环化前的肽化合物中,包含对上述膜透过性造成负的影响的侧链的情况下,只要在环化之后的环状肽化合物中不包含这样的侧链,则也能够实现高膜透过性。因此,在一个实施方式中,可以通过例如在环化反应后进行化学修饰等,由此得到不具有对膜透过性造成负的影响的侧链的环状肽化合物。另外,在非限定的一个实施方式中,在得到了能够与靶分子特异性结合的环状肽化合物后的最优化的工序中,可以进行用于提高膜透过性的化学修饰等,在此时也可以对对膜透过性造成负的影响的侧链进行变更。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物可以为,在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链中不具有选自由以下(A)~(D)组成的组中的至少一个的环状肽化合物:(A)吲哚骨架;(B)2个以上芳环形成的稠环结构;(C)未取代的羟苯基;及(D)取代的羟苯基。之中,优选为在环状部的侧链中不具有上述(A)、(C)及(D)的环状肽化合物,更优选为在环状部的侧链中不具有上述(B)、(C)及(D)的环状肽化合物。需要说明的是,在非限定的一个实施方式中,上述环状部的侧链可以为环状部的长侧链。在非限定的一个实施方式中,上述“2个以上芳环形成的稠环结构”可以为“稠环结构”。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物可以为,在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链中不具有选自由以下(A)及(B)组成的组中的至少一个,或两者的环状肽化合物:(A)甲硫基;及(B)硫羟基。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物为了实现高膜透过性,优选在其除了核酸连接部以外的肽部分或环状部中不具有中性(例如pH=7.0)且极度电离的官能团。本说明书中使用的pKa,在没有另外说明的情况下指实测值的pKa。另外,将利用后述的ADMETPredictor求出的pKa值称为计算pKa。本说明书中使用的碱性pKa,在没有另外说明的情况下指实测值的碱性pKa。另外,将利用后述的ADMETPredictor求出的碱性pKa值称为碱性计算pKa。

  pKa及碱性pKa的测定可以通过常规方法求出。可以通过例如实验化学讲座5“热的测定及平衡”,460页(日本化学会编,丸善株式会社发行)所述的方法等测定。更具体而言,可以利用实施例中记载的方法进行测定。另外,在制备测定的氨基酸的侧链的pKa值、及碱性pKa值受到其它官能团的影响而难于求出时,可以以能够仅测定目标的官能团的pKa、及碱性pKa的测定的方式,将适当的其它官能团利用保护基等保护后而测定。

  在非限定的一个实施方式中,在本申请的环状肽化合物在环状部具有酸性侧链的情况下,其酸性侧链的pKa优选为3.5以上、更优选3.9以上、更优选4.5以上、更优选5.0以上、更优选5.5以上、更优选5.7以上、优选为10以下。作为上述pKa,例示优选3.5~10、3.9~10、4.5~10、5.0~10,或5.5~10、5.7~10的范围。如果将这些pKa用计算值进行表示,则,计算pKa优选为3.5以上、更优选4.5以上、优选为5.0以上、优选为5.4以上、优选为8.0以上、优选为8.3以上、优选为10以下。作为上述计算pKa,例示优选为3.5~10、4.5~10、5.0~10、5.4~10、8.0~10,或8.3~10的范围。

  在非限定的一个实施方式中,在本申请的环状肽化合物在环状部具有碱性侧链的情况下,其碱性侧链的碱性pKa优选为10以下、更优选为9.5以下、更优选9.0以下、更优选8.5以下、更优选7.5以下、更优选7.2以下,特别优选6.5以下、优选为4.0以上。作为上述碱性pKa,例示优选为4.0~10、4.0~9.5、4.0~9.0、4.0~8.5、4.0~7.5、4.0~7.2、4.0~6.5的范围。这些碱性pKa用计算值进行代表,则,碱性计算pKa优选为10以下、更优选9.5以下、优选为9.0以下、优选为8.8以下、优选为8.6以下、优选为8.5以下、优选为7.5以下、优选为6.5以下、优选为4.0以上。作为上述碱性计算pKa,例示优选为4.0~10、4.0~9.5、4.0~9.0、4.0~8.8、4.0~8.6、4.0~8.5、4.0~7.5、4.0~6.5的范围。

  在本说明书中,“酸性侧链”是指pKa为10以下的侧链,“碱性侧链”是指碱性pKa为4以上的侧链。在本说明书中,将pKa超过10的侧链、碱性pKa低于4的侧链定义为中性的侧链。

  在本说明书中,氨基酸的侧链,或环状肽化合物的环状部的侧链的计算pKa及碱性计算pKa,可以使用ADMET Predictor(Simulations Plus Inc.,ver.8.0)求出。对计算pKa及碱性计算pKa而言,使用从侧链β位(直接与主链结合的碳)抽去侧链部分的部分结构而计算。作为例子,以下示出Lys的情况。使用包含侧链β位(直接与主链结合的碳)的部分结构计算碱性计算pKa时为10.5。同样地计算时,作为酸,Asp的侧链羧基的计算pKa为4.3,Tyr的侧链酚性羟基的计算pKa为9.9,3-氟酪氨酸(Tyr(3-F))的侧链酚性羟基的计算pKa为8.7、四唑基的计算pKa为3.7。另一方面,作为碱,Arg的侧链胍基的碱性计算pKa为12.7,His的咪唑基的碱性计算pKa为7.6、吡啶基的碱性计算pKa为5.4。选自由本申请的氨基酸的侧链、环状肽化合物的环状部的侧链、长侧链、及碱性侧链组成的组中的至少一个侧链,可以为不具有质子供体的侧链。

  

  将具有利用本说明书中记载的方法进行了计算碱性pKa的计算的碱性侧链的氨基酸的一部分示于下表。

  [表33]

  

  将具有利用本说明书中记载的方法进行了pKa的计算的酸性侧链的氨基酸的一部分示于下表。

  [表34]

  

  在非限定的一个实施方式中,本申请的肽化合物可以接受翻译后修饰。翻译后修饰可以在环化前,和/或环化后进行。作为翻译后修饰而言,没有特别限定,可例示:脱氨基酸反应、环化反应、脱硫反应、脱保护反应、用于形成直链部的反应。

  并不意在于限定,作为本说明书中的脱氨基酸反应,可列举:除去N末端的氨基酸的反应。作为N末端的氨基酸,可以是翻译起始氨基酸,具体而言,可例示:fMet(甲酰甲硫氨酸)、fNle(甲酰基亮氨酸)、Met及Nle。在一个实施方式中,作为除去肽化合物的N末端氨基酸的反应,可列举:利用肽脱甲酰酶(PDF),和/或甲硫氨酸氨肽酶(MAP)进行处理的反应。

  肽-核酸复合体

  在一个实施方式中,本申请的肽化合物可以为肽与核酸的复合体(肽-核酸复合体)。肽-核酸复合体,可以利用肽部分的C末端侧与核酸结合而形成复合体。对肽与核酸的结合方式没有特别限定,可以经由接头(间隔序列)结合。在一个实施方式中,与肽部分形成复合体的核酸可以为DNA或RNA,优选为RNA,特别优选为mRNA。在一个实施方式中,与肽形成复合体的核酸,可以为在肽部分的翻译合成中使用的模板,作为模板优选为mRNA。作为更具体的一个实施方式,优选例示作为模板的mRNA的3′末端,经由包含作为氨基酰tRNA的类似物的抗生素嘌呤霉素等的接头(间隔序列),而与肽部分的C末端连接而成的肽化合物。

  肽化合物的细胞膜透过性

  在本说明书中,“细胞膜透过性”也被称为“膜透过性”。作为药物等的膜透过性的测定方法,已有报道使用了人结肠癌细胞株Caco-2细胞的方法(也称为“常规方法”。Artursson,P.,2001.Adv Drug Deliv Rev 46,27-43.;Mason,A.K.,2013.Drug MetabDispos 41,1347-1366.;Polli,J.W.,2001.J Pharmacol Exp Ther 299,620-628.;Sun,H.2008.Expert Opin Drug Metab Toxicol 4,395-411.)。该方法为向细胞培养的Caco-2细胞层的管腔侧(顶侧)添加测定对象物质(也称为“被测物质”)后,基于从转移到基底膜侧(底侧)的被测物质量而算出的膜透过系数(Papp),从而测定被测物质的膜透过性的方法(参考图1)。已经明确的是,在这样的实验中进行评价的Caco-2细胞的透过性于在人类中的口服吸收率是相关的,能够从这种相关中预测在人类中的口服吸收率。通过将Caco-2细胞在一定的条件下进行培养而形成单层膜,药物相对于该单层膜的透过性与人的口服吸收率呈良好相关,由此作为在体外的口服吸收性评价方法而广泛使用。然而,像下面阐述的这样,利用该常规方法,难以正确地测定脂溶性高药物等的膜透过性。

  在使用了Caco-2细胞的膜透过性试验中,作为使用以下的数学式1计算膜透过系数(Papp)时的前提条件,是假设可忽视药物的细胞内分布、底侧的药物浓度直线性增加、已经透过的药物不再回到细胞内(即沉没条件)、顶侧的浓度变化较小、不考虑药物在细胞内的蓄积等的(Bhoopathy,S.,et al 2014.Methods Mol Biol 1113,229-252.;Knipp,g.T.,et al 1997.J Pharm Sci 86,1105-1110.;Korzekwa,K.R.,et al 2012.Drug MetabDispos 40,865-876.;Sun,H.,et al 2008.Drug Metab Dispos 36,102-123.)。

  [数学式1]

  

  dQ/dt为药物的透过速率,(每单位时间在底侧出现的药物量),

  S为细胞全体的表面积,C1(0)为顶侧的药物添加浓度。

  但是,已有报道存在不适用于使用上述数学式1计算出Papp时的前提条件的化合物。例如:尾关等报道了对于利用被动扩散进行膜透过的药物(阿替洛尔、美托洛尔、普萘洛尔)及P糖蛋白质(P-gp)的底物(地高辛、环孢菌素、维拉帕米)实施了使用了Caco-2细胞的膜透过性试验,对顶侧、细胞内、底侧的浓度推移进行评价,结果是对于美托洛尔及普萘洛尔,通过培养120分钟,顶侧的浓度分别减少了约20%及约40%(Ozeki K.,et al 2015,IntJ Pharm.495,963-971.)。

  即,提示顶侧的浓度变化较大。另外,普萘洛尔、环孢菌素、维拉帕米在培养结束时,添加的药物有约8%分布在细胞内,提示有细胞内蓄积。并且,可知在环孢菌素的底侧浓度推移中存在滞后时间(直线区域的近似直线与x轴的交点)(Ozeki K.,et al 2015,Int JPharm.495,963-971.),在至直线部分开始前的时间(滞后时间的3倍),在顶侧添加药物而从底侧进行取样的试验(A至B)、及在底侧添加药物而从顶侧取样的试验(B至A)任一中均超过300分钟,在120分钟的培养时间内不存在直线区域。即,提示底侧的药物浓度不是直线性增加的。仅根据在A至B试验中的120分钟后的底侧浓度而使用数学式1算出的Papp,与追加了细胞内分布的模型的最合适值算出的Papp相比,评价为小超过5倍。其理由经考察为由于环孢菌素与细胞内基质强力结合,因此在底侧的出现较晚(Ozeki K.,et al 2015,Int JPharm.495,963-971.)。另外,已有报道Papp值为2.5×10-5cm/秒的化合物中,在120分钟的培养时间内,直线区域结束(也称为“到顶”)。并且,由于ClogP较大的药物与细胞内基质强力结合,所以直线区域的开始较慢,因此,提示利用常规方法准确地评价脂溶性高的药物的Papp是困难的(图2)。

  因此,为了测定肽化合物,特别是环状肽化合物的膜透过性,开发了常规方法的改良方法。像实施例所示那样,通过使用该改良方法,即本申请中的膜透过性的测定方法,由此实现能够准确地测定肽化合物的膜透过性。需要说明的是,能够利用相同改良方法测定的被测物质并不限于肽化合物。

  在常规方法中,不经过使被测物质混杂存在状态下的预培养工序而进行膜透过性的测定。在常规方法中,虽然为了适应缓冲液,有在膜透过性的测定前进行短时间的培养,但这并不是在使被测物质混杂存在的状态下的培养,因此,与本申请中的预培养是不同的。

  本申请中的膜透过性的测定方法(也称为“本申请的测定方法”),在非限定的一个实施方式中,包括使Caco-2细胞和被测物质混杂存在而进行预培养的工序。本申请的测定方法中的“预培养”、“进行预培养”是指在膜透过性的测定工序前,使Caco-2细胞与被测物质混杂存在而进行培养。在本说明书中,“使Caco-2细胞与被测物质混杂存在进行(预)培养”,只要是在(预)培养期间存在Caco-2细胞与被测物质为共存的状态即可,没有特别限定,可通过例如:将Caco-2细胞与被测物质在培养基中混合,开始培养而进行。另外,以Caco-2细胞层的一个侧面与包含被测物质的溶液相接的方式配置,该Caco-2细胞层的另一面与不包含上述被测物质的溶液相接的方式配置,并培养给定时间即可。在本说明书中,只要没有特别说明,在开始预培养的时刻顶侧的溶液添加被测物质,在底侧的溶液中不添加被测物质。

  在本申请的测定方法的非限定的一个实施方式中,可以是在预培养时在Caco-2细胞层的顶侧配置包含被测物质的溶液并进行培养,也可以与此相反。对本申请的测定方法中的预培养时间没有特别限定,可列举例如:2小时以上、4小时以上、6小时以上、8小时以上、12小时以上、18小时以上、20小时以上、24小时以上。对于预培养时间的上限,只要不对膜透过性的测定造成影响即可,没有限制,优选为对Caco-2细胞没有产生损伤的时间,可列举例如:72小时以下、48小时以下、36小时以下、30小时以下、26小时、24小时以下。

  在本说明书中,“预培养溶液”是指预培养时与Caco-2细胞接触的溶液。对本申请的测定方法的预培养溶液没有特别限定,但从不由预培养对Caco-2细胞产生损伤的方面,优选使用培养基。即,本对申请中的预培养而言,使Caco-2细胞与培养基接触即可。在本说明书中,“不对Caco-2细胞产生损伤”,可以通过测定Caco-2细胞的跨上皮电阻(TEER)而确认。在本说明书中,与预培养前的初期值相比,只要测定时间点的TEER值为70%以上、优选为80%以上,就判断为在测定时间点不对Caco-2细胞产生损伤。TEER可以通过本领域技术人员公知的方法测定。

  在非限定的一个实施方式中,在本申请的测定方法的预培养中,作为预培养溶液可以使用培养基。在一个实施方式中,在本申请的预培养中,顶侧的预培养溶液为培养基即可。在一个实施方式中,作为预培养溶液,可以仅在顶侧,或仅在底侧使用培养基、也可以在两侧使用培养基,优选至少在顶侧使用培养基。在一个实施方式中,优选使Caco-2细胞的顶侧的预培养溶液中包含被测物质。在本说明书中,对培养基没有特别限定,优选为不对Caco-2细胞产生损伤的培养基,更优选为细胞培养培养基,进一步优选为含有非必需氨基酸的培养基。作为培养基,具体而言,例示Dulbecco改良Eagle培养基(DMEM)、MEM、RPMI1640培养基,其中优选DMEM。在一个实施方式中,可以在培养基中添加其它成分,作为可添加成分,没有特别限定,可例示有机溶剂、增溶剂等,具体而言,可例示:禁食状态模拟肠和胃液(FaSSIF)、二甲基亚砜(DMSO)、二甲基乙酰胺(DMA)、甲醇、乙腈、表面活性剂、Tween等。在本说明书中,对“培养基为DMEM”等记载而言,不排除在培养基中包含其它成分。顶侧和底侧的培养基和/或添加成分可以相同也可以不同。作为顶侧的培养基,例示优选为FaSSIF与DMEM的混合培养基,作为底侧的培养基,例示优选为DMEM。在非限定的一个实施方式中,对预培养溶液的pH没有特别限定,可例示pH 5.0~8.0。作为预培养的温度,可例示:5~45℃、优选为20~40℃、更优选为37℃。

  本申请的测定方法中包括膜透过性的测定工序。在该工序中,可以通过如下测定被测物质的膜透过性:以Caco-2细胞层的一个侧面与包含被测物质的溶液相接的方式配置,该Caco-2细胞层的另一面与不包含上述被测物质的溶液相接的方式配置,经过给定时间后,测定上述另一面侧的溶液中的上述被测物质的量和/或测定上述一个侧面侧的溶液中的上述被测物质的量。

  在本申请的测定方法中,上述“膜透过性的测定工序”可以基于常规方法进行。在一个实施方式中,在预培养的工序后,吸除顶侧及底侧的预培养溶液,向顶侧添加包含被测物质的溶液,向底侧添加不包含被测物质的溶液,可以测定膜透过性。在膜透过性的测定工序中,例如向顶侧包含被测物质的FaSSIF及Hanks′平衡盐溶液(HBSS)的混合溶液(包含1%DMSO)(pH 6.0),向底侧添加HBSS(4%BSA)(pH 7.4),在37℃的条件下培养,经过给定时间后利用LC/MS测定底侧的被测物质量,根据该透过量计算出膜透过系数,由此可以测定膜透过性。

  对通过本申请的测定方法进行测定的化合物(被测物质),没有特别限定,可例示利用常规方法难于进行膜透过性的准确测定的脂溶性高的化合物。作为脂溶性高的化合物,可列举例如:ClogP为3以上、4以上、5以上、6以上、8以上的化合物。另外,作为脂溶性高的化合物,可列举例如:ClogP/总aa为0.8以上、1.0以上、1.1以上、1.2以上、1.3以上的化合物。在非限定的一个实施方式中,被测物质为肽化合物、优选为环状肽化合物即可。

  在非限定的一个实施方式中,通过利用本申请的测定方法测定多个被测物质的膜透过性,基于由此得到的膜透过性的数据,能够从上述多个被测物质中选择具有期望的膜透过性的被测物质。即,在本说明书中,公开了使用了本申请的测定方法的被测物质的筛选方法。

  在非限定的一个实施方式中,通过使用了本申请的测定方法的被测物质的筛选方法,能够选择具有作为为了药物的开发而追求的水平的膜透过性的被测物质。此时使用的标准,可以根据靶分子在活体内的存在位置、施用路径等筛选的目标而选择,作为膜透过系数(Papp),可例示:5.0×10-7cm/秒以上、8.0×10-7cm/秒以上、9.0×10-7cm/秒以上、1.0×10-6cm/秒以上、3.0×10-6cm/秒以上。需要说明的是,在本说明书中,有时将“10-n”记载为“E-n”(例如:有时将1.0×10-6记载为1.0E-6或1.0E-06)。

  根据本申请的测定方法(改良方法),能够适当评价利用常规方法难于评价的脂溶性高的被测物质的膜透过性。因此,即使在脂溶性高的被测物质中,也能够实现使用与以往相同的基准而筛选被测物质。例如,通过使用本申请的测定方法,能够与以往同样地,可以作为Papp将1.0×10-6cm/秒以上设定能够作为口服药开发的基准(P.Arturssonand J.et al1991,Biochem Biophys Res Commun.175,880-885.)。

  在非限定的一个实施方式中,利用本申请的筛选方法选择的被测物质可以为肽化合物,特别优选为环状肽化合物。在非限定的一个实施方式中,利用上述筛选方法选择具有期望的性质的肽化合物之后,能够基于被选择的肽化合物的氨基酸序列制造具有期望的性质的肽化合物。

  本申请中也提供包含在上述本申请的测定方法中的预培养方法。即,本申请在一个侧面中提供膜透过性的测定的预培养方法。本申请的预培养方法的说明、例示、优选范围、实施方式等如上述所述。

  作为本申请的膜透过性的测定方法的非限定性的实施方式,可列举以下:

  <1>使用Caco-2细胞的被测物质的膜透过性的测定方法,包括使Caco-2细胞与该被测物质混杂存在而进行预培养的工序;

  <2>使用了Caco-2细胞的被测物质的膜透过性的测定方法,包括使Caco-2细胞与该被测物质混杂存在而预培养2小时以上的工序;

  <3>根据<1>或<2>中记载的方法,其包括使Caco-2细胞与该被测物质混杂存在而预培养4小时以上的工序;

  <4>根据<1>~<3>中任一项所述的方法,其包括使Caco-2细胞与被测物质混杂存在而预培养6小时以上的工序;

  <5>根据<1>~<4>中任一项所述的方法,其包括使Caco-2细胞与被测物质混杂存在而预培养8小时以上的工序;

  <6>根据<1>~<5>中任一项所述的方法,其包括使Caco-2细胞与被测物质混杂存在而预培养12小时以上的工序;

  <7>根据<1>~<6>中任一项所述的方法,其包括使Caco-2细胞与被测物质混杂存在而预培养24小时以上的工序;

  <8>根据<1>~<7>中任一项所述的方法,其中,在上述进行预培养的工序中的预培养时间为48小时以下;

  <9>膜透过性的测定的预培养方法,其包括使Caco-2细胞与被测物质混杂存在而培养4小时以上;

  <10>根据<9>中所述的方法,其包括使Caco-2细胞与被测物质混杂存在而培养24小时以上;

  <11>根据<1>~<8>中任一项所述的方法,其中,上述预培养使Caco-2细胞与培养基接触而进行;

  <12>根据<11>中记载的方法,其中,上述培养基为细胞培养培养基;

  <13>根据<11>中记载的方法,其中,上述培养基为DMEM;

  <14>根据<1>~<13>中任一项所述的方法,其中,上述被测物质为ClogP为3以上的物质;

  <15>根据<1>~<14>中任一项所述的方法,其中,上述被测物质为肽化合物;

  <16>根据<1>~<15>中任一项所述的方法,其中,上述被测物质为环状肽化合物;

  <17>根据<1>~<16>中任一项所述的方法,其进一步包括以下工序:

  通过如下测定被检物质的膜透过性的工序:以Caco-2细胞层的一个侧面与包含被检物质的溶液相接的方式配置,该Caco-2细胞层的另一面与不包含上述被检物质的溶液相接的方式配置,经过给定时间后,测定上述另一面侧的溶液中的上述被检物质的量和/或上述一个侧面侧的溶液中的上述被检物质的量;

  <18>被测物质的筛选方法,包括以下工序:

  (a)利用<1>~<17>中任一项所述的方法测定多个被测物质的膜透过性的工序;及

  (b)基于(a)中得到的膜透过性的数据,从上述多个被测物质中选择期望的被测物质的工序;

  <19>根据<18>所述的方法,其中,上述(b)工序包括选择膜透过系数(Papp)为1.0×10-6cm/秒以上的被测物质;

  <20>肽化合物的制造方法,包括以下工序:

  (i)利用<1>~<17>中任一项所述的方法测定多个肽化合物的膜透过性的工序;及

  (ii)基于(i)中得到的膜透过性的数据,从上述多个肽化合物中选择期望的肽化合物的工序;

  (iii)基于(ii)中选择的肽化合物的氨基酸序列而制造肽化合物的工序。

  <21>利用<20>所述的方法制造的肽化合物。

  本申请的肽化合物的膜透过性能够利用本申请的膜透过性的测定方法测定。即,可以通过以下方法进行测定。作为顶侧的培养基而添加包含1%DMSO的FaSSIF和DMEM的混合培养基,作为底侧的培养基添加DMEM,在5%CO2,37℃,80rpm的条件下,将Caco-2细胞与肽化合物预培养20~24小时。之后,吸除并洗涤顶侧及底侧的培养基,使顶侧的包含1%DMSO的FaSSIF/HBSS缓冲液(1%DMSO)(pH 6.0)中包含肽化合物,向底侧添加包含4%BSA的HBSS缓冲液(pH 7.4),开始膜透过性的测定。各孔以5%CO2,37℃,80rpm震荡,在开始约180分钟后提取底侧的样品。利用LC/MS测定该样品中的肽化合物量,根据该透过量计算出膜透过系数。在根据透过量计算出膜透过系数(Papp)时,可以利用上述数学式1。

  在非限定的一个实施方式中,在测定本申请的肽化合物的膜透过性时,优选将不具有作为肽部分的模板的核酸部分的肽化合物作为被测物质。在一个实施方式中,如后所述,可以以肽-核酸复合体的状态进行淘选后,选择能够与靶分子特异性结合的肽-核酸复合体,基于其核酸部分的碱基序列而合成肽化合物。优选例示将像这样合成的肽化合物作为被测物质而进行膜透过性的测定。在一个实施方式中,可以合成上述碱基序列编码的肽化合物的衍生物,将其作为被测物质而进行膜透过性的测定,也可以基于膜透过性的结果而从被测物质合成衍生物,测定针对该衍生物的膜透过性。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物的Papp优选为5.0×10-7cm/秒以上、8.0×10-7cm/秒以上、更优选9.0×10-7cm/秒以上,进一步优选1.0×10-6cm/秒以上,特别优选3.0×10-6cm/秒以上。

  在本说明书中,对“膜透过系数(Papp)”而言,只要没有特别说明,为使用本申请的膜透过性的测定方法(改良方法)测定的值,更具体而言,为使用实施例中记载的膜透过性试验的改良方法而测定的值。

  肽化合物的代谢稳定性

  在非限定的一个实施方式中,本申请的肽化合物为优选具有良好的代谢稳定性。为了良好的代谢稳定性,优选肽化合物中包含的氨基酸的数量为8个以上、更优选9个以上,进一步优选11个以上。另外,在一个实施方式中,优选不具有具有容易被氧化的可能性的硫醚键。另外,在一个实施方式中,由于容易被氧化而可能成为代谢稳定性的妨碍,优选不具有甲硫基。

  核酸

  在非限定的一个实施方式中,作为本申请中的核酸,例示优选为编码本申请的肽化合物的核酸。该核酸可以与肽部分连接,也可以不连接。在连接的情况下,可以经由间隔序列、接头连接。在一个实施方式中,“编码肽化合物的核酸”是指翻译合成该肽化合物时使用的/使用了的模板的核酸。

  文库

  在本申请的文库中,包括包含本申请的肽化合物的文库,及包含编码本申请的肽化合物的核酸文库。在本申请的文库中,包括本申请的肽化合物的文库、肽-核酸复合体的文库,其中,优选为环状肽化合物,或环状肽-核酸复合体的文库,特别优选环状肽-mRNA复合体的文库。作为文库,优选为展示文库。作为展示文库,例示利用了展示的文库,其中优选为mRNA展示文库、DNA展示文库、核糖体展示文库,更优选mRNA展示文库。

  在本说明书中,“利用核酸编码的(环状)肽化合物”,不限定于通过将该核酸作为模板进行翻译而直接合成的肽化合物,也存在包括可接受翻译后修饰而合成的肽化合物的情况。例如:通过翻译核酸而合成直链肽化合物,利用之后的环化工序而合成环状肽化合物的情况下,存在将该环状肽化合物称为利用上述核酸编码的环状肽化合物的情况。另外,在一个实施方式中,以核酸作为模板翻译合成的肽,或在之后接受了翻译后修饰的肽与该核酸的复合体(肽-核酸复合体),也包括在利用核酸编码的(环状)肽化合物中。

  在非限定的一个实施方式中,对构成本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量的均值没有特别限定,优选为30个以下。为了获得高膜透过性,除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量的均值,优选为20个以下、更优选18个以下、16个以下、15个以下,或14个以下,特别优选13个以下,具体而言可例示:9、10、11、12、13、14、15、16、17、及18个。为了获得高代谢稳定性,除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量的均值优选为8个以上、更优选为9个以上,进一步优选为10个以上,特别优选为11个以上。在考虑膜透过性和代谢稳定性的并存时,除了核酸连接部以外的肽部分的氨基酸的数量的均值优选为5~20、7~20、7~17、8~16、9~16、10~16、8~13、9~14、9~14、9~13、10~15、11~15、10~14、10~13、11~14个,更优选11~13个。另外,在一个实施方式中,可以在除了核酸连接部以外的肽部分具有直链部,作为该直链部的数量的均值,没有特别限定,例示一个以上或2个以上,具体而言,可例示0、1或2。

  在非限定的一个实施方式中,对构成本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物的环状部的氨基酸的数量的均值没有限制,例如:4个以上、6个以上、7个以上、8以上、9以上、10以上、11以上,12个以上、20以下、18以下、16以下、15以下、14以下、13以下、12以下、11以下,可列举7、8、9、10、11、12、13、14、15及16。如果考虑膜透过性和代谢稳定性的并存,上述构成环状部的氨基酸的数量的均值优选为5~15个,更优选5~14、7~14,或8~14个,更优选8~13、9~13、8~12、8~11或9~12个,特别优选9~11个。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物的直链部的氨基酸的数量(单元的数量)的均值优选为0~8个,更优选0~5个,更优选0~3个。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分中包含的非天然氨基酸的数量的均值优选为2个以上、更优选4个以上、5个以上,或6个以上,进一步优选为7以上,特别优选8个以上。对在本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物而言,作为构成环状部的氨基酸的数量中非天然氨基酸的数量占的均值,或环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分中包含的氨基酸的数量中非天然氨基酸的数量的占比例的均值,可例示:30%以上、40%以上、50%以上、60%以上、70%以上、80%以上。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分中包含的N取代氨基酸的数量的均值优选为3个以上、更优选4个以上、5个以上,或6个以上,进一步优选7个以上,特别优选8个以上。对本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物而言,N取代氨基酸的数量占构成环状部氨基酸的数量的均值,或环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分中包含的氨基酸的数量中N取代氨基酸数量所占比例的均值,可例示:30%以上、40%以上、50%以上、60%以上、70%以上、80%以上。这里所说的N取代氨基酸,优选为N-烷基氨基酸,更优选为N-甲基氨基酸即可。即,在非限定的一个实施方式中,上述N取代氨基酸的数量的均值,作为N-烷基氨基酸的数量,或N-甲基氨基酸的数量的均值而例示。

  在非限定的一个实施方式中,为了高膜透过性,在本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分、环状部,或环状部的侧链中包含的芳环的数量的均值,优选为3以下,0~3,或作为优选1~3的范围而例示。另外,作为在构成除了核酸连接部以外的肽部分,或环状部的氨基酸的数量中,芳环占的数量的比例的均值,优选为40%以下,例示优选为35%以下、30%以下、27%以下、25%以下、20%以下。

  在非限定的一个实施方式中,为了高膜透过性,对本申请的环状肽化合物中任选包含的芳环的数量存在限制,因此,优选在作为可有助于与靶分子的结合的部位的环状部的长侧链中具有芳环。即,在一个实施方式中,作为在本申请的环状肽化合物的环状部的长侧链中包含的芳环的数量的均值,可例示:0~3、1~3,或2~3。另外,作相对于为本申请的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分、环状部,或环状部的侧链中包含的芳环的数量,在环状部的长侧链中包含的芳环的数量的比例的均值可例示:30%以上、45%以上、60%以上、80%以上,或100%。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物中包含的非天然氨基酸、N取代氨基酸,或具有芳环的氨基酸的数量的均值,可以通过在合成DNA文库时上述氨基酸对应的密码子的出现频率进行调整。例如在包含10个氨基酸残基可变部位的肽的文库中,假设氨基酸从20种中进行选择的情况下,可以通过将该20种中N取代氨基酸设为10种,由此以N取代氨基酸的密码子单元相对于每个可变部位占10/20(50%)的方式合成。如上所述地,也可以算出在本说明书中的非天然氨基酸的数量、N取代氨基酸的数量、芳环的数量,或具有芳环的氨基酸的数量的比例的均值。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物的ClogP的均值优选为4以上、更优选为5以上,进一步优选6以上,特别优选8以上,优选例示为18以下、17以下、16以下,可例示4~18、5~17及6~16。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物的ClogP/总aa的均值优选为1.0以上、更优选1.1以上、进一步优选1.2以上、特别优选1.3以上,优选例示为1.8以下、1.7以下、1.6以下、1.5以下,可例示:1.0~1.8、1.0~1.7、1.1~1.6、及1.1~1.5。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库中,可以包含在环状部具有至少一个,或至少二个长侧链的环状肽化合物,或编码其的核酸。在一个实施方式中,在本申请的文库中,可以包含作为构成环状部的氨基酸而含有至少一个,或至少二个具有长侧链的氨基酸的环状肽化合物,或编码其的核酸。在本申请的文库中包含的,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物,能够通过在其环状部具有长侧链,由此具有与靶分子的高结合亲和性。另外,在一个实施方式中,能够通过适当选择长侧链,由此得到在保持与靶分子的结合亲和性的同时,膜透过性高的环状肽化合物。

  在非限定的一个实施方式中,在本申请的文库中,可以包含上述在环状部具有长侧链的环状肽化合物,和/或编码其的核酸。对该“长侧链”而言,可直接适用关于上述例示、优选范围、实施方式的记载。

  在非限定的一个实施方式中,对本申请的文库中包含的环状肽化合物,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物而言,可以任选在其环状部的侧链中具有芳环,另外,在其环状部中包含的至少一种,或两个以上的长侧链可以为包含芳环的侧链。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库,可以分别为实质上由在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链中不具有吲哚骨架的环状肽化合物,或编码它们的核酸组成的文库。另外,在一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库,可以分别为实质上不含在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链具有吲哚骨架的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库。在一个实施方式中,上述环状部的侧链可以为环状部的长侧链。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库,可以分别为实质上由在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链中不具有2个以上芳环形成的稠环结构的环状肽化合物,或编码它们的核酸组成的文库。另外,在一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库,可以分别为实质上不含在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链中,具有2个以上芳环形成的稠环结构的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库。在一个实施方式中,上述环状部的侧链可以为环状部的长侧链。在非限定的一个实施方式中,上述“2个以上芳环形成的稠环结构”可以为“稠环结构”。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库,分别可以为实质上由在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链不具有取代或未取代的羟苯基的环状肽化合物,或编码它们的核酸组成的文库。另外,在一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库,分别可以为,实质上不含在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链具有取代或未取代的羟苯基的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库。在一个实施方式中,上述环状部的侧链可以为环状部的长侧链。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库,分别可以为,实质上由在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链中不具有甲硫基的环状肽化合物,或编码它们的核酸组成的文库。另外,在一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库,分别可以为实质上不含在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链中具有取代或未取代的甲硫基的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库。在一个实施方式中,上述环状部的侧链可以为环状部的长侧链。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库,分别可以为实质上由在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链中不具有硫羟基的环状肽化合物,或编码它们的核酸组成的文库。另外,在一个实施方式中,本申请的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库,分别可以为实质上不含在环状部或除了核酸连接部以外的肽部分的侧链中具有取代或未取代的硫羟基的环状肽化合物,或编码它们的核酸的文库。在一个实施方式中,上述环状部的侧链可以为环状部的长侧链。在一个实施方式中,上述环状部的侧链可以为环状部的长侧链。

  在非限定的一个实施方式中,对本申请的文库而言,为了实现高膜透过性,可以为实质上不包含具有中性(例如pH=7.0)且极度电离的官能团的环状肽化合物,和/或编码它们的核酸的文库。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库在所述文库中包含在环状部具有酸性侧链的环状肽化合物,和/或编码它们的核酸的情况下,可以为所述环状肽化合物实质上由酸性侧链的pKa为3.5~10的环状肽化合物组成的文库。上述酸性侧链的pKa优选为3.5以上、更优选3.9以上、更优选4.5以上、更优选5.0以上、更优选5.5以上、更优选5.7以上、优选10以下。作为上述pKa,例示优选为3.5~10、3.9~10、4.5~10、5.0~10或5.5~10、5.7~10的范围。这些pKa用计算值进行代表,则,计算pKa优选为3.5以上、更优选4.5以上、优选为5.0以上、优选为5.4以上、优选为8.0以上、优选为8.3以上、优选10以下。作为上述计算pKa,例示优选为3.5~10、4.5~10、5.0~10、5.4~10、8.0~10或8.3~10的范围。需要说明的是,在非限定的一个实施方式中,上述酸性侧链可以为酸性的长侧链。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库在所述文库中包含在环状部具有碱性侧链的环状肽化合物,和/或编码它们的核酸的情况下,可以为所述环状肽化合物实质上由碱性侧链的碱性pKa为4.0~10的环状肽化合物组成的文库。上述碱性侧链的碱性pKa优选为10以下、更优选9.5以下、更优选9.0以下、更优选8.5以下、更优选7.5以下、更优选7.2以下、特别优选6.5以下、优选为4.0以上。作为上述碱性pKa,例示优选为4.0~10、4.0~9.5、4.0~9.0、4.0~8.5、4.0~7.5、4.0~7.2、4.0~6.5的范围。这些碱性pKa用计算值进行代表,则,碱性计算pKa优选为10以下、更优选9.5以下、优选为9.0以下、优选为8.8以下、优选为8.6以下、优选为8.5以下、优选为7.5以下、优选为6.5以下、优选为4.0以上。作为上述碱性计算pKa,例示优选为4.0~10、4.0~9.5、4.0~9.0、4.0~8.8、4.0~8.6、4.0~8.5、4.0~7.5、4.0~6.5的范围。需要说明的是,在非限定的一个实施方式中,上述碱性侧链可以为碱性的长侧链。

  对本申请的环状肽化合物,和/或编码它们的核酸的文库而言,“实质上由~组成”是指相对于该文库中包含的环状肽化合物,和/或编码它们的核酸的变体的理论上的总数而言,该处列举的环状肽化合物,和/或编码它们的核酸的变体的理论上的数的比例可以为90%以上、93%以上、95%以上、97%以上、98%以上,或99%以上,但不限于这些。

  对本申请的环状肽化合物的文库,和/或编码它们的核酸而言,“实质上不含~”是指相对于该文库中包含的环状肽化合物,和/或编码它们的核酸的变体的理论上的总数,该处列举的环状肽化合物,和/或编码它们的核酸的变体的理论上的数的比例可以为10%以下、7%以下、5%以下、3%以下、2%以下,或1%以下,但不限于这些。

  在本申请的文库中,求出环状肽化合物的“变体的理论上的(总)数量”时,不将实际无法作为环状肽化合物而制造的那些算入理论上的(总)数量中。例如,在如以下(1)及(2)的情况下,由于相应的氨基酸不被翻译合成,因此,不将包含这样的氨基酸的肽化合物算入理论上的(总)数量中:(1)即使向翻译液中作为肽化合物的材料而添加了氨基酸,编码所述氨基酸的核酸也不作为模板而含有的情况;(2)虽然在作为肽化合物的模板的核酸中包含碱基序列,但使用不含有与其相应的氨基酸的翻译液的情况。另外,在制造环状肽化合物的过程中存在副反应物、未反应的情况下,这些不算入上述理论上的(总)数量中。

  例如,在使用计20种天然氨基酸,根据针对一种氨基酸对应于1组密码子单元而成的密码子表,由随机配置了上述密码子单元而成的碱基序列进行翻译合成11个残基的肽的情况下,如果将翻译起始氨基酸固定为甲硫氨酸,则变体的理论上的数量为2010。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库除了环状肽化合物,和/或编码它们的核酸以外,可以包含对能够与靶分子特异性结合的肽化合物的筛选而言必要的其它成分。另外,可以在不对本申请的文库的效果造成负的影响的范围内包含其它成分。

  在本申请的文库中,包含多种环状肽化合物,或编码它们的核酸。在本说明书中,将文库中包含的环状肽化合物的变体(种)的数量的性质称为“多样性”。对本申请的文库中包含的环状肽化合物,或编码它们的核酸的多样性没有特别限定,可例示:103以上、104以上、105以上、106以上、107以上、108以上、109以上、1010以上、1011以上、及1012以上。这些多样性可以不限于实测值,也可以为理论值。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库中包含的,或利用文库中包含的核酸编码的肽化合物的ClogP的均值优选为4以上、更优选5以上、进一步优选6以上、特别优选8个以上、优选15以下。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库中包含的,或利用文库中包含的核酸编码的肽化合物的ClogP/总aa优选为0.8以上、更优选1.0以上、更优选1.1以上、进一步优选1.2以上、特别优选1.3以上。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库中包含的,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物的除了核酸连接部以外的肽部分的分子量的均值,或环状肽化合物的环状部的分子量的均值可以为500~2000。

  膜透过性

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库可以为该文库中包含的,或利用文库中包含的核酸编码的环状肽化合物具有高膜透过性,或能够通过将它们衍生物化而容易地获得高膜透过性的文库。另外,在非限定的一个实施方式中,本申请的文库可以为作为能够与靶分子特异性结合的化合物的击中的环状肽化合物具有高膜透过性,或能够通过将它们衍生物化而容易地获得高膜透过性的文库。在本说明书中,“高膜透过性”,是指通过本申请的膜透过性的测定方法测定的膜透过系数(Papp)为5.0×10-7cm/秒以上、优选为8.0×10-7cm/秒以上,或9.0×10-7cm/秒以上、更优选为1.0×10-6cm/秒以上、更优选为3.0×10-6cm/秒以上、进一步优选为5.0×10-6cm/秒以上。本申请的文库在非限定的一个实施方式中,可以为用于鉴定能够口服施用的化合物或其前体的文库。在本说明书中,“能够口服施用”,是指膜透过系数(Papp)为1.0×10-6cm/秒以上、优选为3.0×10-6cm/秒以上、更优选为5.0×10-6cm/秒以上。在本说明书中,“前体”是指用于进行最优化的化学修饰等前的化合物,可列举例如为淘选的命中化合物,而进行最优化前的那些。

  能够与靶分子特异性结合的肽化合物的命中率

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库可以为用于鉴定能够与靶分子特异性结合的化合物的文库。在一个实施方式中,本申请的文库与以往的文库相比,能够与靶分子特异性结合的肽化合物的命中率更高。即,通过使用本申请的文库,可以得到多种能够与靶分子特异性结合的肽化合物。另外,在一个实施方式中,可以得到与靶分子的结合亲和性高的肽化合物。因此,能够实现从多种被选择的肽化合物中,追加代谢稳定性、膜透过性等其它要素,从而选择期望的化合物。在本说明书中,“命中率”,是指在文库中包含化合物的变体的数量中,利用淘选得到的命中化合物的变体的数量占的比例。文库中包含的化合物的变体的数量为理论上的数即可。

  在非限定的一个实施方式中,作为用于得到命中化合物的环状肽化合物而不存在于文库中的肽化合物(例如:明确地从进行淘选前不具有与靶分子的结合能力的肽化合物),不视为构成本申请的文库的肽化合物。

  使用通过淘选而缩小范围的环状肽化合物,通过分析氨基酸的出现频率,由此能够发现能够有助于与靶分子的结合的氨基酸组。

  展示文库

  展示文库,为将编码作为表现型的肽与编码作为其基因型的肽的RNA或DNA进行对应的文库。使用该文库,能够鉴定能够与靶分子特异性结合的肽化合物。例如,能够使期望的固定的目标与文库接触,洗掉不与目标结合的分子,由此缩小与目标结合肽的范围(淘选法)。分析与经过这样的过程选择的肽相对应的基因信息,由此能够使与目标发生结合的肽的序列变得明确。例如,已有报道利用作为氨基酰tRNA的类似物的抗生素嘌呤霉素与利用核糖体的mRNA翻译延长中的蛋白质进行非特异性连接的方法,作为mRNA展示(Proc NatlAcad Sci USA.1997;94:12297-302.RNA-peptide fusions for the in vitro selectionof peptides and proteins.Roberts RW,Szostak JW.)或体外病毒(FEBS Lett.1997;414:405-8.In vitro virus:bonding of mRNA bearing puromycin at the 3′-terminalend to the C-terminal end of its encoded protein on the ribosome invitro.Nemoto N,Miyamoto-Sato E,Husimi Y,Yanagawa H.)。

  先在通过从包含T7启动子等启动子的DNA文库转录而得到的mRNA的文库的3′端结合有嘌呤霉素等间隔序列,利用无细胞翻译系统将mRNA翻译成蛋白质时,嘌呤霉素利用核糖体而与氨基酸混淆从而被掺入蛋白质中,使mRNA和编码其的蛋白质连接,构成mRNA与其产物进行对应的文库。由于在该过程中不包含大肠杆菌等的转化,因此能够实现高效率,构建大规模的展示文库。可以从作为包含具备利用淘选缩小范围,选择的分子的基因信息的标签的mRNA而合成cDNA,通过PCR扩增、分析碱基序列而使发生结合的蛋白的序列明确。

  在利用了无细胞翻译系统的展示文库中,除了mRNA展示以外,已知有:作为由编码包含肽与嘌呤霉素的复合体发生结合的肽的cDNA的文库构成的cDNA展示(Nucleic AcidsRes.2009;37(16):e108.cDNA display:a novel screening method for functionaldisulfide-rich peptides by solid-phase synthesis and stabilization ofmRNA-protein fusions.Yamaguchi J,Naimuddin M,Biyani M,Sasaki T,Machida M,Kubo T,Funatsu T,Husimi Y,Nemoto N.),利用了作为在mRNA翻译中的核糖体与翻译产物的比较稳定的复合体的核糖体展示(Proc Natl Acad Sci U S A.1994;91:9022-6.An in vitropolysome display system for identifying ligands from very large peptidelibraries.Mattheakis LC,Bhatt RR,Dower WJ.),利用了噬菌体内切核酸酶P2A与DNA形成共价键的共价展示(Nucleic Acids Res.2005;33:e10.Covalent antibody display--an in vitro antibody-DNA library selection system.Reiersen H,Lobersli I,LosetGA,Hvattum E,Simonsen B,Stacy JE,McGregor D,Fitzgerald K,Welschof M,BrekkeOH,Marvik OJ.),利用了微生物的质粒的复制起始蛋白RepA与复制起始点ori结合的CIS展示(Proc Natl Acad Sci U S A.2004;101:2806-10.CIS display:In vitro selectionof peptides from librariesof protein-DNA complexes.Odegrip R,Coomber D,Eldridge B,HedererR,Kuhlman PA,Ullman C,FitzGerald K,McGregor D.)。另外,还已知将构成DNA文库的每1分子DNA的转录翻译系统封入油包水乳液、脂质体中,进行翻译反应的体外区室化(in vitro compartmentalization)(Nat Biotechnol.1998;16:652-6.Man-made cell-like compartments for molecular evolution.Tawfik DS,Griffiths AD.)。可以使用适当、公知的方法使用上述方法。

  核酸文库

  本发明中的“核酸”中,也可以包含脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)或具有人工碱基的核苷酸衍生物。另外,也可以包含肽核酸(PNA)。本发明的核酸可以是这些核酸中的任一种或者混合,只要保持目标的遗传信息。即,在本发明的核酸中也包括DNA-RNA的杂合核苷酸、DNA与RNA这样不同的核酸以单链连接而成的嵌合核酸。

  作为在肽化合物文库中包含的作为肽化合物的模板的核酸的文库,可例示:mRNA文库、DNA文库等。可以通过在肽序列上没有固定氨基酸残基的部位混合碱基进行合成而得到核酸文库。也有例如,作为DNA文库,以将A、T、G、C,作为RNA文库,以将A、U、G、C各4种碱基的混合(N)的3倍数个的重复,或者以密码子的第一个第二个为N,第三个为W、M、K、S等2个碱基的混合的形式进行合成,其中,如果进一步将导入的氨基酸的种类抑制在16个以下,则使第三个为1种碱基的方法。另外,制备相当于密码子的3个字母的密码子单元,通过将其以任意比例进行混合而用于合成中使用,能够自由地调整氨基酸残基的出现频率。

  能够使用无细胞翻译系统来翻译这些核酸文库。在使用无细胞翻译系统的情况下,优选在目标的核酸的下游含有编码间隔序列的序列。作为间隔序列,可列举包含甘氨酸、丝氨酸的序列,但不限定于此。另外,在嘌呤霉素、其衍生物等在利用核糖体的翻译时被掺入肽中的化合物与核酸文库之间,优选包含由RNA、DNA、六乙二醇(spc18)的聚合物(例如5-mer)等形成的接头。

  肽化合物、及文库的制造方法

  在一个实施方式中,在本申请的制造方法中包括肽化合物、及包含肽化合物的文库的制造方法。作为这些制造方法,没有特别限定,可以利用例如化学合成、翻译合成,或它们的组合。

  肽化合物的化学合成方法

  作为本申请的肽化合物的化学合成方法,可例示:液相合成法、使用了Fmoc(9-芴甲氧羰基)合成、Boc(叔丁氧羰基)合成等的固相合成法,及它们的组合等。在Fmoc合成中,由以下氨基酸构成基本单位:主链氨基由Fmoc基保护,侧链官能团根据需要由哌啶等碱性且不被切割的保护基团保护,主链羧酸不保护。作为基本单位,只要是具有被Fmoc保护的氨基和羧酸基的组合即可,没有特别限定。也可以例如以二肽作为基本单位。在N末端配置的基本单位,也可以不是Fmoc氨基酸。例如,其可以为Boc氨基酸,也可以为不具有氨基的羧酸类似物。将主链羧酸基通过与固相载体的官能团的化学反应而担载在固相上。接着,通过哌啶、DBU等碱将Fmoc基脱保护,使新产生的氨基与接下来添加的具有基本单位的羧酸的保护氨基酸发生缩合反应,由此生成肽键。在缩合反应中,能够为DIC与HOBt的组合、DIC与HOAr的组合、HATU与DIPEA的组合等各种组合。通过反复进行脱Fmoc基和接在其后的肽键生成反应,可以生成想要的肽序列。得到想要的序列后,进行从固相的切割、和将根据需要而导入的侧链官能团的保护基脱保护。另外,也能够在进行从固相的切割前进行肽的结构转换、环化。从固相的切割和,脱保护可以利用同一条件,例如90∶10的TFA/H2O进行,也可以根据需要而利用各自的条件进行脱保护。对从固相的切割而言,可以使用在1%TFA等弱酸下的切割进行,或作为保护基使用Pd等而利用两者化学反应的正交性(orthogonality)。也可以在这些工序之间或者最后实施环化等工序。可以使例如:侧链羧酸与N末端主链的氨基进行缩合、侧链氨基与C末端主链的羧酸进行缩合。此时,在C末端侧的羧酸与被环化的侧链羧酸之间,或在N末端侧的主链氨基或羟基与被环化的侧链氨基之间需要有反应正交性,如上述所述,考虑保护基的正交性而进行保护基的选择。可以将如上所述地得到的反应物用反相层析柱、分子筛柱等进行纯化。它们的细节,例如记载于默克株式会社在2002年5月1日发行的固相合成手册等中。

  肽化合物的翻译合成方法

  作为本申请的肽化合物的翻译合成方法,例示使用无细胞翻译系统进行合成的方法,在所述方法中包含基于重建无细胞翻译系统的合成法。从能够除去期望排除的因素的方面,优选利用重建的无细胞翻译系统。

  在一个方面中,本申请提供肽化合物的翻译合成方法,所述肽化合物选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种、两种以上,或3种以上的氨基酸。并不作为限定,这样的翻译合成方法可以包括以下(i)及(ii):

  (i)制备结合选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种、两种以上,或3种以上的氨基酸的tRNA的工序;

  (ii)利用无细胞翻译系统翻译包含至少1个与上述tRNA的反密码子对应的密码子的核酸,从而得到上述肽化合物的工序。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的翻译合成方法,可以为环状肽化合物的翻译合成方法。

  无细胞翻译系统

  在本说明书中,术语“无细胞翻译系统”是指利用除了从细胞提取到的核糖体和参与翻译的蛋白因子组、tRNA、氨基酸、ATP等能量源及其再生体系组合而成的那些,只要是能够将mRNA翻译成蛋白质的那些即可,没有限制。另外,对翻译合成反应正在进行中的体系而言,也可以包括在本说明书中的“无细胞翻译系统”中。在本说明书中的无细胞翻译系统中,可以包含作为翻译肽时的模板的核酸,除了这些以外,也可以包含起始因子、延长因子、解离因子、氨基酰tRNA合成酶等。这些因子能够通过从各种细胞的提取液进行纯化而得到。用于对因子进行纯化的细胞,可列举例如:原核细胞或真核细胞。作为原核细胞,可列举:大肠杆菌细胞、极端嗜热细胞,或枯草杆菌细胞。作为真核细胞,已知有以:酵母细胞、小麦胚芽、兔网织红细胞、植物细胞、昆虫细胞或动物细胞为材料的那些。另外,对tRNA、氨基酰tRNA合成酶(ARS)而言,除了天然存在的那些以外,也可以使用人工tRNA、识别非天然氨基酸的人工氨基酰tRNA合成酶。通过使用人工tRNA、人工氨基酰tRNA合成酶,能够合成部位特异性地导入有非天然氨基酸的肽。需要说明的是,根据需要,也可以通过在无细胞翻译系统中加入T7 RNA聚合酶等RNA聚合酶,由此从模板DNA进行转录。

  在本说明书中,“无细胞翻译系统中包含某种物质”,是指也包括以下实施方式:即使在翻译合成开始时不含有该物质,在翻译合成的过程中,在体系内也进行合成而变得包含该物质。理解作例如,在翻译合成的过程中有将氨基酸酰化而成的tRNA被合成的情况下,在无细胞翻译系统中包含该氨基酰tRNA。

  PURESYSTEM(注册商标)(BioComber,Japan)为将对于大肠杆菌的翻译必要的蛋白因子类、能量再生类酶、核糖体分别进行提取、纯化,与tRNA、氨基酸、ATP、GTP等混合而成的重建无细胞翻译系统。能够容易地制作不仅杂质的含量较少,且不含有作为重建体系而期望排除的蛋白因子、氨基酸的体系。((i)Nat Biotechnol.2001;19:751-5.Cell-freetranslation reconstituted with purified components.Shimizu Y,Inoue A,TomariY,Suzuki T,Yokogawa T,Nishikawa K,Ueda T.;(ii)Methods Mol Biol.2010;607:11-21.PURE technology.Shimizu Y,Ueda T.)。

  例如,虽然多有报道作为导入非天然氨基酸的密码子而利用终止密码子的方法,但通过使用上述PURESYSTEM,能够由此构建除去了天然氨基酸、ARS的合成体系。由此,可以使编码除外的天然氨基酸的密码子对应于非天然氨基酸(J Am Chem Soc.2005;127:11727-35.Ribosomal synthesis of unnatural peptides.Josephson K,Hartman MC,Szostak JW.)。可以进一步通过对密码子的解除简并,从而并非将天然氨基酸除外而是将非天然氨基酸加入(Kwon I,et al.Breaking the degeneracy of the genetic code.JAm Chem Soc.2003,125,7512-3.)。可以通过将包含N-甲基氨基酸的肽采用PURESYSTEM等无细胞翻译系统而利用核糖体合成。

  更具体而言,翻译合成能够通过向以下系统加入mRNA而进行,例如:适当取舍地选择对大肠杆菌的翻译而言必要的蛋白因子类(甲硫氨酰tRNA反式甲酰酶、EF-G、RF1、RF2、RF3、RRF、IF1、IF2、IF3、EF-Tu、EF-Ts、ARS(从AlaRS、ArgRS、AsnRS、AspRS、CysRS、GlnRS、GluRS、GlyRS、HisRS、IleRS、LeuRS、LysRS、MetRS、PheRS、ProRS、SerRS、ThrRS、TrpRS、TyrRS、ValRS中选必要的那些))、核糖体、氨基酸、肌酸激酶、肌激酶、无机焦磷酸酶、核苷二磷酸激酶、源自E.coli的tRNA、磷酸肌酸、谷氨酸钾、HEPES-KOH pH 7.6、乙酸镁、亚精胺、二硫苏糖醇、GTP、ATP、CTP、UTP等而混合而成的PURESYSTEM等公知的无细胞翻译系统。另外,如果加入了T7 RNA聚合酶,则也可以偶联进行从包含T7启动子的模板DNA的转录、翻译。另外,可以通过将期望的氨基酰tRNA组、允许氨基酰tRNA合成酶(ARS)的非天然氨基酸组(例如F-Tyr)添加到体系中,从而翻译合成包含非天然氨基酸的肽化合物(Kawakami T,etal.Ribosomal synthesis of polypeptoids and peptoid-peptide hybrids.J Am ChemSoc.2008,130,16861-3;Kawakami T,et al.Diverse backbone-cyclized peptides viacodon reprogramming.Nat Chem Biol.2009,5,888-90.)。进一步,也可以代替天然的ARS或在它们的基础上,将ARS的变体包含在体系中,并且在体系中包含非天然氨基酸组,由此翻译合成包含非天然氨基酸的肽化合物。或者,也可以通过利用核糖体、EF-Tu等的突变体而提高非天然氨基酸的翻译导入的效率(Dedkova LM,et al.Construction of modifiedribosomes for incorporation of D-amino acids into proteins.Biochemistry.2006,45,15541-51.,Doi Y,et al.Elongation factor Tu mutants expand amino acidtolerance of protein biosynthesis system.J Am Chem Soc.2007,129,14458-62.,Park HS,et al.Expanding the genetic code of Escherichia coli withphosphoserine.Science.2011,333,1151-4.)。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的无细胞翻译系统(也称为“本申请的翻译系统”)可以为用于制造肽化合物的翻译系统、优选为用于制造环状肽化合物的翻译系统。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的翻译系统可以为实质上不包含选自由以下(a)~(c)组成的组中的至少一个、二个,或全部的无细胞翻译系统:(a)在侧链具有吲哚骨架的氨基酸,或编码该氨基酸的核酸;(b)在侧链具有2个以上芳环形成的稠环结构的氨基酸,或编码该氨基酸的核酸;及(c)在侧链具有取代或未取代的羟苯基的氨基酸,或编码该氨基酸的核酸。在非限定的一个实施方式中,本申请的翻译系统可以为实质上不包含选自由以下(d)~(f)组成的组中的至少一个、二个,或全部的无细胞翻译系统:(d)编码在侧链具有吲哚骨架的氨基酸的核酸;(e)编码在侧链具有2个以上芳环形成的稠环结构的氨基酸的核酸;及(f)编码在侧链具有取代或未取代的羟苯基的氨基酸的核酸。在非限定的一个实施方式中,本申请的翻译系统为实质上不包含选自由以下(g)~(i)组成的组中的至少一个、二个,或全部的无细胞翻译系统即可:(g)在侧链具有吲哚骨架的氨基酸;(h)在侧链具有2个以上芳环形成的稠环结构的氨基酸;及(i)在侧链具有取代或未取代的羟苯基的氨基酸。需要说明的是,在即使在翻译系统中包含了某种氨基酸、核酸,也是以在翻译合成中不利用的实施方式包含的情况下,理解作该翻译系统实质上不含该氨基酸、该核酸。可列举例如,虽然氨基酸存在,但由于不包含相应的ARS,所以该氨基酸不在翻译合成中被利用这样的情况等。在非限定的一个实施方式中,上述“2个以上芳环形成的稠环结构”可以为“稠环结构”。

  在非限定的一个实施方式中,在本申请的翻译系统中,在该翻译系统包含具有酸性侧链的氨基酸经酰化而成的tRNA、及编码该氨基酸的核酸的情况下,该氨基酸的侧链的pKa可以为3.5~10。在一个实施方式中,上述pKa例示优选为:3.5~10、3.9~10、4.5~10、5.0~10,或5.5~10、5.7~10的范围。将这些pKa用计算pKa表示时,例示优选为:3.5~10、4.5~10、5.0~10、5.4~10、8.0~10,或8.3~10的范围。

  在非限定的一个实施方式中,在本申请的翻译系统中,在该翻译系统包含具有碱性侧链的氨基酸经酰化而成的tRNA、及编码该氨基酸的核酸的情况下,该氨基酸的侧链的碱性pKa可以为4.0~10。在一个实施方式中,上述碱性pKa例示优选为:4.0~10、4.0~9.5、4.0~9.0、4.0~8.5、4.0~7.5、4.0~7.2、4.0~6.5的范围。将这些pKa用计算pKa表示时,例示优选为:4.0~10、4.0~9.5、4.0~9.0、4.0~8.8、4.0~8.6、4.0~8.5、4.0~7.5、4.0~6.5的范围。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的翻译系统可以包含例如具有长度为5.4~13,或5.4~10埃的长侧链的氨基酸。在一个实施方式中,上述“长侧链”可以为“肽化合物”的项目中记载的那样。在一个实施方式中,长侧链中的至少一种,或两个以上可以为具有芳环的侧链。

  在非限定的一个实施方式中,在本申请的翻译系统中可以包含5~32种、5~28种,或5~20种非天然氨基酸,例示优选为8~20种、10~20种、13~20种。在一个实施方式中,在本申请的翻译系统中包含的氨基酸的种类的数量中,可以有50%以上、60%以上、70%以上、80%以上为非天然氨基酸。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的翻译系统可以包含5~28种,或5~20种N取代氨基酸,例示优选为:5~18种、5~15种。在一个实施方式中,在本申请的翻译系统中包含的氨基酸的种类的数量中,可以有40%以上、50%以上、60%以上、70%以上为N取代氨基酸。这里的N取代氨基酸可以指N-烷基氨基酸或N-甲基氨基酸,但在这样的情况下,也并不否定在本申请的翻译系统中也包含其它N取代氨基酸。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的翻译系统可以调整为使得使用该翻译系统制造的环状肽化合物中包含的芳环的数量的均值为一定的范围内。例如,可以对本申请的翻译系统进行调整,使得在翻译合成的环状肽化合物中构成环状部的氨基酸的数量中,具有芳环的氨基酸占的数量的比例的均值为;40%以下、35%以下、30%以下、27%以下、25%以下,或20%以下,或使得在具有由8~11个氨基酸构成的环状部的环状肽化合物的环状部的侧链中包含的芳环的数量的均值为0~3。对调整方法没有特别限定,可列举例如调整在翻译系统中包含的氨基酸的种类的数量中,具有芳环的氨基酸的种类占的数量。

  在非限定的一个实施方式中,在本申请的翻译系统中包含具有芳环的氨基酸即可,在翻译系统中包含的氨基酸的种类的数量中,具有芳环的氨基酸的种类的数量占的比例优选为40%以下,例示优选为35%以下、30%以下、27%以下、25%以下、20%以下。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的无细胞翻译系统可以为用于制造包含选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种、两种以上,或3种以上的氨基酸的肽化合物的无细胞翻译系统。并不作为限定,这样的无细胞翻译系统可以包括以下(i)及(ii):

  (i)结合选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种、两种以上,或3种以上的氨基酸的tRNA;

  (ii)编码上述肽化合物的核酸,

  其中,该核酸包含至少1个与上述tRNA的反密码子对应的密码子即可。

  tRNA

  对于将非天然氨基酸翻译导入肽中而言,需要具有正交性而有效地被摄入核糖体的tRNA的氨基酰化((i)Biochemistry.2003;42:9598-608.Adaptation of an orthogonalarchaeal leucyl-tRNA and synthetase pair for four-base,amber,and opalsuppression.Anderson JC,Schultz PG.,(ii)Chem Biol.2003;10:1077-84.Using asolid-phase ribozyme aminoacylation system to reprogram the geneticcode.Murakami H,Kourouklis D,Suga H.)。作为对tRNA进行氨基酰化的方法,可以使用以下5种方法。

  作为用于进行在细胞内的tRNA的氨基酰化的酶,根据氨基酸不同而制备了氨基酰tRNA合成酶(ARS)。作为用于此的第一方法,可列举利用某种ARS允许N-Me His等非天然氨基酸的方法、制备允许非天然氨基酸的突变氨基酰tRNA合成酶并利用其的方法((i)ProcNatl Acad Sci U S A.2002;99:9715-20.An engineered Escherichia coli tyrosyl-tRNA synthetase for site-specific incorporation of an unnatural amino acidinto proteins in eukaryotic translation and its application in a wheat germcell-free system.Kiga D,Sakamoto K,Kodama K,Kigawa T,Matsuda T,Yabuki T,Shirouzu M,Harada Y,Nakayama H,Takio K,Hasegawa Y,Endo Y,Hirao I,Yokoyama S.(ii)Science.2003;301:964-7.An expanded eukaryotic genetic code.Chin JW,CroppTA,Anderson JC,Mukherji M,Zhang Z,Schultz PG.Chin,JW.(iii)Proc Natl Acad SciU S A.2006;103:4356-61.Enzymatic aminoacylation of tRNA with unnatural aminoacids.Hartman MC,Josephson K,Szostak JW.)。第二,也可使用在试管内对tRNA进行氨基酰化,之后对氨基酸进行化学修饰的方法(J Am Chem Soc.2008;130:6131-6.Ribosomalsynthesis of N-methyl peptides.Subtelny AO,Hartman MC,Szostak JW.)。第三,可以利用RNA连接酶,使从tRNA的3′末端的CCA序列中除去CA而成的那些与另外制备的氨基酰化的pdCpA进行结合,由此得到氨基酰tRNA(Biochemistry.1984;23:1468-73.T4 RNA ligasemediated preparation of novel″chemically misacylated″tRNAPheS.Heckler TG,Chang LH,Zama Y,Naka T,Chorghade MS,Hecht SM.)。也存在基于结合flexizyme的氨基酰化,flexizyme为将各种非天然氨基酸的活性酯担载于tRNA的核酶(J Am ChemSoc.2002;124:6834-5.Aminoacyl-tRNA synthesis by a resin-immobilizedribozyme.Murakami H,Bonzagni NJ,Suga H.)。第四,也可使用将tRNA与氨基酸活性酯在阳离子性胶束中进行超声波混合的方法(Chem Commun(Camb).2005;(34):4321-3.Simpleand quick chemical aminoacylation of tRNA in cationic micellar solution underultrasonic agitation.Hashimoto N,Ninomiya K,Endo T,Sisido M.)。作为第五方法,通过将与tRNA的3′末端附近互补的PNA上结合氨基酸活性酯而成的那些添加到tRNA上,也能够进行氨基酰化(J Am Chem Soc.2004;126:15984-9.In situ chemical aminoacylationwith amino acid thioesters linked to a peptide nucleic acid.Ninomiya K,Minohata T,NishimuraM,Sisido M.)。

  更具体而言,能够使用如下的方法制作氨基酰tRNA。能够通过制备编码期望的tRNA序列并在上游配置有T7、T3或SP6启动子的模板DNA,利用T7 RNA聚合酶、T3、SP6 RNA聚合酶等适合于启动子的RNA聚合酶进行转录,由此合成RNA。也能够从细胞提取tRNA而纯化,使用tRNA的序列的互补序列的探针而提取目标的生成tRNA。此时,也能够利用目标的tRNA的表达载体进行了转化的细胞作为来源。也能够通过化学合成而合成目标的序列的RNA。例如,能够利用RNA连接酶使从如上所述地得到的3′末端的CCA序列除去CA而成的tRNA,与另外制备的氨基酰化的pdCpA或pCpA进行结合,由此得到氨基酰tRNA(pdCpA法、pCpA法)。该tRNA在肽化合物的制造中有用。或者,也能够制备全长tRNA而基于结合flexizyme的氨基酰化,所述flexizyme为将各种非天然氨基酸的活性酯担载于tRNA的核酶。另外,并不意在于限定,也能够使用天然的ARS或其变体而制作氨基酰tRNA。如果使用天然ARS或其变体,则在翻译系统内暂时被消耗的氨基酰tRNA,可利用天然ARS、其变体而再生成,因此不需要在翻译系统中大量存在预先制作的氨基酰tRNA。这样的ARS变体记载于WO2016/148044中。这些氨基酰tRNA的制作方法也可以适当组合。

  肽部分的环化方法

  在非限定性的一个实施方式中,本申请的肽化合物的肽部分优选具有环状部。对肽化合物的环化方法没有特别限定,可以在通过例如化学合成,或翻译合成等而合成肽化合物后进行环化反应。能够列举例如:利用酰胺键、碳-碳键、硫醚键、二硫键、酯键、硫基酯键、内酰胺键、经由三唑结构的键、经由荧光团结构的键等的环化。肽化合物的合成工序和环化反应的工序可以分开也可以连续进行。对环化而言,可以通过例如WO2013/100132、WO2008/117833、WO2012/074129等中记载的本领域技术人员所公知的方法进行。

  作为环化部,没有限制,可以为肽的N末端与C末端的结合、肽的N末端与其它氨基酸残基的侧链的结合、肽的C末端与其它氨基酸残基的侧链的结合,或氨基酸残基的侧链之间的结合中的任一种,也可以组合使用这些中的两个以上。在使在C末端侧连接有核酸的肽-核酸复合体进行环化的情况下,可以为肽的N末端与其它氨基酸残基的侧链的结合,或氨基酸残基的侧链之间的结合。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物能够通过以下方法制造。可列举例如包括以下工序的制造方法:

  (1)所述工序为从编码该肽化合物的核酸开始,翻译而合成由氨基酸残基,或氨基酸残基及N末端羧酸类似物构成的非环状的肽化合物的工序,其中,在该非环状的肽化合物中包含在C末端侧在1个侧链具有反应点的氨基酸残基,及在N末端侧具有另一个反应点的氨基酸残基或N末端羧酸类似物;及

  (2)使N末端侧的氨基酸残基,或N末端羧酸类似物的反应点,与在C末端侧的侧链具有的氨基酸残基的反应点进行结合,而形成酰胺键、碳-碳键或硫醚键的工序。

  需要说明的是,这些(1)和(2)的工序可以分开也可以连续进行。

  作为基于酰胺键肽化合物的环化方法的非限定性的一个实施方式,有对在N末端具有半胱氨酸或半胱氨酸类似物,在C末端侧的氨基酸的侧链具有活性酯的肽化合物进行翻译,而使用天然化学连接进行环化的方法。对在作为该环状肽化合物的前体的、在N末端具有半胱氨酸或半胱氨酸类似物的肽化合物进行翻译合成的方法,没有特别限制。

  在一个实施方式中,为了合成在肽化合物的N末端具有除了Met或N1E以外的氨基酸的肽化合物,可以使用例如以下3种方法。

  第一,将以甲酰甲硫氨酸或Met起始的肽的N末端氨基酸或者N末端侧肽利用酶切割的方法。作为该酶,可以使用肽脱甲酰基酶(PDF)和/或甲硫氨酸氨肽酶(MAP)。

  第二,使用再构建无细胞翻译系统,预先从体系内除去Met,且在从N末端起的第2个残基配置期望在N末端配置的氨基酸,跳过作为起始密码子的Met进行翻译合成的方法(定义为启动通读(initiation readthrough;iRT)方法)。

  第三,在不含Met或者翻译起始甲硫氨酸tRNA的再构建无细胞翻译系统中,预先作为起始用的tRNA,加入将期望在N末端配置的氨基酸进行氨基酰化而制备的氨基酰tRNA而进行翻译合成的方法(定义为启动抑制(Initiation suppression)(iSP)法)。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物的C末端部位可以不保持羧酸的形式而被化学修饰。例如,可以使羧酸部位与哌啶等反应,转换为哌啶酰胺等。

  文库的制造方法

  在非限定的一个实施方式中,在制造本申请的文库时,优选包含有助于期望的特性的构成氨基酸,并且不包含具有不优选的性质的构成氨基酸。另外,在一个实施方式中,优选尽可能放大文库的多样性。具体而言,优选包含能够有助于选自由以下(1)~(4)组成的组中的至少一个的氨基酸作为构成氨基酸:(1)提高能够与靶分子特异性结合的肽化合物的命中率;(2)增大与靶分子的结合亲和性;(3)增大代谢稳定性;及(4)增大膜透过性。一方面,优选在构成氨基酸中不包含能够对于选自由上述(1)~(4)组成的组中的至少一个造成负的影响的氨基酸。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库的制造能够基于上述本申请的肽化合物的制造方法进行,能够与适当的公知方法进行组合。在一个实施方式中,能够使用上述本申请的无细胞翻译系统制造本申请的肽化合物的文库。即,在本申请的文库的制造方法中,可以包括使用本申请的无细胞翻译系统而合成肽化合物的工序。在一个实施方式中,在本申请的无细胞翻译系统中记载的、例示、优选范围、实施方式,也可直接适用在本申请的文库的制造方法中。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的肽化合物的文库的制造方法可以包括以下(a)工序:(a)制备实质上不含在侧链具有吲哚骨架的氨基酸的氨基酸池,将该池中包含的氨基酸的一部分或全部作为构成氨基酸而合成肽化合物的工序。另外,在一个实施方式中,本申请的肽化合物的文库的制造方法可以包括以下(b)工序:(b)制备实质上不含编码在侧链具有吲哚骨架的氨基酸的核酸的模板池,由该模板池合成肽化合物的工序。

  在本说明书中,将即使在氨基酸池中包含某种氨基酸,也以该氨基酸在翻译合成中没有被利用的实施方式包含的情况、仅包含极少量的情况,理解作该氨基酸池实质上不含该氨基酸。例如,当即使在氨基酸池中包含某种氨基酸,但由于不包含与该氨基酸相对应的ARS,因此也是该氨基酸在翻译合成中没有被利用的情况,理解作该氨基酸池实质上不包含该氨基酸。需要说明的是,如果是虽然不包含ARS,但也以在翻译合成中进行利用的实施方式包含相应的氨基酸,则理解作在氨基酸池中包含该氨基酸。

  在本说明书中,将当即使在编码模板池中包含某种氨基酸的核酸,也以该氨基酸在翻译合成中没有被利用的实施方式包含该核酸的情况、仅包含极少量的情况,理解作该模板池实质上不含该核酸。

  在非限定的一个实施方式中,上述工序(a)及(b)的池分别可以为实质上不含在侧链具有2个以上芳环形成的稠环结构的氨基酸、及编码该氨基酸的核酸的池。一个实施方式中,上述工序(a)及(b)的池分别可以为实质上不含在侧链具有取代或未取代的羟苯基的氨基酸、及编码该氨基酸的核酸的池。在非限定的一个实施方式中,上述“2个以上芳环形成的稠环结构”可以为“稠环结构”。

  在非限定的一个实施方式中,可以在上述肽化合物的合成时使用的氨基酸池中包含具有酸性侧链的氨基酸、且在模板池中包含编码该氨基酸的核酸,在该情况下,该氨基酸的侧链的pKa例示优选为:3.5~10、3.9~10、4.5~10、5.0~10,或5.5~10、5.7~10的范围。将这些pKa用计算pKa表示时,例示优选为:3.5~10、4.5~10、5.0~10、5.4~10、8.0~10,或8.3~10的范围。

  在非限定的一个实施方式中,可以在上述肽化合物的合成时使用的氨基酸池中包含具有碱性侧链的氨基酸、且在模板池中包含编码该氨基酸的核酸,在该情况下,该氨基酸的侧链的碱性pKa例示优选为:4.0~10、4.0~9.5、4.0~9.0、4.0~8.5、4.0~7.5、4.0~7.2、4.0~6.5的范围。将这些pKa用计算pKa表示时,例示优选为:4.0~10、4.0~9.5、4.0~9.0、4.0~8.8、4.0~8.6、4.0~8.5、4.0~7.5、4.0~6.5的范围。

  在非限定的一个实施方式中,在上述肽化合物的合成时使用的氨基酸池中可以包含上述具有长侧链的氨基酸。对该“长侧链”而言,可直接适用关于上述例示、优选范围、实施方式的记载。在一个实施方式中,在上述氨基酸池中包含的长侧链中的至少一种,二种,或三种以上可以为具有芳环的侧链。

  在非限定的一个实施方式中,在上述肽化合物的合成时使用的氨基酸池,可以包含上述非天然氨基酸、N取代氨基酸、及具有芳环的氨基酸,可以直接适用在“无细胞翻译系统”的项目中记载的例示、优选范围、实施方式。在上述氨基酸池中包含的氨基酸的种类的数量中,非天然氨基酸、N取代氨基酸,或具有芳环的氨基酸的种类的数量占的比例,可以与在本申请的翻译系统中的它们的比例同样地选择。

  对mRNA展示文库而言,在非限定的一个实施方式中可以如下制造。首先化学合成在T7启动子等启动子的下游配置有期望的序列的DNA的文库,将其作为模板通过引物延长反应而成为双链DNA。将其作为模板而使用T7 RNA聚合酶等RNA聚合酶转录为mRNA。使该RNA的3′末端与连接有作为氨基酰tRNA的类似物的抗生素嘌呤霉素等的接头(间隔序列)结合。将其加到上述PURESYSTEM等公知的无细胞翻译系统中,通过保温使mRNA进行翻译,mRNA和在其上编码的肽经由包含嘌呤霉素等的接头而连接。能够如上所述地构建由将mRNA与其产物进行对应而成的mRNA与其产物的复合体构成的展示文库。接头可以进一步包含本领域技术人员所周知的间隔序列。另外,可以根据需要而通过上述方法、公知的方法而进行环化等翻译后修饰。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库可以为肽化合物文库,其包含选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种、两种以上,或3种以上的氨基酸的肽化合物。作为这样的文库的制造方法,可以包括利用包含以下(i)及(ii)的无细胞翻译系统翻译合成肽化合物的工序:

  (i)结合选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组中的至少一种、两种以上,或3种以上的氨基酸的tRNA;

  (ii)编码上述肽化合物文库的核酸文库,

  其中,在该核酸文库中,可以包含至少包含1个与上述tRNA的反密码子对应的密码子的核酸。

  筛选方法

  在非限定的一个实施方式中,利用使用了本申请的文库的筛选,能够选择能够与靶分子特异性结合的肽化合物。作为本申请的筛选方法,没有特别限定,可以使用例如mRNA展示法。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的筛选方法,能够通过使本申请的环状肽化合物的文库与靶分子接触,将不与靶分子结合的肽化合物洗掉,由此能够将与靶分子结合的肽化合物缩小范围(淘选)。在一个实施方式中,能够通过从作为包含从如上所述地选择的肽化合物中包含的碱基序列信息的标签的mRNA合成cDNA,进行PCR扩增,分析碱基序列,由此使发生了结合的肽的氨基酸序列明确。需要说明的是,在一个实施方式中,也能够通过将利用上述而扩增的cDNA进行转录,得到mRNA文库,也可以将这些作为模板再次制造肽化合物的文库。该文库中能够与靶分子结合的肽化合物缩小了范围,因此,可以通过使用该文库进行再次淘选,将能够与靶分子特异性结合的肽化合物进一步缩小范围。能够通过将该工序重复多次而将目标的肽化合物进一步缩小范围。在一个实施方式中,能够基于如上所述地缩小范围的肽化合物中包含的碱基序列信息而鉴定氨基酸序列,从而制造能够与靶分子特异性结合的肽化合物。在一个实施方式中,本申请的筛选方法能够在体外进行。

  在非限定的一个实施方式中,能够通过利用本申请的筛选方法得到的肽化合物采用公知的方法进行化学修饰等,由此将肽化合物最优化。在本说明书中,“最优化”是指通过将翻译合成而成的化合物中的各个氨基酸的结构进行转换,进行化学修饰使得成为更类药物性的肽化合物,进行化学修饰使得成为对药效靶标具有强活性的肽化合物,和/或化学修饰使得成为更加避免毒性的肽化合物。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的筛选方法为,以下工序包括:

  (a)使本申请的文库中包含的肽化合物与靶分子接触的工序;

  (b)选择上述能够与靶分子结合的肽化合物的工序。

  在一个实施方式中,本申请的筛选方法能够通过将上述(a)及(b)的工序重复2次以上,由此将能够与靶分子特异性结合的肽化合物缩小范围。

  靶分子

  对本申请的筛选方法使用的靶分子没有特别限定,可例示:蛋白质、肽、核酸、糖、脂质等,其中优选以蛋白质作为靶标。在一个实施方式中,利用本申请的筛选方法,能够得到抑制蛋白质-蛋白质间的相互作用(PPI)的肽化合物。虽然不意在限制于特定的理论,可认为特别是在PPI的作用面中存在称为热点的部位而使PPI的结合力提高了,因此,能够通过长侧链进入该部位而抑制PPI。即,认为根据本申请的文库、筛选方法,不依赖于靶分子的种类而可得到抑制PPI的肽化合物。

  对活体内的靶分子的存在位置也没有特别限定。在一个实施方式中,根据本申请的文库、筛选方法能够得到膜透过性高的环状肽化合物,或通过衍生物化能够容易地提高膜透过性的环状肽化合物,因此,也能够以细胞内的蛋白质作为目标。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的筛选方法中使用的靶分子被固定于载体而使用。作为载体,只要可以固定靶分子即可,没有特别限定,可例示:珠或树脂。靶分子可以利用公知的方法固定于载体。

  如上所述,对本申请的文库及筛选方法的靶分子没有特别限定,可例示:GTPaseKRas(KRAS)、双特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶(Dual specificity mitogen-activatedprotein kinase kinase 1)(MEK1)、丝裂原活化蛋白激酶3(Mitogen-activated proteinkinase 3)(ERK1)、白介素6受体(IL-6R)。如实施例中记载的那样,本申请的文库中包含相对于各种靶分子能够特异性结合的肽化合物,因此,在一个实施方式中,能够实现至今认为难于进行药物开发的艰难的目标的药物开发。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的环状肽化合物的制造方法,可以包括以下工序:

  (i)使本申请的环状肽化合物的文库中包含的环状肽化合物与靶分子接触的工序;

  (ii)选择能够与该靶分子结合的环状肽化合物的工序;及

  (iii)基于(ii)中选择的环状肽化合物的氨基酸序列而制造环状肽化合物的工序。

  在非限定的一个实施方式中,本申请的文库的制造方法、肽化合物的制造方法、和/或筛选方法能够在体外进行。

  在一个方面中,本申请提供在侧链具有在本说明书中规定的“长侧链”的氨基酸。作为这样的氨基酸,可例示例如:选自由表2-1~表2-6中记载的氨基酸组成的组的氨基酸。

  在一个方面中,本申请提供在侧链具有以下通式(II)或(III)表示的基团的氨基酸。

  

  [式中,

  X1表示单键、任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基;

  X2表示单键,或任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基;

  Y1表示单键、氧原子、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-);

  Y2表示单键、任选被C1-C4烷基取代的C1-C2亚烷基、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-);

  Z1表示氧原子;

  R2及R3各自独立地表示氢原子、C1-C6烷基、C2-C4烯基,或C2-C4炔基,其中,该C1-C6烷基任选被卤原子取代,另外,该C1-C6烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代,

  任选R2及R3,或R2及X1结合而形成3~6元环的环状结构,在这种情况下,该环状结构任选被C1-C4烷基或卤原子取代,环内任选具有氧原子,该环状结构任选是部分不饱和的;

  R4表示C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基,或C1-C6烷酰基,

  R5表示氢原子,R4的C1-C6烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代,

  

  表示结合点。

  B组:卤原子、C1-C4烷基、及C1-C2烷氧基]

  在一个实施方式中,本申请提供在侧链具有以下通式(II)或(HI)表示的基团的氨基酸。

  

  [式中,

  X1表示任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基,

  X2表示任选具有至少一个从下述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基,

  Y1表示氧原子、羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-);

  Y2表示羰基(-CO-),或磺酰基(-SO2-);

  Z1表示氧原子;

  R2及R3各自独立地表示氢原子、C1-C6烷基,其中,该C1-C6烷基任选被卤原子取代,另外,该C1-C6烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代;

  任选R2及R3,或R2及X1结合而形成3~6元环的环状结构,在这种情况下,该环状结构任选被C1-C4烷基或卤原子取代,环内任选具有氧原子,该环状结构任选是部分不饱和的;

  R4表示C1-C6烷基,

  R5表示氢原子,R4的C1-C6烷基中不相邻的1个或2个亚甲基任选被氧原子取代,

  

  表示结合点。

  B组:卤原子、C1-C4烷基、及C1-C2烷氧基]

  上述

  X1优选为任选具有至少一个从上述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基,

  X2优选为任选具有至少一个从上述B组独立选择的取代基的C1-C2亚烷基,

  Y1优选为氧原子;

  Y2优选为羰基(-CO-);

  R2及R3各自独立地为优选为氢原子或C1-C6烷基,其中,该C1-C6烷基任选被卤原子取代,其中,作为该卤原子优选为氟,

  R4优选为C1-C6烷基;

  作为上述B组中的卤原子,优选为氟原子。

  在非限定的一个实施方式中,本申请中的氨基酸可以为以羧基酯键与pdCpA或pCpA连接而成的pdCpA氨基酸或pCpA氨基酸。将经由pdCpA及pCpA的结构与氨基酸的羧基的酯键的连接点示于以下:

  

  [式中,

  

  表示经由与氨基酸的羧基的酯键的连接点]。

  这样的氨基酸,可以使用例如实施例中记载的方法制造。

  在非限定的一个实施方式中,本申请中的氨基酸、pdCpA氨基酸、和/或pCpA氨基酸的主链氨基可以利用保护基保护。作为氨基的保护基,可以使用例如:Fmoc基、Boc基、Cbz基等,但不限于这些。作为氨基的保护方法,可以使用本领域中公知的手段,可以使用实施例中记载的方法。

  在非限定的一个实施方式中,本申请中的氨基酸能够用于肽化合物的化学合成和/或翻译合成中。并不作为限定,例如:可以使用pdCpA氨基酸,和/或pCpA氨基酸而翻译合成肽化合物,也可以使用利用Fmoc基保护的氨基酸化学合成肽化合物。作为这里的肽化合物,优选为环状肽化合物,但不限于这些。

  在一个方面中,本申请提供用于在肽化合物的合成中使用的在侧链具有“长侧链”的氨基酸。在另外的方面中,本申请提供用于在肽化合物的翻译中使用的在侧链具有“长侧链”的氨基酸。作为这里的肽化合物,优选为环状肽化合物,但不限于这些。

  使用了本申请中的氨基酸的肽化合物的化学合成方法及翻译合成方法,可以基于本领域中公知的手段或实施例中记载的方法进行。

  需要说明的是,在本说明书中引用的全部现有技术文献作为参考并入本说明书。

  实施例

  本发明虽然利用以下实施例进行了例示,但并不受限于下述实施例。

  在实施例中使用了以下缩略词。

  AA乙酸铵

  Acbz4-叠氮基苄氧基羰基

  

  AcONH4 乙酸铵

  CH2CN 氰基甲基

  DBU 1,8-二氮杂双环[5.4.0]-7-十一碳烯

  DCM 二氯甲烷

  DCE 1,2-二氯乙烷

  DMF N,N-二甲基甲酰胺

  DIC N,N’-二异丙基碳二亚胺

  DIPEA N-乙基-异丙基丙烷-2-胺或者N,N-二异丙基乙基胺

  MeCN乙腈

  MeOH甲醇

  NMP N-甲基-2-吡咯烷酮

  FA甲酸

  TFA 三氟乙酸

  TFE 2,2,2-三氟乙醇

  HFIP1,1,1,3,3,3-六氟异丙醇

  HOAt1-羟基-7-氮杂苯并三唑

  HOBt1-羟基苯并三唑

  WSCI·HCl 1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)碳二亚胺盐酸盐

  TBME叔丁基甲基醚

  TIPS三异丙基硅烷

  HATUO-(7-氮杂-1H-苯并三唑-1-基)-N,N,N′,N′-四甲基脲六氟磷酸盐

  Allyl 烯丙基

  dba 二亚苄基丙酮

  DEAD偶氮二甲酸二乙酯

  DIAD偶氮二甲酸二异丙酯

  DAST二甲氨基三氟化硫

  DMAP4-二甲基氨基吡啶

  DMSO二甲基亚砜

  Fmoc-Cl 氯甲酸(9H-芴-9-基)甲酯

  Fmoc-OSu(9H-芴-9-基)甲基(2,5-二氧代吡咯烷-1-基)碳酸酯,或N-(9-芴甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺,或9-芴甲基N-琥珀酰亚胺基碳酸酯

  F-Pnaz4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄氧基羰基

  

  GC气相层析

  MeAbu (S)-2-(甲基氨基)丁酸

  Ns硝基苯磺酰基(Nosyl group)

  

  pCpA((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲基二氢磷酸酯

  

  pCpA(THF) ((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲基二氢磷酸酯

  

  PPTS对甲苯磺酸吡啶盐

  TBAF四丁基氟化铵

  TF2O三氟甲磺酸酐

  THF 四氢呋喃

  TMSCl 三甲基氯硅烷

  T3P 丙基膦酸酐

  Trt 三苯甲基

  在肽合成及固相合成中使用的反应溶剂,使用了肽合成用(购自渡边化学、和光纯药)。例如:DCM、DMF、NMP、在DMF中的2%DBU、在DMF中的20%哌啶等。另外,在不以水作为溶剂加入的反应中,使用了脱水溶剂、超脱水溶剂、无水溶剂(购自关东化学,和光纯药等)。

  LC/MS的分析条件如下述所述。

  [表3]

  

  

  

  

  

  

  

  实施例1肽化合物的化学合成

  按照基于WO2013/100132中记载的Fmoc法的肽合成法,以下述基本途径进行了肽的延长。即,5个阶段的工序:1)将Asp侧链的羧酸担载于2-氯三苯甲基树脂而成的,从Asp的N末端出发的基于Fmoc法的肽延长反应,2)从2-氯三苯甲基树脂的切割肽的过程,3)基于利用切割过程从2-氯三苯甲基树脂脱离而产生的Asp侧链的羧酸与肽链N末端(三角单元)的氨基的缩合的酰胺环化,4)肽链中包含的侧链官能团的保护基的脱保护,5)基于制备型HPLC的化合物的纯化。在本实施例中,如果没有特别表述,则为进行了基于该基本途径的肽化合物的合成。

  

  1-1.在利用肽合成仪的肽合成中使用的Fmoc-氨基酸

  在本说明书内记载的肽合成中,在利用肽合成仪的合成中使用了以下Fmoc-氨基酸。需要说明的是,氨基酸的简称记载于表4-1~表4-32中。

  Fmoc-MeLeu-OH、Fmoc-Leu-OH、Fmoc-MeTrp-OH、Fmoc-MePhe-OH、Fmoc-MeIle-OH、Fmoc-Thr(Trt)-OH、Fmoc-MeGly-OH、Fmoc-G-MeAbu-OH、Fmoc-IlE-OH、Fmoc-Ser(tBu)-OH、Fmoc-Trp-OH、Fmoc-MeAla-OH、Fmoc-Val-OH、Fmoc-D-Ala-OH、Fmoc-MeVal-OH、Fmoc-Ala-OH、Fmoc-D-Val-OH、Fmoc-Tyr(tBu)-OH、Fmoc-Tyr(Clt)-OH、Fmoc-D-Leu-OH、Fmoc-Phe(4-CF3)-OH、Fmoc-D-MeAla-OH、Fmoc-Pro-OH、Fmoc-Pic(2)-OH、Fmoc-ETGly-OH、Fmoc-D-Pro-OH、Fmoc-Abu-OH、Fmoc-Ala(3-Pyr)-OH、FmocAla(4-Pyr)-OH、Fmoc-Phe(3-Cl)-OH、Fmoc-Phg-OH、Fmoc-Met(O2)-OH、Fmoc-Ser(Bn)-OH、Fmoc-Hph-OH、Fmoc-Phe{#(CH2)2}-OH、Fmoc-B-MeAla-OH、Fmoc-Ala(Thz)-OH、Fmoc-Gly-OH等购自渡边化学或者Chempep公司或者Chem-Impex公司或者Bachem公司。另外,Fmoc-nPRGly-OH、Fmoc-MePhe(3-Cl)-OH、Fmoc-MeAla(4-Thz)-OH、Fmoc-MeSer(DMT)-OH等通过WO2013/100132中记载的方法进行合成的。另外,Fmoc-Thr(THP)-OH(化合物aa01)、Fmoc-Tyr(3-F,tBu)-OH(化合物aa02)、Fmoc-Tyr(3-F,Pis)-OH(化合物aa03)、Fmoc-MePhe(4-Cl)-OH(化合物aa04)、Fmoc-MeHis(Trt)-OH(化合物aa05)、Fmoc-MeSer(THP)-OH(化合物aa06)、Fmoc-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH(化合物aa10)、Fmoc-MeHph-OH(化合物aa11)、Fmoc-Ser(Ph-3-Cl)-OH(化合物aa12)等如下所述进行合成。

  Fmoc-MeAbu-OH、Fmoc-D-Abu-OH、Fmoc-D-MeLeu-OH、Fmoc-MeNva-OH、Fmoc-(PhEt)NGly-OH、Fmoc-Hse(Et)-OH、Fmoc-Lys(Ac)-OH、Fmoc-Phe(4-CHF2)-OH、Fmoc-Phe(4-OCHF2)-OH购自Amatek公司、渡边化学工业、ChemBioBank公司等。

  另外,Fmoc-Ser(nPr)-OH(化合物aa51)、Fmoc-MeSer(nPr)-OH(化合物aa52)、Fmoc-Ser(iPen)-OH(化合物aa54)、Fmoc-MeSer(iPen)-OH(化合物aa55)、Fmoc-Hnl(7-F2)-OH(化合物aa58)、Fmoc-MeHnl(7-F2)-OH(化合物aa59)、Fmoc-Ser(Ph-2-Cl)-OH(化合物aa60)、Fmoc-MeSer(Ph-2-Cl)-OH(化合物aa65)、Fmoc-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OH(化合物aa67)、Fmoc-Ser(F(4)nPr)-OH(化合物aa72)、Fmoc-Hph(2-Cl)-OH(化合物aa73)、Fmoc-MeHph(2-Cl)-OH(化合物aa75)、Fmoc-Hph(3-Cl)-OH(化合物aa76)、Fmoc-MeHph(3-Cl)-OH(化合物aa78)、Fmoc-Hph(4-Cl)-OH(化合物aa79)、Fmoc-MeHph(4-Cl)-OH(化合物aa81)、Fmoc-MePhe{#(CH2)2}-OH(化合物aa82)、Fmoc-MeSer(Bn)-OH(化合物aa83)、Fmoc-Hyp(Et)-OH(化合物aa84)、Fmoc-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH(化合物aa88)、Fmoc-nPenGly-OH(化合物aa89)、Fmoc-nHexGly(化合物aa90)、Fmoc-(EtOEt)NGly-OH(化合物aa91)、Fmoc-(PhOEt)NGly-OH(化合物aa92)、Fmoc-Gln(Me2)-OH(化合物aa94)等,Fmoc-MeGln(Me2)-OH(化合物aa96)、Fmoc-Gln(Me)-OH(化合物aa98)等,Fmoc-MeGln(Me)-OH(化合物aa101)、Fmoc-Ser(NtBu-Aca)-OH(化合物aa104)、Fmoc-MeSer(NtBu-Aca)-OH(化合物aa105)、Fmoc-MeHse(Et)-OH(化合物aa106)、Fmoc-Nle(6-OTHP)-OH(化合物aa107)、Fmoc-Abu(pip-4-F2)-OH(化合物aa109)、Fmoc-MeAbu(pip-4-F2)-OH(化合物aa110)、Fmoc-MeAbu(pip-3-F2)-OH(化合物aa116)、Fmoc-Abu(Mor)-OH(化合物aa123)、Fmoc-MeAbu(Mor)-OH(化合物aa125)、Fmoc-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OH(化合物aa126)、Fmoc-Pro(pip-4-F2)-OH(化合物aa130)、Fmoc-cisPro(pip-4-F2)-OH(化合物aa133)、Fmoc-Ahp(2)(3-R-OTHP)-OH(化合物aa137)、Fmoc-Ser(EtOTHP)-OH(化合物aa142)、Fmoc-MeSer(EtOTHP)-OH(化合物aa147)、Fmoc-Ser(S-2-PrOTHP)-OH(化合物aa154)、Fmoc-MeSer(S-2-PrOTHP)-OH(化合物aa159)、Fmoc-Ser(R-2-PrOTHP)-OH(化合物aa166)、Fmoc-MeSer(R-2-PrOTHP)-OH(化合物aa171)、Fmoc-Ser(tBuOH)-OH(化合物aa173)、Fmoc-Ser(tBuOTHP)-OH(化合物aa174)、Fmoc-MeSer(tBuOTHP)-OH(化合物aa175)、Fmoc-Ser(2-Me-BuOH)-OH(化合物aa181)、Fmoc-Ser(2-Me-BuOTHP)-OH(化合物aa182)、Fmoc-MeSer(2-Me-BuOH)-OH(化合物aa184)、Fmoc-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OH(化合物aa186)、Fmoc-MePhe(4-CF3)-OH(化合物aa187)、Fmoc-MePhe(4-CHF2)-OH(化合物aa188)、Fmoc-MePhe(4-OCHF2)-OH(化合物aa189)、Fmoc-Ser(Ph-4-Cl)-OH(化合物aa190)、Fmoc-Ser(Et-2-Mor)-OH(化合物aa191)、Fmoc-nBuGly-OH(化合物aa192)、Fmoc-iPenGly-OH(化合物aa193)、Fmoc-Abu(5-Oxo-Odz)-OH(化合物aa194)、Fmoc-MeAbu(5-Oxo-Odz)-OH(化合物aa196)、Fmoc-MeAla(3-Pyr)-OH(化合物aa197)、Fmoc-Ser(Et-2-NMe2)-OH(化合物aa198)、Fmoc-Gln(Ms)-OH(化合物aa199)、Fmoc-Ser(1-CF3-EtOH)-OH(化合物aa201)、Fmoc-MeSer(1-CF3-EtOH)-OH(化合物aa202)、Fmoc-Ser(1-CF3-EtOTHP)-OH(化合物aa203)、Fmoc-Hnl(7-F3-6-OH)-OH(化合物aa208)如下所述进行合成。

  [表4-1]

  氨基酸的简称

  

  [表4-2]

  

  [表4-3]

  

  [表4-4]

  

  [表4-5]

  

  [表4-6]

  

  [表4-7]

  

  [表4-8]

  

  [表4-9]

  

  [表4-10]

  

  [表4-11]

  

  [表4-12]

  

  [表4-13]

  

  [表4-14]

  

  [表4-15]

  

  [表4-16]

  

  [表4-17]

  

  [表4-18]

  

  [表4-19]

  

  [表4-20]

  

  [表4-21]

  

  [表4-22]

  

  [表4-23]

  

  [表4-24]

  

  [表4-25]

  

  [表4-26]

  

  [表4-27]

  

  [表4-28]

  

  [表4-29]

  

  [表4-30]

  

  [表4-31]

  

  [表4-32]

  

  1-2.在利用肽合成仪的肽合成中使用的氨基酸合成

  (2S,3R)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁酸(化合物aa01,Fmoc-Thr(THP)-OH)的合成

  

  向(2S,3R)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-羟基丁酸一水合物(Fmoc-Thr-OH的一水合物,购自东京化成,5.0g,13.9mmol)与对甲苯磺酸吡啶(PPTS,0.175g,0.70mmol)的混合物中加入甲苯(50ml),在减压下蒸馏除去甲苯,由此利用共沸而除去包含的水分。向得到的残渣加入超脱水四氢呋喃(THF,28ml)和3,4-二氢-2H-吡喃(8.8ml,97mmol),在氮气氛围中,在50度搅拌4小时。通过LCMS(SQDFA05)确认原料消失后,将混合物冷却至25度,加入乙酸乙酯(30ml)。接着,加入饱和氯化钠水溶液(30ml)而对有机层进行洗涤,利用乙酸乙酯(30ml)对水层进行萃取。将得到的全部有机层混合,将其进一步利用饱和氯化钠水溶液(30ml)洗涤两次。用硫酸钠使有机层干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,得到了粗产物(9.3g)。

  将得到的粗产物中的4.65g溶解于四氢呋喃(THF,30ml)中,然后加入调制为pH8.0的1.0M磷酸缓冲液(30ml)。将该混合物于50度搅拌4小时。冷却至25度之后,加入乙酸乙酯(30ml),将有机层与水层分离。向水层加入乙酸乙酯(30ml)而进行萃取之后,将得到的全部有机层混合,利用饱和氯化钠水溶液(30ml)洗涤两次。用硫酸钠使有机层干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵在减压下于25度干燥30分钟。

  将得到的残渣溶解于乙醚(50ml)中,然后加入庚烷(50ml)。在控制的减压下(~100hPa),仅蒸馏除去乙醚,对得到的混合物进行过滤而得到了固体。将该利用庚烷的洗涤操作重复了两次。得到的固体利用泵在减压下,于25度干燥2小时,得到了Fmoc-Thr(THP)-OH的钠盐(2.80g,6.26mmol)。

  向得到的总量的Fmoc-Thr(THP)-OH的钠盐加入乙酸乙酯(50ml)和pH2.1的0.05M磷酸水溶液(140ml),于25度搅拌5分钟后,将有机层与水层分离。向水层加入乙酸乙酯(50ml)萃取之后,将得到的全部有机层混合,利用饱和氯化钠水溶液(50ml)洗涤两次。用硫酸钠使有机层干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将残渣利用泵在减压下,于25度干燥2小时,将得到的固体溶解于叔丁基甲基醚(TBME,50ml)中,在减压下蒸馏除去溶剂。进一步,利用泵在减压下,于25度干燥1小时,由此以源自THP保护的不对称碳的非对映体形式得到了(2S,3R)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁酸(化合物aa01,Fmoc-Thr(THP)-OH,2.70g,残留有30mol%的叔丁基甲基醚(TBME))。得到的Fmoc-Thr(THP)-OH利用-25度的冰箱保存。

  LCMS(ESI)m/z=424.2(M-H)-

  保留时间:0.84分钟,0.85分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氟-4-羟苯基)丙酸(S)-甲酯(化合物aa07,Fmoc-Tyr(3-F)-OMe)的合成

  

  (S)-2-氨基-3-(3-氟-4-羟苯基)丙酸(H2N-TyR(3-F)-OH,购自Astatech公司,2.0g,10.0mmol)溶解在10%碳酸钠水溶液中之后,利用滴液漏斗于0度添加了(2,5-二氧代吡咯烷-1-基)(9H-芴-9-基)碳酸甲酯(Fmoc-OSu,3.39g,10.0mmol)的1.4-二噁烷(35ml)的溶液。反应液于25度搅拌40分钟后,加入水(35ml)、乙醚(70ml),用乙醚洗涤3次。用5N盐酸水溶液将水层的pH调整为2~3之后,利用乙酸乙酯萃取3次(100ml×3)。用硫酸镁使有机层干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵干燥。不进行进一步纯化而将得到的残渣(4.08g)直接用于以下反应。

  将上述残渣(1.04g)溶解于甲醇(10ml)中,于0度滴加了亚硫酰氯(SOCl2,539μl,7.38mmol)。反应液在于60度搅拌1小时之后,冷却至室温,使用蒸发仪蒸馏除去溶剂。向得到的残渣加入乙酸乙酯、水,利用乙酸乙酯萃取2次。用饱和食盐水洗涤有机层,用硫酸镁对其干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵干燥。将得到的残渣利用闪蒸柱层析(Purifpack(注册商标)SIZE200,己烷/乙酸乙酯)进行纯化,以2步产率84%得到2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氟-4-羟苯基)丙酸(S)-甲酯(化合物aa07,Fmoc-Tyr(3-F)-Ome,900mg,2.07mmol)。

  LCMS(ESI)m/z=436.4(M+H)+

  保留时间:0.82分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(4-(叔丁氧基)-3-氟苯基)丙酸(化合物aa02,Fmoc-Tyr(3-F,tBu)-OH)的合成

  

  向2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氟-4-羟苯基)丙酸(S)-甲酯(化合物aa07,Fmoc-Tyr(3-F)-Ome,300mg,0.689mmol)的四氢呋喃(THF)溶液(690μl),于0度滴加了2,2,2-三氯乙酰亚胺酸叔丁酯(308μl,1.72mmol)和催化剂量的三氟化硼-乙醚复合物(BF3-OEt2,13.1μl,0.103mmol)。反应液在于25度搅拌1小时之后,再次加入相同量的2,2,2-三氯乙酰亚胺酸叔丁酯(308μl,1.72mmol)和三氟化硼-乙醚复合物(BF3-OEt2,13.1μl,0.103mmol),将反应液于25度进一步搅拌1小时。将反应液用二氯甲烷(DCM)稀释,加入饱和碳酸氢钠水溶液。利用二氯甲烷萃取之后,利用饱和碳酸氢钠水溶液、饱和食盐水对有机层进行洗涤。用硫酸钠使有机层干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵干燥。将得到的残渣利用闪蒸柱层析(Purif pack(注册商标)SIZE60,己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了为混合物形式的2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(4-(叔丁氧基)-3-氟苯基)丙酸(S)-甲酯(Fmoc-Tyr(3-F,tBu)-OMe)。

  将上述得到的混合物(40mg)溶解于二氯乙烷(DCE)(810μl)中,加入三甲基氢氧化锡(IV)(ME3SnOH,29.4mg,0.163mmol),于60度搅拌1小时。向反应液中加入甲酸(15.35μl,0.407mmol)之后,利用反相层析(Wakosil 25C18 10g,0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,由此以2步产率93%得到(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(4-(叔丁氧基)-3-氟苯基)丙酸(化合物aa02,Fmoc-Tyr(3-F,tBu)-OH,27mg,56.5μMol)。

  LCMS(ESI)m/z=478.3(M+H)+

  保留时间:0.94分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氟-4-((2-苯基丙烷-2-基)氧基)苯基)丙酸(S)-甲酯(化合物aa08,Fmoc-Tyr(3-F,Pis)-OMe)的合成

  

  将2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氟-4-羟苯基)丙酸(S)-甲酯(化合物aa07,Fmoc-Tyr(3-F)-Ome,200mg,0.459mmol)溶解在THF(460μl)中之后,于0度滴加了另外制备的2,2,2-三氯乙酰亚胺酸2-苯基丙烷-2-基酯(化合物aa09,322mg,1.15mmol)和催化剂量的三氟化硼-乙醚复合物(BF3-OEt2,8.73μl,0.069mmol)。反应液于室温搅拌30分钟后,于0度滴加了相同量的2,2,2-三氯乙酰亚胺酸2-苯基丙烷-2-基酯(322mg,1.15mmol)和催化剂量的三氟化硼-乙醚复合物(BF3-OEt2,8.73μl,0.069mmol)。反应液在于室温进一步搅拌30分钟后,利用二氯甲烷稀释反应液,在冰冷却下加入了饱和碳酸氢钠水溶液。利用二氯甲烷萃取之后,用饱和食盐水对有机层进行洗涤。用硫酸钠使有机层干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵干燥。利用二氯甲烷/己烷=1/1(20ml,10ml)将得到的残渣洗涤2次,通过过滤除去白色固体。将得到的滤液浓缩,将残渣利用闪蒸柱层析(PurifpackSIZE20,己烷/乙酸乙酯,0.1%二异丙基乙基胺(DIPEA))进行纯化,以83%的产率得到2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氟-4-((2-苯基丙烷-2-基)氧基)苯基)丙酸(S)-甲酯(化合物aa08,Fmoc-Tyr(3-F,Pis)-Ome,210mg,0.379mmol)。

  LCMS(ESI)m/z=554.4(M+H)+

  保留时间:1.09分钟(分析条件SQDFA05)

  2,2,2-三氯乙酰亚胺酸2-苯基丙烷-2-基酯(化合物aa09)的制备

  

  于22度向2-苯基丙烷-2-醇(购自Wako公司,2.0g,14.7mmol)的乙醚(ET2O)溶液(4.8ml),通过滴加加入了1.9M NaHMDS的四氢呋喃(THF)溶液(850μl,1.62mmol)。于相同温度将反应液搅拌20分钟后,冷却至0度,滴加了2,2,2-三氯乙腈(1.47ml,14.7mmol)。反应液在于0度搅拌10分钟后,升温至15度,进一步搅拌1小时。反应液利用蒸发仪进行浓缩,向得到的残渣加入己烷(1.8ml)和甲醇(65μl),于15度搅拌15分钟。将得到的固体过滤,用己烷(2.0ml)洗涤3次,得到了2,2,2-三氯乙酰亚胺酸2-苯基丙烷-2-基酯(化合物aa09)4.19g。不进行进一步纯化而直接用于反应。

  1H NMR(Varian 400-MR,400MHz,CDCl3)δ1.89(6H,s),7.28(1H,m),7.36(2H,m),7.43(2H,m),8.20(1H,brs)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氟-4-((2-苯基丙烷-2-基)氧基)苯基)丙酸(化合物aa03,Fmoc-Tyr(3-F,Pis)-OH)的合成

  

  将2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氟-4-((2-苯基丙烷-2-基)氧基)苯基)丙酸(S)-甲酯(化合物aa08,Fmoc-Tyr(3-F,Pis)-Ome,210mg,0.379mmol)溶解于二氯乙烷(DCE)(1.26ml)中,加入三甲基氢氧化锡(IV)(ME3SnOH,137mg,0.379mmol),于60度搅拌3小时。反应液利用蒸发仪进行浓缩,加入叔丁基甲基醚(TBME,2.0ml)和0.05M磷酸水溶液(pH2.1,4.0ml),于25度搅拌15分钟。有机层发生分离后,水层利用叔丁基甲基醚(TBME,1ml)萃取2次。用硫酸钠使有机层干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵干燥。将得到的残渣0.1%甲酸乙腈溶液中溶解,搅拌15分钟之后,得到的溶液-反相层析(WAkOSil 25C18 30g,0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)利用进行纯化,由此以产率93%得到(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氟-4-((2-苯基丙烷-2-基)氧基)苯基)丙酸(化合物aa03,Fmoc-Tyr(3-F,Pis)-OH,190mg,0.352mmol)。

  LCMS(ESI)m/z=538.2(M-H)-

  保留时间:1.00分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(4-氯苯基)丙酸(化合物aa04,Fmoc-MePhe(4-Cl)-OH)的合成

  

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(4-氯苯基)丙酸(Fmoc-Phe(4-Cl)-OH,向170g,402.96mmol)的甲苯(2.5L)溶液加入多聚甲醛(48g,1.60mol)和10-樟脑磺酸(CSA,4.6g,19.83mmol),于110度搅拌16小时。接着,反应溶液利用饱和碳酸氢钠水溶液(1.0L)洗涤2次,饱和氯化钠水溶液(1.0L)2次。用硫酸钠使有机层干燥,通过过滤除去固体,在减压下,蒸馏除去溶剂而得到了160g的4-(4-氯苄基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(S)-(9H-芴-9-基)甲酯。

  向与通过同样的操作制备的不同批次混合的4-(4-氯苄基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(S)-(9H-芴-9-基)甲酯(230g,530.10mmol)的二氯甲烷(2.5L)溶液中,混合三乙基硅烷(881g,7.58mol)和三氟乙酸(TFA,2518g,22.28mol),于30度搅拌12小时。接着在减压下,蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用二氯甲烷/己烷(1/10,v/v)进行重结晶,由此得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(4-氯苯基)丙酸(化合物aa04,Fmoc-MePhe(4-Cl)-OH,205g)。

  LCMS(ESI)m/z=436.3(M+H)+

  保留时间:0.99分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(1-三苯甲基-1H-咪唑-4-基)丙酸(化合物aa05,Fmoc-MeHis(Trt)-OH)的合成

  

  在3L的烧瓶中,加入(S)-3-(1H-咪唑-4-基)-2-(甲基氨基)丙酸盐酸盐(75g,364.71mmol)的二氯甲烷(1.0L)溶液和二氯二甲基硅烷(51g,395.16mmol)、三乙胺(40g,395.30mmol)。接着,加入(氯甲烷三基)三苯(Trt-Cl,111g,398.17mmol)的二氯甲烷(500ml)溶液和三乙胺(40g,395.30mmol)。将得到的反应溶液在加热回流下,搅拌4小时,进一步于20度搅拌2小时。向反应溶液中加入甲醇而终止反应,接着在减压下蒸馏除去溶剂。利用三乙胺使pH为8~8.5,得到了125g的固体。

  向得到的固体加入1,4-二噁烷(1.0L)、碳酸钾(84g,603.39mmol)、水(1.0L)。进一步加入(2,5-二氧代吡咯烷-1-基)(9H-芴-9-基)甲基碳酸酯(Fmoc-OSu,102g,302.38mmol),于0度搅拌2小时。得到的反应溶液在利用乙醚(2.0L)洗涤后,使用将乙酸溶液的pH调整为6~7。将得到的固体过滤,由此得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(1-三苯甲基-1H-咪唑-4-基)丙酸(化合物aa05,Fmoc-MeHis(Trt)-OH,155g)。

  LCMS(ESI)m/z=634.4(M+H)+

  保留时间:1.07分钟(分析条件SQDAA05)

  (2S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙酸(化合物aa06,Fmoc-MeSer(THP)-OH)的合成

  

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-羟基丙酸(Fmoc-MeSer-OH)通过WO2013/100132中记载的方法进行合成的。向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-羟基丙酸(Fmoc-MeSer-OH,15g,43.9mmol)的四氢呋喃(88ml)溶液,加入对甲苯磺酸吡啶(PPTS,0.552g,2.197mmol)和3,4-二氢-2H-吡喃(23.85ml),于50度搅拌4小时。将混合物冷却至25度,加入乙酸乙酯(90ml)。接着,利用饱和氯化钠水溶液(90ml)对有机层进行洗涤,利用乙酸乙酯(90ml)对水层进行萃取。将得到的全部有机层混合,将其进一步利用饱和氯化钠水溶液(90ml)洗涤两次。用硫酸钠使有机层干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。

  得到的残渣中的15.0g溶解于四氢呋喃(175ml)中,然后加入调制为pH8.0的1.0M磷酸缓冲液(175ml)。将该混合物于50度搅拌3小时。冷却至25度之后,加入乙酸乙酯(175ml),将有机层与水层分离。向水层加入乙酸乙酯(175ml)进行萃取之后,将得到的全部有机层混合,利用饱和氯化钠水溶液(175ml)洗涤两次。用硫酸钠使有机层干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。

  将得到的残渣溶解于二氯甲烷(100ml)中,然后加入庚烷(250ml)。在控制的减压下(~100hPa),仅蒸馏除去二氯甲烷,对得到的混合物进行过滤而得到了固体。将该利用庚烷的洗涤操作重复了两次。得到的固体利用泵在减压下于25度干燥2小时。

  向得到的残渣加入叔丁基甲基醚(TBME,250ml)和pH2.1的0.05M磷酸水溶液(700ml),于25度搅拌5分钟后,将有机层与水层分离。向水层加入叔丁基甲基醚(TBME,250ml)进行萃取之后,将得到的全部有机层混合,利用饱和氯化钠水溶液(250ml)洗涤两次。用硫酸钠使有机层干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将残渣利用泵在减压下于25度干燥2小时,由此得到了(2S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙酸(化合物aa06,Fmoc-MeSer(THP)-OH,9.0g,残留有30mol%的叔丁基甲基醚(TBME))。得到的Fmoc-MeSer(THP)-OH利用-25度的冰箱保存。

  LCMS(ESI)m/z=426.4(M+H)+

  保留时间:0.86分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-L-丝氨酸(化合物aa10,Fmoc-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)的合成

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-L-丝氨酸(化合物aa10,Fmoc-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)是下述途径进行合成的。

  

  (5-氟吡啶-3-基)甲醇(化合物aa14)的合成

  

  在氮气氛围中向市售的5-氟异烟酸(化合物aa13)(14.1g,100mmol)加入THF(200ml),使用机械搅拌器搅拌。然后,于室温加入三乙胺(19.51ml,140mmol),搅拌至固体完全溶解之后,将反应液使用冰浴冷却。之后,滴加氯甲酸乙酯(11.5ml,120mmol),在冰浴下搅拌30分钟。之后,使用干冰浴使得反应液冷却成为-60℃以下,以使得反应液不超过-20℃的方式经历5分钟以上滴加了LiAlH4(氢化铝锂)的THF溶液(2.5M,40ml,100mmol)。反应液在于-78℃搅拌3小时之后,以使得反应液不超过-20℃的方式加入了乙酸乙酯(69ml)。之后,使用冰浴进一步搅拌1小时,加入水(18ml)于室温搅拌15分钟。反应液使用NH硅胶进行过滤,减压浓缩,由此以黄色的油状成分的形式得到了(5-氟吡啶-3-基)甲醇(化合物aa14)(9.28g,73%)。

  LCMS(ESI)m/z=128(M+H)+

  保留时间:0.28分钟(分析条件SQDFA05)

  3-(溴甲基)-5-氟吡啶氢溴酸盐(化合物aa15)的合成

  

  将圆底烧瓶与经用丙酮/干冰冷却的冷凝器连接,在氮气氛围中,加入(5-氟吡啶-3-基)甲醇(化合物aa14)(8.21g,64.6mmol)、25%HBR乙酸溶液(96ml,388mmol)。需要说明的是,反应在开放体系中进行,为了补集产生的HBr而使用了1M氢氧化钠水溶液。在将反应液缓慢搅拌的同时从室温升温至100℃,进一步搅拌3小时。之后将反应液冷却至室温,重复进行缓慢加入二异丙醚(48ml)3次,将得到的固体过滤,由此以灰色的固体的形式得到了3-(溴甲基)-5-氟吡啶氢溴酸盐(化合物aa15)(12.43g,71%)。

  1H NMR(Varian400-MR,400MHz,d-DMSO)δ4.77(2H,S),7.85-7.88(1H,m),8.55-8.56(2H,m)

  O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸(化合物aa17,Trt-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向叔戊醇钠(NaOtPen)(13.7g,125mmol)中加入THF(45.8ml)搅拌后,分成3次加入市售的三苯甲基丝氨酸的三乙胺盐(Trt-Ser-OH三乙胺盐)(11.24g,25mmol),于室温搅拌30分钟。在将反应液使用冰浴搅拌15分钟而冷却之后,滴加3-(溴甲基)-5-氟吡啶氢溴酸盐(化合物aa15,8.13g,30mmol)的DMF溶液(16ml),进一步加入DMF(14ml)。将反应液在冰浴下搅拌45分钟后,滴加3-(溴甲基)-5-氟吡啶氢溴酸盐(化合物aa15,2.03g,7.5mmol)的DMF溶液(4.0ml),进一步加入DMF(4.0ml)。之后,将反应液于室温进一步搅拌1小时,加入水(125ml)。将得到的混合液用叔丁基甲基醚(TBME)进行洗涤,对有机层用水进行萃取。汇总得到的水层,使用饱和磷酸二氢钠水溶液(15ml)调整为pH=7之后,使用乙酸乙酯萃取2次。汇总得到的有机层,使用将饱和食盐水稀释2倍而成的溶液洗涤3次,之后,利用饱和食盐水洗涤2次。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,以黄色的非晶体的形式得到了O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸(化合物aa17,Trt-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(11.07g,97%)。

  LCMS(ESI)m/z=455(M-H)-

  保留时间:0.86分钟(分析条件SQDFA05)

  O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-L-丝氨酸(化合物aa18,H-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH))的合成

  

  于室温向O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸(化合物aa17,Trt-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(10.76g,23.57mmol)的1.4-二噁烷溶液(21.5ml)加入了5~10%的盐酸/甲醇溶液(64.2ml)。于室温搅拌反应液10分钟至20分钟后,加入1.4-二噁烷(135ml)。进一步以追加形式加入1.4-二噁烷(90ml)之后,如下述所示的方式,加入事先少量制备的晶种(5mg),于室温进一步搅拌30分钟。将得到的固体过滤,用二异丙醚(50ml)洗涤4次,在减压下干燥,由此以盐酸盐的形式得到了O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-L-丝氨酸(化合物aa18,H-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH))(6.58g,95%)。

  LCMS(ESI)m/z=213(M-H)-

  保留时间:0.24分钟(分析条件SQDAA05)

  O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-L-丝氨酸(化合物aa18,H-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH))的晶种的制备

  向O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸(化合物aa17,Trt-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(98mg,2.69mmol)的1.4-二噁烷溶液(819μl)于室温加入5~10%的盐酸/甲醇溶液(2.45ml),搅拌5小时。向反应液中加入1.4-二噁烷(6.0ml),将得到的固体过滤,利用二异丙醚进行洗涤,在减压下干燥,由此以盐酸盐的形式得到了O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-L-丝氨酸(化合物aa18,H-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH))(222.5mg,86%)。

  LCMS(ESI)m/z=213(M-H)-

  保留时间:0.24分钟(分析条件SQDAA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-L-丝氨酸(化合物aa10,Fmoc-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)的合成

  

  向O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-L-丝氨酸(化合物aa18,H-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH))的盐酸盐(6.37g,22.19mmol)中,于室温加入水(42ml)、1.4-二噁烷(115ml)、二异丙基乙基胺(DIPEA)(13.53ml,78mmol)而进行搅拌。之后,向反应液于室温加入N-琥珀酰亚胺9-芴基甲基碳酸酯(Fmoc-OSu)(7.86g,23.3mmol),于室温搅拌。通过LC-MS确认原料消失后,向反应液于室温加入水(56.2ml),利用25%叔丁基甲基醚(MTBE)/己烷溶液洗涤2次。使用饱和磷酸二氢钠水溶液(NaH2PO4)调整得到的水层使得pH=6.1。之后,利用乙酸乙酯萃取2次,汇总得到的有机层,利用饱和食盐水稀释2倍而成的溶液、饱和食盐水进行洗涤。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,以黄色的固体的形式得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-L-丝氨酸(化合物aa10,Fmoc-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(9.47g,98%)。

  LCMS(ESI)m/z=437(M+H)+

  保留时间:0.86分钟(分析条件SQDAA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-苯基丁酸(化合物aa11,Fmoc-MeHph-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-苯基丁酸(100g,244.11mmol)的甲苯溶液(1.5L)中,于室温加入甲苯磺酸(TsOH)(2.575g,14.95mmol),多聚甲醛(15.96g,488.77mmol),于110℃搅拌16小时。在有机层中加入水,用水洗涤3次之后,将得到的有机层和对得到的水层利用乙酸乙酯萃取而成的有机层合并,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,以粗产物的形式得到了100g的(S)-5-氧代-4-苯乙基噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯。

  向如上所述得到的(S)-5-氧代-4-苯乙基噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)酯(50g,118.51mmol)的二氯甲烷溶液(700ml)中加入三乙基硅烷(Et3SiH)、三氟乙酸(TFA)(700ml),于25℃搅拌16小时。将反应液减压浓缩,向得到的残渣加入碳酸钾水溶液,利用石油醚进行洗涤。得到的水层使用浓盐酸调整使得pH=3,利用乙酸乙酯进行萃取。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,向得到的残渣加入甲醇、己烷而再次减压浓缩,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-苯基丁酸(化合物aa11,Fmoc-MeHph-OH)(29.5g,58%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=416(M+H)+

  保留时间:0.95分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氯苯氧基)丙酸(化合物aa12,Fmoc-Ser(Ph-3-Cl)-OH)的合成

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氯苯氧基)丙酸(化合物aa12,Fmoc-Ser(Ph-3-Cl)-OH)通过下述的途径进行合成的。

  

  3-(3-氯苯氧基)-2-(三苯甲基氨基)丙酸(S)-甲酯(Trt-Ser(Ph-3-Cl)-OMe)(化合物aa20)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的3-羟基-2-(三苯甲基氨基)丙酸(S)-甲酯(化合物aa19,Trt-Ser-OMe)(6.0g,16.6mmol)和三苯基膦(PPh3)(8.71g,33.2mmol)的甲苯溶液(35ml)中,于室温加入2.2M的偶氮二甲酸二乙酯(DEAD)的甲苯溶液(15.06ml,33.2mmol),将反应液于50℃搅拌30分钟。将反应液减压浓缩之后,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了3-(3-氯苯氧基)-2-(三苯甲基氨基)丙酸(S)-甲酯(Trt-Ser(Ph-3-Cl)-OMe)(化合物aa20)(4.43g,57%)。

  1H NMR(Varian 400-MR,400MHz,d-DMSO)δ3.17(3H,s),3.49-3.51(1H,m),4.06-4.08(1H,m),4.19-4.22(1H,m),6.83-6.85(1H,m),6.99-7.01(2H,m),7.20-7.21(3H,m),7.28-7.30(7H,m),7.42-7.44(6H,m)

  (S)-2-氨基-3-(3-氯苯氧基)丙酸(化合物aa21,H-Ser(Ph-3-Cl)-OH)的合成

  

  向3-(3-氯苯氧基)-2-(三苯甲基氨基)丙酸(S)-甲酯(Trt-Ser(Ph-3-Cl)-OMe)(化合物aa20)(3.9g,8.26mmol)的1.4-二噁烷溶液(80ml)中,于室温加入1.0M氢氧化锂/甲醇溶液(83ml),将反应液于50℃搅拌3小时。将反应液减压浓缩之后,向得到的残渣加入三氟乙酸(TFA)(30ml),于50℃搅拌10分钟。之后,将反应液减压浓缩,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,得到了(S)-2-氨基-3-(3-氯苯氧基)丙酸(化合物aa21,H-Ser(Ph-3-Cl)-OH)(850mg,48%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=216(M+H)+

  保留时间:0.37分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氯苯氧基)丙酸(化合物aa12,Fmoc-Ser(Ph-3-Cl)-OH)的合成

  

  向(S)-2-氨基-3-(3-氯苯氧基)丙酸(化合物aa21,H-Ser(Ph-3-Cl)-OH)(850mg,3.94mmol)和碳酸N-琥珀酰亚胺9-芴基甲酯(Fmoc-OSu)(1.33g,3.94mmol)于室温加入1,4-二噁烷(20ml)和水(20ml)之后,加入碳酸铯(2.569g,7.88mmol),于室温搅拌。通过LC-MS确认原料消失后,加入水(20ml),利用乙醚(40ml)洗涤2次。得到的水层使用5N盐酸水溶液调整至成为pH=2,利用乙酸乙酯萃取2次。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氯苯氧基)丙酸(化合物aa12,Fmoc-Ser(Ph-3-Cl)-OH)(1.42g,82%)。

  LCMS(ESI)m/z=438(M+H)+

  保留时间:0.91分钟(分析条件SQDFA05)

  Fmoc-Ser(nPr)-OH(化合物aa51)的合成依照以下方案进行。

  

  O-烯丙基-N-(叔丁氧羰基)-L-丝氨酸(化合物aa50,Boc-Ser(Allyl)-OH)的合成

  

  将(叔丁氧羰基)-L-丝氨酸(Boc-Ser-OH)(50g,234.65mmol)溶解于脱水二甲基甲酰胺(DMF)(250ml),在冰冷却下(10度以下)加入氢化钠(22g,916.67mmol,60%油分散)。在冰冷却下搅拌30分钟后,在冰冷却下滴加而加入3-溴丙-1-烯(36.7g,303.37mmol)(10度以下)。加入后,反应液在于25度搅拌16小时之后,加入冰水(500ml)使反应急冷,利用乙酸乙酯进行萃取(500ml X 3次)。将有机层用饱和食盐水洗涤3次,利用无水硫酸钠进行干燥。过滤之后,通过减压浓缩而除去乙酸乙酯,得到了包含目标物的粗产物。将同样的反应实施3次,将计4批粗产物汇总而利用柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了O-烯丙基-N-(叔丁氧羰基)-L-丝氨酸(化合物aa50,Boc-Ser(Allyl)-OH)(196.7g,82%)。

  LCMS(ESI)m/z=268(M+NA)+

  保留时间:0.90分钟(分析条件SMD方法17)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-丙基-L-丝氨酸(化合物aa51,Fmoc-Ser(nPr)-OH)的合成

  

  将O-烯丙基-N-(叔丁氧羰基)-L-丝氨酸(化合物aa50,Boc-Ser(Allyl)-OH)(148g,603.41mmol)溶解于甲醇(1000ml),加入氨的甲醇溶液(2M,453ml)于室温搅拌20分钟。之后,加入Pd/C(29.6g),在氢气氛围中(5atm)于25度搅拌16小时。之后,通过硅藻土过滤除去固体,通过减压浓缩除去溶剂,由此得到了N-(叔丁氧羰基)-O-丙基-L-丝氨酸(Boc-Ser(nPr)-OH)(146.7g,98%)。

  将得到的N-(叔丁氧羰基)-O-丙基-L-丝氨酸(Boc-Ser(nPr)-OH)(146.7g)溶解于1,4-二噁烷(500ml)中,滴加浓盐酸(297ml)之后,于室温搅拌16小时。向反应液中加入碳酸钾水溶液,将pH从7调节至8,加入N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(240.17g)及碳酸钾(165.1g,1.19mol)于室温搅拌16小时。之后,将反应液用己烷洗涤3次,加入盐酸水溶液(6M)将水层的pH从1调节至2,利用乙酸乙酯萃取3次。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤后进行浓缩而除去溶剂。得到的粗产物利用己烷及醚进行洗涤,利用反相柱层析进行纯化,以白色固体的形式得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-丙基-L-丝氨酸(化合物aa51,Fmoc-Ser(nPr)-OH)(103.2g,24%)。

  LCMS(ESI)m/z=370(M+H)+

  保留时间:2.11分钟(分析条件SMD方法18)

  化合物aa52的合成依照以下方案进行。

  

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-丙基-L-丝氨酸(化合物aa52,Fmoc-MeSer(nPr)-OH)的合成

  

  将N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-丙基-L-丝氨酸(化合物aa51,Fmoc-Ser(nPr)-OH)(67g,181.37mmol)、对甲苯磺酸(TsOH)(1.86g,10.80mmol)及多聚甲醛((CH2O)n)(10.86g)悬浮于甲苯(670ml)中,在氮气氛围中,于110度搅拌16小时。之后,将反应液利用乙酸乙酯稀释,利用饱和碳酸氢钠水溶液洗涤2次。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤及减压浓缩,由此除去溶剂,以粗产物的形式得到了(S)-5-氧代-4-(丙氧基甲基)噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯。

  将作为得到的粗产物的(S)-5-氧代-4-(丙氧基甲基)噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(30g,78.65mmol)溶解于二氯甲烷(DCM)(480ml)中,于室温加入了三乙基硅烷(Et3SiH)(28g,240.80mmol)及三氟乙酸(TFA)(480ml)。将该反应液在于室温搅拌2天之后,将反应液减压浓缩。将得到的残渣溶解于碳酸钾水溶液中,将其利用己烷洗涤2次。之后,向水层加入浓盐酸将pH调节至2~3,利用乙酸乙酯萃取2次。有机层用饱和食盐水洗涤3次,利用无水硫酸钠进行干燥之后,进行过滤。通过减压浓缩除去溶剂,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-丙基-L-丝氨酸(化合物aa52,Fmoc-MeSer(nPr)-OH)(24g,80%)。

  LCMS(ESI)m/z=384(M+H)+

  保留时间:1.68分钟(分析条件SMD方法19)

  化合物aa54(Fmoc-Ser(iPen)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  N-(叔丁氧羰基)-O-(3-甲基丁-2-烯-1-基)-L-丝氨酸(化合物aa53)的合成

  

  将(叔丁氧羰基)-L-丝氨酸(Boc-Ser-OH)(50g,234.65mmol)溶解于二甲基甲酰胺(DMF)(250ml)中,在冰冷却下(0度)加入氢化钠(22g,916.67mmol,60%油分散)。在冰冷却下搅拌30分钟后,滴加而加入了1-溴-3-甲基丁-2-烯(44g,295.24mmol)。加入后,将反应液于25度搅拌16小时之后,加入冰水使反应急冷,加入盐酸水溶液(5M)将pH调节为2~3。之后,利用乙酸乙酯萃取2次,用饱和食盐水洗涤有机层,利用无水硫酸钠进行干燥。过滤之后,通过减压浓缩而除去乙酸乙酯,得到了包含目标物的粗产物。将该粗产物利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯=100/0→80/20)进行纯化,得到了N-(叔丁氧羰基)-O-(3-甲基丁-2-烯-1-基)-L-丝氨酸(化合物aa53)(32g,48%)。

  LCMS(ESI)m/z=296(M+NA)+

  保留时间:1.39分钟(分析条件SMD方法7)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-异戊基-L-丝氨酸(化合物aa54,Fmoc-Ser(iPen)-OH)的合成

  

  将N-(叔丁氧羰基)-O-(3-甲基丁-2-烯-1-基)-L-丝氨酸(化合物aa53)(185g,676.85mmol)、氨的甲醇溶液(2M,555ml),混合Pd/C(18.5g)及甲醇(1500ml),于氢气氛围中(5atm),于室温搅拌16小时。通过过滤除去固体之后,通过减压浓缩除去溶剂,由此得到了N-(叔丁氧羰基)-O-异戊基-L-丝氨酸(Boc-Ser(iPen)-OH)(183g)。

  将得到的N-(叔丁氧羰基)-O-异戊基-L-丝氨酸(Boc-Ser(iPen)-OH)(175g)溶解于1,4-二噁烷(500ml)中,加入浓盐酸(300ml)后,于室温搅拌16小时。将反应液减压浓缩,将得到的粗产物(122g)溶解于1,4-二噁烷/水(1000ml/1000ml)中,加入碳酸钾(239g,1.73mol)及N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(234g,694.36mmol)于室温搅拌16小时。之后,将反应液用己烷洗涤3次。洗涤之后,加入盐酸水溶液(6M)将水层的pH调节为2~3,利用乙酸乙酯萃取2次。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤后减压浓缩而除去溶剂。将得到的粗产物利用醚、己烷、乙酸乙酯洗涤,并且利用反相柱层析(水/乙腈=100/0→30/70)纯化而以白色固体的形式得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-异戊基-L-丝氨酸(化合物aa54,Fmoc-Ser(iPen)-OH)(95g,41%)。

  LCMS(ESI)m/z=398(M+H)+

  保留时间:2.29分钟(分析条件SMD方法18)

  化合物aa55(Fmoc-MeSer(iPen)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-异戊基-N-甲基-L-丝氨酸(Fmoc-MeSer(iPen)-OH,化合物aa55)的合成

  

  将N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-异戊基-L-丝氨酸(化合物aa54,Fmoc-Ser(iPen)-OH)(75g,188.70mmol),对甲苯磺酸(TsOH)(1.95g,11.32mmol)及多聚甲醛(11.4g)悬浮于甲苯(750ml)中,在氮气氛围中,于110度搅拌16小时。之后,将反应液利用饱和碳酸氢钠水溶液洗涤2次。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,减压浓缩,由此除去溶剂,以粗产物的形式得到了(S)-4-((异戊基氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯。

  将得到的(S)-4-((异戊基氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(40g,97.69mmol)溶解于二氯甲烷(670ml)中,于室温加入了三乙基硅烷(Et3SiH)(34g,292.41mmol)及三氟乙酸(TFA)(670ml)。将该反应液在于室温搅拌2天之后,将反应液减压浓缩。将得到的残渣溶解于碳酸钾水溶液中,利用石油醚对其洗涤3次。之后,向水层加入浓盐酸将pH调节为2~3,利用乙酸乙酯萃取3次。有机层用饱和食盐水洗涤3次,利用硫酸钠进行干燥之后,进行过滤。将通过减压浓缩除去溶剂而得到的残渣溶解于甲醇,用己烷洗涤3次之后,通过减压浓缩除去甲醇,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-异戊基-N-甲基-L-丝氨酸(Fmoc-MeSer(iPen)-OH,化合物aa55)(35g,87%)。

  LCMS(ESI)m/z=412(M+H)+

  保留时间:0.97分钟(分析条件SQDFA05)

  1,1-二氟-4-碘丁烷(化合物aa56)的合成

  

  在氮气氛围中,将5-溴-1,1-二氟戊烷(5G,26.73mmol)溶解于丙酮(20ml)中,于室温加入碘化钠(6g)。将反应溶液升温至45度搅拌1小时。将反应溶液过滤,对得到的滤液进行减压浓缩,加入己烷,利用硫代硫酸钠水溶液和饱和食盐水洗涤。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥后,过滤,减压浓缩,将得到的粗产物利用正相硅胶层析法(己烷)进行纯化,得到了1,1-二氟-4-碘丁烷(化合物aa56)(4.2g,67%)。

  1H NMR(300MHz,CDCl3-d):δ5.87(t,J=27.0Hz,1H),3.26(t,J=6.0Hz,2H),2.06-1.99(m,4H)

  (S)-2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基氨基)-7,7-二氟庚酸(化合物aa58,Fmoc-Hnl(7-F2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将(R)-2-(2,6-二氯苯基)-5-氧代-3-((R)-1-苯基乙基)咪唑烷-1-羧酸叔丁酯(50g,114.85mmol)溶解于四氢呋喃(300ml)中,冷却至-20度。滴加双(三甲基甲硅烷基)酰胺钠(1.9M四氢呋喃溶液,64ml,121.6mmol)而搅拌10分钟后,滴加在40ml的四氢呋喃利用稀释的1,1-二氟-4-碘丁烷(aa56,35g,149.56mmol)于-20度搅拌30分钟。向反应液中加入20%的氯化铵水溶液后,利用乙酸乙酯进行两次萃取。将有机层用20%乙酸铵水溶液(2次)、15%食盐水洗涤后,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,由此得到了粗产物(2R,4S)-2-(2,6-二氯苯基)-4-(5,5-二氟戊基)-5-氧代-3-((R)-1-苯基乙基)咪唑烷-1-羧酸叔丁酯(化合物aa57,74g)。

  将得到的(2R,4S)-2-(2,6-二氯苯基)-4-(5,5-二氟戊基)-5-氧代-3-((R)-1-苯基乙基)咪唑烷-1-羧酸叔丁酯(化合物aa57,74g)溶解于氯苯(200ml)中。在将反应的内温保持为10度以下的条件下用30分钟滴加了三氟甲磺酸(45ml)。将反应液于室温搅拌2小时之后加入100ml的水,升温至110度搅拌4小时。使反应液为室温,将水层用1∶1的环戊基甲基醚和己烷洗涤3次。之后,将水层用40%的磷酸钾水溶液中和(pH=7)。在氮气氛围中,向其加入N,N-二异丙基乙基胺(25.7ml)、乙腈(50ml)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(44.8g)而于室温搅拌16小时。为了将反应溶液的pH保持在8~9,加入了N,N-二异丙基乙基胺(19ml)。为了使反应进行,进一步加入了N,N-二异丙基乙基胺(9ml)。之后,将反应溶液过滤,向得到的滤液中加入己烷∶乙酸乙酯(2∶1)(150ml)而剧烈搅拌40分钟。将成为3层的反应液的中间层回收,利用2∶1的己烷和乙酸乙酯溶液(150ml)洗涤9次。加入浓盐酸使得经洗涤的水层pH为1为止,之后利用乙酸乙酯萃取2次。将得到的有机层用水2次、用10%食盐水洗涤后,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,由此得到了(S)-2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基氨基)-7,7-二氟庚酸(化合物aa58,Fmoc-Hnl(7-F2)-OH)(33g)。

  LCMS(ESI)m/z=404(M+H)+

  保留时间:3.29分钟(分析条件SMD方法27)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-7,7-二氟庚酸(化合物aa59,Fmoc-MeHnl(7-F2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基氨基)-7,7-二氟庚酸(化合物aa58,Fmoc-Hnl(7-F2)-OH)(35g,86.76mmol)和多聚甲醛(8.05g,268.33mmol)和10-樟脑磺酸(CSA)(1.01g,4.35mmol)的甲苯溶液(525ml)升温至95度,搅拌2小时。使反应液为室温之后,利用饱和碳酸氢钠水溶液洗涤3次,将得到的有机层利用硫酸钠进行干燥后,过滤,减压浓缩,由此以粗产物的形式得到了(4S)-4-(5,5-二氟戊基)-5-氧代-1,3-噁唑烷-3-羧酸9H-芴-9-基甲酯(33g,79.44mmol)。

  向作为上述粗产物的(4S)-4-(5,5-二氟戊基)-5-氧代-1,3-噁唑烷-3-羧酸9H-芴-9-基甲基(33g,79.44mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液(330ml)中于0度加入三乙基硅烷(25.4ml,12.42mmol)和水(1.43ml)和三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(20.1ml),于室温搅拌16小时。向反应液中加入5%氯化铵水溶液,用饱和食盐水洗涤有机层,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥后,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-7,7-二氟庚酸(化合物aa59,Fmoc-MeHnl(7-F2)-OH)(27g,2个工序80%)。

  LCMS(ESI)m/z=440(M+NA)+

  保留时间:2.20分钟(分析条件SMD方法18)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa60,Fmoc-Ser(Ph-2-Cl)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  甲基O-(2-氯苯基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸酯(化合物aa61,Trt-Ser(Ph-2-Cl)-OMe)的合成

  

  将甲基三苯甲基-L-丝氨酸酯(Trt-Ser-OMe)(25.0g,69.2mmol)、三苯基膦(PPH3)(20.0g,76.1mmol)及2-氯苯酚(10.5ml,103.7mmol)和甲苯(57.2ml)混合,在冰冷却下,用40分钟滴加了偶氮二甲酸二异丙酯(DIAD)(40%甲苯溶液,1.9mol/l,40.3ml,76.1mmol)。滴加结束后,将反应液升温至室温,并且搅拌90分钟。之后,将反应液减压浓缩,向得到的残渣加入乙醇/水(8/2,180ml)于室温搅拌5分钟。将产生的白色固体过滤,用乙醇/水(8/2,100ml)洗涤3次,将其减压干燥,由此得到了甲基O-(2-氯苯基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸酯(化合物aa61,Trt-Ser(Ph-2-Cl)-OMe)(24.3g,75%)。

  LCMS(ESI)m/z=494(M+NA)+

  保留时间:1.16分钟(分析条件SQDFA05)

  甲基O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸酯(化合物aa62)的合成

  

  将甲基O-(2-氯苯基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸酯(化合物aa61,Trt-Ser(Ph-2-Cl)-OMe)(24.3g,51.5mmol)溶解于4N盐酸/1,4-二噁烷溶液(38.7ml,154.5mmol)中,于室温搅拌15分钟。将反应液减压浓缩,向得到的固体加入己烷(100ml),于室温搅拌10分钟后,过滤,将固体进一步用己烷(100ml)洗涤3次及减压干燥,由此得到了甲基O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸酯(化合物aa62,H-Ser(Ph-2-Cl)-OMe)(13.5g,98%)。

  LCMS(ESI)m/z=230(M+H)+

  保留时间:0.40分钟(分析条件SQDFA05)

  O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa63,H-Ser(Ph-2-Cl)-OH)的合成

  

  将甲基O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸酯(化合物aa62,H-Ser(Ph-2-Cl)-OMe)(13.5g,50.7mmol)溶解于水(75ml)中,在冰冷却下,用20分钟滴加了氢氧化锂一水合物(4.68G,111.5mmol)的水/甲醇(30ml/30ml)溶液。滴加结束后,在冰冷却下搅拌60分钟。之后,将利用冰箱进行冷却的乙腈(400ml)加入反应液中时,固体发生析出。再在冰冷却下搅拌20分钟后,在冰箱内静置5小时。通过过滤回收固体之后,也回收了在母液中析出的固体。将回收的固体汇总,利用乙腈(150ml)洗涤3次,减压干燥,由此得到了O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa63,H-Ser(Ph-2-Cl)-OH)(化合物aa63,H-Ser(Ph-2-Cl)-OH)(10.3g,91%)。

  LCMS(ESI)m/z=216(M+H)+

  保留时间:0.34分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa60,Fmoc-Ser(Ph-2-Cl)-OH)的合成

  

  向O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa63,H-Ser(Ph-2-Cl)-OH)(1.0g,4.49mmol)加入碳酸钠(0.952g,8.99mmol)水溶液(3.8ml)及1,4-二噁烷(2.0ml),在冰冷却下缓慢添加了N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(1.59g,4.72mmol)。加入后,于室温搅拌10分钟后,加入水(12ml)使固体溶解。利用叔丁基甲基醚(15ml)洗涤3次之后,缓慢加入5M盐酸水溶液(4.49ml,22.46mmol)而将水层的pH调节至1,对水层利用叔丁基甲基醚(15ml)萃取3次,对有机层利用无水硫酸镁进行干燥之后,进行过滤。通过减压浓缩而除去溶剂,得到了白色固体。

  也使用O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa63,H-Ser(Ph-2-Cl)-OH)(9.28g,41.7mmol)实施了同样的操作,将得到的固体汇总,进行减压干燥而得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa60,Fmoc-Ser(Ph-2-Cl)-OH)(19.6g,97%)。

  LCMS(ESI)m/z=438(M+H)+

  保留时间:0.90分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-((2-氯苯氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa64)的合成

  

  将N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa60,Fmoc-Ser(Ph-2-Cl)-OH)(3.00g,6.85mmol)、多聚甲醛(0.823g,27.4mmol)及(+)-10-樟脑磺酸(80.0mg,0.343mmol)的甲苯(23ml)悬浊液于80度搅拌3小时。令反应液自然冷却之后,用乙酸乙酯(15ml)进行稀释而进行硅藻土过滤。在滤液中加入饱和碳酸氢钠水溶液/水(1/1,15ml),利用乙酸乙酯进行萃取。将有机层利用饱和碳酸氢钠水溶液/水(1/1,15ml)洗涤2次,利用饱和食盐水/水(1/1,15ml)洗涤1次。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂,以粗产物的形式得到了(S)-4-((2-氯苯氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa64)(3.23g)。

  LCMS(ESI)m/z=450(M+H)+

  保留时间:0.99分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-氯苯基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa65,Fmoc-MeSer(Ph-2-Cl)-OH)的合成

  

  向(S)-4-((2-氯苯氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa64,1.50g,3.33mmol)的二氯乙烷(DCE)(11ml)溶液中,加入三乙基硅烷(4.79ml,30.0mmol)及三氟乙酸(TFA)(6.94ml,90.0mmol),于70度搅拌2.5小时。减压下蒸馏除去溶剂,将残渣溶解于乙腈(25ml),用己烷(25ml)洗涤4次。对乙腈层在减压下蒸馏除去溶剂,利用反相柱层析进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-氯苯基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa65,Fmoc-MeSer(Ph-2-Cl)-OH)(1.1g,83%)。

  LCMS(ESI)m/z=452(M+H)+

  保留时间:0.93分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa66)的合成

  

  向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-L-丝氨酸(Fmoc-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(化合物aa10,3.00g,6.87mmol)的甲苯(13.7ml)溶液中,加入多聚甲醛(0.619g,20.6mmol)及三氟乙酸(TFA)(4.77ml,61.9mmol),于70度搅拌3小时。将反应液在减压下蒸馏除去溶剂,将残渣溶解于二氯甲烷(30ml)中,利用饱和碳酸氢钠水溶液/水(1∶1,15ml)洗涤3次。将有机层利用硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂而以粗产物的形式得到了(S)-4-(((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa66)(3.08g)。

  LCMS(ESI)m/z=449(M+H)+

  保留时间:0.84分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa67,Fmoc-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OH)的合成

  

  向(S)-4-(((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa66)(1.75g,3.90mmol)的二氯乙烷(DCE)(13ml)溶液中,加入三乙基硅烷(5.61ml,35.1mmol),三氟乙酸(8.12ml,105mmol),于70度搅拌2小时30分钟。减压下蒸馏除去溶剂,将残渣溶解于乙腈(25ml)中,利用己烷(25ml)洗涤。对乙腈层在减压下蒸馏除去溶剂,将将作为得到的粗产物的利用反相柱层析进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa67,Fmoc-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(1.63g,93%)。

  LCMS(ESI)m/z=451(M+H)+

  保留时间:0.77分钟(分析条件SQDFA05)

  甲基((2-硝基苯基)磺酰)-L-丝氨酸酯(化合物aa68,NS-Ser-OMe)的合成

  

  于室温,将碳酸钠(7.76g,73.2mmol)溶解于水(75ml)而得到的溶液加入至市售的甲基L-丝氨酸盐酸盐(H-Ser-OMe.HCl)(5.0g,32.1mmol)中后,加入2-硝基苯磺酰氯(NSCl)(7.05g,31.8mmol)的1,4-二噁烷溶液(75ml),于室温搅拌1小时30分钟。将反应液利用乙酸乙酯稀释,利用饱和碳酸氢钠水溶液、1N盐酸水溶液、饱和食盐水洗涤后,将得到的有机层利用无水硫酸镁进行干燥后,过滤,减压浓缩,由此得到了甲基((2-硝基苯基)磺酰)-L-丝氨酸酯(化合物aa68,NS-Ser-OMe)(7.9g,82%)。

  LCMS(ESI)m/z=305(M+H)+

  保留时间:0.50分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-1-((2-硝基苯基)磺酰)氮丙啶-2-羧酸甲酯(化合物aa69,Ns-Azy-OMe)的合成

  

  在氮气氛围中,向甲基((2-硝基苯基)磺酰)-L-丝氨酸酯(化合物aa68,NS-Ser-OMe)(2.49g,8.18mmol)加入二氯甲烷(DCM)(69ml),于室温搅拌至溶液变得透明为止后,通过使用由食盐和冰制作的冰浴而在-10度加入三苯基膦(PPH3)(2.545g,9.82mmol),在-10度搅拌至溶液变透明为止。于-10度加入40%偶氮二甲酸二乙酯(DEAD)甲苯溶液(4.46ml,购自东京化成工业),将反应液搅拌30分钟后,加入甲苯(40ml),使用旋转蒸发仪,通过将水浴的温度保持为-15度以下而进行减压浓缩,由此除去二氯甲烷(DCM)。为了除去固体而进行过滤,将得到的滤液利用正相硅胶层析法(甲苯/丙酮)进行纯化,得到了(S)-1-((2-硝基苯基)磺酰)氮丙啶-2-羧酸甲酯(化合物aa69,Ns-Azy-OMe)(1.9g,81%)。

  LCMS(ESI)m/z=287(M+H)+

  保留时间:0.64分钟(分析条件SQDFA05)

  甲基N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa70,Ns-Ser(F(4)nPr)-OMe)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-1-((2-硝基苯基)磺酰)氮丙啶-2-羧酸甲酯(化合物aa69,Ns-Azy-OMe)(1.9g,6.64mmol)和2,2,3,3-四氟丙烷-1-醇(8.82ml,100mmol)的混合物中,于室温加入三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(2.52ml,19.91mmol),于70度搅拌40分钟。将反应液冷却至室温之后,利用二甲基亚砜(DMSO)稀释,利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了甲基N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa70,Ns-Ser(F(4)nPr)-OMe)(1.3g,47%)。

  LCMS(ESI)m/z=419(M+H)+

  保留时间:0.77分钟(分析条件SQDFA05)

  N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa71,Ns-Ser(F(4)nPr)-OH)的合成

  

  向甲基N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa70,Ns-Ser(F(4)nPr)-OMe)(142mg,0.339mmol)中加入甲醇(MeOH)(0.75ml)、水(0.75ml)、氢氧化锂一水合物(24.39mg,1.018mmol),于室温搅拌8小时30分钟。向反应液中加入甲酸(0.13ml),用水稀释之后,将得到的溶液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa71,Ns-Ser(F(4)nPr)-OH)(96mg,70%)。

  LCMS(ESI)m/z=403(M-H)-

  保留时间:0.68分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa72,Fmoc-Ser(F(4)nPr)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa71,Ns-Ser(F(4)nPr)-OH)(40.0mg,0.099mmol)的乙腈溶液(1.0ml)中加入碳酸钾(68.4mg,0.495mmol)、硫代苯酚(PhSH)(0.031ml,0.297mmol),于室温搅拌4小时。向反应液中加入甲酸(0.038ml),用水稀释之后,利用叔丁基甲基醚(TBME)/己烷=1/4洗涤,将得到的水层利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(H-Ser(F(4)nPr)-OH)(16mg,74%)。

  将上述O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(H-Ser(F(4)nPr)-OH)(14mg,0.064mmol)溶解于水(160μl)中后,加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(39.1μl,0.224mmol)和1,4-二噁烷(480μl)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(22.63mg,0.067mmol),于室温搅拌2小时。将反应液用水稀释,利用叔丁基甲基醚(TBME)/己烷=4/1洗涤,利用饱和碳酸氢钠水溶液进行萃取。向得到的水层加入1N盐酸水溶液至达到pH=1.5为止,利用乙酸乙酯萃取之后,用饱和食盐水洗涤得到的有机层,利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,减压浓缩,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa72,Fmoc-Ser(F(4)nPr)-OH)(24mg,85%)。

  LCMS(ESI)m/z=440(M-H)-

  保留时间:0.85分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(2-氯苯基)丁酸(化合物aa73,Fmoc-Hph(2-Cl)-OH)的合成

  

  将市售的(S)-2-氨基-4-(2-氯苯基)丁酸(H-Hph(2-Cl)-OH)(1.0g,4.68mmol)溶解于水(10ml)中之后,于室温加入碳酸钠(1.488g,14.04mmol)和1,4-二噁烷(4ml)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(1.579g,4.68mmol)的1,4-二噁烷溶液(11ml),于室温搅拌过夜。通过LC-MS确认原料消失后,将反应液用水于室温稀释,用乙醚洗涤。使用1N盐酸水溶液将得到的水层调成酸性之后,利用乙酸乙酯萃取3次。汇总得到的有机层,利用饱和食盐水进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,减压浓缩,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(2-氯苯基)丁酸(化合物aa73,Fmoc-Hph(2-Cl)-OH)(2.0g,98%)。

  LCMS(ESI)m/z=436(M+H)+

  保留时间:0.93分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(2-氯苯基)丁酸(化合物aa75,Fmoc-MeHph(2-Cl)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  (S)-4-(2-氯苯乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa74)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(2-氯苯基)丁酸(化合物aa73,Fmoc-Hph(2-Cl)-OH)(400mg,0.918mmol)及多聚甲醛(110mg,3.67mmol)溶解于二氯乙烷(DCE)(3.06ml)及三氟乙酸(TFA)(636μl,8.26mmol)中,于50度搅拌2小时。将反应液利用二氯乙烷(DCE)稀释之后,通过减压浓缩而除去溶剂。将得到的残渣溶解于二氯甲烷,利用饱和碳酸氢钠水溶液及饱和食盐水进行洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,通过减压浓缩除去二氯甲烷,由此得到了(S)-4-(2-氯苯乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa74)(378.4mg,92%)。

  LCMS(ESI)m/z=448(M+H)+

  保留时间:1.05分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(2-氯苯基)丁酸(化合物aa75,Fmoc-MeHph(2-Cl)-OH)的合成

  

  将(S)-4-(2-氯苯乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa74)(411mg,0.918mmol)及三乙基硅烷(Et3SiH)(1.46ml,9.18mmol)溶解于二氯甲烷(4.59ml)及三氟乙酸(TFA)(2.12ml),于室温搅拌5小时。将反应液利用二氯甲烷稀释之后,通过减压浓缩而除去溶剂。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(2-氯苯基)丁酸(化合物aa75,Fmoc-MeHph(2-Cl)-OH)(164.6mg,40%)。

  LCMS(ESI)m/z=450(M+H)+

  保留时间:0.99分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(3-氯苯基)丁酸(化合物aa76,Fmoc-Hph(3-Cl)-OH)的合成

  

  将市售的(S)-2-氨基-4-(3-氯苯基)丁酸(H-Hph(3-Cl)-OH)(1.0g,4.68mmol)溶解于水(10ml)中之后,于室温加入碳酸钠(1.488g,14.04mmol)和1,4-二噁烷(4ml)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(1.579g,4.68mmol)的1,4-二噁烷溶液(11ml),于室温搅拌过夜。通过LC-MS确认原料消失后,将反应液用水于室温稀释,用乙醚洗涤。使用1N盐酸水溶液将得到的水层调成酸性之后,利用乙酸乙酯萃取3次。汇总得到的有机层,利用饱和食盐水进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,减压浓缩,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(3-氯苯基)丁酸(化合物aa76,Fmoc-Hph(3-Cl)-OH)(2.0g,98%)。

  LCMS(ESI)m/z=436(M+H)+

  保留时间:0.94分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(3-氯苯基)丁酸(化合物aa78,Fmoc-MeHph(3-Cl)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  (S)-4-(3-氯苯乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa77)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(3-氯苯基)丁酸(化合物aa76,Fmoc-Hph(3-Cl)-OH)(400mg,0.918mmol)及多聚甲醛(110mg,3.67mmol)溶解于二氯乙烷(DCE)(3.06ml)及三氟乙酸(TFA)(636μl,8.26mmol)中,于50度搅拌2小时。将反应液利用二氯乙烷(DCE)稀释之后,通过减压浓缩而除去溶剂。将得到的残渣溶解于二氯甲烷,利用饱和碳酸氢钠水溶液及饱和食盐水进行洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,在减压下除去二氯甲烷,由此定量地得到了(S)-4-(3-氯苯乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa77,426.3mg)。

  LCMS(ESI)m/z=448(M+H)+

  保留时间:1.06分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(3-氯苯基)丁酸(化合物aa78,Fmoc-MeHph(3-Cl)-OH)的合成

  

  将(S)-4-(3-氯苯乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa77)(411mg,0.918mmol)及三乙基硅烷(Et3SiH)(1.46ml,9.18mmol)溶解于二氯甲烷(4.59ml)及三氟乙酸(TFA)(2.12ml)中,于室温搅拌6小时。将反应液利用二氯甲烷稀释之后,通过减压浓缩而除去溶剂。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(3-氯苯基)丁酸(化合物aa78,Fmoc-MeHph(3-Cl)-OH)(144.3mg,35%)。

  LCMS(ESI)m/z=450(M+H)+

  保留时间:0.99分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(4-氯苯基)丁酸(化合物aa79,Fmoc-Hph(4-Cl)-OH)的合成

  

  将市售的(S)-2-氨基-4-(4-氯苯基)丁酸(H-Hph(4-Cl)-OH)(1.0g,4.68mmol)溶解于水(10ml)中之后,于室温加入碳酸钠(1.488g,14.04mmol)和1,4-二噁烷(4ml)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(1.579g,4.68mmol)的1,4-二噁烷溶液(11ml),于室温搅拌过夜。通过LC-MS确认原料消失后,将反应液用水于室温稀释,用乙醚洗涤。使用1N盐酸水溶液将得到的水层调成酸性之后,利用乙酸乙酯萃取3次。汇总得到的有机层,利用饱和食盐水进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩之后,将得到的混合物利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,由此得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(4-氯苯基)丁酸(化合物aa79,Fmoc-Hph(4-Cl)-OH)(1.2g,59%)。

  LCMS(ESI)m/z=434(M-H)-

  保留时间:0.95分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(4-氯苯基)丁酸(化合物aa81,Fmoc-MeHph(4-Cl)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  (S)-4-(4-氯苯乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa80)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(3-氯苯基)丁酸(化合物aa79,Fmoc-Hph(4-Cl)-OH)(250mg,0.574mmol)及多聚甲醛(68.9mg,2.29mmol)溶解于二氯乙烷(DCE)(1.91ml)及三氟乙酸(TFA)(398μl,5.16mmol)中,于50度搅拌2小时。将反应液利用二氯乙烷(DCE)稀释之后,通过减压浓缩而除去溶剂。将得到的残渣溶解于二氯甲烷,利用饱和碳酸氢钠水溶液及饱和食盐水进行洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,除去二氯甲烷,由此定量地得到了(S)-4-(4-氯苯乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa80)(297.5mg)。

  LCMS(ESI)m/z=448(M+H)+

  保留时间:1.06分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(4-氯苯基)丁酸(化合物aa81,Fmoc-MeHph(4-Cl)-OH)的合成

  

  (S)-4-(4-氯苯乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa80)(257mg,0.574mmol)及三乙基硅烷(Et3SiH)(914μl,5.74mmol)溶解于二氯甲烷(2.87ml)及三氟乙酸(TFA)(1.33ml),于室温搅拌8小时。将反应液利用二氯甲烷稀释之后,通过减压浓缩而除去溶剂。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(4-氯苯基)丁酸(化合物aa81,Fmoc-MeHph(4-Cl)-OH)(180.5mg,70%)。

  LCMS(ESI)m/z=450(M+H)+

  保留时间:0.99分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-5-苯基戊酸(化合物aa82,Fmoc-MePhe{#(CH2)2}-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-5-苯基戊酸(Fmoc-Phe{#(CH2)2}-OH,购自渡边化学工业)(500mg,1.203mmol)和多聚甲醛(108mg,3.61mmol)的甲苯溶液(3.0ml)中,于室温加入三氟乙酸(0.834ml,10.83mmol),搅拌4小时。将反应液浓缩,利用二氯甲烷稀释之后,利用饱和碳酸氢钠水溶液洗涤。有机层利用无水硫酸镁进行干燥后,过滤,减压浓缩,由此以粗产物的形式得到了(S)-5-氧代-4-(3-苯基丙基)噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(590mg)。

  向作为上述粗产物的(S)-5-氧代-4-(3-苯基丙基)噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(590mg)的二氯乙烷(DCE)溶液(7.0ml)中,于室温加入三乙基硅烷(1.984ml,12.42mmol)和三氟乙酸(2.87ml,37.3mmol),将反应液于60度搅拌1小时。将反应液于室温冷却之后进行减压浓缩,将由此得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-5-苯基戊酸(化合物aa82,Fmoc-MePhe{#(CH2)2}-OH)(488mg,2个工序82%)。

  LCMS(ESI)m/z=430(M+H)+

  保留时间:0.97分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-苄基-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa83,Fmoc-MeSer(Bn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-苄基-L-丝氨酸(Fmoc-Ser(Bn)-OH,购自渡边化学工业)(500mg,1.198mmol)和多聚甲醛(108mg,3.59mmol)的甲苯溶液(3.0ml)中,于室温加入三氟乙酸(0.834ml,10.78mmol),搅拌3小时。将反应液浓缩,利用二氯甲烷(DCM)稀释之后,利用饱和碳酸氢钠水溶液洗涤。有机层利用无水硫酸镁进行干燥后,过滤,减压浓缩,由此以粗产物的形式得到了(S)-4-((苄氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(544mg)。

  向作为上述粗产物的(S)-4-((苄氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(544mg)的二氯乙烷(DCE)溶液(7.0ml),于室温加入三乙基硅烷(1.821ml,11.40mmol)和三氟乙酸(2.63ml,34.2mmol),将反应液于60度搅拌6小时。将反应液于室温冷却之后进行减压浓缩,将由此得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-苄基-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa83,Fmoc-MeSer(Bn)-OH)(425mg,2个工序78%)。

  LCMS(ESI)m/z=432(M+H)+

  保留时间:0.91分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S,4R)-1-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-4-乙氧基吡咯烷-2-羧酸(化合物aa84,Fmoc-Hyp(Et)-OH)的合成

  

  于室温向市售的(2S,4R)-1-(叔丁氧羰基)-4-乙氧基吡咯烷-2-羧酸(Boc-Hyp(Et)-OH)(CAS编号146060-18-6,65g,251mmol)的二氯甲烷(DCM)(400ml)溶液鼓入氯化氢气体,同时进行搅拌。6小时之后,将反应液在减压下蒸馏除去溶剂,用乙醚洗涤残渣,以粗产物的形式得到了(2S,4R)-4-乙氧基吡咯烷-2-羧酸盐酸盐(H-Hyp(Et)-OH·HCl)(45g)。

  向作为上述粗产物的(2S,4R)-4-乙氧基吡咯烷-2-羧酸盐酸盐(H-Hyp(Et)-OH·HCl)溶解于水(500ml)与1,4-二噁烷(500ml)的混合液,加入碳酸钾(79.4g,574mmol)和N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(69.8g,207mmol),于室温搅拌2小时。

  将反应液用乙醚洗涤,将水层使用5%硫酸氢钾水溶液将pH调整为3之后,利用乙酸乙酯进行萃取。用饱和食盐水洗涤得到的有机层,利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂,得到了(2S,4R)-1-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-4-乙氧基吡咯烷-2-羧酸(化合物aa84,Fmoc-Hyp(Et)-OH)(90.7g,95%)。

  LCMS(ESI)m/z=382(M+H)+

  保留时间:1.97分钟(分析条件SMD方法26)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸(化合物aa88,Fmoc-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH))的合成

  

  在氮气氛围中,向正在搅拌的三苯基膦(PPH3)(24.09g,91.84mmol)和咪唑(6.25g,91.91mmol)的二氯甲烷溶液(200ml)中,在遮光条件下于0度加入碘(23.36g,91.97mmol)。向正在搅拌的0度的反应液中滴加叔丁基(叔丁氧羰基)-L-丝氨酸酯(Boc-Ser-OtBu)(20.0g,76.54mmol)的二氯甲烷溶液(100ml),搅拌1小时。之后,在将反应液于20度进一步搅拌1小时之后,将反应液利用饱和硫代硫酸钠水溶液洗涤。得到的水层利用二氯甲烷萃取,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(R)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-3-碘丙酸叔丁酯(化合物aa85)(20.0g,70%)。

  于真空加热锌(2.588g,40.44mmol),使其干燥。之后,在氮气氛围中,添加脱水N,N-二甲基甲酰胺(15ml)后加入碘(0.514g,2.02mmol)。向其加入(R)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-3-碘丙酸叔丁酯(化合物aa85)(5.0g,13.47mmol)和碘(0.514g,2.02mmol),于20度搅拌2小时。向反应液中加入2-二环己基膦-2’,4’,6’-三异丙基联苯(Xphos)(0.321g,0.67mmol)、三(二亚苄基丙酮)二钯(0)(Pd2(dba)3)(0.349g,0.34mmol)、5-溴-N,N-二甲基吡啶-2-胺(3.608g,17.94mmol),于50度搅拌16小时。于室温向反应液中加入乙酸乙酯,利用水、饱和食盐水分别洗涤3次。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸叔丁酯(化合物aa86,Boc-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OtBu)(3.5g,71%)。

  向得到的(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸叔丁酯(化合物aa86,Boc-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OtBu)(10.0g,27.36mmol)的二氯甲烷溶液(120ml)中注入氯化氢气体,于室温搅拌2小时。通过过滤而回收发生沉淀的粗产物,利用二氯甲烷洗涤,干燥,由此定量地得到了(S)-2-氨基-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸的盐酸盐(化合物aa87,H-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH·HCl)(6.7g)。

  将(S)-2-氨基-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸的盐酸盐(化合物aa87,H-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH·HCl)(6.7g,27.27mmol)溶解于10%碳酸钾水溶液(150ml)中,向其滴加N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(9.2g,27.27mmol)的1,4-二噁烷溶液(70ml)并于室温搅拌90分钟。向反应溶液中加入水(100ml),用乙醚洗涤3次。将得到的水层的pH使用硫酸氢钾水溶液从3调节至5之后,利用乙酸乙酯进行3次萃取。将合并的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩并将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(二氯甲烷/甲醇)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸(化合物aa88,Fmoc-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH))(3.9g,33%)。

  LCMS(ESI)m/z=432(M+H)+

  保留时间:1.55分钟(分析条件ELSD2)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-戊基甘氨酸(化合物aa89,Fmoc-nPenGly-OH)的合成

  

  向戊烷-1-胺(18.9g,216.95mmol)的水溶液(450ml)中,于0度加入2-溴乙酸(10.0g,71.97mmol)的水溶液(50ml)之后,于0度滴加了8N氢氧化钠水溶液(36ml)。将反应液于室温搅拌16小时后,减压下蒸馏除去溶剂而使其成为100ml左右为止。得到的溶液使用浓盐酸中和至达到pH=7为止,由此得到了2-(戊基氨基)乙酸的溶液。向得到的溶液中于室温加入碳酸钾(38g,274.94mmol)和N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(51g,151.34mmol)的1,4-二噁烷溶液(150ml),搅拌16小时。反应液在利用叔丁基甲基醚/己烷(1/3)稀释之后,进行过滤,将得到的滤液利用叔丁基甲基醚/己烷(1/3)洗涤3次。之后,向水层加入盐酸至达到pH=1.0为止,利用乙酸乙酯萃取3次之后,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,并且利用真空泵进行干燥。将得到的残渣利用反相层析(水/乙腈)进行纯化,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-戊基甘氨酸(化合物aa89,Fmoc-nPenGly-OH)(5.447g,2个工序11%)。

  LCMS(ESI)m/z=368(M+H)+

  保留时间:0.92分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-己基甘氨酸(化合物aa90,Fmoc-nHexGly-OH)的合成

  

  向己烷-1-胺(21.96g,217.02mmol)的水溶液(500ml)中于0度加入2-溴乙酸(10.0g,71.97mmol)的水溶液(50ml)之后,于0度滴加了8N氢氧化钠水溶液(36ml)。将反应液于室温搅拌16小时后,减压下蒸馏除去溶剂而使其成为100ml左右为止。得到的溶液使用浓盐酸中和至达到pH=7为止,向得到的溶液中于室温加入碳酸钾(32.1g,230.58mmol)和N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(43.1g,127.89mmol)的1,4-二噁烷溶液(125ml),搅拌16小时。反应液在利用叔丁基甲基醚/己烷(1/3)稀释之后,进行过滤,将得到的滤液利用叔丁基甲基醚/己烷(1/3)洗涤3次。之后,向水层加入盐酸至达到pH=1.0为止,利用乙酸乙酯萃取3次之后,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,并且利用真空泵进行干燥。将得到的残渣利用反相层析(水/乙腈)进行纯化,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-己基甘氨酸(化合物aa90,Fmoc-nHexGly-OH)(5.08g,2个工序19%)。

  LCMS(ESI)m/z=382(M+H)+

  保留时间:0.98分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-(2-乙氧基乙基)甘氨酸(化合物aa91,Fmoc-(EtOEt)NGly-OH)的合成

  

  向2-乙氧基乙烷-1-胺(20.0g,224.38mmol)的水溶液(450ml)中于0度加入2-溴乙酸(10.0g,71.97mmol)的水溶液(50ml)之后,于0度滴加了8N氢氧化钠水溶液(36ml)。将反应液于室温搅拌16小时后,减压下蒸馏除去溶剂而使其成为100ml左右为止。得到的溶液使用浓盐酸中和至达到pH=7为止,向得到的溶液中于室温加入碳酸钾(20.0g,144.71mmol)和N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(26.0g,77.15mmol)的1,4-二噁烷溶液(100ml),搅拌16小时。反应液在利用叔丁基甲基醚/己烷(1/3)稀释之后,进行过滤,将得到的滤液利用叔丁基甲基醚/己烷(1/3)洗涤3次。之后,向水层加入盐酸至达到pH=1.0为止,利用乙酸乙酯萃取3次之后,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥。将得到的残渣利用反相层析(水/乙腈)进行纯化,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-(2-乙氧基乙基)甘氨酸(化合物aa91,Fmoc-(EtOEt)NGly-OH)(13.0g,2个工序49%)。

  LCMS(ESI)m/z=370(M+H)+

  保留时间:0.79分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-(2-苯氧基乙基)甘氨酸(化合物aa92,Fmoc-(PhOEt)NGly-OH)的合成

  

  向2-苯氧基乙烷-1-胺(29.8g,217.23mmol)的水溶液(450ml)中,于0度加入2-溴乙酸(10.0g,71.97mmol)的水溶液(50ml)之后,于0度滴加了8N氢氧化钠水溶液(36ml)。将反应液于室温搅拌16小时后,减压下蒸馏除去溶剂而使其成为100ml左右为止。得到的溶液使用浓盐酸中和至达到pH=7为止,向得到的溶液中于室温加入碳酸钾(20.0g,144.71mmol)和N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(26.0g,77.15mmol)的1,4-二噁烷溶液(100ml),搅拌16小时。反应液在利用叔丁基甲基醚/己烷(1/3)稀释之后,进行过滤,将得到的滤液利用叔丁基甲基醚/己烷(1/3)洗涤3次。之后,向水层加入盐酸至达到pH=1.0为止,利用乙酸乙酯萃取3次之后,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,并且利用泵干燥。将得到的残渣利用反相层析(水/乙腈)进行纯化,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-(2-苯氧基乙基)甘氨酸(化合物aa92,Fmoc-(PhOEt)NGly-OH)(5.36g,2个工序14%)。

  LCMS(ESI)m/z=418(M+H)+

  保留时间:0.89分钟(分析条件SQDFA05)

  叔丁基N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5,N5-二甲基-L-谷氨酸酯(化合物aa93,Fmoc-Gln(Me2)-OtBu)的合成

  

  在冰冷却下,向(S)-4-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-5-(叔丁氧基)-5-氧代戊酸(Fmoc-Glu-OtBu)(4.00g,9.40mmol)及1-羟基苯并三唑(HOBt)(1.40g,10.3mmol)的二甲基甲酰胺(DMF)(31ml)溶液中,加入1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺盐酸盐(WSC·HCl)(2.16g,11.3mmol)、二甲基胺盐酸盐(0.767g,9.40mmol)及N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(1.64ml,9.40mmol),于室温搅拌90分钟。将反应液利用己烷/乙酸乙酯(1/1,100ml)稀释,利用饱和食盐水/水(1∶1,75ml)洗涤有机层。水层利用己烷/乙酸乙酯(1/1)进行萃取,将全部的有机层混合而在减压下蒸馏除去溶剂,以粗产物的形式得到了叔丁基N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5,N5-二甲基-L-谷氨酸酯(化合物aa93,5.79g)。

  LCMS(ESI)m/z=453(M+H)+

  保留时间:0.63分钟(分析条件SQDAA50)

  N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5,N5-二甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa94,Fmoc-Gln(Me2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将叔丁基N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5,N5-二甲基-L-谷氨酸酯(化合物aa93,Fmoc-Gln(Me2)-OtBu)(4.25g,9.39mmol)的二氯甲烷(DCM)(4.70ml)溶液进行冰冷却,加入三氟乙酸(TFA)(14.5ml,188mmol),于室温搅拌2小时。在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的粗产物利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5,N5-二甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa94,Fmoc-Gln(Me2)-OH)(3.45g,93%)。

  LCMS(ESI)m/z=397(M+H)+

  保留时间:0.40分钟(分析条件SQDAA05)

  (S)-4-(3-(二甲基氨基)-3-氧代丙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa95)的合成

  

  向N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5,N5-二甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa94,Fmoc-Gln(Me2)-OH)(13g,32.8mmol)的甲苯(325ml)溶液中,加入多聚甲醛(1.98g,65.6mmol)、对甲苯磺酸(338mg,1.96mmol),于110度搅拌16小时。将反应液利用碳酸氢钠水溶液洗涤之后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,以粗产物的形式得到了(S)-4-(3-(二甲基氨基)-3-氧代丙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa95)(11.8g)。

  LCMS(ESI)m/z=409(M+H)+

  保留时间:0.92分钟(分析条件SMD方法22)

  N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N2,N5,N5-三甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa96,Fmoc-MeGln(Me2)-OH)的合成

  

  (S)-4-(3-(二甲基氨基)-3-氧代丙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa95)(13g,31.8mmol)的二氯甲烷(DCM)(220ml)溶液中,加入三乙基硅烷(11.1g,95.5mmol)、三氟乙酸(TFA)(220ml),于室温搅拌3天。在减压下蒸馏除去溶剂,向残渣加入碳酸钾水溶液,用己烷进行洗涤。对水层用5%盐酸水将pH调整为2~3的范围内,利用乙酸乙酯进行萃取。用饱和食盐水洗涤有机层,利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣溶解于甲醇,用己烷洗涤。对甲醇层在减压下蒸馏除去溶剂,得到了N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N2,N5,N5-三甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa96,Fmoc-MeGln(Me2)-OH)(12.0g)。

  LCMS(ESI)m/z=411(M+H)+

  保留时间:1.38分钟(分析条件SMD方法33)

  叔丁基N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5-甲基-L-谷氨酸酯(化合物aa97,Fmoc-Gln(Me)-OtBu)的合成

  

  在冰冷却下,向(S)-4-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-5-(叔丁氧基)-5-氧代戊酸(Fmoc-Glu-OtBu)(20.0g,47.0mmol)及1-羟基-7-氮杂苯并三唑(HOAt)(8.8g)的二甲基甲酰胺(DMF)(300ml)溶液中,加入1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺盐酸盐(WSC·HCl)(13.5g),搅拌10分钟。在将反应液的温度保持为5度以下的同时,加入2mol/L的甲基胺的四氢呋喃溶液(29.5ml),于室温搅拌16小时。将反应液利用己烷/乙酸乙酯(1/1,1400ml)和氯化铵水溶液(500ml)进行稀释,将有机层分离。将有机层利用碳酸氢钠水溶液和饱和食盐水进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂,以粗产物的形式得到了叔丁基N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5-甲基-L-谷氨酸酯(化合物aa97,Fmoc-Gln(Me)-OtBu)(36.2g)。

  LCMS(ESI)m/z=439(M+H)+

  保留时间:1.05分钟(分析条件SMD方法23)

  N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5-甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa98,Fmoc-Gln(Me)-OH)的合成

  

  向叔丁基N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5-甲基-L-谷氨酸酯(化合物aa97,Fmoc-Gln(Me)-OtBu)(43.6g)的二氯甲烷(DCM)(300ml)溶液中,在冰冷却下滴加三氟乙酸(TFA)(300ml),于室温搅拌16小时。在减压下蒸馏除去溶剂,向得到的残渣加入乙醚和碳酸氢钠水溶液,有机相发生分离。将得到的水层利用5mol/L的盐酸水溶液将pH调整至1~2之间,滤取沉淀的固体,得到了N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5-甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa98,Fmoc-Gln(Me)-OH)(26.7g)。

  LCMS(ESI)m/z=383(M+H)+

  保留时间:1.75分钟(分析条件SMD方法5)

  (S)-3-(3-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-5-氧代噁唑烷-4-基)丙酸(化合物aa99)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-α-(9-芴基甲氧基羰基)-L-谷氨酸(Fmoc-Glu-OH,CAS编号121343-82-6)(2g,5.41mmol)、多聚甲醛(0.65g,21.7mmol)、(+)-10-樟脑磺酸(0.69mg,0.298mmol)的甲苯(16ml)悬浊液,于75度搅拌6小时15分钟。冷却至室温,加入碳酸氢钠(25mg,0.298mmol),于室温搅拌20小时。加入乙酸乙酯(15ml),进行硅藻土过滤,向滤液加入饱和食盐水/水(1/1,5ml),利用乙酸乙酯萃取2次。将有机层利用饱和食盐水/水(1/1,5ml)洗涤2次,利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂,以粗产物的形式得到了(S)-3-(3-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-5-氧代噁唑烷-4-基)丙酸(化合物aa99)(2.31g)。

  LCMS(ESI)m/z=382(M+H)+

  保留时间:0.74分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(3-(甲基氨基)-3-氧代丙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa100)的合成

  

  在冰冷却下向(S)-3-(3-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-5-氧代噁唑烷-4-基)丙酸(化合物aa99)(2.30g,6.03mmol)的二甲基甲酰胺(7.0ml)溶液中,加入O-(7-氮杂-1H-苯并三唑-1-基)-N,N,N’,N’-四甲基脲六氟磷酸盐(HATU)(2.52g,6.63mmol)、甲基胺(2mol/L四氢呋喃溶液,3.02ml,6.03mmol)及N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(0.527ml,3.02mmol)、在氮气氛围中搅拌3小时。反应液利用乙酸乙酯和己烷稀释,利用5mol/L盐酸水溶液将pH调整为1。加入饱和氯化铵水溶液,利用乙酸乙酯萃取2次,将得到的有机层饱和氯化铵水溶液/水(1/1)利用洗涤2次,利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的粗产物利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,定量地得到了(S)-4-(3-(甲基氨基)-3-氧代丙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa100)(2.40g)。

  LCMS(ESI)m/z=395(M+H)+

  保留时间:0.74分钟(分析条件SQDFA05)

  N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N2,N5-二甲基-L-谷氨酰胺(Fmoc-MeGln(Me)-OH)(化合物aa101)的合成

  

  在氮气氛围且冰冷却下,向4-(3-(甲基氨基)-3-氧代丙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(S)-(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa100)(2.40g,6.08mmol)的二氯甲烷(DCM)(15ml)溶液中,加入三乙基硅烷(Et3SiH)(2.92ml,18.3mmol)及三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(1.54ml,12.2mmol),于室温搅拌24小时。加入饱和氯化铵水溶液/水(1/1,5ml),利用二氯甲烷进行萃取。将有机层利用饱和食盐水/水(1/1,5ml)洗涤2次,利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的粗产物利用反相柱层析进行纯化,得到了N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N2,N5-二甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa101,Fmoc-MeGln(Me)-OH)(491mg,20%)。

  LCMS(ESI)m/z=397(M+H)+

  保留时间:0.65分钟(分析条件SQDFA05)

  2-溴-N-叔丁基乙酰胺(化合物aa102)的合成

  

  在氮气氛围中,向2-溴乙酸(50.0g,360mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(80.0ml)溶液中,加入2-甲基丙烷-2-胺(26.7g,365mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(139g,1.08mol)及丙基膦酸酐(T3P)(229g,720mmol),于室温搅拌2小时。向反应液中加入水,利用乙酸乙酯萃取2次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的残渣用己烷洗涤,以粗产物的形式得到了2-溴-N-叔丁基乙酰胺(化合物aa102,36.5g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸(化合物aa103,Trt-Ser(NtBu-Aca)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向三苯甲基-L-丝氨酸(Trt-Ser-OH)的三乙胺盐(1.50g,4.32mmol)的二甲基甲酰胺(DMF)(2.00ml)溶液中,加入氢化钠(0.52g,13.0mmol,60%油分散),于室温搅拌2小时。向其加入2-溴-N-叔丁基乙酰胺(化合物aa102)(0.96g)的DMF(1.00ml)溶液,于室温搅拌1小时。向反应液中加入水,利用乙酸乙酯萃取2次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸(化合物aa103,Trt-Ser(NtBu-Aca)-OH)(1.60g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-L-丝氨酸(化合物aa104,Fmoc-Ser(NtBu-Aca)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸(化合物aa103,Trt-Ser(NtBu-Aca)-OH)(15.3g,33.2mmol)的二氯甲烷(150ml)/水(150ml)溶液中,于4度加入三氟乙酸(11.2g,99.1mmol)并在同温度搅拌2小时。将水层分离,加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)至达到pH7为止。向其加入1,4-二噁烷(150ml)后,加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(14.9g,115mmol)及N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(22.3g,231mmol),于25度搅拌16小时。向反应液中加入水,利用己烷洗涤2次后,向水层加入浓盐酸至达到pH2为止,利用乙酸乙酯萃取2次。将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-L-丝氨酸(化合物aa104,Fmoc-Ser(NtBu-Aca)-OH)(14.2g,98%)。

  LCMS(ESI)m/z=441(M+H)+

  保留时间:1.08分钟(分析条件SMD方法9)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa105,Fmoc-MeSer(NtBu-Aca)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-L-丝氨酸(化合物aa104,Fmoc-Ser(NtBu-Aca)-OH)(1.0g,2.270mmol)、多聚甲醛(203mg,6.81mmol)、((1S,4R)-7,7-二甲基-2-氧代二环[2.2.1]庚烷-1-基)甲磺酸(26mg,0.114mmol)的甲苯溶液(1.2ml)于80度搅拌1小时。向反应液中加入饱和碳酸氢钠水溶液,利用乙酸乙酯萃取3次,利用饱和食盐水进行洗涤。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥后,过滤,减压浓缩,由此以粗产物的形式得到了(S)-4-((2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(1.035g)。

  在氮气氛围中,向作为上述粗产物的(S)-4-((2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(1.035g)的二氯甲烷(DCM)溶液(2.86ml)中加入三乙基硅烷(Et3SiH)(1.096ml,6.86mmol)和水(40μl),于室温搅拌2分钟后,加入三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(0.580ml,4.57mmol),于室温搅拌24小时。向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,于室温搅拌40分钟后,利用二氯甲烷(DCM)萃取2次。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,向通过减压浓缩得到的残渣加入乙腈,用己烷洗涤。通过在减压下蒸馏除去乙腈,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa105,Fmoc-MeSer(NtBu-Aca)-OH)(0.9449g,2个工序92%)。

  LCMS(ESI)m/z=455(M+H)+

  保留时间:0.79分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-乙基-N-甲基-L-高丝氨酸(化合物aa106,Fmoc-MeHse(Et)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-乙基-L-高丝氨酸(Fmoc-Hse(Et)-OH,购自渡边化学工业)(300mg,0.812mmol)和多聚甲醛(73.2mg,2.436mmol)的甲苯溶液(2.5ml)中,于室温加入三氟乙酸(0.563ml,7.31mmol),搅拌6小时。将反应液浓缩,利用二氯甲烷稀释之后,利用饱和碳酸氢钠水溶液洗涤。有机层利用无水硫酸镁进行干燥后,过滤,减压浓缩,由此以粗产物的形式得到了(S)-4-(2-乙氧基乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(323mg)。

  向作为上述粗产物的(S)-4-(2-乙氧基乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)(310mg)的二氯乙烷(DCE)溶液(4.0ml)中,于室温加入三乙基硅烷(Et3SiH)(1.168ml,7.31mmol)和三氟乙酸(1.691ml,21.94mmol),将反应液于60度搅拌8小时30分钟。将反应液于室温冷却之后进行减压浓缩,将由此得到的残渣利用己烷/乙酸乙酯=4/1稀释,利用饱和碳酸氢钠水溶液萃取2次。使用1N盐酸水溶液将得到的水层的液体性质调成酸性之后,利用乙酸乙酯萃取3次。将有机层利用无水硫酸镁进行干燥,减压浓缩,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-乙基-N-甲基-L-高丝氨酸(化合物aa106,Fmoc-MeHse(Et)-OH)(101mg,2个工序33%)。

  LCMS(ESI)m/z=384(M+H)+

  保留时间:0.82分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(化合物aa107,Fmoc-Nle(6-OTHP)-OH)的合成

  

  将利用市售而购买的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-6-羟基己酸(Fmoc-Nle(6-OH)-OH)(3g,8.12mmol)和对甲苯磺酸吡啶(PPTS)(408mg,1.62mmol)的甲苯溶液(10ml)减压浓缩,进行了共沸脱水。将得到的残渣溶解于四氢呋喃(15ml),加入二氢吡喃(5.41ml,56.8mmol)于50度搅拌1小时。室温下,向反应液中加入乙酸乙酯,利用饱和食盐水对有机层进行洗涤2次之后,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩。将得到的残渣溶解于四氢呋喃(30ml),加入pH已调整为8的磷酸缓冲液(30ml),于50度搅拌3小时。室温下,将反应液利用乙酸乙酯进行萃取两次,用饱和食盐水洗涤得到的有机层,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩。将得到的残渣溶解于乙醚(50ml),向其加入庚烷(50ml)由此使粗产物沉淀,进行减压浓缩,由此除去乙醚,将残留的上清溶液通过倾析而除去。将该操作重复两次,由此得到了粗产物。将得到的粗产物溶解于叔丁基甲基醚(150ml)中,加入0.05M磷酸溶液(150ml),于室温搅拌1小时。将有机层回收,利用乙酸乙酯萃取水层。将得到的有机层合并之后,利用饱和食盐水洗涤2次,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,得到了(2S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(化合物aa107,Fmoc-Nle(6-OTHP)-OH)(2.925g,79%)。

  LCMS(ESI)m/z=454(M+H)+

  保留时间:0.86分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-4-氧代丁酸叔丁酯(化合物aa108,Fmoc-Asp(pip-4-F2)-OtBu)的合成

  

  在氮气氛围中,向1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺盐酸盐(WSC·HCl)的N,N-二甲基甲酰胺溶液(12ml)中,于0度加入1-羟基苯并三唑(HOBt)(723mg,5.35mmol)和利用市售而购买的(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(叔丁氧基)-4-氧代丁酸(Fmoc-Asp-OtBu)(2g,4.86mmol),搅拌1小时。向反应液中加入4,4-二氟哌啶盐酸盐(843mg,5.35mmol)和N-乙基-N-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(931μl,5.35mmol)的N,N-二甲基甲酰胺溶液(2ml),于0度搅拌3小时。向反应液中加入水,利用乙酸乙酯萃取2次。将有机层合并所得用0.5M盐酸水溶液、水、50%碳酸氢钠水溶液、50%食盐水洗涤之后,将得到的有机层减压浓缩,由此得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-4-氧代丁酸叔丁酯(化合物aa108,Fmoc-Asp(pip-4-F2)-OtBu)(2.635g)。

  LCMS(ESI)m/z=515(M+H)+

  保留时间:0.97分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物aa109,Fmoc-Abu(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向十二羰基三钌(62mg,0.097mmol)的四氢呋喃溶液(5ml)中加入1,1,3,3-四甲基二硅氧烷(2.76mL,15.55mmol),于室温搅拌10分钟。向反应液中加入溶解于四氢呋喃(7ml)的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-4-氧代丁酸叔丁酯(化合物aa108,Fmoc-Asp(pip-4-F2)-OtBu)(1.0g,1.943mmol),于50度搅拌3小时之后,将反应液减压浓缩。将得到的残渣溶解于2,2,2-三氟乙醇(10ml),加入三甲基氯硅烷(745μl,5.83mmol),于室温搅拌1小时。将反应液减压浓缩之后,将得到的残渣溶解于1,4-二噁烷(5ml)和2N盐酸水溶液(10ml)中,于室温搅拌1小时。将反应液用叔丁基甲基醚萃取2次,将有机层减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物aa109,Fmoc-Abu(pip-4-F2)-OH))(540mg,63%)。

  LCMS(ESI)m/z=445(M+H)+

  保留时间:0.56分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物aa110,Fmoc-MeAbu(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物aa109,Fmoc-Abu(pip-4-F2)-OH))(13g,9.25mmol)、多聚甲醛(2.6g,28.86mmol)和三氟乙酸(30.59g,263.71mmol)的甲苯溶液(60ml)于室温搅拌16小时。将反应液减压浓缩之后,溶解于二氯甲烷,利用饱和碳酸氢钠水溶液、水、饱和食盐水进行洗涤后,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了作为中间体的(S)-4-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(10.9g,82%)。将得到的中间体(6g,13.14mmol)溶解于三氟乙酸(65ml)和二氯乙烷(65ml),于室温加入三乙基硅烷(13.5g,116.1mmol),于70度搅拌4小时。将当反应液恢复室温之后,减压浓缩而得到的残渣溶解于二氯甲烷。将有机层用水洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(0.5%盐酸水溶液/0.5%盐酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物aa110,Fmoc-MeAbu(pip-4-F2)-OH)(4.0g,66%)。

  LCMS(ESI)m/z=459(M+H)+

  保留时间:2.71分钟(分析条件SMD方法28)

  1-苄基-3,3-二氟哌啶(化合物aa111)的合成

  

  在氮气氛围中,向1-苄基哌啶-3-酮(60g,317.03mmol)的二氯甲烷溶液中,于0度加入二甲基氨基三氟化硫磺(DAST)(150g,4.04mol)搅拌2小时。之后,向反应液中加入300ml的饱和碳酸氢钠水溶液,利用乙酸乙酯进行3次萃取,将有机层合并而成物用饱和食盐水洗涤。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,进行过滤,将得到的有机层减压浓缩,由此作为得到了粗产物的1-苄基-3,3-二氟哌啶(化合物aa111)(31g,46%)。

  LCMS(ESI)m/z=212(M+H)+

  保留时间:0.94分钟(分析条件SMD方法31)

  (S)-2-(((苄氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)丁酸苄基酯(化合物aa113,Cbz-MeAbu(pip-3-F2)-OBn)的合成

  

  将得到的粗产物1-苄基-3,3-二氟哌啶(化合物aa111)溶解于200ml的甲醇,加入10%钯/碳(1g),在氢气氛围中,于室温搅拌48小时。将反应液过滤,将得到的滤液减压浓缩,由此以粗产物的形式得到了3,3-二氟哌啶(化合物aa112)(19g)。

  向另外合成的(S)-2-(((苄氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(乙基硫基)-4-氧代丁酸苄基酯(化合物aa114,Cbz-MeAsp(SEt)-OBn)(20g,48.13mmol)、3,3-二氟哌啶(化合物aa112)(8.26g,68.19mmol)、三乙基硅烷(40ml)、10%钯/碳(2.6g)的N,N-二甲基甲酰胺溶液(20ml)中,于0度加入三乙酰氧基硼氢化钠(NABH(OAC)3)(20.4g,204mmol),于室温搅拌30分钟。将反应液过滤,减压浓缩,将由此得到的粗产物利用正相硅胶层析法(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-2-(((苄氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)丁酸苄基酯(化合物aa113,Cbz-MeAbu(pip-3-F2)-OBn)(11g,50%)。

  LCMS(ESI)m/z=461(M+H)+

  保留时间:1.42分钟(分析条件SMD方法32)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物aa116,Fmoc-MeAbu(pip-3-F2)-OH)的合成

  

  将(S)-2-(((苄氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)丁酸苄基酯(化合物aa113,Cbz-MeAbu(pip-3-F2)-OBn)(20g,43.43mmol)溶解于33%溴化氢乙酸溶液中,于室温搅拌2小时之后,于50度进一步搅拌1小时。将反应溶液减压浓缩,将由此得到的残渣利用乙醚进行沉淀,以粗产物的形式得到了(2S)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)-2-(甲基氨基)丁酸的溴化物(化合物aa115)(29g)。

  将作为上述粗产物的(2S)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)-2-(甲基氨基)丁酸的溴化物(化合物aa115)(7.08g,29.97mmol)和N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(16g,47.48mmol)溶解于碳酸钾的水/1,4-二噁烷溶液=1/1(300ml)中,于室温搅拌4小时。之后将反应液利用乙醚洗涤3次,利用盐酸将水层的pH调节至3,利用乙酸乙酯萃取两次。将得到的有机层合并,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,将得到的残渣利用反相柱层析(10mmol碳酸氢铵水溶液/乙腈)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物aa116,Fmoc-MeAbu(pip-3-F2)-OH))(7.2g,71%)。

  LCMS(ESI)m/z=459(M+H)+

  保留时间:1.61分钟(分析条件SMD方法5)

  (S)-2-(((苄氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(乙基硫基)-4-氧代丁酸(化合物aa119,Cbz-MeAsp(SEt)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将((苄氧基)羰基)-L-天冬氨酸(Cbz-Asp-OH)(200g,748.41mmol)和多聚甲醛(67.5g,749.35mmol)和对甲苯磺酸(7.74g,44.95mmol)的甲苯溶液(2000ml)升温至110度,搅拌3天。使反应液为室温之后,加入水,利用乙酸乙酯萃取3次。将合并的有机层用饱和食盐水洗涤,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥后,过滤,减压浓缩,由此以粗产物的形式得到了(S)-2-(3-((苄氧基)羰基)-5-氧代噁唑烷-4-基)乙酸(化合物aa117)(200g)。

  向利用与上述同样的方法合成的(S)-2-(3-((苄氧基)羰基)-5-氧代噁唑烷-4-基)乙酸(化合物aa117)(265g,948.99mmol)的粗产物和乙烷硫醇(88.3g,1.42mol)和4-二甲基氨基吡啶(DMAP)(11.59g,95mmol)的二氯甲烷溶液中,于0度加入N,N’-二环己基碳二亚胺(DCC)(214g,1.04mol),于室温搅拌5小时。将反应溶液过滤,得到的滤液用饱和食盐水洗涤,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥后,过滤,减压浓缩。将得到的粗产物利用正相硅胶层析法(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-4-(2-(乙基硫基)-2-氧代乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa118)(167g)的混合物。

  向得到的(S)-4-(2-(乙基硫基)-2-氧代乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa118)(139g,1.20mol)的二氯甲烷(DCM)和三氟乙酸溶液(1500ml/1500ml)中加入三乙基硅烷(139g,1.2mol),于室温搅拌3天。将反应液减压浓缩,向得到的残渣加入碳酸钾水溶液,用乙醚洗涤3次。将得到的水层用2N盐酸水溶液将pH调节至3,对其利用乙酸乙酯萃取两次。将合并的有机层用饱和食盐水洗涤,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥后,过滤,减压浓缩,得到了(S)-2-(((苄氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(乙基硫基)-4-氧代丁酸(化合物aa119,Cbz-MeAsp(SEt)-OH)(75g)的粗产物。

  LCMS(ESI)m/z=326(M+H)+

  保留时间:1.00分钟(分析条件SMD方法16)

  (S)-2-(((苄氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(乙基硫基)-4-氧代丁酸苄基酯(化合物aa114,Cbz-MeAsp(SEt)-OBn)的合成

  

  室温下,向(S)-2-(((苄氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(乙基硫基)-4-氧代丁酸(化合物aa119,Cbz-MeAsp(SEt)-OH)(3g,9.22mmol)的粗产物和碳酸钾(1.9g,13.65mmol)的N,N-二甲基甲酰胺溶液(46ml)中加入苄基溴(1.73g,10.11mmol),搅拌16小时之后进行过滤。将得到的滤液减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶层析法(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-2-(((苄氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(乙基硫基)-4-氧代丁酸苄基酯(化合物aa114,Cbz-MeAsp(SEt)-OBn)(1.5g)。

  1H NMR(300MHz,CDCl3):7.36-7.31(m,10H),5.19-4.89(m,5H),3.34-2.85(m,7H),1.30-1.21(m,3H)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-吗啉代丁酸(化合物aa123,Fmoc-Abu(Mor)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(乙基硫基)-4-氧代丁酸叔丁酯(化合物aa120,Fmoc-Asp(SEt)-OtBu)的合成

  

  将(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(叔丁氧基)-4-氧代丁酸(Fmoc-Asp-OtBu)(5g,12.15mmol)、4-二甲基氨基吡啶(DMAP)(148mg,1.22mmol)及乙烷硫醇(ETSH)(1.13g,18.19mmol)溶解于二氯甲烷(DCM)(50ml)中,在冰冷却下加入N,N’-二环己基碳二亚胺(DCC)(2.756g,1.337mmol)。于室温搅拌5小时之后,通过过滤除去固体。滤液用二氯甲烷(DCM)稀释之后,利用饱和食盐水进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用正相柱层析(0~40%乙酸乙酯/石油醚)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(乙基硫基)-4-氧代丁酸叔丁酯(化合物aa120,Fmoc-Asp(SEt)-OtBu)(3.9g,70%)。

  LCMS(ESI)m/z=478(M+NA)+

  保留时间:3.13分钟(分析条件SMD方法14)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-氧代丁酸叔丁酯(化合物aa121)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(乙基硫基)-4-氧代丁酸叔丁酯(化合物aa120,Fmoc-Asp(SEt)-OtBu)(1g,2.20mmol)溶解于丙酮(4.4ml)中,加入Pd/C(wET,10%,44mg)。在冰冷却下,加入三乙基硅烷(1.276g,10.97mmol)搅拌1小时。之后,通过过滤除去Pd/C,将滤液进行减压浓缩而得到的残渣利用正相柱层析(0~60%乙酸乙酯/石油醚)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-氧代丁酸叔丁酯(化合物aa121)(680mg,78%)。

  LCMS(ESI)m/z=418(M+NA)+

  保留时间:2.07分钟(分析条件SMD方法40)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-吗啉代丁酸叔丁酯(化合物aa122,Fmoc-Abu(Mor)-OtBu)的合成

  

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-氧代丁酸叔丁酯(化合物aa121)(1.6g,4.05mmol)及吗啉(387mg,4.44mmol)-二氯乙烷(DCE)(8ml)溶解于中,于室温搅拌1小时。之后,在冰冷却下加入三乙酰氧基硼氢化钠(NABH(OAC)3)(1.717g,8.10mmol)的二氯乙烷(DCE)(8ml)溶液,搅拌4小时。之后,将反应液利用二氯甲烷稀释,利用饱和碳酸氢钠水溶液、饱和食盐水洗涤之后,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,减压浓缩。将得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-吗啉代丁酸叔丁酯(化合物aa122,Fmoc-Abu(Mor)-OtBu)(1.7g,98%)。

  LCMS(ESI)m/z=467(M+H)+

  保留时间:2.02分钟(分析条件SMD方法41)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-吗啉代丁酸(化合物aa123,Fmoc-Abu(Mor)-OH)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-吗啉代丁酸叔丁酯(化合物aa122,Fmoc-Abu(Mor)-OtBu)(9g,19.29mmol)溶解于三氟乙酸(TFA)/二氯乙烷(DCE)(25ml/25ml)中,于40度搅拌2小时。冷却至室温之后,将反应液利用二氯甲烷稀释,用水洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,减压浓缩,由此得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-吗啉代丁酸(化合物aa123,Fmoc-Abu(Mor)-OH)(7g,90%)。

  LCMS(ESI)m/z=411(M+H)+

  保留时间:1.20分钟(分析条件SMD方法42)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-吗啉代丁酸(化合物aa125,Fmoc-MeAbu(Mor)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  (S)-4-(2-吗啉代乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa124)的合成

  

  使(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-吗啉代丁酸(化合物aa123,Fmoc-Abu(Mor)-OH)(600mg,1.46mmol)及多聚甲醛(131.4mg,1.46mmol)悬浮于甲苯(3ml)及三氟乙酸(TFA)(1.527g,13.16mmol)中,于室温搅拌16小时。之后,将反应液减压浓缩,将得到的残渣利用二氯甲烷稀释,利用饱和碳酸氢钠水溶液、水、饱和食盐水进行洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,将滤液进行减压浓缩,将得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-4-(2-吗啉代乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa124)(486mg,79%)。

  LCMS(ESI)m/z=423(M+H)+

  保留时间:1.14分钟(分析条件SMD方法40)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-吗啉代丁酸(化合物aa125,Fmoc-MeAbu(Mor)-OH)的合成

  

  将(S)-4-(2-吗啉代乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa124)(486mg,1.15mmol)及三乙基硅烷(1.5ml,10.35mmol)溶解于三氟乙酸/二氯乙烷(1/1,12ml)中,于70度搅拌4小时。冷却至室温之后,将反应液减压浓缩而得到的残渣利用二氯甲烷稀释,用水洗涤后,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,将滤液减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(5~70%0.5%盐酸水溶液/0.5%盐酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-吗啉代丁酸(化合物aa125,Fmoc-MeAbu(Mor)-OH)(400mg,82%)。

  LCMS(ESI)m/z=425(M+H)+

  保留时间:1.40分钟(分析条件SMD方法34)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)甘氨酸(化合物aa126,Fmoc-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OH)的合成

  

  向2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙烷-1-胺(0.842g,5.13mmol)的水溶液(8.5ml)中于0度加入2-溴乙酸叔丁酯(0.378ml,2.56mmol)的四氢呋喃(THF)溶液(1.7ml)之后,于室温搅拌过夜。向反应液中加入水(8.5ml),加入N-乙基-N-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(1.365ml,7.69mmol)和N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(1.902g,5.64mmol),于室温搅拌1小时。向反应液中加入二甲基亚砜(DMSO)和包含0.1%甲酸的20%乙腈水溶液,在减压下除去四氢呋喃之后,利用反相层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,由此得到了叔丁基N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)甘氨酸酯(Fmoc-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OtBu)(875mg)。

  向上述叔丁基N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)甘氨酸酯(Fmoc-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OtBu)(870mg)的2,2,2-三氟乙醇(TFE)溶液(7.0ml)中加入三甲基氯硅烷(TMSCl)(0.666ml,5.21mmol),于室温搅拌1小时。将反应液减压浓缩之后,通过将得到的残渣利用反相层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,由此得到了标题化合物与甲酸的混合物。为了除去甲酸,将向得到的混合物中加入4N盐酸/1,4-二噁烷而使用旋转蒸发仪进行浓缩的操作重复6次,以盐酸盐的形式得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)甘氨酸(化合物aa126,Fmoc-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OH)(798.7mg,3个工序70%)。

  LCMS(ESI)m/z=445(M+H)+

  保留时间:0.58分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S,4R)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-(9H-芴-9-基甲氧基羰基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa130,Fmoc-Pro(pip-4-F2)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  (2S,4R)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)吡咯烷-1,2-二羧酸2-甲基1-(叔丁基)酯(化合物aa127,Boc-Pro(pip-4-F2)-OMe)的合成

  

  将(2S,4S)-4-羟基吡咯烷-1,2-二羧酸2-甲基1-叔丁基(Boc-cisHyp-OMe)(30g,122.3mmol)及三乙胺(27.2ml,195.7mmol)溶解于二氯甲烷(300ml),于-40度冷却下滴加而加入三氟甲磺酸酐(TF2O)(24.8ml,146.8mmol)。搅拌1小时之后,加入三乙胺(70ml,489.2mmol)及4,4-二氟哌啶的盐酸盐(38.4g,317.01mmol)的二氯甲烷(100ml)溶液,进一步搅拌3小时。之后,将反应液注入饱和碳酸氢钠水溶液中,利用叔丁基甲基醚萃取3次。用饱和食盐水洗涤有机层,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,减压浓缩,由此得到了(2S,4R)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)吡咯烷-1,2-二羧酸2-甲基1-(叔丁基)酯(化合物aa127,Boc-Pro(pip-4-F2)-OMe)(52g)。

  LCMS(ESI)m/z=349(M+H)+

  保留时间:0.62分钟(分析条件SMD方法35)

  (2S,4R)-1-叔丁氧羰基-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa128,Boc-Pro(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  将氢氧化锂(8.25g,344.47mmol)及氯化钙(143g,1.30mol)加入2-丙醇(iPrOH)(900ml)及水(300ml)中搅拌之后,添加(2S,4R)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)吡咯烷-1,2-二羧酸2-甲基1-(叔丁基)酯(化合物aa127,Boc-Pro(pip-4-F2)-OMe)(52g,149.26mmol)的四氢呋喃(THF)(300ml)溶液,于室温搅拌16小时。通过减压浓缩除去有机溶剂,将得到的水层利用叔丁基甲基醚洗涤。之后,加入1N盐酸水溶液将水层的pH调整为5~6,利用乙酸乙酯萃取3次。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,进行减压浓缩而得到了(2S,4R)-1-叔丁氧羰基-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa128,Boc-Pro(pip-4-F2)-OH)(48g)。

  LCMS(ESI)m/z=335(M+H)+

  保留时间:0.88分钟(分析条件SMD方法13)

  (2S,4R)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa129,H-Pro(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  将(2S,4R)-1-叔丁氧羰基-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa128,Boc-Pro(pip-4-F2)-OH)(48g,143.28mmol)溶解于2,2,2-三氟乙醇(TFE)(900ml)中,加入三甲基氯硅烷(TMSCl)(60g,573.12mmol)于室温搅拌1小时。之后,将反应液减压浓缩,由此得到了(2S,4R)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa129,H-Pro(pip-4-F2)-OH)(37.3g)。

  LCMS(ESI)m/z=235(M+H)+

  保留时间:0.13分钟(分析条件SMD方法36)

  (2S,4R)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-(9H-芴-9-基甲氧基羰基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa130,Fmoc-Pro(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  (2S,4R)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa129,H-Pro(pip-4-F2)-OH)(37.3g,159.23mmol)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(56.4g,167.19mmol)及碳酸钾(44g,318.46mmol)加入水(350ml)及1,4-二噁烷(260ml)中,于室温搅拌16小时。之后,利用25%叔丁基甲基醚的己烷溶液洗涤,利用1N盐酸水溶液将水层的pH调整为1~2,利用叔丁基甲基醚萃取3次。用饱和食盐水洗涤有机层之后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,将滤液减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(5~65%水/乙腈)进行纯化,得到了(2S,4R)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-(9H-芴-9-基甲氧基羰基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa130,Fmoc-Pro(pip-4-F2)-OH)(4.5g,4个工序8%)。

  LCMS(ESI)m/z=457(M+H)+

  保留时间:2.83分钟(分析条件SMD方法37)

  化合物aa133(Fmoc-cisPro(pip-4-F2)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  (2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-1,2-二羧酸二-叔丁酯(化合物aa131,Boc-cisPro(pip-4-F2)-OtBu)的合成

  

  将(2S)-4-氧代吡咯烷-1,2-二羧酸二-叔丁酯(20g,70.09mmol)溶解于四氢呋喃(400ml)及二甲基亚砜(120ml)中,加入4,4-二氟哌啶的盐酸盐(11g,90.81mmol)和乙酸(8ml)。于室温搅拌1小时之后,加入三乙酰氧基硼氢化钠(NABH(OAC)3)(29.8g,140.6mmol),搅拌6小时。将反应液注入在冰冷却下的饱和碳酸氢钠水溶液中后,利用乙酸乙酯萃取3次。用饱和食盐水洗涤有机层之后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,减压浓缩,由此得到了(2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-1,2-二羧酸二-叔丁酯(化合物aa131,Boc-cisPro(pip-4-F2)-OtBu)(50g)。

  LCMS(ESI)m/z=391(M+H)+

  保留时间:0.75分钟(分析条件SMD方法38)

  (2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa132,H-cisPro(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  将(2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-1,2-二羧酸二-叔丁酯(化合物aa131,Boc-cisPro(pip-4-F2)-OtBu)(50g,128.70mmol)溶解于2,2,2-三氟乙醇(TFE)(1000ml)中,加入三甲基氯硅烷(TMSCl)(80ml,643.5mmol)搅拌1小时。之后,将反应液减压浓缩,由此得到了(2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa132,H-cisPro(pip-4-F2)-OH)(45g)。

  LCMS(ESI)m/z=235(M+H)+

  保留时间:0.33分钟(分析条件SMD方法39)

  (2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-(9H-芴-9-基甲氧基羰基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa133,Fmoc-cisPro(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  将(2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa132,H-cisPro(pip-4-F2)-OH)(45g,192.10mmol)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(67.4g,199.80mmol)及碳酸钾(52.4g,379.13mmol)加入1,4-二噁烷(300ml)及水(400ml)中,于室温搅拌16小时。之后,利用25%叔丁基甲基醚的己烷溶液洗涤,加入1N盐酸水溶液而将水层的pH调整为1至2。利用叔丁基甲基醚萃取3次,用饱和食盐水洗涤有机层之后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(5~65%水/乙腈)进行纯化,得到了(2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-(9H-芴-9-基甲氧基羰基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa133,Fmoc-cisPro(pip-4-F2)-OH)(5.5g,4个工序17%)。

  LCMS(ESI)m/z=457(M+H)+

  保留时间:1.45分钟(分析条件SMD方法34)

  (2S,3R)-2-氨基-3-羟基-N-((1R,2R)-2-羟基-1,2-二苯基乙基)-N-甲基庚酰胺(化合物aa134)的合成

  

  减压下,将氯化锂(165mg,3.9mmol)利用热风枪加热1分钟之后,恢复室温,在氮气氛围中,加入基于已知论文(Angew.Chem.Int.Ed.,2014,53,4642)合成的2-氨基-N-((1R,2R)-2-羟基-1,2-二苯基乙基)-N-甲基乙酰胺(185mg,0.65mmol),加入3.25ml的四氢呋喃进行搅拌。将反应溶液冷却至-78度,滴加1M二(三甲基甲硅烷基)氨基锂的四氢呋喃溶液(1.25ml,1.25mmol)搅拌5分钟后,将反应溶液于4度进一步搅拌25分钟。将反应溶液再次冷却至-78度,滴加1M戊醛的四氢呋喃溶液(0.5ml,0.5mmol),搅拌两个半小时。加入50μl的50%饱和氯化铵水溶液使为室温。向得到的反应液中加入10ml的50%饱和氯化铵水溶液,对利用15ml的乙酸乙酯进行萃取两次而得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥后,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了(2S,3R)-2-氨基-3-羟基-N-((1R,2R)-2-羟基-1,2-二苯基乙基)-N-甲基庚酰胺(化合物aa134)(107.6mg,58%)。

  LCMS(ESI)m/z=371(M+H)+

  保留时间:0.53分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S,3R)-2-氨基-3-羟基庚酸钠(化合物aa135)的合成

  

  向利用上述合成方法得到的(2S,3R)-2-氨基-3-羟基-N-((1R,2R)-2-羟基-1,2-二苯基乙基)-N-甲基庚酰胺(化合物aa134)(3.1g,8.37mmol)的甲醇和四氢呋喃溶液(1/1,34ml)中加入8.4ml的1N氢氧化钠水溶液,于室温搅拌7小时。将反应溶液减压浓缩,向得到的残渣加入水(40ml),利用40ml的二氯甲烷洗涤3次。将得到的有机层用水萃取一次之后,将水层合并而成的物质冷冻干燥,得到了(2S,3R)-2-氨基-3-羟基庚酸的钠盐(化合物aa135)(1.437g,94%)。

  LCMS(ESI)m/z=160(M-H)-

  保留时间:0.28分钟(分析条件SQDAA05)

  (2S,3R)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-羟基庚酸(化合物aa136,Fmoc-Ahp(2)(3-R-OH)-OH)的合成

  

  向N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(2.081g,6.17mmol)的水,1,4-二噁烷溶液(1/1,31ml)中加入碳酸铯(4.02g,12.34mmol)进行搅拌,加入利用上述合成方法得到的(2S,3R)-2-氨基-3-羟基庚酸的钠盐(化合物aa135)(1.13g,6.17mmol),搅拌45分钟。将反应液利用乙醚(10ml)洗涤两次,用5N盐酸水溶液对得到的水层的pH进行调节,至达到2为止。将得到的水层利用二氯甲烷(10ml)萃取3次,将合并的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,得到了(2S,3R)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-羟基庚酸(化合物aa136,Fmoc-Ahp(2)(3-R-OH)-OH)(2.46g)的粗产物。

  LCMS(ESI)m/z=384(M+H)+

  保留时间:0.82分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S,3R)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)庚酸(化合物aa137,Fmoc-Ahp(2)(3-R-OTHP)-OH)的合成

  

  将(2S,3R)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-羟基庚酸(化合物aa136,Fmoc-Ahp(2)(3-R-OH)-OH)(2.4g,6.26mmol)和对甲苯磺酸吡啶(79mg,0.313mmol)的甲苯溶液(12.5ml)进行减压浓缩,进行了共沸脱水。将得到的残渣溶解于四氢呋喃(12.5ml),加入二氢吡喃(4.01ml,43.8mmol),于50度搅拌2小时。使反应液为室温,向反应液中加入乙酸乙酯(12ml),利用饱和食盐水(12ml)对有机层进行洗涤。将得到的水层利用乙酸乙酯(12ml)进行萃取,将合并的有机层用饱和食盐水洗涤两次,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩。将得到的残渣溶解于四氢呋喃(25ml),加入将pH调整为8的磷酸缓冲液(25ml),于50度搅拌4小时。室温下,将反应液利用乙酸乙酯进行萃取两次,将合并的有机层用饱和食盐水洗涤两次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(2S,3R)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)庚酸(化合物aa137,Fmoc-Ahp(2)(3-R-OTHP)-OH)(2.15g,74%)。

  LCMS(ESI)m/z=466(M-H)-

  保留时间:1.00分钟(分析条件SQDFA05)

  甲基N-((苄氧基)羰基)-O-(2-(苄氧基)乙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa138,Cbz-Ser(EtOBn)-OMe)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-苄基酯(2Cbz-Azy-OMe)(25.0g,106mmol)及2-(苄氧基)乙烷-1-醇(23.8g,156mmol)溶解于二氯甲烷(100ml),冷却至0度后,加入三氟化硼乙醚络合物(2.00ml,15.9mmol)于0度搅拌1小时。向反应液中加入水,利用二氯甲烷萃取2次之后,用碳酸钠水溶液、饱和食盐水对有机层进行洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,得到了甲基N-((苄氧基)羰基)-O-(2-(苄氧基)乙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa138,Cbz-Ser(EtOBn)-OMe)(30.0g,73%)。

  LCMS(ESI)m/z=388(M+H)+

  保留时间:1.13分钟(分析条件SMD方法9)

  N-((苄氧基)羰基)-O-(2-(苄氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa139,Cbz-Ser(EtOBn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将氢氧化锂一水合物(13.9g,331mmol)、氯化钙(129g,1.24mol)溶解于水(321ml)中。于室温向其加入甲基N-((苄氧基)羰基)-O-(2-(苄氧基)乙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa138,Cbz-Ser(EtOBn)-OMe)(30.0g,77.4mmol)的2-丙醇/四氢呋喃溶液(1.28L/321ml),搅拌3小时。加入2M盐酸水溶液至达到pH2为止,除去有机层后,将水层利用乙酸乙酯萃取3次。将得到的有机层混合,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了N-((苄氧基)羰基)-O-(2-(苄氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa139,Cbz-Ser(EtOBn)-OH)(30.0g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-(2-羟乙基)-L-丝氨酸(化合物aa140,H-Ser(EtOH)-OH)的合成

  

  在氢气氛围中,将N-((苄氧基)羰基)-O-(2-(苄氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa139,Cbz-Ser(EtOBn)-OH)(34.0g,91.1mmol)和钯碳(6.80g,20%w/w)溶解于甲醇(500ml)中,于室温搅拌16小时。将反应液过滤后,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了O-(2-羟乙基)-L-丝氨酸(化合物aa140,H-Ser(EtOH)-OH)(10.7g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟乙基)-L-丝氨酸(化合物aa141,Fmoc-Ser(EtOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,使O-(2-羟乙基)-L-丝氨酸(化合物aa140,H-Ser(EtOH)-OH)(5.00g,33.5mmol)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(12.4g,36.9mmol)及碳酸钠(10.6g,100mmol)溶解于水/1,4-二噁烷(136ml/56.0ml)中,于室温搅拌3小时。将反应液利用叔丁基甲基醚洗涤3次之后,向水层加入2M盐酸水溶液至pH达到2为止,利用乙酸乙酯萃取3次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟乙基)-L-丝氨酸(化合物aa141,Fmoc-Ser(EtOH)-OH)(12.0g,96%)。

  LCMS(ESI)m/z=372(M+H)+

  保留时间:1.31分钟(分析条件SMD方法33)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa142,Fmoc-Ser(EtOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟乙基)-L-丝氨酸(化合物aa141,Fmoc-Ser(EtOH)-OH)(1.6g,4.31mmol)和3,4-二氢-2H-吡喃(2.728ml,30.3mmol)的四氢呋喃(8.616ml)溶液中,加入对甲苯磺酸吡啶(PPTS)(54.1mg,0.215mmol),于50度搅拌2小时。将混合物冷却之后,加入乙酸乙酯。接着,利用饱和食盐水对有机层洗涤3次,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣溶解于四氢呋喃(10ml)中,然后加入0.05M的磷酸缓冲液(100ml)(1M的磷酸二氢钠(NAH2PO4)水溶液(94.3ml)与1M的磷酸氢二钠(NA2HPO4)水溶液(5.7ml)混合而制备)。将该混合物于室温搅拌10分钟后,利用叔丁基甲基醚进行萃取,用饱和食盐水对有机层进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa142,Fmoc-Ser(EtOTHP)-OH)(1.75g,96%)。

  LCMS(ESI)m/z=456(M+H)+

  保留时间:0.81分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-((2-(苄氧基)乙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa143)的合成

  

  将N-((苄氧基)羰基)-O-(2-(苄氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa139,Cbz-Ser(EtOBn)-OH)(30.0g,80.3mmol)、多聚甲醛(7.20g)及对甲苯磺酸(0.83g,4.82mmol)溶解于甲苯中(300ml)于110度搅拌16小时。冷却至室温之后,利用碳酸氢钠水溶液进行洗涤,将有机层混合,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了(S)-4-((2-(苄氧基)乙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa143)(27.0g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-((苄氧基)羰基)-O-(2-(苄氧基)乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa144,Cbz-MeSer(EtOBn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-4-((2-(苄氧基)乙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa143)(27.0g,70.1mmol)的二氯甲烷溶液(450ml)中加入三乙基硅烷(24.4g,210mmol)和三氟乙酸(450ml),于室温搅拌48小时。将反应液在减压下蒸馏除去,进一步利用泵进行干燥后,利用碳酸钾水溶液进行再溶解,用乙醚洗涤,加入浓盐酸至达到pH2为止后,利用乙酸乙酯萃取2次。将得到的有机层混合,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了N-((苄氧基)羰基)-O-(2-(苄氧基)乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa144,Cbz-MeSer(EtOBn)-OH)(24.0g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-(2-羟乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa145,H-MeSer(EtOH)-OH)的合成

  

  在氢气氛围中,将N-((苄氧基)羰基)-O-(2-(苄氧基)乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa144,Cbz-MeSer(EtOBn)-OH)(24.0g,62.0mmol)和钯碳(2.40g,10%w/w)溶解于甲醇(400ml)中,于室温搅拌16小时。将反应液过滤后,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了O-(2-羟乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa145,H-MeSer(EtOH)-OH)(12.0g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa146,Fmoc-MeSer(EtOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(2-羟乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa145,H-MeSer(EtOH)-OH)(12g,73.54mmol)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(27.3g,81.0mmol)及碳酸钠(27.3g,258mmol)溶解于水/1,4-二噁烷(320ml/160ml)中,于室温搅拌3小时。将反应液利用叔丁基甲基醚洗涤3次之后,向水层加入2M盐酸水溶液至达到pH2为止,利用乙酸乙酯萃取3次。将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa146,Fmoc-MeSer(EtOH)-OH)(20.0g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa147,Fmoc-MeSer(EtOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa146,Fmoc-MeSer(EtOH)-OH)(18.0g,46.7mmol)的四氢呋喃(100ml)溶液中,加入对甲苯磺酸吡啶(0.59g,2.34mmol)和3,4-二氢-2H-吡喃(27.5g,327mmol),于50度搅拌3小时。将混合物冷却至25度,加入乙酸乙酯。接着,利用饱和食盐水对有机层进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣(31g)中的25.0g溶解于四氢呋喃(200ml)中,然后加入调整为pH6.8的1.0M磷酸缓冲液(200ml)。将该混合物于50度搅拌3小时。冷却至25度之后,加入乙酸乙酯,将有机层与水层分离。向水层加入乙酸乙酯进行萃取之后,将得到的全部有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa147,Fmoc-MeSer(EtOTHP)-OH)(20.0g)。

  LCMS(ESI)m/z=487(M+NH4)+

  保留时间:0.68分钟(分析条件SMD方法11)

  (4S)-4-甲基-2-苯基-1,3-二氧杂环戊烷(化合物aa148)的合成

  

  在氮气氛围中,(S)-丙烷-1,2-二醇(20.0g,263mmol)的甲苯(200ml)溶液中,加入苯甲醛(29.3g,276mmol)及对甲苯磺酸(0.45g,2.61mmol),于130度搅拌16小时。将反应液浓缩,将残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(4S)-4-甲基-2-苯基-1,3-二氧杂环戊烷(化合物aa148)(31.5g,73%)。

  LCMS(ESI)m/z=165(M+H)+

  保留时间:0.89分钟(分析条件SMD方法12)

  (2S)-2-(苄氧基)丙烷-1-醇(化合物aa149)的合成

  

  在氮气氛围中,向(4S)-4-甲基-2-苯基-1,3-二氧杂环戊烷(化合物aa148)(32g,194.88mmol)的二氯甲烷(1.00L)溶液中,于-50度加入氢化二异丁基铝的1M己烷溶液(390ml,390mmol),于该温度搅拌15分钟之后,于室温搅拌2小时。加入饱和氯化铵水溶液而终止反应后,利用二氯甲烷萃取2次。混合而成的有机层用饱和食盐水洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了(2S)-2-(苄氧基)丙烷-1-醇(化合物aa149)(35.5g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  甲基N-((苄氧基)羰基)-O-((S)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa150,Cbz-Ser(S-2-PrOBn)-OMe)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-苄基酯(2Cbz-Azy-OMe)(25.0g,106mmol)及(2S)-2-(苄氧基)丙烷-1-醇(化合物aa149)(26.5g,159mmol)溶解于二氯甲烷(188ml),冷却至0度后,加入三氟化硼乙醚络合物(2.75ml),于0度搅拌1小时30分钟。向反应液中加入水,利用二氯甲烷萃取之后,用饱和碳酸钠水溶液、饱和食盐水对有机层进行洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了甲基N-((苄氧基)羰基)-O-((S)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa150,Cbz-Ser(S-2-PrOH)-OMe)(化合物aa150,Cbz-Ser(S-2-PrOBn)-OMe)(30.0g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-((苄氧基)羰基)-O-((S)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa151,Cbz-Ser(S-2-PrOBn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将氢氧化锂一水合物(10.5g)氯化钙(103g)溶解于水(300ml)中。向其于室温加入甲基N-((苄氧基)羰基)-O-((S)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa150,Cbz-Ser(S-2-PrOH)-OMe)(25g,62.3mmol)的2-丙醇/四氢呋喃溶液(1.20L/300ml),搅拌5小时。加入2M盐酸水溶液至达到pH2为止,除去有机层后,将水层利用乙酸乙酯萃取3次。将得到的有机层混合,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进-步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了N-((苄氧基)羰基)-O-((S)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa151,Cbz-Ser(S-2-PrOBn)-OH)(25.0g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-((S)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa152,H-Ser(S-2-PrOH)-OH)的合成

  

  在氢气氛围中,将N-((苄氧基)羰基)-O-((S)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa151,Cbz-Ser(S-2-PrOBn)-OH)(3.00g,7.74mmol)和钯碳(0.30g,10%w/w)溶解于甲醇(50.0ml)中,于室温搅拌16小时。将反应液过滤后,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了O-((S)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa152,H-Ser(S-2-PrOH)-OH)(0.78g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((S)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa153,Fmoc-Ser(S-2-PrOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-((S)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa152,H-Ser(S-2-PrOH)-OH)(0.78g,4.78mmol)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(1.61g,4.78mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.93mg,7.17mmol)溶解于水/1,4-二噁烷(8.00ml/22.0ml)中,于室温搅拌30分钟。将反应液利用己烷(18.0ml)/叔丁基甲基醚(6.00ml)洗涤2次之后,向水层加入2M盐酸水溶液至达到pH2为止,利用乙酸乙酯(20.0ml)萃取2次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((S)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa153,Fmoc-Ser(S-2-PrOH)-OH)(1.62g,88%)。

  LCMS(ESI)m/z=386(M+H)+

  保留时间:0.68分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa154,Fmoc-Ser(S-2-PrOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((S)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa153,Fmoc-Ser(S-2-PrOH)-OH)(83mg,0.22mmol)的四氢呋喃(1.00ml)溶液中,加入对甲苯磺酸吡啶(2.71mg,0.01mmol)和3,4-二氢-2H-吡喃(0.13g,1.51mmol),于50度搅拌2小时。将混合物冷却至25度,加入乙酸乙酯。接着,利用饱和食盐水对有机层进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣溶解于四氢呋喃(1.00ml)中,然后加入调整为pH6.8的1.0M磷酸缓冲液(1.00ml)。将该混合物于50度搅拌3小时。冷却至25度之后,加入乙酸乙酯(175ml),将有机层与水层分离。向水层加入乙酸乙酯(175ml)进行萃取之后,将得到的全部有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa154,Fmoc-Ser(S-2-PrOTHP)-OH)(88.0mg,87%)。

  LCMS(ESI)m/z=468(M-H)-

  保留时间:0.86分钟,0.87分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(((S)-2-(苄氧基)丙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa155)的合成

  

  将N-((苄氧基)羰基)-O-((S)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa151,Cbz-Ser(S-2-PrOBn)-OH)(25.0g,64.53mmol)、多聚甲醛(5.80g)及对甲苯磺酸(0.67g,3.89mmol)溶解于甲苯中(250ml)中,于110度搅拌16小时。冷却至室温之后,利用碳酸氢钠水溶液进行洗涤,将有机层混合,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了(S)-4-(((S)-2-(苄氧基)丙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa155)(18.6g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-((苄氧基)羰基)-O-((S)-2-(苄氧基)丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa156,Cbz-MeSer(S-2-PrOBn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-4-(((S)-2-(苄氧基)丙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa155)(18.6g,46.6mmol)的二氯甲烷溶液(296ml)中加入三乙基硅烷(16.2g,139mmol)和三氟乙酸(296ml),于室温搅拌48小时。将反应液在减压下蒸馏除去,进一步利用泵进行干燥后,利用碳酸钾水溶液进行再溶解,用乙醚洗涤,加入浓盐酸至达到pH2为止后,利用乙酸乙酯萃取3次。将得到的有机层混合,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了N-((苄氧基)羰基)-O-((S)-2-(苄氧基)丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa156,Cbz-MeSer(S-2-PrOBn)-OH)(9.4g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-((S)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa157,H-MeSer(S-2-PrOH)-OH)的合成

  

  在氢气氛围中,将N-((苄氧基)羰基)-O-((S)-2-(苄氧基)丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa156,Cbz-MeSer(S-2-PrOBn)-OH)(9.40g,23.4mmol)和钯碳(1.80g,10%w/w)溶解于甲醇(185ml)中,于室温搅拌16小时。将反应液过滤后,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了O-((S)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa157,H-MeSer(S-2-PrOH)-OH)(3.40g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((S)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa158,Fmoc-MeSer(S-2-PrOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-((S)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa157,H-MeSer(S-2-PrOH)-OH)(3.40g,19.2mmol)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(7.12g,22.1mmol)及碳酸钠(7.13g,67.3mmol)溶解于水/1,4-二噁烷(80.0ml/40.0ml)中,于室温搅拌3小时。将反应液利用叔丁基甲基醚洗涤3次之后,向水层加入2M盐酸水溶液至达到pH2为止,利用乙酸乙酯萃取3次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((S)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa158,Fmoc-MeSer(S-2-PrOH)-OH)(8.00g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa159,Fmoc-MeSer(S-2-PrOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((S)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa158,Fmoc-MeSer(S-2-PrOH)-OH)(80.0g,20.0mmol)的四氢呋喃(40.0ml)溶液中,加入对甲苯磺酸吡啶(0.26g,1.02mmol)和3,4-二氢-2H-吡喃(11.8g,140mmol),于50度搅拌2小时。将混合物冷却至25度,加入乙酸乙酯。接着,利用饱和食盐水对有机层进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣(9.30g)溶解于四氢呋喃(50.0ml)中,然后加入调整为pH6.8的1.0M磷酸缓冲液(50.0ml)。将该混合物于50度搅拌3小时。冷却至25度之后,加入乙酸乙酯,将有机层与水层分离。向水层加入乙酸乙酯进行萃取之后,将得到的全部有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,将得到的残渣利用反相柱层析(0.5%碳酸氢铵水溶液/乙腈)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa159,Fmoc-MeSer(S-2-PrOTHP)-OH)(7.00g,72%)。

  LCMS(ESI)m/z=501(M+NH4)+

  保留时间:0.82分钟(分析条件SMD方法10)

  (4R)-4-甲基-2-苯基-1,3-二氧杂环戊烷(化合物aa160)的合成

  

  在氮气氛围中,向(R)-丙烷-1,2-二醇(20g,262.83mmol)的甲苯(200ml)溶液中,加入苯甲醛(29.3g,276mmol)及对甲苯磺酸(0.45g,2.61mmol),于130度搅拌16小时。将反应液浓缩,将残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(4R)-4-甲基-2-苯基-1,3-二氧杂环戊烷(化合物aa160)(31.5g,73%)。

  LCMS(ESI)m/z=163(M-H)-

  保留时间:7.21分钟(分析条件GC01)

  (2R)-2-(苄氧基)丙烷-1-醇(化合物aa161)的合成

  

  在氮气氛围中,向(4R)-4-甲基-2-苯基-1,3-二氧杂环戊烷(化合物aa160)(32.0g,195mmol)的二氯甲烷(1.00L)溶液中,于-50度加入氢化二异丁基铝的1M己烷溶液(390ml,390mmol),于该温度搅拌15分钟后,于室温搅拌2小时。加入饱和氯化铵水溶液终止反应后,利用二氯甲烷萃取2次。混合而成的有机层用饱和食盐水洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了(2R)-2-(苄氧基)丙烷-1-醇(化合物aa161)(35.5g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  甲基N-((苄氧基)羰基)-O-((R)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa162,Cbz-Ser(R-2-PrOBn)-OMe)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-苄基酯(2Cbz-Azy-OMe)(25g,106.28mmol)及(2R)-2-(苄氧基)丙烷-1-醇(化合物aa161)(26.5g,159mmol)溶解于二氯甲烷(188ml)中,冷却至0度后,加入三氟化硼乙醚络合物(2.75ml)于0度搅拌1小时30分钟。向反应液中加入水,利用二氯甲烷萃取之后,用饱和碳酸钠水溶液、饱和食盐水对有机层进行洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了甲基N-((苄氧基)羰基)-O-((R)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa162,Cbz-Ser(R-2-PrOBn)-OMe)(50.0g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-((苄氧基)羰基)-O-((R)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa163,Cbz-Ser(R-2-PrOBn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将氢氧化锂一水合物(10.5g)氯化钙(103g)溶解于水(300ml)中。向其于室温加入甲基N-((苄氧基)羰基)-O-((R)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa162,Cbz-Ser(R-2-PrOBn)-OMe)(25.0g,62.3mmol)的2-丙醇/四氢呋喃溶液(1.50L/150ml),搅拌5小时。加入2M盐酸水溶液至达到pH2为止,除去有机层后,将水层利用乙酸乙酯萃取3次。将得到的有机层混合,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了N-((苄氧基)羰基)-O-((R)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa163,Cbz-Ser(R-2-PrOBn)-OH)(25.0g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-((R)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa164,H-Ser(R-2-PrOH)-OH)的合成

  

  在氢气氛围中,将N-((苄氧基)羰基)-O-((R)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa163,Cbz-Ser(R-2-PrOBn)-OH)(2.87g,7.41mmol)和钯碳(570mg,20%w/w)溶解于甲醇(50ml)中,于室温搅拌16小时。将反应液过滤后,在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用乙酸乙酯于60度进行重结晶,由此得到了O-((R)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa164,H-Ser(R-2-PrOH)-OH)(900mg,74%)。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((R)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa165,Fmoc-Ser(R-2-PrOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将利用上述记载的方法合成的O-((R)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa164,H-Ser(R-2-PrOH)-OH)(5.0g,30.64mmol)、碳酸氢钠(7.71g,91.8mmol)溶解于水/1,4-二噁烷(127ml/52.9ml)中,于室温加入N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(10.85g,32.2mmol)搅拌4小时。向反应液中加入水,利用叔丁基甲基醚洗涤后,向水层加入浓盐酸至达到pH3为止,利用叔丁基甲基醚萃取2次,用饱和食盐水洗涤得到的有机层后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((R)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa165,Fmoc-Ser(R-2-PrOH)-OH)(8g,68%)。

  LCMS(ESI)m/z=386(M+H)+

  保留时间:2.08分钟(分析条件SMD方法49)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa166,Fmoc-Ser(R-2-PrOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((R)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa165,Fmoc-Ser(R-2-PrOH)-OH)(4.4g,11.4mmol)的四氢呋喃(50ml)溶液中,加入对甲苯磺酸吡啶(143mg,5.7mmol)和3,4-二氢-2H-吡喃(6.7g,79.8mmol),于50度搅拌3小时。将混合物于室温冷却,加入叔丁基甲基醚后,利用饱和食盐水进行洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,进行过滤,得到的溶剂在减压下蒸馏除去,得到了粗产物(8g)。向得到的粗产物(800mg)中加入四氢呋喃(10ml)和调整为pH6.8的1.0M磷酸缓冲液(10ml)的混合液,于50度搅拌3小时。将反应液于室温冷却之后,加入叔丁基甲基醚,利用饱和食盐水进行洗涤,进行了过滤。将得到的溶液利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用反相柱层析(0.5%碳酸氢铵水溶液/乙腈)进行纯化,汇总得到的级分并在减压下蒸馏除去乙腈。向得到的水层加入调整为pH6.8的1.0M磷酸缓冲液,利用叔丁基甲基醚萃取3次,在减压下蒸馏除去溶剂,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa166,Fmoc-Ser(R-2-PrOTHP)-OH)(400mg,2个工序65%)。

  LCMS(ESI)m/z=468(M-H)-

  保留时间:0.85分钟、0.87分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(((R)-2-(苄氧基)丙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa167)的合成

  

  将N-((苄氧基)羰基)-O-((R)-2-(苄氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa163,Cbz-Ser(R-2-PrOBn)-OH)(25.0g,64.5mmol)、多聚甲醛(5.80g)及对甲苯磺酸(0.67g,3.89mmol)溶解于甲苯中(250ml),于110度搅拌16小时。冷却至室温之后,利用碳酸氢钠水溶液进行洗涤,将有机层混合,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了(S)-4-(((R)-2-(苄氧基)丙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa167)(18.6g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-((苄氧基)羰基)-O-((R)-2-(苄氧基)丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa168,Cbz-MeSer(R-2-PrOBn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-4-(((R)-2-(苄氧基)丙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸苄基酯(化合物aa167)(18.6g,46.6mmol)的二氯甲烷溶液(296ml)加入三乙基硅烷(16.2g,139mmol)和三氟乙酸(296ml),于室温搅拌48小时。将反应液在减压下蒸馏除去,进一步利用泵进行干燥后,利用碳酸钾水溶液进行再溶解,用乙醚洗涤,加入浓盐酸至达到pH2为止后,利用乙酸乙酯萃取3次。将得到的有机层混合,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了N-((苄氧基)羰基)-O-((R)-2-(苄氧基)丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa168,Cbz-MeSer(R-2-PrOBn)-OH)(9.40g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-((R)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa169,H-Ser(R-2-PrOH)-OH)的合成

  

  在氢气氛围中,将N-((苄氧基)羰基)-O-((R)-2-(苄氧基)丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa168,Cbz-MeSer(R-2-PrOBn)-OH)(9.40g,23.4mmol)和钯碳(1.80g,10%w/w)溶解于甲醇(185ml)中,于室温搅拌16小时。将反应液过滤后,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了O-((R)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa169,H-Ser(R-2-PrOH)-OH)(3.40g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((R)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa170,Fmoc-MeSer(R-2-PrOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-((R)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa169,H-Ser(R-2-PrOH)-OH)(3.40g,19.2mmol)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(7.12g,22.1mmol)及碳酸钠(7.13g,67.3mmol)溶解于水/1,4-二噁烷(80.0ml/40.0ml)中,于室温搅拌3小时。将反应液利用叔丁基甲基醚洗涤3次之后,向水层加入2M盐酸水溶液至达到pH2为止,利用乙酸乙酯萃取3次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((R)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa170,Fmoc-MeSer(R-2-PrOH)-OH)(8.00g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa171,Fmoc-MeSer(R-2-PrOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((R)-2-羟丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa170,Fmoc-MeSer(R-2-PrOH)-OH)(8.00g,20.0mmol)的四氢呋喃(40.0ml)溶液中,加入对甲苯磺酸吡啶(0.26g,1.02mmol)和3,4-二氢-2H-吡喃(11.8g,139mmol),于50度搅拌2小时。将混合物冷却至25度,加入乙酸乙酯。接着,利用饱和食盐水对有机层进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣(9.3g)溶解于四氢呋喃(100ml)中,然后加入调整为pH6.8的1.0M磷酸缓冲液(100ml)。将该混合物于50度搅拌3小时。冷却至25度之后,加入乙酸乙酯,将有机层与水层分离。向水层加入乙酸乙酯进行萃取之后,将得到的全部有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa171,Fmoc-MeSer(R-2-PrOTHP)-OH)(8.50g)。

  LCMS(ESI)m/z=501(M+NH4)+

  保留时间:0.82分钟(分析条件SMD方法10)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-甲基-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa174,Fmoc-Ser(tBuOTHP)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  甲基O-(2-(苄氧基)-2-甲基丙基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸酯(化合物aa172,Cbz-Ser(TBuOBn)-OMe)的合成

  

  将(S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-苄基酯(Cbz-Azy-OMe)(2.0g,8.50mmol)及2-苄氧基-2-甲基-丙烷-1-醇(2.30g,12.75mmol)溶解于二氯甲烷(7.5ml),在冰冷却下用5分钟滴加了三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(0.160ml,1.28mmol)。在冰冷却下搅拌30分钟后,加入水(2.0ml)搅拌10分钟而终止反应,加入饱和碳酸氢钠水溶液。利用二氯甲烷萃取水层,将有机层利用无水硫酸镁干燥。过滤之后,通过减压浓缩除去有机溶剂,将得到的残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯=100/0→75/25)进行纯化,得到了甲基O-(2-(苄氧基)-2-甲基丙基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸酯(化合物aa172,Cbz-Ser(TBuOBn)-OMe)(2.36g,67%)。

  LCMS(ESI)m/z=416(M+H)+

  保留时间:0.93分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟基-2-甲基丙基)-L-丝氨酸(化合物aa173,Fmoc-Ser(tBuOH)-OH)的合成

  

  将甲基O-(2-(苄氧基)-2-甲基丙基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸酯(化合物aa172,Cbz-Ser(TBuOBn)-OMe)(2.36g,5.68mmol)溶解于甲醇(8.0ml)中。向其中添加将氢氧化锂一水合物(0.477g,11.36mmol)溶解于水(8.0ml)中而成的水溶液,于室温搅拌1小时。之后,加入2M的盐酸水溶液(8.52ml,17.04mmol)。将水层利用乙酸乙酯萃取3次,将有机层利用无水硫酸镁干燥。过滤之后,通过减压浓缩除去乙酸乙酯,得到了O-(2-(苄氧基)-2-甲基丙基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸(Cbz-Ser(TBuOBn)-OH)。

  将以上得到的O-(2-(苄氧基)-2-甲基丙基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸(Cbz-Ser(TBuOBn)-OH)溶解于甲醇(45ml),加入Pd/C(456mg)进行,在氢气气氛中于室温搅拌过夜。通过硅藻土过滤除去Pd/C之后,通过减压浓缩除去甲醇,由此定量地得到了O-(2-羟基-2-甲基丙基)-L-丝氨酸(H-Ser(tBuOH)-OH)(1.05g)。

  将得到的O-(2-羟基-2-甲基丙基)-L-丝氨酸(H-Ser(tBuOH)-OH)(1.59g,8.97ml)及碳酸钠(2.85g,26.9mmol)溶解于水(36ml)及1,4-二噁烷(15ml)中,缓慢加入了N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(3.18g,9.42mmol)。于室温搅拌30分钟后,向反应液中加入水(40ml),利用叔丁基甲基醚(60ml)洗涤3次。之后,向水层加入2M的盐酸水溶液(26.9ml,53.8mmol)使水层的pH为1之后,利用叔丁基甲基醚(60ml)萃取3次。将有机层利用无水硫酸镁进行干燥,过滤之后,将叔丁基甲基醚减压浓缩而得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟基-2-甲基丙基)-L-丝氨酸(化合物aa173,Fmoc-Ser(tBuOH)-OH)(2.62g,73%)。

  LCMS(ESI)m/z=400(M+H)+

  保留时间:0.71分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-甲基-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa174,Fmoc-Ser(tBuOTHP)-OH)的合成

  

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟基-2-甲基丙基)-L-丝氨酸(化合物aa173,Fmoc-Ser(tBuOH)-OH)(1.2g,3.00mmol)及3.4-二氢-2H-吡喃(1.90ml,21.03mmol)溶解于四氢呋喃(6.0ml),加入对甲苯磺酸吡啶(PPTS)(0.038g,0.150mmol)于50度搅拌2小时。之后,将反应液利用乙酸乙酯(15ml)稀释,利用饱和食盐水(15ml)洗涤3次。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,通过减压浓缩而除去溶剂。将得到的残渣溶解于四氢呋喃(24.0ml),加入调整为pH6.8的1.0M磷酸缓冲液(24.0ml),于50度搅拌3小时。将反应液利用乙酸乙酯(45ml)稀释之后,利用饱和食盐水(45ml)洗涤3次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥。过滤之后,将进行减压浓缩得到的残渣利用反相柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-甲基-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa174,Fmoc-Ser(tBuOTHP)-OH)(1.05g,72%)。

  LCMS(ESI)m/z=484(M+H)+

  保留时间:0.91分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(2-甲基-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa175,Fmoc-MeSer(tBuOTHP)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(2-甲基-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa175,Fmoc-MeSer(tBuOTHP)-OH)的合成

  

  将N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟基-2-甲基丙基)-L-丝氨酸(化合物aa173,Fmoc-Ser(tBuOH)-OH)(12g,30.04mmol)及多聚甲醛(2.75g,91.67mmol)溶解于三氟乙酸(31.4g,277.78mmol)及甲苯(60ml)中,于室温搅拌4小时。将反应液减压浓缩之后,将得到的残渣溶解于二氯甲烷,利用饱和碳酸氢钠水溶液、饱和食盐水洗涤之后,利用无水硫酸钠进行干燥。过滤之后,通过减压浓缩除去二氯甲烷,由此得到了(S)-4-((2-羟基-2-甲基丙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(12g,97%)。

  将得到的(S)-4-((2-羟基-2-甲基丙氧基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(1g,2.43mmol)溶解于三氟乙酸/二氯甲烷(13ml/13ml),滴加而加入了三乙基硅烷(Et3SiH)(832mg,7.16mmol)。于室温搅拌16小时之后,将反应液减压浓缩而得到的残渣溶解于碳酸钾水溶液中,利用叔丁基甲基醚进行洗涤之后,向水层加入盐酸水溶液(1M)将pH调节至2。将水层用叔丁基甲基醚萃取2次之后,将有机层用水、饱和食盐水各洗涤2次,利用无水硫酸钠进行干燥。过滤之后,将减压浓缩得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈=100/0→50/50)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(Fmoc-MeSer(tBuOH)-OH)(700mg,70%)。

  将得到的N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(Fmoc-MeSer(tBuOH)-OH)(6g,14.51mmol)和对甲苯磺酸吡啶(PPTS)(182mg,0.73mmol)溶解于四氢呋喃(48ml),于氮气化、室温滴加而加入了3,4-二氢-2H-吡喃(8.5g,101.05mmol)。将反应液在50度搅拌5小时之后,向反应液中加入乙酸乙酯,进行了萃取。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,进行减压浓缩,而以混合物的形式得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(2-甲基-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸、及四氢-2H-吡喃-2-基N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(2-甲基-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸。

  使得到的混合物(50g)溶解于磷酸缓冲液(1M,pH=6.8,1000ml)及四氢呋喃(1000ml)中,于50度搅拌4小时。之后,将反应液利用乙酸乙酯进行萃取。用饱和食盐水洗涤有机层之后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤后减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(0~40%0.5%碳酸氢铵水溶液/乙腈)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(2-甲基-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa175,Fmoc-MeSer(tBuOTHP)-OH)(20g)。

  LCMS(ESI)m/z=498(M+H)+

  保留时间:0.94分钟(分析条件SMD方法20)

  4,4-二甲基-2-苯基-1,3-二噁烷(化合物aa176)的合成

  

  在氮气氛围中,向3-甲基丁烷-1,3-二醇(40.0g,384mmol)的氯仿(400ml)溶液中,加入二甲氧基甲基苯(87.6g,576mmol)及对甲苯磺酸(3.59g,18.9mmol),于0度搅拌1.5小时。将反应液浓缩,将残渣利用柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了4,4-二甲基-2-苯基-1,3-二噁烷(化合物aa176)(70.0g,95%)。

  3-(苄氧基)-3-甲基丁烷-1-醇(化合物aa177)的合成

  

  在氮气氛围中,向利用上述方法得到的4,4-二甲基-2-苯基-1,3-二噁烷(化合物aa176)(5.00g,26.0mmol)的二氯甲烷(130ml)溶液中,于-50度加入氢化二异丁基铝的1M己烷溶液(156ml,156mmol),于该温度搅拌15分钟之后,于室温搅拌1小时。加入甲醇终止反应后,利用二氯甲烷萃取2次。将混合而成的有机层用饱和食盐水洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,将残渣利用柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了3-(苄氧基)-3-甲基丁烷-1-醇(化合物aa177)(2.00g,40%)。

  甲基O-(3-(苄氧基)-3-甲基丁基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸酯(化合物aa178,Cbz-Ser(2-Me-BuOBn)-OMe)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-苄基酯(25g,106mmol)及3-(苄氧基)-3-甲基丁烷-1-醇(化合物aa177)(31.0g,159mmol)溶解于二氯甲烷(113ml),冷却至0度后,加入三氟化硼乙醚络合物(2.26g,15.9mmol)而于0度搅拌3小时。向反应液中加入水,利用二氯甲烷萃取之后,用饱和碳酸钠水溶液、饱和食盐水对有机层进行洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,将残渣利用柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了甲基O-(3-(苄氧基)-3-甲基丁基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸酯(化合物aa178,Cbz-Ser(2-Me-BuOBn)-OMe)(28.0g,55%)。

  LCMS(ESI)m/z=452(M+NA)+

  保留时间:1.46分钟(分析条件SMD方法13)

  O-(3-(苄氧基)-3-甲基丁基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸(化合物aa179,Cbz-Ser(2-Me-BuOBn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将氢氧化锂一水合物(11.2g)氯化钙(110g)溶解于水(278ml)中。于室温向其加入甲基O-(3-(苄氧基)-3-甲基丁基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸酯(化合物aa178,Cbz-Ser(2-Me-BuOBn)-OMe)(28.7g,68.4mmol)的2-丙醇/四氢呋喃溶液(278ml/1115ml),搅拌5小时。加入2M盐酸水溶液至达到pH2为止,除去有机层后,将水层利用乙酸乙酯萃取3次。将得到的有机层混合,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了O-(3-(苄氧基)-3-甲基丁基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸(化合物aa179,Cbz-Ser(2-Me-BuOBn)-OH)(28.0g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-(3-羟基-3-甲基丁基)-L-丝氨酸(化合物aa180,H-Ser(2-Me-BuOH)-OH)的合成

  

  在氢气氛围中,将O-(3-(苄氧基)-3-甲基丁基)-N-((苄氧基)羰基)-L-丝氨酸(化合物aa179,Cbz-Ser(2-Me-BuOBn)-OH)(化合物aa179)(28.0g,67.4mmol)和钯碳(6.00g,20%w/w)溶解于甲醇(500ml)中,于室温搅拌16小时。将反应液过滤后,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥后,从甲醇/二氯甲烷(1/5)进行重结晶,得到了O-(3-羟基-3-甲基丁基)-L-丝氨酸(化合物aa180,H-Ser(2-Me-BuOH)-OH)(7.00g,54%)。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3-羟基-3-甲基丁基)-L-丝氨酸(化合物aa181,Fmoc-Ser(2-Me-BuOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(3-羟基-3-甲基丁基)-L-丝氨酸(化合物aa180,H-Ser(2-Me-BuOH)-OH)(2.80g,14.6mmol)、碳酸钠(4.66g,44.0mmol)溶解于1,4-二噁烷(24.5ml)/水(58.8ml)中后,加入N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(5.18g,15.4mmol),于室温搅拌3小时。将反应液利用叔丁基甲基醚洗涤3次之后,向水层加入2M盐酸水溶液至达到pH2为止,利用乙酸乙酯萃取3次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3-羟基-3-甲基丁基)-L-丝氨酸(化合物aa181,Fmoc-Ser(2-Me-BuOH)-OH)(5.80g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-L-丝氨酸(化合物aa182,Fmoc-Ser(2-Me-BuOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3-羟基-3-甲基丁基)-L-丝氨酸(化合物aa181,Fmoc-Ser(2-Me-BuOH)-OH)(6.80g,16.5mmol)的四氢呋喃(35.0ml)溶液中,加入对甲苯磺酸吡啶(0.20g,0.82mmol)和3,4-二氢-2H-吡喃(10.3ml),于50度搅拌5小时。将混合物冷却至25度,加入乙酸乙酯。接着,利用饱和食盐水对有机层进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣(11.0g)中的0.75g溶解于四氢呋喃(20.0ml)中,然后加入调整为pH6.8的1.0M磷酸缓冲液(20.0ml)。将该混合物于50度搅拌4小时。冷却至25度之后,加入乙酸乙酯,将有机层与水层分离。向水层加入乙酸乙酯进行萃取之后,将得到的全部有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用反相柱层析(0.5%碳酸氢铵水溶液/乙腈)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-L-丝氨酸(化合物aa182,Fmoc-Ser(2-Me-BuOTHP)-OH)(0.60g,80%)。

  LCMS(ESI)m/z=498(M+H)+

  保留时间:0.72分钟(分析条件SMD方法11)

  (S)-4-((3-羟基-3-甲基丁氧)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa183)的合成

  

  将N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3-羟基-3-甲基丁基)-L-丝氨酸(化合物aa181,Fmoc-Ser(2-Me-BuOH)-OH)(0.20g,0.48mmol)、多聚甲醛(0.06g)及三氟乙酸(0.64g,5.62mmol)溶解于甲苯中(10.0ml)中,于室温搅拌16小时。将反应液在减压下蒸馏除去,将得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,得到了(S)-4-((3-羟基-3-甲基丁氧)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa183)(0.16g,80%)。

  LCMS(ESI)m/z=448(M+NA)+

  保留时间:2.47分钟(分析条件SMD方法14)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa184,Fmoc-MeSer(2-Me-BuOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-4-((3-羟基-3-甲基丁氧)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa183)(1.00g,2.35mmol)、氯化铝(0.63g,4.70mmol)的二氯甲烷溶液(50.0ml)中,于0度缓慢滴加三乙基硅烷(0.75ml),于室温搅拌2小时。将反应液利用二氯甲烷稀释,利用2M盐酸水溶液及饱和食盐水进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa184,Fmoc-MeSer(2-Me-BuOH)-OH)(0.30g,30%)。

  LCMS(ESI)m/z=450(M+NA)+

  保留时间:2.12分钟(分析条件SMD方法15)

  (S)-4-((6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa185)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸(化合物aa88,Fmoc-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(500mg,0.1.159mmol)和多聚甲醛(104mg,3.48mmol)的甲苯溶液(3.5ml)中于室温加入三氟乙酸(0.803ml,10.43mmol),搅拌过夜。将反应液浓缩,将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,定量地得到了(S)-4-((6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa185)(517mg)。

  LCMS(ESI)m/z=444(M+H)+

  保留时间:0.59分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸(化合物aa186,Fmoc-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,(S)-4-((6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)甲基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物aa185)(496mg)的二氯乙烷(DCE)溶液(4.0ml)于室温加入三乙基硅烷(1.608ml,10.07mmol)和三氟乙酸(2.326ml,30.2mmol),将反应液于60度搅拌过夜。将反应液于室温冷却之后进行减压浓缩,将由此得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸(化合物aa186,Fmoc-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(181mg,36%)。

  LCMS(ESI)m/z=446(M+H)+

  保留时间:0.54分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(4-(三氟甲基)苯基)丙酸(化合物aa187,Fmoc-MePhe(4-CF3)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(4-(三氟甲基)苯基)丙酸(Fmoc-Phe(4-CF3)-OH)(10g,21.96mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液(110ml)中,于室温加入多聚甲醛(1.978g,65.9mmol)、无水硫酸镁(6.61g,52.9mmol)、三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt)(3.34ml,26.3mmol),搅拌2小时。向反应液中加入50%饱和食盐水,利用二氯甲烷(DCM)进行萃取,用饱和食盐水洗涤得到的有机层之后,使用相分离器(购自BiOTAGE公司)将有机层分离。将得到的有机溶剂在减压下蒸馏除去,得到了作为粗产物的(S)-5-氧代-4-(4-(三氟甲基)苄基)噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯。

  在氮气氛围中,向作为上述粗产物的(S)-5-氧代-4-(4-(三氟甲基)苄基)噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲基的二氯甲烷(DCM)溶液(110ml)中,于室温加入三乙基硅烷(10.49ml,65.9mmol)、三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt)(8.35ml,65.9mmol)、水(0.396ml),搅拌过夜。向反应液中加入50%饱和食盐水,于室温搅拌15分钟之后,使用相分离器(购自Biotage公司)将有机层分离。将得到的有机溶剂在减压下蒸馏除去,将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(4-(三氟甲基)苯基)丙酸(化合物aa187,Fmoc-MePhe(4-CF3)-OH)(7.7g,2个工序75%)。

  LCMS(ESI)m/z=470(M+H)+

  保留时间:0.95分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(4-(二氟甲基)苯基)丙酸(化合物aa188,Fmoc-MePhe(4-CHF2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(4-(二氟甲基)苯基)丙酸(Fmoc-Phe(4-CHF2)-OH)(2.0g,4.57mmol)和多聚甲醛(412mg,13.72mmol)的甲苯溶液(15ml)中于室温加入三氟乙酸(3.17ml,41.1mmol),搅拌过夜。向反应液中加入水,利用二氯甲烷(DCM)进行萃取,将得到的有机层利用饱和碳酸氢钠水溶液和饱和食盐水进行洗涤后,利用无水硫酸镁进行干燥。过滤之后,将有机溶剂在减压下蒸馏除去,得到了作为粗产物的(S)-4-(4-(二氟甲基)苄基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(2.8g)。

  在氮气氛围中,向作为上述粗产物的(S)-4-(4-(二氟甲基)苄基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(2.8g)的二氯乙烷(DCE)溶液(25ml)于室温加入三乙基硅烷(6.57ml,41.1mmol)和三氟乙酸(9.51ml,123mmol),将反应液于60度搅拌过夜。将反应液于室温冷却之后,加入水,减压浓缩。将得到的残渣利用二甲基亚砜(DMSO)稀释,利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(4-(二氟甲基)苯基)丙酸(化合物aa188,Fmoc-MePhe(4-CHF2)-OH)(1.38g,2个工序67%)。

  LCMS(ESI)m/z=452(M+H)+

  保留时间:0.88分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(4-(二氟甲氧基)苯基)丙酸(化合物aa189,Fmoc-MePhe(4-OCHF2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(4-(二氟甲氧基)苯基)丙酸(Fmoc-Phe(4-OCHF2)-OH)(1.0g,2.205mmol)和多聚甲醛(199mg,6.62mmol)的甲苯溶液(11ml)中于室温加入三氟乙酸(1.529ml,19.85mmol),搅拌过夜。向反应液中加入水,利用二氯甲烷(DCM)进行萃取,将得到的有机层利用饱和碳酸氢钠水溶液和饱和食盐水进行洗涤后,利用无水硫酸镁进行干燥。过滤之后,将有机溶剂在减压下蒸馏除去,得到了作为粗产物的(S)-4-(4-(二氟甲氧基)苄基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯。

  在氮气氛围中,向作为上述粗产物的(S)-4-(4-(二氟甲基)苄基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲基的二氯乙烷(DCE)溶液(15ml)中于室温加入三乙基硅烷(1.057ml,6.62mmol)和三氟乙酸(1.529ml,19.85mmol),将反应液于60度搅拌过夜。将反应液于室温冷却之后,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣利用二甲基亚砜(DMSO)稀释,利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(4-(二氟甲氧基)苯基)丙酸(化合物aa189,Fmoc-MePhe(4-OCHF2)-OH)(696mg,2个工序68%)。

  LCMS(ESI)m/z=468(M+H)+

  保留时间:0.87分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(4-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa190,Fmoc-Ser(Ph-4-Cl)-OH)的合成

  

  将市售的甲基三苯甲基-L-丝氨酸酯(Trt-Ser-OMe)(10.0g,27.7mmol)、三苯基膦(PPH3)(7.98g,30.4mmol)及4-氯苯酚(4.09ml,41.5mmol)和甲苯(23ml)混合,在冰冷却下滴加了偶氮二甲酸二异丙酯(DIAD)(40%甲苯溶液,1.9mol/L,16.02ml,30.4mmol)。滴加结束后,于0度搅拌5分钟,将反应液升温至室温,进一步搅拌1小时。之后,将反应液减压浓缩,向得到的残渣中加入乙醇/水(8/2,16.6ml),在冰箱中放置2天。将得到的固体过滤,利用乙醇/水(8/2,20ml)洗涤,将其减压干燥,由此得到了甲基O-(4-氯苯基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸酯(Trt-Ser(Ph-4-Cl)-OMe)(7.29g,56%)。

  向上述甲基O-(4-氯苯基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸酯(Trt-Ser(Ph-4-Cl)-OMe)中加入4N盐酸/1,4-二噁烷溶液(53.2ml,213mmol),于室温搅拌5分钟。将反应液减压浓缩,向得到的固体中加入己烷,过滤,将固体进一步用己烷洗涤。将得到的固体进行减压下燥,由此以盐酸盐的形式得到了甲基O-(4-氯苯基)-L-丝氨酸酯(H-Ser(Ph-4-Cl)-OMe)(4.15g)。

  将上述甲基O-(4-氯苯基)-L-丝氨酸酯(H-Ser(Ph-4-Cl)-OMe)的盐酸盐(300mg,1.127mmol)溶解于水(1.67ml)中,在冰冷却下,用5分钟滴加了氢氧化锂一水合物(95mg,2.255mmol)的水/甲醇(668μl/668μl)溶液,于0度搅拌1小时。于0度向反应液进一步加入氢氧化锂一水合物(9.5mg,0.2255mmol)的水/甲醇(66.8μl/66.8μl)溶液,搅拌20分钟。向反应液中加入1,4-二噁烷(2.337ml)、碳酸钠(239mg,2.255mmol)、水(2.4ml)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(380mg,1.127mmol),于0度搅拌5分钟后,于室温搅拌1小时。于0度向反应液中加入2N盐酸水溶液至达到pH=2为止后,放置于冰箱中。将得到的固体用己烷、水、己烷洗涤,由此定量地得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(4-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa190,Fmoc-Ser(Ph-4-Cl)-OH)(526.2mg)。

  LCMS(ESI)m/z=438(M+H)+

  保留时间:0.91分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸(化合物aa191,Fmoc-Ser(Et-2-Mor)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(叔丁氧羰基)-L-丝氨酸(Boc-Ser-OH)(20g,97.46mmol)的二甲基甲酰胺(DMF)溶液(100ml)中于室温加入氢化钠(7.718g,321.62mmol,60%油分散),搅拌1小时。将反应液冷却至0度,滴加4-(2-氯乙基)吗啉(16.040g,107.21mmol),于室温搅拌16小时。于0度向反应液中加入50%甲酸水溶液,进行过滤之后,将得到的滤液利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,得到了N-(叔丁氧羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸(Boc-Ser(Et-2-Mor)-OH)(5.6g,18%)。

  向N-(叔丁氧羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸(Boc-Ser(Et-2-Mor)-OH)(5.6g,17.59mmol)于室温加入4N盐酸/1,4-二噁烷溶液(28.0ml,921.53mmol),搅拌1小时。在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用二氯甲烷洗涤后,加入水(10ml)制成溶液。向得到的溶液中加入碳酸钾调节至pH7,加入水(100ml)和1.4-二噁烷(150ml)后,于室温加入碳酸钾(4.465g,32.07mmol)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(5.68g,16.84mmol),搅拌16小时。将反应液用乙醚洗涤,使用浓盐酸将水层的pH调节为1,利用二氯甲烷萃取3次。将得到的有机层用水洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,进行了过滤。将滤液在减压下浓缩,将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%盐酸水溶液/0.1%盐酸乙腈溶液)纯化,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸(化合物aa191,Fmoc-Ser(Et-2-Mor)-OH)的盐酸盐(3.2g,2个工序48%)。

  LCMS(ESI)m/z=441(M+H)+

  保留时间:0.50分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-丁基甘氨酸(化合物aa192,Fmoc-nBuGly-OH)的合成

  

  向氢化钠(26g,1.08mol)的四氢呋喃(THF)溶液(500ml)中一点一点地于室温加入叔丁基(叔丁氧羰基)甘氨酸酯(Boc-Gly-OtBu)(100g,432.36mmol),搅拌30分钟后,滴加了1-碘丁烷(239g,1.30mol)的二甲基甲酰胺(DMF)溶液(50ml)。将反应液于室温搅拌16小时后,添加水。在减压下除去四氢呋喃(THF)之后,使用乙酸乙酯萃取3次,将得到的有机溶剂利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣利用闪蒸柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,定量地得到了叔丁基N-(叔丁氧羰基)-N-丁基甘氨酸酯(Boc-nBuGly-OtBu)(130g)。

  利用上述方法得到的叔丁基N-(叔丁氧羰基)-N-丁基甘氨酸酯(Boc-nBuGly-OtBu)(260g,904.68mmol)的1,4-二噁烷溶液(1000ml)于0度滴加了浓盐酸(1000ml)。将反应液升温至室温之后,于室温搅拌16小时。通过将反应液浓缩,由此以粗产物的形式得到了丁基甘氨酸(H-nBuGly-OH)(200g)的盐酸盐。

  将作为粗产物的丁基甘氨酸(H-nBuGly-OH)(60g)、碳酸钾(188.9g,1.37mol)、水/1,4-二噁烷(1∶1)(3000ml)的混合物于室温搅拌30分钟后,一点一点地于室温加入了N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(183.2g,543.09mmol)。将反应液于室温搅拌16小时之后,利用醚洗涤3次。加入5M盐酸水溶液至得到的水层达到pH=3为止后,利用乙酸乙酯萃取3次。将有机溶剂利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。得到的粗产物利用醚洗涤,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-丁基甘氨酸(化合物aa192,Fmoc-nBuGly-OH)(121g)。

  LCMS(ESI)m/z=354(M+H)+

  保留时间:0.87分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-异戊基甘氨酸(化合物aa193,Fmoc-iPenGly-OH)的合成

  

  向3-甲基丁烷-1-胺(11.92ml,103mmol)的四氢呋喃溶液(100ml)于0度滴加2-溴乙酸叔丁酯(10g,51.3mmol)的四氢呋喃溶液(100ml),将反应液于0度搅拌10分钟后,于室温搅拌1小时。于0度向反应液中加入水(165ml)后,碳酸钠(11.95g,113mmol),一点一点,分成15次加入将碳酰氯酸(9H-芴-9-基)甲酯(Fmoc-Cl)(29.2g,113mmol)后,于室温搅拌1小时。于0度向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,利用乙酸乙酯萃取之后,利用水、饱和食盐水进行洗涤。向通过将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂而得到的残渣加入己烷,进行过滤。将滤液浓缩,将得到的残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,由此得到了叔丁基N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-异戊基甘氨酸酯(Fmoc-iPenGly-OtBu)(15.34g,71%)。

  向上述叔丁基N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-异戊基甘氨酸酯(Fmoc-iPenGly-OtBu)(12.34g,29.1mmol)的二氯甲烷溶液(133.4ml)中,于室温滴加三氟乙酸(66.7ml)之后,搅拌1小时。将向反应液中加入甲苯(100ml),并使用旋转蒸发仪进行蒸馏而除去溶剂的操作重复3次之后,向得到的残渣加入己烷(300ml)而保管于冰箱中。通过将得到的固体用己烷洗涤的同时进行过滤,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-异戊基甘氨酸(化合物aal93,Fmoc-iPenGly-OH)(11.83g,89%)。

  LCMS(ESI)m/z=368(M+H)+

  保留时间:0.92分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(5-氧代-4,5-二氢-1,2,4-噁二唑-3-基)丁酸(化合物aal94,Fmoc-Abu(5-Oxo-Odz)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(叔丁氧羰基)-L-谷氨酰胺(Boc-Gln-OH)(50g,203.03mmol)的吡啶溶液(350ml)中于室温加入N,N’-二环己基碳二亚胺(DCC)(46.1g,223.43mmol),搅拌2小时。将反应液过滤,向通过将滤液浓缩而得到的残渣中同时加入二氯甲烷,浓盐酸而调整使得为pH=3,利用二氯甲烷萃取2次。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,进行过滤之后,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,由此得到了(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-4-氰基丁酸(45.5g,98%)。

  向如上所述得到的(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-4-氰基丁酸(50g,219.06mmol)的乙醇溶液(500ml)于室温加入羟胺的盐酸盐(32g,460.50mmol)和三乙胺(83ml),于80度搅拌2小时。将反应液在减压下浓缩,由此以粗产物的形式得到了(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-5-(羟基氨基)-5-亚氨基戊酸(107g)。

  在氮气氛围中,向作为上述粗产物的(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-5-(羟基氨基)-5-亚氨基戊酸(44g,168.40mmol)的1,4-二噁烷溶液(500ml)于室温加入1,1’-羰基二咪唑(CDI)(39g,240.52mmol)和1,8-二氮杂双环[5.4.0]-7-十一碳烯(DBU)(55g,361.27mmol),于110度搅拌4小时。将反应液于室温冷却之后,加入浓盐酸调整使得pH=2,利用二氯甲烷萃取2次。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,进行过滤之后,在减压下蒸馏除去溶剂,由此以粗产物的形式得到了(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-4-(5-氧代-4,5-二氢-1,2,4-噁二唑-3-基)丁酸(Boc-Abu(5-Oxo-Odz)-OH)(11g)。

  在氮气氛围中,向如上所述得到的(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-4-(5-氧代-4,5-二氢-1,2,4-噁二唑-3-基)丁酸(Boc-Abu(5-Oxo-Odz)-OH)(13.5g,46.99mmol)的1,4-二噁烷溶液(10ml)于室温加入4N盐酸/1,4-二噁烷溶液(140ml),搅拌16小时。将反应液在减压下浓缩,由此以粗产物的形式得到了(S)-2-氨基-4-(5-氧代-4,5-二氢-1,2,4-噁二唑-3-基)丁酸(H-Abu(5-Oxo-Odz)-OH)(8.8g)。

  在氮气氛围中,向将作为得到的粗产物的(S)-2-氨基-4-(5-氧代-4,5-二氢-1,2,4-噁二唑-3-基)丁酸(H-Abu(5-Oxo-Odz)-OH)(8.8g,47.02mmol)和碳酸钾(13g,94.06mmol)的水/1,4-二噁烷溶液(100ml/100ml)中,于室温加入N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(14.3g,42.4mmol),搅拌3小时。反应液利用叔丁基甲基醚/己烷(1/3)洗涤,使用浓盐酸将水层的pH调节为2,利用二氯甲烷萃取2次。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,进行了过滤。将滤液在减压下浓缩,将得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,由此得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(5-氧代-4,5-二氢-1,2,4-噁二唑-3-基)丁酸(化合物aa194,Fmoc-Abu(5-Oxo-Odz)-OH)(2.67g)。

  LCMS(ESI)m/z=410(M+H)+

  保留时间:0.66分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物aa196(Fmoc-MeAbu(5-Oxo-Odz)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  (4S)-5-氧代-4-[2-(5-氧代-4H-1,2,4-噁二唑-3-基)乙基]噁唑烷-3-羧酸9H-芴-9-基甲酯(化合物aa195)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(5-氧代-4,5-二氢-1,2,4-噁二唑-3-基)丁酸(化合物aa194,Fmoc-Abu(5-Oxo-Odz)-OH)(93mg,0.227mmol),多聚甲醛(34.1mg,1.136mmol)及无水硫酸镁(68.4mg,0.568mmol)悬浮于二氯甲烷(2.27ml)中,于室温添加三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(28.8μl,0.227mmol),搅拌23小时。之后,通过过滤除去固体,将滤液减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(4S)-5-氧代-4-[2-(5-氧代-4H-1,2,4-噁二唑-3-基)乙基]噁唑烷-3-羧酸9H-芴-9-基甲酯(化合物aa195)(26.0mg,27%)。

  LCMS(ESI)m/z=422(M+H)+

  保留时间:0.73分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-2-[9H-芴-9-基甲氧基羰基(甲基)氨基]-4-(5-氧代-4H-1,2,4-噁二唑-3-基)丁酸(化合物aa196,Fmoc-MeAbu(5-Oxo-Odz)-OH)的合成

  

  将(4S)-5-氧代-4-[2-(5-氧代-4H-1,2,4-噁二唑-3-基)乙基]噁唑烷-3-羧酸9H-芴-9-基甲酯(化合物aa195)(23mg,0.055mmol)及三乙基硅烷(78μl,0.491mmol)溶解于三氟乙酸(63.1μl)及二氯乙烷(182μl)中,于室温搅拌3小时。将反应液进行减压浓缩而得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(2S)-2-[9H-芴-9-基甲氧基羰基(甲基)氨基]-4-(5-氧代-4H-1,2,4-噁二唑-3-基)丁酸(化合物aa196,Fmoc-MeAbu(5-Oxo-Odz)-OH)(22.1mg,96%)。

  LCMS(ESI)m/z=424(M+H)+

  保留时间:0.67分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(吡啶-3-基)丙酸(化合物aa197,Fmoc-MeAla(3-Pyr)-OH)的合成

  

  使用螺旋顶盖型的反应容器,将市售的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(吡啶-3-基)丙酸(Fmoc-Ala(3-Pyr)-OH)(4.0g,10.30mmol)与多聚甲醛(1.855g,61.8mmol)的乙酸溶液(16ml)于90度搅拌5小时。反应液于室温冷却之后,在减压下蒸馏除去溶剂,向得到的残渣加入乙酸乙酯,利用饱和碳酸氢钠水溶液和饱和食盐水进行洗涤。将有机层利用无水硫酸镁进行干燥,进行了过滤之后,将有机溶剂在减压下蒸馏除去,得到了作为粗产物的5-氧代-4-(吡啶-3-基甲基)噁唑烷-3-羧酸(S)-(9H-芴-9-基)甲酯(3.17g)。

  在氮气氛围中,使用螺旋顶盖型的反应容器,向作为上述粗产物的5-氧代-4-(吡啶-3-基甲基)噁唑烷-3-羧酸(S)-(9H-芴-9-基)甲酯(2.81g)的二氯乙烷(DCE)溶液(28.5ml)中于室温加入三乙基硅烷(13.45ml,84mmol)和三氟乙酸(19.46ml,253mmol),将反应液于85度搅拌2小时。将反应液于室温冷却之后,在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(吡啶-3-基)丙酸(化合物aa197,Fmoc-MeAla(3-Pyr)-OH)(2.68g,95%)。

  LCMS(ESI)m/z=403(M+H)+

  保留时间:0.54分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(二甲基氨基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa198,Fmoc-Ser(Et-2-NMe2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的三苯甲基-L-丝氨酸(Trt-Ser-OH)的三乙胺盐(5g,11.15mmol)加入二甲基甲酰胺(DMF)(40ml)后,于室温加入叔戊醇钠(7.36g,66.9mmol),搅拌30分钟。向反应液于室温加入2-氯-N,N-二甲基乙烷-1-胺盐酸盐(4.01g,27.9mmol),搅拌过夜。向反应液中加入甲酸(6.41ml,167mmol),利用反相柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了O-(2-(二甲基氨基)乙基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸(Trt-Ser(Et-2-NMe2)-OH)(4.1g)。

  向得到的O-(2-(二甲基氨基)乙基)-N-三苯甲基-L-丝氨酸(Trt-Ser(Et-2-NMe2)-OH)(4.1g,9.80mmol)加入二氯甲烷(10ml)后,加入4N盐酸/1,4-二噁烷溶液(40ml,160mmol)、水(4ml),于室温搅拌3小时。向反应液中加入水(80ml),利用己烷洗涤2次,向得到的水层于0度加入碳酸钠(26.0g,245mmol),l,4-二噁烷(120ml)、N-(9-芴基甲氧基羰氧基)琥珀酰亚胺(Fmoc-OSu)(3.97g,11.76mmol),于室温搅拌2小时。向反应液中加入甲酸(11.28ml,294mmol)后,在减压下蒸馏除去1,4-二噁烷,将得到的水层利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)纯化,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(二甲基氨基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa198,Fmoc-Ser(Et-2-NMe2)-OH)的甲酸盐(3.07g,3个工序69%)。向得到的N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(二甲基氨基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa198,Fmoc-Ser(Et-2-NMe2)-OH)的甲酸盐(3.0g,7.53mmol)中加入二氯甲烷(4ml)、4N盐酸/1,4-二噁烷溶液(9.411ml,37.6mmol),于室温搅拌20分钟。将反应液减压浓缩,由此得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(二甲基氨基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa198,Fmoc-Ser(Et-2-NMe2)-OH)的盐酸盐(2.7g,82%)。

  LCMS(ESI)m/z=399(M+H)+

  保留时间:0.50分钟(分析条件SQDFA05)

  N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5-(甲基磺酰基)-L-谷氨酰胺(化合物aa199,Fmoc-Gln(Ms)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(S)-4-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-5-(叔丁氧基)-5-氧代戊酸(Fmoc-Glu-OtBu)(20g,47mmol)、甲磺酰胺(20g,210mmol)、4-二甲基氨基吡啶(DMAP)(1.3g,10.6mmol)的二氯甲烷溶液(360ml)中于室温加入1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺盐酸盐(WSC·HCl)(9.64g,50.3mmol),搅拌16小时。将反应液在减压下浓缩,加入乙酸乙酯,用0.1%盐酸水溶液洗涤3次,用水洗涤1次之后,利用无水硫酸钠进行干燥,进行了过滤。将得到的溶液在减压下浓缩,将残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,由此得到了叔丁基N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5-(甲基磺酰基)-L-谷氨酸酯(Fmoc-Gln(Ms)-OtBu)(9.3g,39%)。

  在氮气氛围中,向如上所述进行得到的叔丁基N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5-(甲基磺酰基)-L-谷氨酸酯(Fmoc-Gln(Ms)-OtBu)(5.5g,10.9)的2,2,2-三氟乙醇(TFE)溶液(100ml)于0度加入三甲基氯硅烷(TMSCl)(3.57g,32.861mmol)),搅拌1小时。将反应液在减压下浓缩,向得到的残渣加入叔丁基甲基醚而再次浓缩。将该操作再重复2次,利用乙腈/二氯甲烷进行重结晶,由此以白色固体的形式得到了N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5-(甲基磺酰基)-L-谷氨酰胺(化合物aal99,Fmoc-Gln(Ms)-OH)(3.8178g,77%)。

  LCMS(ESI)m/z=447(M+H)+

  保留时间:0.65分钟(分析条件SQDFA05)

  甲基N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa200,Fmoc-Ser(1-CF3-EtOH)-OMe)的合成

  

  在氮气氛围中,向另外合成的(S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-((9H-芴-9-基)甲基)酯(化合物aa204,Fmoc-Azy-OMe)(0.20g,0.62mmol)和3,3,3-三氟丙烷-1,2-二醇(0.24g,1.9mmol)的二氯甲烷溶液(3.0ml)中,于0度加入三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(7.8μl,0.062mmol),搅拌30分钟。另外,在氮气氛围中,向(S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-((9H-芴-9-基)甲基)酯(化合物aa204,Fmoc-Azy-OMe)(5.0g,15.46mmol)和3,3,3-三氟丙烷-1,2-二醇(6.03g,46.4mmol)的二氯甲烷溶液(77.0ml)中,于0度加入三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(0.19ml,1.55mmol),搅拌30分钟。并且,在氮气氛围中,向(S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-((9H-芴-9-基)甲基)酯(化合物aa204,Fmoc-Azy-OMe)(3.6g,11.13mmol)和3,3,3-三氟丙烷-1,2-二醇(4.34g,33.4mmol)的二氯甲烷溶液(55.7ml)中于0度加入三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(0.14ml,1.11mmol),搅拌30分钟。

  向上述3个反应液分别加入饱和碳酸氢钠水溶液后,将全部反应液合并,在减压下,蒸馏除去大部分的有机溶剂,向残留的溶液中加入乙酸乙酯(300ml)进行萃取。将有机层利用饱和食盐水溶液洗涤后,将有机溶剂在减压下蒸馏除去。将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了甲基N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa200,Fmoc-Ser(1-CF3-EtOH)-OMe)(6.57g,53%,纯度95%)及相同化合物(3.1g,25%,纯度87%)。

  LCMS(ESI)m/z=454(M+H)+

  保留时间:1.18分钟(分析条件SMD方法45)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa201,Fmoc-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)的合成

  

  将氯化钙(2.06g,18.5mmol)溶解于水(5.2ml),加入氢氧化锂的一水合物(207mg,4.94mmol),于室温搅拌10分钟。向该溶液中加入甲基N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa200,Fmoc-Ser(1-CF3-EtOH)-OMe)(560mg,1.24mmol)的四氢呋喃(THF)(5.15ml)、异丙醇(20.6ml)溶液,于室温搅拌2小时。加入1N盐酸水溶液使反应终止。进一步,分别使用0.15g、1.11g、0.48g、0.96g的Fmoc-Ser(1-CF3-EtOH)-OMe,同样地实施了反应。收集全部反应液,在减压下蒸馏除去大部分的溶剂。向得到的溶液中加入乙酸乙酯和水,进行萃取。将有机层在减压下蒸馏除去之后,将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa201,Fmoc-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)(3.10g,98%)。

  LCMS(ESI)m/z=462(M+NA)+

  保留时间:2.24分钟(分析条件SMD方法46)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa202,Fmoc-MeSer(1-CF3-EtOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa201,Fmoc-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)(1.84g,4.19mmol)的二氯甲烷溶液(20.9ml)加入多聚甲醛(151mg,5.03mmol)、无水硫酸镁(1.26g,10.5mmol)、三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(526μl,4.19mmol),于室温搅拌3小时。为了除去不溶物而将反应液过滤,之后利用二氯甲烷(10ml)洗涤。

  向经过滤的反应液中加入三乙基硅烷(2.0ml,12.6mmol)、三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(1.58ml,12.6mmol),于室温搅拌30分钟。反应液用饱和食盐水稀释,利用二氯甲烷进行萃取。将得到的有机层减压浓缩之后,将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa202,Fmoc-MeSer(1-CF3-EtOH)-OH)(640mg,34%)。

  LCMS(ESI)m/z=452(M-H)-

  保留时间:2.33分钟(分析条件SMD方法47)

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa203,Fmoc-Ser(1-CF3-EtOTHP)-OH)的合成

  

  向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa201,Fmoc-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)(2.52g,5.74mmol)的二氯甲烷溶液(19.12ml)加入3,4-二氢-2H-吡喃(3.92ml,43.0mmol)、对甲苯磺酸吡啶(0.144g,0.574mmol),于40度搅拌过夜。之后,向反应液中加入水,利用二氯甲烷萃取,用饱和食盐水洗涤有机层。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,通过减压浓缩而除去溶剂。将得到的残渣溶解于四氢呋喃(29ml),加入1M的磷酸水溶液(pH=8,29ml),于50度搅拌3小时。将反应液用水稀释,利用乙酸乙酯萃取2次。将有机层合并而利用饱和食盐水洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,通过减压浓缩而除去溶剂。将得到的残渣溶解于二氯甲烷(60ml)和庚烷(60ml)之后,将二氯甲烷减压浓缩,由此使油状粗产物沉淀。通过倾析除去庚烷溶液。将该操作重复两次。将得到的粗产物溶解于乙酸乙酯,利用0.05M磷酸水溶液洗涤2次,饱和食盐水洗涤1次。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,减压浓缩,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa203,Fmoc-Ser(1-CF3-EtOTHP)-OH)(2.89g,96%)。

  LCMS(ESI)m/z=522(M-H)-

  保留时间:1.00分钟(分析条件SQDAA05-2)

  (S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-((9H-芴-9-基)甲基)酯(化合物aa204,Fmoc-Azy-OMe)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(S)-1-三苯甲基氮丙啶-2-羧酸甲酯(TRT-Azy-OMe)(50g,145.60mmol)的氯仿/甲醇溶液(145ml/145ml)于0度滴加三氟乙酸(33ml),将反应液搅拌7小时。于0度向反应液滴加N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(127ml)、碳酰氯酸(9H-芴-9-基)甲酯(Fmoc-Cl)(36g,139.16mmol)的1,4-二噁烷溶液(145ml),将反应液于0度搅拌1小时30分钟。在减压下蒸馏除去反应液的溶剂,利用乙酸乙酯稀释之后,利用水、饱和氯化铵水溶液洗涤2次,利用饱和食盐水洗涤2次。将将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,进行了过滤之后,在减压下蒸馏除去溶剂而得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,由此得到了(S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-((9H-芴-9-基)甲基)酯(化合物aa204,Fmoc-Azy-OMe)(40g,2个工序85%)。

  LCMS(ESI)m/z=324(M+H)+

  保留时间:0.86分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-(1,3-二氧代异二氢吲哚-2-基)-6-氧代己酸甲酯(化合物aa205)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-6-羟基己酸(Boc-Nle(6-OH)-OH)(10g,40.4mmol)的甲苯/甲醇(90ml/60ml)溶液中,于室温滴加2M的(三甲基甲硅烷基)重氮甲烷/己烷溶液(24.26ml,48.5mmol),搅拌过夜。向将反应液使用旋转蒸发仪减压浓缩而得到的残渣加入甲苯/甲醇(90ml/60ml)溶液,使其溶解之后,于室温滴加2M的(三甲基甲硅烷基)重氮甲烷/己烷溶液(24.26ml,48.5mmol),搅拌6小时。将反应液使用旋转蒸发仪减压浓缩,由此以粗产物形式得到了(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-6-羟基己酸甲酯(Boc-Nle(6-OH)-OMe)(13g)。

  向作为得到的粗产物(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-6-羟基己酸甲酯(Boc-Nle(6-OH)-OMe)(13g)中,于室温加入4N盐酸/1.4-二噁烷溶液(50ml,200mmol),搅拌6小时。将反应液使用旋转蒸发仪减压浓缩,由此以粗产物形式得到了(S)-2-氨基-6-羟基己酸甲酯的盐酸盐(H-Nle(6-OH)-OMe)(9.2g)。

  将作为得到的粗产物的(S)-2-氨基-6-羟基己酸甲酯的盐酸盐(H-Nle(6-OH)-OMe)(9.2g)的乙腈溶液(100ml)中于室温加入1,3-二氧代异二氢吲哚-2-羧酸乙酯(9.74g,44.4mmol)、N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(15.52ml,89mmol),搅拌过夜。将反应液使用旋转蒸发仪减压浓缩,由此将得到的残渣利用正相柱层析(二氯甲烷/甲醇)纯化,由此得到了(S)-2-(1,3-二氧代异二氢吲哚-2-基)-6-羟基己酸甲酯(14.6g)。

  上述(S)-2-(1,3-二氧代异二氢吲哚-2-基)-6-羟基己酸甲酯(7.08g,24.3mmol)的二氯甲烷溶液(100ml)中,于0度加入戴斯-马丁氧化剂(CAS#87413-09-0,11.34g,26.7mmol),于室温搅拌3小时。将反应液利用二氯甲烷稀释,利用饱和碳酸氢钠水溶液/水(1/1)的溶液、饱和硫代硫酸钠、饱和食盐水进行洗涤。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,进行了过滤之后进行减压浓缩而得到的残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,由此得到了(S)-2-(1,3-二氧代异二氢吲哚-2-基)-6-氧代己酸甲酯(化合物aa205)(3.6g,4个工序51%)。

  LCMS(ESI)m/z=290(M+H)+

  保留时间:0.70分钟(分析条件SQDAA05)

  (2S)-2-(1,3-二氧代异二氢吲哚-2-基)-7,7,7-三氟-6-羟基庚酸甲酯(化合物aa206)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-(1,3-二氧代异二氢吲哚-2-基)-6-氧代己酸甲酯(化合物aa205)(3.62g,12.51mmol)的四氢呋喃溶液(50ml)中,于0度加入(三氟甲基)三甲基硅烷(1.390ml,9.39mmol)、1M的四丁基氟化铵(TBAF)/四氢呋喃(THF)溶液(0.626ml,0.626mmol),于0度搅拌10分钟。于0度向反应液中加入(三氟甲基)三甲基硅烷(1.390ml,9.39mmol)、1M的四丁基氟化铵(TBAF)/四氢呋喃(THF)溶液(0.626ml,0.626mmol),搅拌30分钟。进一步于0度向反应液中加入(三氟甲基)三甲基硅烷(1.390ml,9.39mmol),1M的四丁基氟化铵(TBAF)/四氢呋喃(THF)溶液(0.626ml,0.626mmol),搅拌2小时30分钟。于0度向反应液中加入1N盐酸水溶液(37.5ml),于室温搅拌20分钟之后,利用乙酸乙酯进行萃取。用饱和食盐水洗涤有机层,利用无水硫酸钠进行干燥,进行过滤,减压浓缩而得到的残渣利用反相柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,由此得到了(2S)-2-(1,3-二氧代异二氢吲哚-2-基)-7,7,7-三氟-6-羟基庚酸甲酯(化合物aa206)(1.8g,40%)。

  LCMS(ESI)m/z=358(M-H)-

  保留时间:0.81分钟(分析条件SQDAA05)

  (2S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-7,7,7-三氟-6-羟基庚酸甲酯(化合物aa207,Fmoc-Hnl(7-F3-6-OH)-OMe)的合成

  

  向利用上述方法得到的(2S)-2-(1,3-二氧代异二氢吲哚-2-基)-7,7,7-三氟-6-羟基庚酸甲酯(化合物aa206)(3.1g,8.63mmol)的甲醇溶液(30ml)于室温加入肼的一水合物(1.258ml,25.9mmol)、乙酸(1.482ml,25.9mmol),搅拌过夜。为了除去甲醇,将反应液利用旋转蒸发仪减压浓缩,将得到的溶液利用二甲基亚砜稀释之后,利用反相柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,由此得到了(2S)-2-氨基-7,7,7-三氟-6-羟基庚酸甲酯(H-Hnl(7-F3-6-OH)-OMe)(2g)。

  向上述(2S)-2-氨基-7,7,7-三氟-6-羟基庚酸甲酯(H-Hnl(7-F3-6-OH)-OMe)(2g,8.73mmol)中,于室温加入水(25ml)、碳酸钠(2.93g,34.9mmol)、四氢呋喃(50ml)、碳酸N-琥珀酰亚胺9-芴基甲酯(Fmoc-OSu)(3.53g,10.47mmol),将反应液搅拌2小时。为了除去四氢呋喃,将反应液利用旋转蒸发仪减压浓缩,加入乙酸乙酯、1N盐酸水溶液,利用乙酸乙酯萃取2次。用饱和食盐水洗涤有机层,利用无水硫酸镁干燥之后,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)、正相柱层析(二氯甲烷/甲醇)纯化之后,进一步,收集利用反相柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)纯化而得到的级分,在减压下蒸馏除去甲醇,利用乙酸乙酯萃取2次,利用饱和硫酸氢钾溶液、饱和食盐水进行洗涤。将得到的有机溶剂在减压下蒸馏除去,由此得到了(2S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-7,7,7-三氟-6-羟基庚酸甲酯(化合物aa207,Fmoc-Hnl(7-F3-6-OH)-OMe)(1.4g,2个工序36%)。

  LCMS(ESI)m/z=452(M+H)+

  保留时间:0.86分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-7,7,7-三氟-6-羟基庚酸(化合物aa208,Fmoc-Hnl(7-F3-6-OH)-OH)的合成

  

  向氯化钙(5.16g,46.5mmol)的水溶液(7.00ml)于室温加入氢氧化锂的一水合物(0.521g,12.40mmol),搅拌5分钟。于室温滴加(2S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-7,7,7-三氟-6-羟基庚酸甲酯(化合物aa207,Fmoc-Hnl(7-F3-6-OH)-OMe)(1.4g,3.10mmol)的异丙醇/四氢呋喃溶液(28ml/7ml),将反应液搅拌过夜。将向反应液中加入1N盐酸水溶液,利用叔丁基甲基醚萃取2次,利用饱和食盐水进行洗涤,利用无水硫酸镁进行干燥后,过滤,进行减压浓缩而得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,以(2S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-7,7,7-三氟-6-羟基庚酸(化合物aa208,Fmoc-Hnl(7-F3-6-OH)-OH)(950mg,70%)的形式得到。

  LCMS(ESI)m/z=438.6(M+H)+

  保留时间:0.76分钟(分析条件SQDFA05)

  1-3.在基于肽合成仪的肽合成中使用的树脂合成

  基于肽合成仪的肽合成中使用的树脂,如下所述合成。2-氯三苯甲基氯化树脂(100-200筛目,1%DVB)购自渡边化学工业及Chem-Impex公司。

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd01,Fmoc-Asp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-pip)的合成

  

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd01,Fmoc-Asp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-pip)通过WO2013/100132中记载的方法合成。

  需要说明的是,在本说明书中,在聚合物或树脂与化合物发生了结合的情况下,有时将聚合物、树脂部位用○进行标记。另外,出于使树脂部位的反应点明确的目的,有时与○连接而标记反应部位的化学结构。在以上的结构中,示出了在Fmoc-Asp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-pip(化合物pd01)中,树脂上的2-氯三苯甲基利用Asp的侧链羧酸与酯键进行结合的情形。

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd07,Fmoc-MeAsp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-pip)的合成

  

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd07,Fmoc-MeAsp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-pip)是通过下述的途径进行合成的。

  

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(烯丙氧基)-4-氧代丁酸(化合物pd04,Fmoc-MeAsp(OAl)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(烯丙氧基)-4-氧代丁酸(化合物pd02,Fmoc-Asp(OAl)-OH)(10.0g,25.3mmol)的甲苯溶液(100ml)中,于室温加入多聚甲醛(1.52g)、甲苯磺酸(TsOH,260mg,1.51mmol),于110℃搅拌16小时。之后,将反应液冷却至室温,基于饱和碳酸氢钠水溶液的洗涤进行了2次。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,以粗产物形式得到了(S)-4-(2-(烯丙氧基)-2-氧代乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物pd03,8.0g)。

  在氮气氛围中,将通过前面工序得到的(S)-4-(2-(烯丙氧基)-2-氧代乙基)-5-氧代噁唑烷-3-羧酸(9H-芴-9-基)甲酯(化合物pd03,5.0g,12.3mmol)和三乙基硅烷(Et3SiH,4.3g,37.0mmol)的二氯甲烷/三氟乙酸(TFA)=1/1(80ml/80ml)的溶液于室温搅拌2天之后,将反应液减压浓缩。向得到的残渣加入碳酸钾(K2CO3)水溶液,利用石油醚进行洗涤3次之后,使用盐酸调整至pH3,使用乙酸乙酯萃取3次。汇总有机层,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,得到了(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(烯丙氧基)-4-氧代丁酸(化合物pd04,Fmoc-MeAsp(OAl)-OH)(3.0g,46%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=410(M+H)+

  保留时间:0.84分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸烯丙酯(化合物pd05,Fmoc-MeAsp(OAl)-pip)的合成

  

  在氮气氛围中,向1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)碳二亚胺盐酸盐(WSCI·HCl)(1.6.5g,86mmol)的DMF溶液(143ml)中,于0℃加入l-羟基苯并三唑(HOBt)(10.6g,79mmo),接着于0℃滴加(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(烯丙氧基)-4-氧代丁酸(化合物pd04,Fmoc-MeAsp(OAl)-OH)(29.3g,71.6mmol)的DMF/DCM=1/1的混合溶液(117ml),搅拌30分钟。之后,于0℃滴加哌啶(8.49ml,86mmol),搅拌30分钟。通过LC-MS确认反应的进行后,向反应液中加入乙酸乙酯,升温至室温。将得到的有机层利用2M的盐酸水溶液洗涤2次,利用5%碳酸氢钠水溶液洗涤2次,利用饱和食盐水洗涤2次之后,利用硫酸镁进行干燥。对得到的混合物进行过滤,减压浓缩,得到了(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸烯丙酯(化合物pd05,Fmoc-MeAsp(OAl)-pip)(33.7g,99%)。

  LCMS(ESI)m/z=477(M+H)+

  保留时间:1.32分钟(分析条件SMD方法6)

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸(化合物pd06,Fmoc-MeAsp-pip)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸烯丙酯(化合物pd05,Fmoc-MeAsp(OAl)-pip)(31.4g,65.9mmol)、4-甲基苯磺酸钠(11.2g,62.6mmol)、四三苯基膦钯(PD(PPH3)4)(761mg,0.659mmol)中加入二氯甲烷(132ml),于室温搅拌1.5小时。之后,向反应液中加入5%碳酸氢钠水溶液,利用叔丁基甲基醚(TBME)洗涤2次。使用6M盐酸水溶液将得到的水层的pH调成酸性之后,利用乙酸乙酯进行萃取。将得到的有机层用50%食盐水洗涤2次,利用无水硫酸镁进行干燥之后,对得到的混合物进行过滤,在减压下浓缩。将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,进一步利用正相硅胶柱层析(CO2H硅胶,己烷/乙酸乙酯)纯化,由此得到了(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸(化合物pd06,Fmoc-MeAsp-pip)(17.1g,60%)。

  LCMS(ESI)m/z=437(M+H)+

  保留时间:1.10分钟(分析条件SMD方法6)

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd07,Fmoc-MeAsp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-pip)的合成

  

  在带过滤器的反应容器中放入2-氯三苯甲基氯树脂(1.60mmol/g,100-200筛目,1%DVB,购自渡边化学,25g,40.0mmol)和脱水二氯甲烷(400ml),于室温振荡10分钟。施加氮压除去二氯甲烷之后,在反应容器中添加向(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸(化合物pd06,Fmoc-MeAsp-pip)(8.37g,20.0mmol)和脱水二氯甲烷(400ml)中添加了脱水甲醇(6.48ml)及二异丙基乙基胺(DIPEA)(16.7ml)而成的混合液,振荡30分钟。施加氮压除去反应液之后,在反应容器中添加在脱水二氯甲烷(400ml)中添加了脱水甲醇(50.0ml)和二异丙基乙基胺(DIPEA)(16.7ml)而成的混合液,振荡1小时30分钟。施加氮压除去反应液之后,放入二氯甲烷,振荡5分钟。施加氮压除去反应液。将该利用二氯甲烷的树脂的洗涤重复2次,将得到的树脂在减压下干燥过夜,得到了(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd07,Fmoc-MeAsp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-pip)(29.9g)。

  将得到的(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd07,Fmoc-MeAsp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-pip)(10.7mg)放入反应容器,加入DMF(200μl)、哌啶(200μl),于室温振荡1小时。之后,向反应混合液中加入DMF(1.6ml),取出400μl,测定其吸光度(301.2nm)(使用岛津,UV-1600PC(单元长1.0cm)测定),算出(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-氧代-4-(哌啶-1-基)丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd07,Fmoc-MeAsp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-pip)的上样量为0.416mmol/g。

  需要说明的是,对于同样地合成的上样量不同的其他批次而言,也用于肽合成中。

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(甲基((S)-1-氧代-1-(((S)-1-氧代-1-(哌啶-1-基)丙烷-2-基)氨基)-3-苯基丙烷-2-基)氨基)-4-氧代丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd08,Fmoc-Asp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-MePhe-Ala-pip)的合成

  

  对(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(甲基((S)-1-氧代-1-(((S)-1-氧代-1-(哌啶-1-基)丙烷-2-基)氨基)-3-苯基丙烷-2-基)氨基)-4-氧代丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd08,Fmoc-Asp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-MePhe-Ala-pip)而言,通过文献所述的方法合成(文献:国际公开编号:WO2013/100132A1)。

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(甲基((S)-1-氧代-1-(((S)-1-氧代-3-苯基-1-(哌啶-1-基)丙烷-2-基)氨基)-3-苯基丙烷-2-基)氨基)-4-氧代丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd09,Fmoc-Asp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-MePhe-Phe-pip)的合成

  

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(甲基((S)-1-氧代-1-(((S)-1-氧代-3-苯基-1-(哌啶-1-基)丙烷-2-基)氨基)-3-苯基丙烷-2-基)氨基)-4-氧代丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd09,Fmoc-Asp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-MePhe-Phe-pip),使用文献所述的方法,通过与化合物pd08相同的手段合成(文献:国际公开编号:WO2013/100132A1)。

  (S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(甲基((S)-1-氧代-1-(((S)-1-氧代-1-(((S)-1-氧代-1-(哌啶-1-基)丙烷-2-基)氨基)-3-苯基丙烷-2-基)氨基)-3-苯基丙烷-2-基)氨基)-4-氧代丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd10,Fmoc-Asp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-MePhe-MePhe-Ala-pip)的合成

  

  对(S)-3-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(甲基((S)-1-氧代-1-(((S)-1-氧代-1-(((S)-1-氧代-1-(哌啶-1-基)丙烷-2-基)氨基)-3-苯基丙烷-2-基)氨基)-3-苯基丙烷-2-基)氨基)-4-氧代丁酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd10,Fmoc-Asp(O-Trt(2-Cl)-树脂)-MePhe-MePhe-Ala-pip)而言,通过WO2013/100132中记载的方法合成。

  1-4.肽的化学合成

  在没有特别记载的情况下,pd50~pd70、pd100~pd247、及pd300~pd504的肽化合物的合成为通过在实施例1的开始记载的基本途径,通过以下方法进行。

  1)基于自动合成仪的固相肽合成

  使用肽合成仪(Multipep RS;Intavis公司制)通过WO2013/100132中记载的方法,利用Fmoc法进行了肽合成。需要说明的是,对于操作的具体顺序,遵循了合成仪附带的手册。

  在合成仪中设置了结合了N末端利用Fmoc保护的天冬氨酸的侧链羧酸部位的2-氯三苯甲基树脂(每根柱100mg)、和各种Fmoc-氨基酸(0.6mol/L,在为Fmoc-MeHis(Trt)-OH(化合物aa05)的情况下,利用下述的方法制成盐酸盐之后,以0.5mol/L的溶液形式使用)和1-羟基-7-氮杂苯并三唑(HOAt)或者oxyma(0.375mol/L)的NMP溶液、以及二异丙基碳二亚胺(DIC)的N,N-二甲基甲酰胺(DMF)溶液(10%v/v)。使Fmoc-Thr(THP)-OH(化合物aa01)、Fmoc-MeSer(THP)-OH(化合物aa06)与oxyma共存于NMP溶液中,进一步添加分子筛4A1/8(和光纯药工业)或分子筛4A1/16(和光纯药工业),并放置于合成仪中。另外,在使用的氨基酸为盐酸盐等盐(例如Fmoc-MeHis(Trt)-OH(化合物aa05)的盐酸盐)的情况下,设置DIPEA/DMF=3/1的溶液,对于在肽延长时使用的氨基酸,将0.96等量分量的DIPEA作为上述DMF溶液而单独添加。

  Fmoc-MeHis(Trt)-OH(化合物aa05)的盐酸盐通过下述方法制备。

  向Fmoc-MeHis(Trt)-OH(化合物aa05)(1.166g)中加入DCM(10.5ml),于0℃滴加了将4N的HCl/1,4-二噁烷(0.88ml)利用DCM(5.3ml)稀释而成的溶液。之后,将反应液于0℃搅拌5分钟,使用旋转蒸发仪在减压下进行浓缩。将得到的残渣使用油泵在减压下干燥,由此以盐酸盐的形式得到了Fmoc-MeHis(Trt)-OH(化合物aa05)。之后,加入NMP(2.21ml),调整为0.5mol/L的溶液形式。

  作为Fmoc脱保护溶液,使用二氮杂双环十一碳烯(DBU)的DMF溶液(2%v/v)进行合成。树脂利用DMF洗涤后,将Fmoc脱保护接着进行Fmoc氨基酸的缩合反应作为1个循环,通过重复该循环,由此在树脂表面上使肽延长。肽延长完毕之后,通过在肽合成仪上进行树脂的N末端的Fmoc基的除去后,将树脂利用DMF洗涤。

  2)从树脂切割延长的肽

  通过WO2013/100132中记载的方法,相对于在根据上述方法得到的固相上担载的链状肽,加入DCM使树脂再溶胀后,向树脂中加入2,2,2-三氟乙醇(TFE)/DCM(1/1,v/v,2ml),于室温振荡2小时。接着将管内的溶液利用合成用柱进行过滤,由此除去树脂,将残留的树脂进一步利用2,2,2-三氟乙醇(TFE)/DCM(1/1,v/v,1ml)洗涤2次。将得到的全部切割溶液混合,在减压下浓缩。

  3)切割的肽的环化方法

  将在切割后减压下浓缩而成的残渣溶解于DMF/DCM(1/1,v/v,8ml)。加入0.5M的O-(7-氮杂-1H-苯并三唑-1-基)-N,N,N,N-四甲基脲六氟磷酸盐(HATU)/DMF溶液(相对于在使用的树脂上的摩尔数(由上样量(mmol/g)加上使用了的树脂量(通常为0.10g)而成)成为1.5等量的容量)和DIPEA(相对于使用的树脂上的摩尔数为1.8等量),于室温振荡2小时。之后,在减压下蒸馏除去溶剂。对目标的环状肽的生成而言,通过LCMS测定确认。

  4)5)环状肽具有的侧链官能团的保护基的脱保护

  在序列中包含TyR(3-F,tBu)的情况下,加入制备的0.1M的四甲基硫酸氢铵/1,1,1,3,3,3-六氟异丙醇(HFIP)溶液(2%三异丙基硅烷(TIPS))2mL,使残渣溶解后,于室温或者30度静置24小时。在序列中不包含TyR(3-F)的情况下,加入制备的0.05M的四甲基硫酸氢铵/1,1,1,3,3,3-六氟异丙醇(HFIP)溶液(2%三异丙基硅烷(TIPS))4mL,使残渣溶解后,于室温静置4小时。在任一种情况下,均在静置固定时间之后加入二异丙基乙基胺(DIPEA)(70μl),在减压下蒸馏除去溶剂。

  在减压下,蒸馏除去溶剂之后,加入DMF或者DMSO,通过过滤器过滤而将不溶物除去后,利用制备-HPLC进行纯化。

  需要说明的是,0.1M的四甲基硫酸氢铵/HFIP溶液(2%TIPS)为从将HFIP(11.66ml)、TIPS(0.24ml)、DCE(0.10ml)混合而成的溶液中取样4mL,向其中溶解68.5mg的四丁基硫酸氢铵而制备。另外,0.05M的四甲基硫酸氢铵/HFIP溶液(2%TIPS)通过向从HFIP(11.66ml),TIPS(0.24ml),DCE(0.10ml)混合溶液取出的4mL中添加34.3mg的四丁基硫酸氢铵溶解而制备。对这些溶液(0.1M的四甲基硫酸氢铵/HFIP溶液(2%TIPS)及0.05M的四甲基硫酸氢铵/HFIP溶液(2%TIPS))而言,也可以取代HFIP而使用另外的氟醇,例如2,2,2-三氟乙醇(TFE)等。

  在pKa实际测量中使用的3残基肽的合成

  在使用与实施例1中记载的肽化合物的化学合成相同的手段进行了肽的延长,从树脂上的切割之后,将C末端的羧酸和哌啶缩合,由此合成了pd30-pd36。另外,肽合成中使用的Fmoc-MeGly-Trt(2-Cl)-树脂(化合物pd11)如下述所述合成。ZMeGly(Cbz-MeGly-OH,CAS#39608-31-6)购自东京化成工业。

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基甘氨酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd11,Fmoc-MeGly-Trt(2-Cl)-树脂)的合成

  

  在带过滤器的反应容器中放入2-氯三苯甲基氯化树脂(1.58mmol/g,100-200筛目,1%DVB,购自渡边化学,10g,15.8mmol)和脱水二氯甲烷,于室温振荡1小时。施加氮压除去二氯甲烷之后,在反应容器中添加市售的N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基甘氨酸(Fmoc-MeGly-OH)(3.54g,11.39mmol)和二异丙基乙基胺(DIPEA)(5.29ml,30.4mmol)的脱水二氯甲烷(130ml)溶液,振荡30分钟。施加氮压除去反应液之后,在反应容器中添加向脱水二氯甲烷(130ml)中添加脱水甲醇(5.76ml)和二异丙基乙基胺(DIPEA)(5.29ml,30.4mmol)而成的混合液,振荡1小时。施加氮压除去反应液之后,放入二氯甲烷,振荡5分钟。施加氮压除去反应液。将得到的树脂在减压下过夜干燥,得到了N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基甘氨酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd11,Fmoc-MeGly-Trt(2-Cl)-树脂)(13.2g)。

  得到的树脂的上样量使用文献记载(Letters in Peptie Science,2002,9,203)的方法算出。向反应容器加入N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基甘氨酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd11,Fmoc-MeGly-Trt(2-Cl)-树脂)(14.4mg),加入DMF(2ml)振荡1小时。向反应液中加入DBU(0.04ml),振荡30分钟之后,加入DMF(10ml),取出1mL,进一步利用DMF进行稀释至溶液量达到12.5mL。测定得到的溶液的吸光度(294nM)(岛津,使用UV-1600PC(单元长1.0cm)测定),算出N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基甘氨酸-2-氯三苯甲基树脂(化合物pd11,Fmoc-MeGly-Trt(2-Cl)-树脂)的上样量为0.789mmol/g。

  实际测量了pKa的肽化合物的分析信息

  [表5]

  

  实际测量了pKa的肽化合物的结构信息

  [表6]

  

  实施例2肽化合物的翻译合成

  2-1.氨基酰化pCpA的合成

  用于翻译合成中使用的氨基酰化ppCpA(化合物pc05、pc09、pc14、pc19、pc23、pc25、pc28、pc31、pc35、pc38、pc43、pc44、pc50、pc51、pc52、pc53、pc56、pc59、pc62、pc66、pc70、pc73、pc77、pc82、pc86、pc90、pc93、pc97、pc100、pc104、pc106、pc109、pc113、pc117、pc120、pc121、pc125、pc129、pc132、pc135、pc138、pc140、pc143、pc146、pc150、pc153、pc157、pc160、pc164、pc168、pc171、pc175、pc179、pc183、pc187、pc190、pc194、pc199、pc203、pc205、pc207、pc210、pc212、pc215、pc217、pc220、pc222、pc224、pc228、pc230、pc232、pc233、pc234、pc237、pc238、pc239、pc240、pc243、pc245、pc248)按照以下方案合成。

  

  用于翻译合成中使用的pCpA-氨基酸的酯部位以如下所述的平衡状态存在。虽然在本说明书中仅记载了任一个中的一方的结构,但能够根据分析条件不同将2种平衡状态区分进行观察。

  

  (R)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc01,Acbz-Cys(StBu)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向S-叔丁基巯基-L-半胱氨酸(H-Cys(StBu)-OH))(126mg,0.60mmol)与通过文献记载(Bioconjugate Chem.2008,19,714.)的方法合成的(4-硝基苯基)4-叠氮基苄基碳酸酯(207mg,0.66mmol)的混合物中,于室温添加了DMF(0.6ml)。将混合物利用冰浴冷却之后,添加了三乙胺(251μl,1.80mmol)。将反应混合物于25℃搅拌12小时之后,利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(R)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc01,Acbz-Cys(StBu)-OH)(220.1mg,95%)。

  LCMS(ESI)m/z=383(M-H)-

  保留时间:0.84分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(R)-氰基甲酯(化合物pc02,Acbz-Cys(StBu)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(R)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc01,Acbz-Cys(StBu)-OH)(1.15g,3.00mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.576ml,3.30mmol)溶解于乙腈(6.0ml),加入2-溴乙腈(0.627ml,9.00mmol)于室温搅拌5小时。将反应液浓缩,将残渣利用柱层析(乙酸乙酯∶己烷=1∶9→1∶1)进行纯化,得到了2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(R)-氰基甲酯(化合物pc02,Acbz-Cys(StBu)-OCH2CN)(1.21g,95%)。

  LCMS(ESI)m/z=422(M-H)-

  保留时间:0.90分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2R)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc04)的合成

  

  在缓冲液A(60ml)中溶解通过文献记载(Helv.Chim.Acta,90,297-310)的方法合成的磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(120.4mg,0.167mmol),分3次给予2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(R)-氰基甲酯(化合物pc02,Acbz-Cys(StBu)-OCH2CN)(212mg,0.500mmol)的乙腈(2.5ml)溶液(分别在反应开始时,反应开始起5分钟后,30分钟后分别给予0.83ml,合计3次),于室温搅拌70分钟。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc04)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(566mg)。

  LCMS(ESI)m/z=1087(M-H)-

  保留时间:0.62分钟(分析条件SQDFA05)

  缓冲液A如下制备。即,向N,N,N-三甲基十六烷-1-氯化铵(6,40g,20mmol)和咪唑(6.81g,100mmol)的水溶液中添加乙酸,得到了pH=8,20mM的N,N,N-三甲基十六烷-1-铵,100mM的咪唑的缓冲液A(1L)。

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2R)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc05,Acbz-Cys(StBu)-pCpA)的合成

  

  向通过前面工序得到的2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2R)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc04)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(270mg)中加入80%乙酸水溶液(5ml),于室温搅拌2小时。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc05,Acbz-Cys(StBu)-pCpA)(17.8mg,21%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=1019(M+H)+

  保留时间:0.54分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc06,Acbz-D-Cys(StBu)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向S-叔丁基巯基-D-半胱氨酸(H-D-Cys(StBu)-OH)(400mg,1.91mmol)和(4-硝基苯基)4-叠氮基苄基碳酸酯(661mg,2.10mmol)的混合物中,于室温添加了DMF(1.91ml)。将混合物利用冰浴冷却之后,添加了三乙胺(799μl,5.73mmol)。将反应混合物于25℃搅拌2小时之后,利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc06,Acbz-D-Cys(StBu)-OH)(658.2mg,90%)。

  LCMS(ESI)m/z=383(M-H)-

  保留时间:0.81分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc07,Acbz-D-Cys(StBu)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc06,Acbz-D-Cys(StBu)-OH)(0.658g,1.71mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.329ml,1.88mmol)溶解于乙腈(3.42ml),加入2-溴乙腈(0.358ml,5.13mmol)于室温搅拌5小时。将反应液浓缩,将残渣利用柱层析(乙酸乙酯∶己烷=1∶9→1∶1)进行纯化,得到了2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc07,Acbz-D-Cys(StBu)-OCH2CN)(0.715g,99%)。

  LCMS(ESI)m/z=422(M-H)-

  保留时间:0.90分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc08)的合成

  

  在缓冲液A(40ml)中,溶解磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(60.2mg,0.083mmol),分3次给予2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc07,Acbz-D-Cys(StBu)-OCH2CN)(106mg,0.250mmol)的乙腈(1.26ml)溶液(分别在反应开始时,反应开始起5分钟后,30分钟后给予0.42ml,合计3次),于室温搅拌70分钟。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc08)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(242.5mg)。

  LCMS(ESI)m/z=1087(M-H)-

  保留时间:0.59分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc09,Acbz-D-Cys(StBu)-pCpA)的合成

  

  向通过前面工序得到的2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc08)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(242.5mg)中加入80%乙酸水溶液(5ml),于室温搅拌2小时。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc09,Acbz-D-Cys(StBu)-pCpA)(24.7mg,29%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=1019(M+H)+

  保留时间:0.55分钟(分析条件SQDFA05)

  (R)-3-(叔丁基二硫基)-2-(甲基氨基)丙酸(化合物pc10,H-MeCys(StBu)-OH)的合成

  

  向(R)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(Fmoc-MeCys(StBu)-OH)(3.00g,6.73mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(DMF)(13.4ml)溶液中加入1,8-二氮杂双环[5.4.0]-7-十一碳烯(DBU)(1.12ml,7.41mmol),于室温搅拌30分钟。将反应溶液利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,得到了(R)-3-(叔丁基二硫基)-2-(甲基氨基)丙酸(化合物pc10,H-MeCys(StBu)-OH)(1.46g,97%)。

  LCMS(ESI)m/z=224(M+H)+

  保留时间:0.34分钟(分析条件SQDFA05)

  (R)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc11,ACbz-MeCys(StBu)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(R)-3-(叔丁基二硫基)-2-(甲基氨基)丙酸(化合物pc10,H-MeCys(StBu)-OH)(700mg,3.13mmol)和(4-硝基苯基)4-叠氮基苄基碳酸酯(1.034g,3.29mmol)的混合物中,于室温添加了N,N-二甲基甲酰胺(DMF)(3.13ml)。将混合物利用冰浴冷却之后,添加了三乙胺(1.31ml,9.40mmol)。将反应混合物于25℃搅拌4天之后,利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(R)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc11,ACbz-MeCys(StBu)-OH)(1.15g,92%)。

  LCMS(ESI)m/z=397(M-H)-

  保留时间:0.87分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(R)-氰基甲酯(化合物pc12,ACbz-MeCys(StBu)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(R)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc11,ACbz-MeCys(StBu)-OH)(1.14g,2.86mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.49ml,2.80mmol)溶解于乙腈(5.72ml),加入2-溴乙腈(0.598ml,8.58mmol)于室温搅拌7小时。将反应液浓缩,将残渣利用柱层析(乙酸乙酯∶己烷=1∶9→1∶1)进行纯化,得到了2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(R)-氰基甲酯(化合物pc12,ACbz-MeCys(StBu)-OCH2CN)(1.17g,93%)。

  LCMS(ESI)m/z=436(M-H)-

  保留时间:0.96分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2R)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc13)的合成

  

  在缓冲液A(40ml)中,溶解磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(60.2mg,0.083mmol),分3次给予2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(R)-氰基甲酯(化合物pc12,ACbz-MeCys(StBu)-OCH2CN)(109mg,0.250mmol)的乙腈(1.26ml)溶液(分别在反应开始时,反应开始起5分钟后,30分钟后给予0.42ml,合计3次),于室温搅拌120分钟。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc13)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(90mg)。

  LCMS(ESI)m/z=1101(M-H)-

  保留时间:0.69分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2R)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc14,ACbz-MeCys(StBu)-pCpA)的合成

  

  通过前面工序得到的2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2R)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc13)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(90mg)中加入80%乙酸水溶液(5ml),于室温搅拌150分钟。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc14,ACbz-MeCys(StBu)-pCpA)(26.7mg,31%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=1033(M+H)+

  保留时间:0.65分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-3-(叔丁基二硫基)-2-(甲基氨基)丙酸(化合物pc15,H-D-MeCys(StBu)-OH)的合成

  

  向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(Fmoc-D-MeCys(StBu)-OH)(0.5g,1.12mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(DMF)(2.24ml)溶液中加入1,8-二氮杂双环[5.4.0]-7-十一碳烯(DBU)(0.186ml,1.234mmol),于室温搅拌90分钟。将反应溶液利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,得到了(S)-3-(叔丁基二硫基)-2-(甲基氨基)丙酸(化合物pc15,H-D-MeCys(StBu)-OH)(0.22g,88%)。

  LCMS(ESI)m/z=224(M+H)+

  保留时间:0.38分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc16,ACbz-D-MeCys(StBu)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-3-(叔丁基二硫基)-2-(甲基氨基)丙酸(化合物pc15,H-D-MeCys(StBu)-OH)(200mg,0.90mmol)和(4-硝基苯基)4-叠氮基苄基碳酸酯(295mg,0.94mmol)的混合物中,于室温添加了N,N-二甲基甲酰胺(DMF)(0.90ml)。将混合物利用冰浴冷却之后,添加了三乙胺(374μl,2.69mmol)。将反应混合物于40℃搅拌2小时之后,利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc16,ACbz-D-MeCys(StBu)-OH)(350mg,98%)。

  LCMS(ESI)m/z=397(M-H)-

  保留时间:0.90分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc17,ACbz-D-MeCys(StBu)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(化合物pc16,ACbz-D-MeCys(StBu)-OH)(350mg,0.88mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.15ml,0.86mmol)溶解于乙腈(1.75ml),加入2-溴乙腈(0.18ml,2.63mmol)于室温搅拌2小时。将反应液浓缩,得到了粗产物2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(R)-氰基甲酯(化合物pc17,ACbz-D-MeCys(StBu)-OCH2CN)(1.17g)。将得到的粗产物2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(R)-氰基甲酯(化合物pc17,ACbz-D-MeCys(StBu)-OCH2CN)溶解于乙腈(4.4ml),直接用于下个工序。

  LCMS(ESI)m/z=436(M-H)-

  保留时间:0.96分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc18)的合成

  

  在缓冲液A(56.4ml)中,溶解磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(85.0mg,0.118mmol),分3次给予2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(R)-氰基甲酯(化合物pc17,ACbz-D-MeCys(StBu)-OCH2CN)的0.2M乙腈溶液(1.77ml,0.353mmol)(分别在反应开始时,反应开始起10分钟后,30分钟后给予0.59ml,合计3次),于室温搅拌120分钟。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc18)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(105.2mg)。

  LCMS(ESI)m/z=1101(M-H)-

  保留时间:0.69分钟(分析条件SQDFA05)

  2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc19,ACbz-D-MeCys(StBu)-pCpA)的合成

  

  向通过前面工序得到的2-((((4-叠氮基苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(叔丁基二硫基)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc18)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(100mg)中,加入80%乙酸水溶液(5ml),于室温搅拌80分钟。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc19,ACbz-D-MeCys(StBu)-pCpA)(39.8mg,43%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=1033(M+H)+

  保留时间:0.62分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(1,3-噻唑-4-基)丙酸(化合物pc20,Pen-MeAla(4-Thz)-OH)的合成

  

  向通过WO2013/100132中记载的方法合成的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(噻唑-4-基)丙酸(Fmoc-MeAla(4-Thz)-OH)(4.20g,10.28mmol)中,加入20%哌啶的DMF溶液(100ml),于室温搅拌2小时。将反应溶液减压浓缩,向浓缩残渣中加入乙醚,对混合物进行过滤,用乙醚洗涤滤纸上的固体,得到了粗产物(2S)-2-(甲基氨基)-3-(1,3-噻唑-4-基)丙酸。

  将得到的(2S)-2-(甲基氨基)-3-(1,3-噻唑-4-基)丙酸溶解于1,4-二噁烷(40ml)/水(40ml)中后,加入通过文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(3.200g,16.23mmol)和碳酸氢钠(1.80g,21.43mmol),将反应液于30度搅拌12小时。反应完全之后,向反应液中加入水并利用乙酸乙酯洗涤,加入1.0M硫酸氢钠水溶液至水层的液性达到pH=2为止。将得到的混合物利用乙酸乙酯进行萃取操作,用饱和食盐水洗涤有机层。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,将减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(二氯甲烷/甲醇)进行纯化,得到了(2S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(1,3-噻唑-4-基)丙酸(化合物pc20,Pen-MeAla(4-Thz)-OH)(0.60g,22%)。

  LCMS(ESI)m/z=269(M+H)+

  保留时间:1.32分钟(分析条件SMD方法1)

  2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(噻唑-4-基)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc21,Pen-MeAla(4-Thz)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(2S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(1,3-噻唑-4-基)丙酸(化合物pc20,Pen-MeAla(4-Thz)-OH)(1.50g,2.80mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(680mg,5.26mmol)溶解于二氯甲烷(80ml),加入2-溴乙腈(1.25g,10.42mmol),于室温搅拌过夜。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(噻唑-4-基)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc21,Pen-MeAla(4-Thz)-OCH2CN)(0.23g,27%)。

  LCMS(ESI)m/z=308(M+H)+

  保留时间:1.61分钟(分析条件SMD方法1)

  2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(噻唑-4-基)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc22)的合成

  

  在缓冲液A(120ml)中,溶解磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.415mmol),加入2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(噻唑-4-基)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc21,Pen-MeAla(4-Thz)-OCH2CN)(311mg,1.013mmol)的乙腈(3.6ml)溶液,于室温搅拌4小时。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc22)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(300mg)。

  LCMS(ESI)m/z=971(M-H)-

  保留时间:0.59分钟(分析条件SQDAA05)

  2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(噻唑-4-基)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc23,Pen-MeAla(4-Thz)-pCpA)的合成

  

  向通过前面工序得到的2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(噻唑-4-基)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc22)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(300mg)中,加入80%乙酸水溶液(6ml),于室温搅拌7小时。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc23,Pen-MeAla(4-Thz)-pCpA)(46mg,17%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=903(M+H)+

  保留时间:0.37分钟(分析条件SQDFA05)

  2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)乙酸氰基甲酯(化合物pc24,Pen-MeGly-OCH2CN)的合成

  

  将N-甲基甘氨酸(1.5g,16.8mmol)和N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(7.35ml,42.1mmol)加入二氯甲烷(33.7ml)中。之后,将混合物冷却至0℃后,加入2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(1.95ml,17.7mmol),将反应液于25度搅拌3天。反应完全之后,向反应混合物中加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(2.94ml,16.8mmol)和2-溴乙腈(2.35ml,33.7mmol),于25度搅拌4小时。将反应液利用二氯甲烷稀释后,加入饱和氯化铵水溶液,用饱和食盐水洗涤有机层。之后,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,将减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)乙酸氰基甲酯(化合物pc24,Pen-MeGly-OCH2CN)(1.1g,31%)。

  LCMS(ESI)m/z=211(M+H)+

  保留时间:0.72分钟(分析条件SMD方法3)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸酯(化合物pc25,Pen-MeGly-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(100ml)中,溶解磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(250mg,0.35mmol),加入2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)乙酸氰基甲酯(化合物pc24,Pen-MeGly-OCH2CN)(290mg,1.38mmol)的乙腈溶液(1.5ml),于室温搅拌4小时。进一步将80%乙酸水溶液(15ml)加入反应液中,于室温搅拌4小时。

  将反应液利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc25,Pen-MeGly-pCpA)(37.6mg,13%)。

  LCMS(ESI)m/z=806(M+H)+

  保留时间:0.60分钟(分析条件SMD方法2)

  (S)-2-(戊-4-烯酰胺)-2-苯基乙酸氰基甲酯(化合物pc26,Pen-Phg-OCH2CN)的合成

  

  向(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-2-苯基乙酸(Boc-Phg-OH,5.0g,19.9mmol)加入二氯甲烷(50.0ml)后,将盐酸气体鼓入反应液中,于25℃搅拌3小时。对析出的固体进行过滤,得到了为混合物形式的(S)-2-氨基-2-苯基乙酸(H-Phg-OH)(3.7g)。

  向作为得到的混合物的(S)-2-氨基-2-苯基乙酸(H-Phg-OH)(3.7g)中加入水(20ml)和碳酸氢钠(5.0g,59.5mmol)搅拌之后,加入2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(4.0g,20.3mmol)的1,4-二噁烷溶液(20.0ml)。将反应液于25℃搅拌3小时之后,加入乙酸乙酯洗涤3次。之后,利用1M的盐酸水溶液将水层调整至达到pH2,利用乙酸乙酯萃取3次。汇总得到的有机层,利用饱和食盐水洗涤2次,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,进行减压浓缩。将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(二氯甲烷/甲醇)进行纯化,得到了(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-2-苯基乙酸(Pen-Phg-OH)(3.1g,66%,2个工序)。

  在氮气氛围中,将上述(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-2-苯基乙酸(Pen-Phg-OH)(1.5g,6.43mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(2.0g,15.5mmol)溶解于二氯甲烷(20ml)中,加入2-溴乙腈(4.00g,33.4mmol),于25℃搅拌2小时30分钟。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-2-苯基乙酸氰基甲酯(化合物pc26,Pen-Phg-OCH2CN)(0.692g,40%)。

  LCMS(ESI)m/z=273(M+H)+

  保留时间:0.67分钟(分析条件SQDFA05)

  2-(戊-4-烯酰胺)-2-苯基乙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc28,Pen-Phg-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(120ml)中,溶解磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.415mmol),加入(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-2-苯基乙酸氰基甲酯(化合物pc26,Pen-Phg-OCH2CN)(276mg,1.01mmol)的乙腈(3.6ml)溶液,于25℃搅拌4小时。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化之后,再次利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈)进行纯化,得到了2-(戊-4-烯酰胺)-2-苯基乙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc27)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物。

  向通过前面工序得到的化合物pc27与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(70mg)中,加入80%乙酸水溶液(1.4ml),于25℃搅拌7小时。将反应液利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc28,Pen-Phg-pCpA)(34mg,9%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=868(M+H)+

  保留时间:0.39分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-3-(二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(化合物pc29,Pen-MeSer(DMT)-OH)的合成

  

  向通过WO2013/100132中记载的方法合成的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)丙酸(Fmoc-MeSer(DMT)-OH)(3.0g,4.66mmol)中于0℃加入DMF(9.32ml)、1,8-二氮杂双环[5.4.0]-7-十一碳烯(DBU)(0.843ml,5.59mmol)之后,将反应液于25℃搅拌1小时。然后,向反应液于0℃加入DBU(1.76ml,11.7mmol)、戊-4-烯酰氯(1.03ml,9.32mmol),将反应液于0℃搅拌30分钟。将反应液利用反相硅胶柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了(S)-3-(二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(化合物pc29,Pen-MeSer(DMT)-OH)(1.50g,64%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=502(M-H)-

  保留时间:0.91分钟(分析条件SQDFA05)

  3-(二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc30,Pen-MeSer(DMT)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-3-(二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(化合物pc29,Pen-MeSer(DMT)-OH)(1.50g,2.98mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(2.60ml,14.9mmol)溶解于DMF(6.0ml),加入2-溴乙腈(0.623ml,8.94mmol),于25℃搅拌30分钟。向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,利用乙酸乙酯萃取,将得到的有机层用水洗涤,利用硫酸镁干燥,进行过滤。将有机溶剂减压浓缩之后,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了3-(二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc30,Pen-MeSer(DMT)-OCH2CN(1.30g,80%)。

  LCMS(ESI)m/z=543(M+H)+

  保留时间:0.57分钟(分析条件FA50)

  3-羟基-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc31,Pen-MeSer-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(120ml)中,溶解磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.415mmol),加入3-(二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc30,Pen-MeSer(DMT)-OCH2CN)(549mg,1.013mmol)的乙腈(3.6ml)溶液,于25℃搅拌3小时。将反应液冷冻干燥,向得到的粗产物加入溶剂量的80%乙酸水溶液,于25℃搅拌7小时。将反应液利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc31,Pen--MESer-pCpA)(7.0mg,2%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=836(M+H)+

  保留时间:0.28分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(甲基磺酰基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc32,Pen-Met(O2)-OH)的合成

  

  向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(甲基磺酰基)丁酸(Fmoc-Met(O2)-OH)(5.00g,12.4mmol)中加入20%哌啶的DMF溶液(80.0ml)后,将反应液于25℃搅拌3小时。然后,向反应液中加入乙醚(50ml),将混合物过滤,将得到的固体用乙醚及己烷洗涤,由此得到了作为粗产物的(S)-2-氨基-4-(甲基磺酰基)丁酸(H--Met(O2)-OH)(2.88g)。

  向水(40ml)与1,4-二噁烷(40ml)的混合溶剂中,加入作为得到的粗产物的(S)-2-氨基-4-(甲基磺酰基)丁酸(H--Met(O2)-OH)(2.88g)和2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(3.76g,19.1mmol)、碳酸氢钠(2.68g,31.9mmol)后,将反应液于25℃搅拌4小时。将反应液利用乙酸乙酯洗涤2次之后,利用1M的盐酸水溶液将水层调整至达到pH2,利用二氯甲烷萃取4次。汇总得到的有机层,利用饱和食盐水进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,进行减压浓缩。将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(二氯甲烷/甲醇)进行纯化,得到了(S)-4-(甲基磺酰基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(Pen-Met(O2)-OH)(2.4g,74%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=264(M+H)+

  保留时间:1.00分钟(分析条件SMD方法4)

  4-(甲基磺酰基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(S)-氰基甲酯(化合物pc33,Pen-Met(O2)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-4-(甲基磺酰基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(Pen-Met(O2)-OH)(1.80g,6.84mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(3.00g,23.2mmol)溶解于二氯甲烷(30ml),加入2-溴乙腈(3.28g,27.4mmol),于25℃搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了4-(甲基磺酰基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(S)-氰基甲酯(化合物pc33,Pen-Met(O2)-OCH2CN)(1.5g,73%)。

  LCMS(ESI)m/z=303(M+H)+

  保留时间:0.50分钟(分析条件SQDAA05)

  4-(甲基磺酰基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc34)的合成

  

  在缓冲液A(120ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.415mmol)的水溶液(3.6ml)、4-(甲基磺酰基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(S)-氰基甲酯(化合物pc33,Pen-Met(O2)-OCH2CN)(502mg,1.66mmol)的乙腈(3.6ml)溶液,于室温搅拌2小时。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc34)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(136mg)。

  LCMS(ESI)m/z=968.5(M+H)+

  保留时间:0.44分钟(分析条件SQDAA05)

  4-(甲基磺酰基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc35,Pen-Met(O2)-pCpA)的合成

  

  向通过前面工序得到的4-(甲基磺酰基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc34)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(70mg)中,加入80%乙酸水溶液(1.0ml),于室温搅拌2小时。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc35,Pen-Met(O2)-pCpA)(12.7mg,7%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=898(M+H)+

  保留时间:0.29分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-3-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸氰基甲酯(化合物pc36,Pen-Phe(3-Cl)-OCH2CN)的合成

  

  向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(3-氯苯基)丙酸(Fmoc-Phe(3-Cl)-OH)(5.00g,11.9mmol)中加入20%哌啶的DMF溶液(76ml)后,将反应液于25℃搅拌16小时。浓缩反应液之后,向得到的残渣加入乙醚,将混合物过滤,由此得到了作为粗产物的(S)-2-氨基-3-(3-氯苯基)丙酸(H--Phe(3-Cl)-OH)(2.22g)。

  向水(28ml)与1,4-二噁烷(28ml)的混合溶剂中,加入作为得到的粗产物的(S)-2-氨基-3-(3-氯苯基)丙酸(H--Phe(3-Cl)-OH)(2.22g)和2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(2.62g,13.3mmol),碳酸氢钠(1.86g,22.1mmol)后,将反应液于25℃搅拌16小时。将反应液利用乙酸乙酯洗涤2次之后,利用1M的盐酸水溶液将水层调整至达到pH2,利用二氯甲烷萃取3次。汇总得到的有机层,利用饱和食盐水进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,进行减压浓缩。将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(二氯甲烷/甲醇)进行纯化,得到了(S)-3-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(Pen-Phe(3-Cl)-OH)(1.5g,45%,2个工序)。

  在氮气氛围中,将(S)-3-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(Pen-Phe(3-Cl)-OH)(1.50g,5.32mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(1.37g,10.6mmol)溶解于二氯甲烷(24ml),加入2-溴乙腈(2.55g,21.3mmol)于25℃搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-3-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸氰基甲酯(化合物pc36,Pen-Phe(3-Cl)-OCH2CN)(0.767g,45%)。

  LCMS(ESI)m/z=321(M+H)+

  保留时间:0.87分钟(分析条件SQDAA05)

  3-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc37)的合成

  

  在缓冲液A(120ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(200mg,0.277mmol)的水溶液(3.0ml)、(S)-3-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸氰基甲酯(化合物pc36,Pen-Phe(3-Cl)-OCH2CN)(355mg,1.11mmol)的乙腈(3.0ml)溶液,于室温搅拌2小时。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc37)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(75mg)。

  LCMS(ESI)m/z=986(M+H)+

  保留时间:0.77分钟(分析条件SQDAA05)

  3-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc38,Pen-Phe(3-Cl)-pCpA)的合成

  

  向通过前面工序得到的3-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc37)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(40mg)中,加入80%乙酸水溶液(0.80ml),于室温搅拌6小时。将反应液利用反相硅胶柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)纯化之后,再次利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,由此得到了标题化合物(化合物pc38,Pen-Phe(3-Cl)-pCpA)(7.5mg,6%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=914(M-H)-

  保留时间:0.47分钟(分析条件SQDFA05)

  3-(4-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc41,Pen-MePhe(4-Cl)-OCH2CN)的合成

  依照下述方案进行了合成。

  

  将(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-3-(4-氯苯基)丙酸(Boc-Phe(4-Cl)-OH)(4.00g,13.3mmol)溶解于四氢呋喃(THF)(120ml)之后,于0℃加入氢化钠(1.60g,40.0mmol,60%油分散)、碘甲烷(9.48g,66.8mmol)。将反应液使用油浴于30℃搅拌2天之后,利用冰水(50ml)使反应终止。将混合溶液利用乙酸乙酯洗涤3次之后,使用硫酸氢钠将水层调整为pH3-4,利用乙酸乙酯萃取3次。汇总有机层,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,浓缩,得到的残渣利用正相硅胶柱层析(二氯甲烷/甲醇)进行纯化,得到了(S)-2-((叔丁氧羰基)(甲基)氨基)-3-(4-氯苯基)丙酸(化合物pc39,Boc-MePhe(4-Cl)-OH)(2.20g,53%)。

  在氮气氛围中,向通过前面工序得到的(S)-2-((叔丁氧羰基)(甲基)氨基)-3-(4-氯苯基)丙酸(化合物pc39,Boc-MePhe(4-Cl)-OH)(1.50g,4.78mmol)的二氯甲烷(80ml)溶液中,加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(1.24g,9.59mmol)及2-溴乙腈(2.28g,19.0mmol),于25℃搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-2-((叔丁氧羰基)(甲基)氨基)-3-(4-氯苯基)丙酸氰基甲酯(化合物pc40,Boc-MePhe(4-Cl)-OCH2CN)(1.45g,86%)。

  将通过前面工序得到的(S)-2-((叔丁氧羰基)(甲基)氨基)-3-(4-氯苯基)丙酸氰基甲酯(化合物pc40,Boc-MePhe(4-Cl)-OCH2CN)(1.30g,3.68mmol)溶解于二氯甲烷(50ml)中,鼓入盐酸气体而于20℃搅拌1小时。将反应液浓缩,得到了为混合物形式的(S)-3-(4-氯苯基)-2-(甲基氨基)丙酸氰基甲酯(1.06g)。

  通过前面工序得到的(S)-3-(4-氯苯基)-2-(甲基氨基)丙酸氰基甲酯的混合物(0.96g)溶解于二氯甲烷(50ml)中,于0℃加入三乙胺(840mg,8.30mmol)后,滴加了戊-4-烯酰氯(472mg,3.98mmol)的二氯甲烷溶液(10ml)。将反应液于20℃搅拌2小时之后,浓缩,得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了3-(4-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc41,Pen-MePhe(4-Cl)-OCH2CN)(0.918g,83%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=335(M+H)+

  保留时间:2.21分钟(分析条件SMD方法5)

  3-(4-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc42)的合成

  

  在缓冲液A(115ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(200mg,0.277mmol)的水溶液(6.25ml)、(S)-3-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸氰基甲酯(化合物pc36,Pen-Phe(3-Cl)-OCH2CN)(371mg,1.11mmol)的乙腈(3.1ml)溶液,于室温搅拌2小时。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc42)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(277mg)。

  LCMS(ESI)m/z=1000(M+H)+

  保留时间:0.58分钟(分析条件SQDFA05)

  3-(4-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc43)的合成

  

  向通过前面工序得到的3-(4-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc42)与N,N,N-三甲基十六烷-1-铵氯化物的混合物(277mg)中,加入80%乙酸水溶液(4.0ml),于室温搅拌4小时。将反应液利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc43,Pen-MePhe(4-Cl)-pCpA)(119mg,46%,2个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=928(M-H)-

  保留时间:0.52分钟(分析条件SQDFA05)

  4-(甲硫基)-4-氧代-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc44,Pen-Asp(SMe)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(200ml)中,溶解磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.55mmol),加入通过文献记载(WO2013/100132)的方法合成的4-(甲硫基)-4-氧代-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(S)-氰基甲酯(630mg,2.22mmol)的THF溶液(4.0ml),于室温搅拌1小时。进一步向反应液中加入三氟乙酸(4.6ml,60mmol),将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc44,Pen-Asp(SMe)-pCpA)(20mg,4.2%)。

  LCMS(ESI)m/z=880.4(M+H)+

  保留时间:0.38分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc50(Pen-Ser(nPr)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-(戊-4-烯酰基)-O-丙基-L-丝氨酸酯(化合物pc50,Pen-Ser(nPr)-pCpA)的合成

  

  向作为在N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-丙基-L-丝氨酸(Fmoc-Ser(nPr)-OH,化合物aa51)的合成过程中得到的中间体的O-丙基-L-丝氨酸(H-Ser(nPr)-OH)(2.5g,13.61mmol)和2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(6.7g,33.98mmol)及碳酸氢钠(2.9g,34.52mmol)中,加入1,4-二噁烷/水(50ml/50ml),于室温搅拌16小时。之后,用乙醚洗涤,将水层的pH调节至5后,将水层利用二氯甲烷进行萃取。将萃取的有机层利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了N-(戊-4-烯酰基)-O-丙基-L-丝氨酸(Pen-Ser(nPr)-OH)(2.3g,74%)。

  将得到的N-(戊-4-烯酰基)-O-丙基-L-丝氨酸(Pen-Ser(nPr)-OH)(2.3g,10.03mmol)和N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(2.6g,20.16mmol)及2-溴乙腈(4.8g,40.02mmol)溶解于二氯甲烷(50ml)中,于室温搅拌16小时。之后,利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-O-丙基-L-丝氨酸酯(Pen-Ser(nPr)-OCH2CN)(1.8g,67%)。

  接着,在缓冲液A(18ml)中加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)及氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-O-丙基-L-丝氨酸酯(Pen-Ser(nPr)-OCH2CN)(334mg,1.24mmol),于室温搅拌1小时。之后,向反应液中添加三氟乙酸(TFA)(1.7ml),将该反应液冷冻干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc50,Pen-Ser(nPr)-OH)(61.4mg,8%)。

  LCMS(ESI)m/z=865(M+H)+

  保留时间:0.40分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc51(Pen-MeSer(nPr)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-丙基-L-丝氨酸酯(化合物pc51,Pen-MeSer(nPr)-pCpA)的合成

  

  将N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-丙基-L-丝氨酸(Fmoc-MeSer(nPr)-OH,化合物aa52)(10g,22.70mmol)溶解于二甲基甲酰胺(DMF)(128ml)中,加入哌啶(32ml),于室温搅拌3小时。之后,将反应液利用乙醚(500ml)稀释,回收析出的固体,由此得到了N-甲基-O-丙基-L-丝氨酸(H-MeSer(nPr)-OH)。

  向得到的N-甲基-O-丙基-L-丝氨酸(H-MeSer(nPr)-OH)和2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(7.88g,40.0mmol)及碳酸氢钠(3.36g,40.0mmol)中加入1,4-二噁烷/水(10ml/10ml),于室温搅拌16小时。之后,用乙醚洗涤2次,向水层中加入盐酸水溶液(1M)使为pH1。将水层利用二氯甲烷萃取2次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤后减压浓缩。将得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯=100/0→30/70)进行纯化,得到了N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-丙基-L-丝氨酸(Pen-MeSer(nPr)-OH)(2.7g,43%)。

  将得到的N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-丙基-L-丝氨酸(Pen-MeSer(nPr)-OH)(2.7g,11.1mmol)和N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(2.85g,22.1mmol)及2-溴乙腈(5.30g,44.2mmol)溶解于二氯甲烷(60ml)中,于室温搅拌16小时。之后,利用减压浓缩除去溶剂,将得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯=100/0→40/60)进行纯化,得到了氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-丙基-L-丝氨酸酯(Pen-MeSer(nPr)-OCH2CN)(2.22g,71%)。

  接着,将磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.56mmol)溶解于水(3.0ml)中,加入缓冲液A(100ml)中。向该水溶液中添加先前得到的氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-丙基-L-丝氨酸酯(Pen-MeSer(nPr)-OCH2CN)(625mg,2.21mmol)的四氢呋喃溶液(3.0ml),于室温搅拌1小时。之后,向反应液中添加三氟乙酸(2.3ml),将该反应液冷冻干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(pc51,Pen-MeSer(nPr)-pCpA)(69mg,14%)。

  LCMS(ESI)m/z=878.4(M+H)+

  保留时间:10.393分钟(分析条件SMD方法21)

  LCMS(ESI)m/z=878.5(M+H)+

  保留时间:10.910分钟(分析条件SMD方法21)

  化合物pc52(Pen-Ser(iPen)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-异戊基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc52,Pen-Ser(iPen)-pCpA)的合成

  

  向作为N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-异戊基-L-丝氨酸(Fmoc-Ser(iPen)-OH,化合物aa54)的合成过程中得到的中间体的O-异戊基-L-丝氨酸(H-Ser(iPen)-OH)(2.0g,11.43mmol)和2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(4.5g,22.86mmol)及碳酸氢钠(1.92g,22.86mmol)中加入1,4-二噁烷/水(10ml/10ml),于室温搅拌16小时。之后,将反应液用乙醚洗涤2次,向水层中加入1M盐酸水溶液使pH为2。将该水层利用二氯甲烷萃取2次,将得到的有机层利用无水硫酸镁进行干燥之后,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯=100/0→30/70)进行纯化,得到了O-异戊基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(Pen-Ser(iPen)-OH)(2.69g,89%)。

  将得到的O-异戊基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(Pen-Ser(iPen)-OH)(2.62g,10.19mmol)和N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(2.63g,20.38mmol)及2-溴乙腈(4.89g,40.78mmol)溶解于二氯甲烷(60ml)中,于室温搅拌16小时。之后,利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯=100/0->40/60)进行纯化,得到了氰基甲基O-异戊基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(Pen-Ser(iPen)-OCH2CN)(2.22g,71%)。

  接着,在缓冲液A(75ml)中加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)及氰基甲基O-异戊基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(Pen-Ser(iPen)-OCH2CN)(369mg,1.25mmol),于室温搅拌1小时。之后,向反应液中添加三氟乙酸(1.7ml),将该反应液冷冻干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc52,Pen-Ser(iPen)-pCpA)(44.1mg,6%)。

  LCMS(ESI)m/z=893(M+H)+

  保留时间:0.44分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc53(Pen-MeSer(iPen)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-异戊基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc53,Pen-MeSer(iPen)-pCpA)的合成

  

  将N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-异戊基-N-甲基-L-丝氨酸(Fmoc-MeSer(iPen)-OH,化合物aa55)(18g,43.74mmol)溶解于二甲基甲酰胺(126ml)中,加入哌啶(54ml),于室温搅拌3小时。之后,回收析出的固体,由此得到了O-异戊基-N-甲基-L-丝氨酸(H-MeSer(iPen)-OH)。

  向得到的O-异戊基-N-甲基-L-丝氨酸(H-MeSer(iPen)-OH)和2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(15.6g,79.11mmol)及碳酸氢钠(4.4g,52.37mmol)中加入1,4-二噁烷/水(100ml/100ml),于室温搅拌16小时。之后,用乙醚洗涤2次,向水层中加入盐酸水溶液使为pH1。将水层利用二氯甲烷萃取2次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤后减压浓缩。将得到的残渣利用柱层析(石油醚/乙酸乙酯=2/1)进行纯化,得到了O-异戊基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(Pen-MeSer(iPen)-OH)(5.6g,78%)。

  将得到的O-异戊基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(Pen-MeSer(iPen)-OH)(4.0g,14.74mmol)和N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(3.8g,29.4mmol)及2-溴乙腈(7.08g,59.03mmol)溶解于二氯甲烷(80ml)中,于室温搅拌16小时。之后,利用减压浓缩除去溶剂,将得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯=2/1)进行纯化,得到了氰基甲基O-异戊基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(Pen-MeSer(iPen)-OCH2CN)(2g,44%)。

  接着,将磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.55mmol)溶解于缓冲液A(100ml)中,添加先前得到的氰基甲基O-异戊基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(Pen-MeSer(iPen)-OCH2CN)(686mg,2.21mmol),于室温搅拌2小时。之后,向反应液中添加三氟乙酸(2.3ml),将该反应液冷冻干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc53,Pen-MeSer(iPen)-pCpA)(59mg,6%)。

  LCMS(ESI)m/z=907(M+H)+

  保留时间:0.53分钟(分析条件SQDFA05)

  O-乙基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸(化合物pc54,Pen-Hse(Et)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-乙基-L-高丝氨酸(Fmoc-Hse(Et)-OH,购自渡边化学工业)(200mg,0.541mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液(2.0ml)中,于室温加入了4-(3-苯基丙基)哌啶(0.229ml,1.083mmol)。将反应液于室温搅拌7小时之后,进一步加入4-(3-苯基丙基)哌啶(0.229ml,1.083mmol),于室温搅拌2小时。向反应液中加入水,用己烷洗涤,将得到的水层利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-乙基-L-高丝氨酸(H-Hse(Et)-OH)(78mg,98%)。

  在氮气氛围中,向O-乙基-L-高丝氨酸(H-Hse(Et)-OH)(78mg,0.530mmol)的水溶液(2.0ml)中于室温加入碳酸钠(129mg,1.219mmol),搅拌至反应液变得透明。向反应液于室温滴加戊-4-烯酰氯(0.93ml,8.39mmol)的四氢呋喃(THF)溶液(2.0ml),搅拌2小时。于室温向反应液进一步加入戊-4-烯酰氯(0.93ml,8.39mmol)、碳酸钠(129mg,1.219mmol),搅拌13小时。向反应液中加入甲酸(0.203ml),通过减压浓缩除去四氢呋喃(THF),用水稀释。将得到的溶液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-乙基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸(化合物pc54,Pen-Hse(Et)-OH)(93mg,77%)。

  LCMS(ESI)m/z=230(M+H)+

  保留时间:0.45分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基O-乙基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸酯(化合物pc55,Pen-Hse(Et)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向O-乙基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸(化合物pc54,Pen-Hse(Et)-OH)(93mg,0.406mmol)的乙腈溶液(1.0ml)中加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.213ml,1.217mmol)、2-溴乙腈(0.170ml,2.434mmol),于室温搅拌2小时30分钟。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,定量地得到了氰基甲基O-乙基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸酯(化合物pc55,Pen-Hse(Et)-OCH2CN)(110mg)。

  LCMS(ESI)m/z=269(M+H)+

  保留时间:0.56分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-乙基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸酯(化合物pc56,Pen-Hse(Et)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(25ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(50mg,0.069mmol)的水溶液(2.5ml)、氰基甲基O-乙基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸酯(化合物pc55,Pen-Hse(Et)-OCH2CN)(37.1mg,0.138mmol)的乙腈溶液(1.25ml),于室温搅拌3小时。于0度向反应液中加入三氟乙酸(0.5ml),于0度搅拌1小时30分钟。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(pc56,Pen-Hse(Et)-pCpA)(14.0mg,2个工序23%)。

  LCMS(ESI)m/z=865(M+H)+

  保留时间:0.38分钟(分析条件SQDFA05)

  O-乙基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸(化合物pc57,Pen-MeHse(Et)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-乙基-N-甲基-L-高丝氨酸(化合物aa106,Fmoc-MeHse(Et)-OH)(101mg,0.263mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液(1.0ml)中,于室温加入了4-(3-苯基丙基)哌啶(0.112ml,0.527mmol)。将反应液于室温搅拌7小时之后,进一步加入4-(3-苯基丙基)哌啶(0.112ml,0.527mmol),于室温搅拌2小时。向反应液中加入水,用己烷洗涤,将得到的水层利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-乙基-N-甲基-L-高丝氨酸(H-MeHse(Et)-OH)(31mg,73%)。

  在氮气氛围中,向O-乙基-N-甲基-L-高丝氨酸(H-MeHse(Et)-OH)(30mg,0.186mmol)的水溶液(700μl)中于室温加入碳酸钠(45.4mg,0.428mmol),搅拌至反应液变为透明。向反应液中于室温滴加戊-4-烯酰氯(41.2μl,0.372mmol)的四氢呋喃(THF)溶液(0.7ml),搅拌2小时。于室温向反应液进一步加入戊-4-烯酰氯(41.2μl,0.372mmol),碳酸钠(45.4mg,0.428mmol),搅拌13小时,再次于室温向反应液中加入戊-4-烯酰氯(41.2μl,0.372mmol)、碳酸钠(45.4mg,0.428mmol),搅拌5小时30分钟。向反应液中加入甲酸(0.107ml),通过减压浓缩除去四氢呋喃(THF),用水进行稀释。将得到的溶液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-乙基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸(化合物pc57,Pen-MeHse(Et)-OH)(24mg,2个工序53%)。

  LCMS(ESI)m/z=244(M+H)+

  保留时间:0.51分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基O-乙基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸酯(化合物pc58,Pen-MeHse(Et)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向O-乙基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸(化合物pc57,Pen-MeHse(Et)-OH)(22mg,0.090mmol)的乙腈溶液(0.5ml)中加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.047ml,0.271mmol)、2-溴乙腈(0.038ml,0.543mmol),于室温搅拌5小时30分钟。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,定量地得到了氰基甲基O-乙基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸酯(化合物pc58,Pen-MeHse(Et)-OCH2CN)(26mg)。

  LCMS(ESI)m/z=283(M+H)+

  保留时间:0.64分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-乙基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸酯(化合物pc59,Pen-MeHse(Et)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(20ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(33.3mg,0.046mmol)的水溶液(2.0ml)、氰基甲基O-乙基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-高丝氨酸酯(化合物pc38,Pen-MeHse(Et)-OCH2CN)(26.0mg,0.092mmol)的乙腈溶液(1.0ml),于室温搅拌3小时。于0度向反应液中加入三氟乙酸(0.4ml),于0度搅拌3小时。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc59,Pen-MeHse(Et)-pCpA)(10.0mg,2个工序25%)。

  LCMS(ESI)m/z=879(M+H)+

  保留时间:0.42分钟(分析条件SQDFA05)

  O-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc60,Pen-Ser(Me)-OH)的合成

  

  向市售的O-甲基-L-丝氨酸(H-Ser(Me)-OH,购自渡边化学工业)(500mg,4.20mmol)的水溶液(4.0ml)中于室温加入碳酸钠(1.02g,9.65mmol),搅拌至溶液变为透明后,加入四氢呋喃(THF)(4.0ml)、戊-4-烯酰氯(0.93ml,8.39mmol)。将反应液于室温搅拌2小时20分钟之后,加入戊-4-烯酰氯(0.93ml,8.39mmol)、碳酸钠(1.02g,9.65mmol),于室温进一步搅拌2小时。将反应液用水稀释,加入甲酸(1.61ml),通过减压浓缩除去四氢呋喃(THF)。将得到的溶液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc60,Pen-Ser(Me)-OH)(583mg,69%)。

  LCMS(ESI)m/z=202(M+H)+

  保留时间:0.36分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基O-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc61,Pen-Ser(Me)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向O-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc60,Pen-Ser(Me)-OH)(300mg,1.491mmol)的乙腈溶液(3.0ml)中加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.781ml,4.47mmol)、2-溴乙腈(0.623ml,8.95mmol),于室温搅拌4小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基O-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc61,Pen-Ser(Me)-OCH2CN)(283mg,79%)。

  LCMS(ESI)m/z=241(M+H)+

  保留时间:0.48分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc62,Pen-Ser(Me)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(50ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(100mg,0.138mmol)的水溶液(5.0ml)、氰基甲基O-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc61,Pen-Ser(Me)-OCH2CN)(66.5mg,0.277mmol)的乙腈溶液(2.5ml),于室温搅拌4小时。于0度向反应液中加入三氟乙酸(1.0ml),于0度搅拌1小时30分钟。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc62,Pen-Ser(Me)-pCpA)(14.0mg,2个工序12%)。

  LCMS(ESI)m/z=837(M+H)+

  保留时间:0.35分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-氨基-7,7-二氟庚酸(化合物pc63,H-Hnl(7-F2)-OH)的合成

  

  将(S)-2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基氨基)-7,7-二氟庚酸(化合物aa58,Fmoc-Hnl(7-F2)-OH)(143mg,0.348mmol)溶解于二氯甲烷(696μl)中,加入4-(3-苯基丙基)哌啶(221μl,1.043mmol)和水(1ml),于室温搅拌4小时。将得到的反应液直接利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-氨基-7,7-二氟庚酸(化合物pc63,H-Hnl(7-F2)-OH)(29.4mg,47%)。

  LCMS(ESI)m/z=182(M+H)+

  保留时间:0.24分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-7,7-二氟-2-(戊-4-烯酰胺)庚酸(化合物pc64,Pen-Hnl(7-F2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向已经记载于实施例中的(S)-2-氨基-7,7-二氟庚酸(化合物pc63,H-Hnl(7-F2)-OH)(14.7mg,0.081mmol)、碳酸钠(17.2mg,0.162mmol)中于室温加入水(243μl)、1,4-二噁烷(162μl),搅拌之后,于室温向反应液滴加戊-4-烯酰氯(18μl,0.081mmol),搅拌30分钟。向反应液中加入2N盐酸水溶液至达到pH=2,利用乙酸乙酯萃取,用饱和食盐水洗涤得到的有机层之后,减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-7,7-二氟-2-(戊-4-烯酰胺)庚酸(化合物pc64,Pen-Hnl(7-F2)-OH)(10mg,47%)。

  LCMS(ESI)m/z=264(M+H)+

  保留时间:0.59分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-7,7-二氟-2-(戊-4-烯酰胺)庚酸氰基甲酯(化合物pc65,Pen-Hnl(7-F2)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-7,7-二氟-2-(戊-4-烯酰胺)庚酸(化合物pc64,Pen-Hnl(7-F2)-OH)(25.2mg,0.096mmol)的二甲基甲酰胺(DMF)溶液(479μl)中,于0度加入2-溴乙腈(6.67μl,0.096mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(25μl,0.144mmol),搅拌1小时。于0度向反应液进一步加入2-溴乙腈(0.667μl,0.0096mmol),搅拌10分钟。将向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,用叔丁基甲基醚(TBME)进行萃取,用饱和食盐水洗涤有机层之后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,将得到的粗产物利用正相硅胶层析法(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-7,7-二氟-2-(戊-4-烯酰胺)庚酸氰基甲酯(化合物pc65,Pen-Hnl(7-F2)-OCH2CN)(21.2mg,73%)。

  LCMS(ESI)m/z=303(M+H)+

  保留时间:0.67分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-7,7-二氟-2-(戊-4-烯酰胺)庚酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc66,Pen-Hnl(7-F2)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(3.6ml)中,向磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(12.67mg,0.18mmol)的水溶液(0.2ml)中加入作为上述粗产物的(S)-7,7-二氟-2-(戊-4-烯酰胺)庚酸氰基甲酯(化合物pc65,Pen-Hnl(7-F2)-OCH2CN)(21.2mg,0.070mmol)的乙腈溶液(0.1ml),于室温搅拌2小时。于室温向反应液中加入乙酸(3.6ml),搅拌2小时。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(2S)-7,7-二氟-2-(戊-4-烯酰胺)庚酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc66,Pen-Hnl(7-F2)-pCpA)(6.0mg,2个工序38%)。

  LCMS(ESI)m/z=898(M+H)+

  保留时间:0.43分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-7,7-二氟-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)庚酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc70,Pen-MeHnl(7-F2)-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-7,7-二氟庚酸(化合物aa59,Fmoc-MeHnl(7-F2)-OH)(1.17g,2.80mmol)的N,N-二甲基甲酰胺溶液(16ml)中于室温加入哌啶(4ml,2.272mmol),搅拌16小时。向反应液中加入乙醚(100ml),搅拌30分钟。将反应液过滤,以白色固体的形式得到了(2S)-7,7-二氟-2-(甲基氨基)庚酸(化合物pc67,H-MeHnl(7-F2)-OH)(441mg,81%)。

  在氮气氛围中,将(2S)-7,7-二氟-2-(甲基氨基)庚酸(化合物pc67,H-MeHnl(7-F2)-OH)(412mg,2.11mmol)和2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(1.24g,6.29mmol)和碳酸钠(706mg,8.40mmol)的水/1,4-二噁烷溶液(1/1,20ml)于室温搅拌16小时。反应溶液用乙醚洗涤2次,利用1N盐酸水溶液将水层的pH调节为pH为2。水层利用二氯薄荷烷萃取两次,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥后,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用正相硅胶层析法(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(2S)-7,7-二氟-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)庚酸(化合物pc68,Pen-MeHnl(7-F2)-OH)(300mg,51%)。

  在氮气氛围中,向以如上述进行操作而得到的(2S)-7,7-二氟-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)庚酸(化合物pc68,Pen-MeHnl(7-F2)-OH)(1.07g,3.86mmol)的二氯甲烷溶液(30ml)中加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(996mg,7.72mmol)、2-溴乙腈(1.84g,15.34mmol),于室温搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(2S)-7,7-二氟-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)庚酸氰基甲酯(化合物pc69,Pen-MeHnl(7-F2)-OCH2CN)(613mg,50%)的混合物。

  在缓冲液A(25ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)的水溶液(75ml)、利用上述方法得到的(2S)-7,7-二氟-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)庚酸氰基甲酯(化合物pc69,Pen-MeHnl(7-F2)-OCH2CN)(528mg,1.75mmol)的乙腈溶液(3ml),于室温搅拌2小时。向反应溶液中加入三氟乙酸(1.6ml),将反应液冷冻干燥。将残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc70,Pen-MeHnl(7-F2)-pCpA)(32mg,2个工序8%)。

  LCMS(ESI)m/z=912(M+H)+

  保留时间:0.48分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物pc71,Pen-Ser(F(4)nPr)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,已经记载于实施例中的O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(H-Ser(F(4)nPr)-OH)(200mg,0.913mmol),碳酸钠(193mg,1.825mmol)于室温加入水(2.7ml),1,4-二噁烷(1.8ml),搅拌之后,向反应液戊-4-烯酰氯(0.202ml,1.825mmol)-于室温滴加,搅拌30分钟。向反应液中加入2N盐酸水溶液至达到pH=2,利用乙酸乙酯萃取,利用饱和食盐水进行洗涤后,将得到的有机层减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物pc71,Pen-Ser(F(4)nPr)-OH)(180.9mg,66%)。

  LCMS(ESI)m/z=302(M+H)+

  保留时间:0.56分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc72,Pen-Ser(F(4)nPr)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物pc71,Pen-Ser(F(4)nPr)-OH)(180.9mg,0.601mmol)的二甲基甲酰胺(DMF)溶液(1.5ml)中于0度加入2-溴乙腈(41.9μl,0.60lmmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.157ml,0.901mmol),搅拌1小时。向反应液中于0度进一步加入2-溴乙腈(8.38μl,0.120mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.157ml,0.901mmol),搅拌1小时30分钟。向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,用叔丁基甲基醚(TBME)进行萃取,利用饱和食盐水进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,由此得到了作为粗产物的氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc72,Pen-Ser(F(4)nPr)-OCH2CN)(150mg)。

  LCMS(ESI)m/z=341(M+H)+

  保留时间:0.67分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc73,Pen-Ser(F(4)nPr)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(23ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(80.0mg,0.110mmol)的水溶液(1.2ml)、作为上述粗产物的氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc72,Pen-Ser(F(4)nPr)-OCH2CN)(150mg)的乙腈溶液(0.616ml),于室温搅拌2小时。于室温向反应液中加入乙酸(23.0ml),搅拌4小时30分钟。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc73,Pen-Ser(F(4)nPr)-pCpA)(16.3mg,2个工序16%)。

  LCMS(ESI)m/z=936(M+H)+

  保留时间:0.43分钟(分析条件SQDFA05)

  甲基N-甲基-N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc74,NS-MeSer(F(4)nPr)-OMe)的合成

  

  在氮气氛围中,向已经记载于实施例中的甲基N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物aa70,Ns-Ser(F(4)nPr)-OMe)(1.0g,2.391mmol)和三苯基膦(PPH3)(1.25g,4.78mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液(40ml)中,于0度滴加一边加入脱水甲醇(MeOH)(0.145ml,3.95mmol)、40%偶氮二甲酸二乙酯(DEAD)甲苯溶液(2.17ml,购自东京化成工业)之后,于室温搅拌1小时。向反应液中加入甲酸(0.917ml),减压浓缩而得到的残渣利用二甲基亚砜(DMSO)稀释,利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,由此得到了甲基N-甲基-N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc74,NS-MeSer(F(4)nPr)-OMe)(625mg,61%)。

  LCMS(ESI)m/z=433(M+H)+

  保留时间:0.80分钟(分析条件SQDFA05)

  N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物pc75,Pen-MeSer(F(4)nPr)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向甲基N-甲基-N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc74,NS-MeSer(F(4)nPr)-OMe)(100mg,0.231mmol)的二氯乙烷(DCE)溶液(0.771ml)中,于室温加入氢氧化三甲基锡(84mg,0.463mmol),于60度搅拌20小时。将反应液利用乙酸乙酯稀释,利用1N盐酸水溶液、饱和食盐水进行洗涤后,利用无水硫酸镁进行干燥,过滤,减压浓缩而得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,以混合物的形式得到了N-甲基-N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(NS-MeSer(F(4)nPr)-OH)(88mg)。

  向作为上述混合物的N-甲基-N-((2-硝基苯基)磺酰)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(NS-MeSer(F(4)nPr)-OH)(44mg)的乙腈溶液(0.5ml)中于室温加入碳酸钾(72.7mg,0.526mmol)、硫代苯酚(PhSH)(32.3μl,0.316mmol),搅拌2小时30分钟。向反应液中加入甲酸(40.3μl)、叔丁基甲基醚(TBME)/己烷=1/4,用水进行萃取。将得到的水层利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-甲基-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(H-MeSer(F(4)nPr)-OH)(15mg,2个工序55%)。

  向上述N-甲基-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(H-MeSer(F(4)nPr)-OH)(12mg,0.051mmol)的水溶液(650μl)中于室温加入碳酸钠(12.6mg,0.118mmol),搅拌至反应液变为透明之后,于室温滴加四氢呋喃(THF)(650μl)、戊-4-烯酰氯(11.4μl,0.103mmol),搅拌5小时30分钟。向反应液中进一步于室温加入戊-4-烯酰氯(11.4μl,0.103mmol)、碳酸钠(12.6mg,0.118mmol),搅拌13小时30分钟。向反应液中加入甲酸(19.7μl),使用旋转蒸发仪,在减压下除去四氢呋喃(THF)。将得到的水层利用二甲基亚砜(DMSO)稀释之后,利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物pc75,Pen-MeSer(F(4)nPr)-OH)(15mg,92%)。

  LCMS(ESI)m/z=316(M+H)+

  保留时间:0.63分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc76,Pen-MeSer(F(4)nPr)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸(化合物pc75,Pen-MeSer(F(4)nPr)-OH)(53mg,0.168mmol)的乙腈溶液(0.5ml)中于室温加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(88μl,0.504mmol)、2-溴乙腈(70.3μl,1.009mmol),搅拌1小时30分钟。将反应液减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc76,Pen-MeSer(F(4)nPr)-OCH2CN)(57mg,96%)。

  LCMS(ESI)m/z=355(M+H)+

  保留时间:0.74分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc77,Pen-MeSer(F(4)nPr)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(16ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(30.0mg,0.042mmol)的水溶液(1.2ml)、氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2,2,3,3-四氟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc76,Pen-MeSer(F(4)nPr)-OCH2CN)(29.4mg,0.083mmol)的乙腈溶液(0.6ml),于室温搅拌2小时30分钟。于0度向反应液中加入三氟乙酸(TFA)(320μl),搅拌30分钟。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc77,Pen-MeSer(F(4)nPr)-pCpA)(10mg,2个工序25%)。

  LCMS(ESI)m/z=948(M-H)-

  保留时间:0.47分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-2-氨基-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(化合物pc78,H-Nle(6-OTHP)-OH)的合成

  

  将(2S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(化合物aa107,Fmoc-Nle(6-OTHP)-OH)(150mg,0.331mmol)溶解于N,N-二甲基甲酰胺(1.65ml)后,加入哌啶(84mg,0.992mmol),于室温搅拌3小时。将得到的反应液利用直接反相柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了(2S)-2-氨基-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(化合物pc78,H-Nle(6-OH)-OH)(51mg,67%)。

  LCMS(ESI)m/z=230(M-H)-

  保留时间:0.45分钟(分析条件SQDAA05)

  (2S)-2-(戊-4-烯酰胺)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(化合物pc79,Pen-Nle(6-OTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(2S)-2-氨基-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(化合物pc78,H-Nle(6-OH)-OH)(51mg,0.221mmol)、碳酸钠(25.7mg,0.243mmol)中于室温加入水(1.1ml)、四氢呋喃(1.1ml),搅拌之后,向反应液滴加戊-4-烯酰氯(36.5μl,0.331mmol),于室温搅拌48小时。向反应液中加入20%硫酸氢钾水溶液,利用乙酸乙酯萃取,将得到的有机层减压浓缩,以粗产物的形式得到了(2S)-2-(戊-4-烯酰胺)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(化合物pc79,Pen-Nle(6-OTHP)-OH)(70mg)。

  LCMS(ESI)m/z=312(M-H)-

  保留时间:0.71分钟(分析条件SQDAA05)

  (2S)-2-(戊-4-烯酰胺)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸氰基甲酯(化合物pc80,Pen-Nle(6-OTHP)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向(2S)-2-(戊-4-烯酰胺)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(化合物pc79,Pen-Nle(6-OTHP)-OH)(70mg,0.223mmol)的二甲基甲酰胺(DMF)溶液(1.12ml)中,于0度加入2-溴乙腈(31.2μl,0.447mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(62.3μl,0.447mmol),搅拌2小时。向反应液中加入水,利用乙酸乙酯萃取,将利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,将得到的粗产物利用正相硅胶层析法(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(2S)-2-(戊-4-烯酰胺)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸氰基甲酯(化合物pc80,Pen-Nle(6-OTHP)-OCH2CN)(43mg,55%)。

  LCMS(ESI)m/z=375(M+NA)+

  保留时间:0.83分钟(分析条件SQDAA05)

  2-(戊-4-烯酰胺)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(2S,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc81,Pen-Nle(6-OTHP)-pCpA(THF)的合成

  

  在缓冲液A(13.88ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(22.04mg,0.122mmol)的四氢呋喃(458μl)和水(915μl)的溶液,加入2-(戊-4-烯酰胺)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(2S)-氰基甲酯(化合物pc80,Pen-Nle(6-OTHP)-OCH2CN)(43mg,0.122mmol),于室温搅拌2小时。通过冷冻干燥蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)简单纯化,得到了标题化合物(化合物pc81,Pen-Nle(6-OTHP)-pCpA(THF))(40mg)。

  LCMS(ESI)m/z=1016(M-H)-

  保留时间:0.61分钟(分析条件SQDFA05)

  6-羟基-2-(戊-4-烯酰胺)己酸(2S,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc82,Pen-Nle(6-OH)-pCpA)的合成

  

  将2-(戊-4-烯酰胺)-6-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)己酸(2S,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc81,Pen-Nle(6-OTHP)-pCpA(THF)(32mg,0.031mmol)溶解于80%乙酸水溶液(1.05ml)中,搅拌1小时。之后,加入三氟乙酸(4.81μl,0.063mmol)搅拌1小时。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc82,Pen-Nle(6-OH)-pCpA)(10.0mg,37%)。

  LCMS(ESI)m/z=864(M+H)+

  保留时间:0.33分钟(分析条件SQDFA05)

  O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc83,H-Ser(EtOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa142,Fmoc-Ser(EtOTHP)-OH)(0.50g,1.10mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(6.40ml)溶液中,加入哌啶(1.60ml),于室温搅拌3小时。向反应液中加入乙醚/己烷(20.0ml/20.0ml),将析出的固体回收,以粗产物的形式得到了O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc83,H-Ser(EtOTHP)-OH)(0.10g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc84,Pen-Ser(EtOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc83,H-Ser(EtOTHP)-OH)(0.20g,0.86mmol)溶解于1,4-二噁烷(4.00ml)/水(4.00ml)中后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(0.34g,1.86mmol)和碳酸氢钠(0.15g,1.79mmol),于室温搅拌16小时。反应完全之后,利用乙酸乙酯洗涤3次,将水层冷冻干燥,由此以粗产物的形式得到了N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc84,Pen-Ser(EtOTHP)-OH)(0.76g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc85,Pen-Ser(EtOTHP)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc84,Pen-Ser(EtOTHP)-OH)(0.16g,0.49mmol)、溴乙腈(0.24g,1.97mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.13mg,0.98mmol)溶解于二氯甲烷(10.0ml)/N,N-二甲基甲酰胺(1.00ml),于25度搅拌16小时。将反应液浓缩,将残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc85,Pen-Ser(EtOTHP)-OCH2CN)(0.08g,16%)。

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(2-羟乙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc86,Pen-Ser(EtOH)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(100ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.55mmol)及氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc85,Pen-Ser(EtOTHP)-OCH2CN)(779mg,2.20mmol),于室温搅拌1小时。向反应液添加三氟乙酸(2.3ml)后,将反应液利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc86,20.0mg,2%)。

  LCMS(ESI)m/z=866(M+H)+

  保留时间:0.30分钟(分析条件FA05)

  N-甲基-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc87,H-MeSer(EtOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物aa147,Fmoc-MeSer(EtOTHP)-OH)(10.0g,21.3mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(80.0ml)溶液中,加入哌啶(30.0ml),于室温搅拌3小时。向反应液中加入乙醚(500ml),将析出的固体回收,以粗产物的形式得到了N-甲基-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc87,H-MeSer(EtOTHP)-OH)(3.20g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc88,Pen-MeSer(EtOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-甲基-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc87,H-MeSer(EtOTHP)-OH)(3.00g,12.1mmol)溶解于1,4-二噁烷(60.0ml)/水(60.0ml)中后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(5.98g,30.3mmol)和碳酸氢钠(2.04g,24.3mmol),于室温搅拌16小时。反应完全之后,利用乙酸乙酯洗涤3次,将水层冷冻干燥,由此以粗产物的形式得到了N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc88,Pen-MeSer(EtOTHP)-OH)(5.00g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc89,Pen-MeSer(EtOTHP)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸(化合物pc88,Pen-MeSer(EtOTHP)-OH)(4.00g,12.1mmol)、溴乙腈(5.80g,48.4mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(3.10g,24.0mmol)溶解于二氯甲烷(100ml)/N,N-二甲基甲酰胺(10.0ml),于25度搅拌48小时。将反应液浓缩,将残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc89,Pen-MeSer(EtOTHP)-OCH2CN)(1.20g,27%)。

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(2-羟乙基)-N-甲基-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc90,Pen-MeSer(EtOH)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(100ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.55mmol)及氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-(2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)乙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc89,Pen-MeSer(EtOTHP)-OCH2CN)(815mg,2.21mmol),于室温搅拌2小时。向反应液中加入三氟乙酸(2.30ml)后,将反应液利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc90,Pen-MeSer(EtOH)-pCpA)(33.7mg,3%)。

  LCMS(ESI)m/z=881(M+H)+

  保留时间:0.35分钟(分析条件FA05)

  O-((S)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc91,Pen-Ser(S-2-PrOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-((S)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa152,H-Ser(S-2-PrOH)-OH)(0.12g,0.74mmol)溶解于1,4-二噁烷(0.74ml)/水(0.74ml)中后,加入4-戊烯酰氯(0.13g,1.10mmol)和N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.19g,1.47mmol),于室温搅拌30分钟。将反应液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-((S)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc91,Pen-Ser(S-2-PrOH)-OH)(0.12g,67%)。

  LCMS(ESI)m/z=246(M+H)+

  保留时间:0.41分钟(分析条件FA05)

  氰基甲基O-((S)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc92,Pen-Ser(S-2-PrOH)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-((S)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc91,Pen-Ser(S-2-PrOH)-OH)(0.11g,0.90mmol)、溴乙腈(0.11g,0.90mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.17g,1.35mmol)溶解于N,N-二甲基甲酰胺(1.00ml)中,于室温搅拌1小时。将反应液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了氰基甲基O-((S)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc92,Pen-Ser(S-2-PrOH)-OCH2CN)(0.12g,96%)。

  LCMS(ESI)m/z=285(M+H)+

  保留时间:0.46分钟(分析条件FA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-((S)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc93,Pen-Ser(S-2-PrOH)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(30.0ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(76.0mg,0.11mmol)及氰基甲基O-((S)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc92,Pen-Ser(S-2-PrOH)-OCH2CN)(120mg,0.44mmol),于室温搅拌3小时30分钟。冷却至0度后,向反应液中加入乙酸(6.00ml),于室温搅拌2小时。向反应液中加入水(30.0ml),利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc93,Pen-Ser(S-2-PrOH)-pCpA)(11.0mg,12%)。

  LCMS(ESI)m/z=880(M+H)+

  保留时间:0.32分钟(分析条件FA05)

  N-甲基-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc94,H-MeSer(S-2-PrOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa159,Fmoc-MeSer(S-2-PrOTHP)-OH)(7.00g,14.5mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(50.0ml)溶液中,加入哌啶(20.0ml),于室温搅拌3小时。向反应液中加入己烷(1.50L),将析出的固体回收,以粗产物的形式得到了N-甲基-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc94,H-MeSer(S-2-PrOTHP)-OH)(2.40g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc95,Pen-MeSer(S-2-PrOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-甲基-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc94,H-MeSer(S-2-PrOTHP)-OH)(2.50g,9.57mmol)溶解于1,4-二噁烷(50.0ml)/水(50.0ml)中后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(4.70g,23.8mmol)和碳酸氢钠(1.60g,19.1mmol),于室温搅拌16小时。反应完全之后,利用乙酸乙酯洗涤3次,将水层冷冻干燥,由此以粗产物的形式得到了N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc95,Pen-MeSer(S-2-PrOTHP)-OH)(5.10g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc96,Pen-MeSer(S-2-PrOTHP)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc95,Pen-MeSer(S-2-PrOTHP)-OH)(3.10g,9.03mmol)、溴乙腈(4.30g,35.9mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(2.30g,17.8mmol)溶解于二氯甲烷(100ml)/N,N-二甲基甲酰胺(10.0ml)中,于25度搅拌16小时。将反应液浓缩,将残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc96,Pen-MeSer(S-2-PrOTHP)-OCH2CN)(1.01g,29%)。

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-((S)-2-羟丙基)-N-甲基-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc97,Pen-MeSer(S-2-PrOH)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(100ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.55mmol)及氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2S)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc96,Pen-MeSer(S-2-PrOTHP)-OCH2CN)(900mg,2.21mmol),于室温搅拌2小时。向反应液中加入三氟乙酸(2.3ml)后,将反应液利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc97,Pen-MeSer(S-2-PrOH)-pCpA)(79.8mg,16%)。

  LCMS(ESI)m/z=894(M+H)+

  保留时间:0.35分钟(分析条件FA05)

  O-((R)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc98,Pen-Ser(R-2-PrOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-((R)-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物aa164,H-Ser(R-2-PrOH)-OH)(0.18g,1.10mmol)溶解于1,4-二噁烷(0.55ml)/水(1.66ml)中后,加入4-戊烯酰氯(0.20g,1.66mmol)和碳酸钠(0.23g,2.21mmol),于室温搅拌30分钟。将反应液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-((R)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc98,Pen-Ser(R-2-PrOH)-OH)(0.11g,41%)。

  LCMS(ESI)m/z=246(M+H)+

  保留时间:0.41分钟(分析条件FA05)

  氰基甲基O-((R)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc99,Pen-Ser(R-2-PrOH)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-((R)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc98,Pen-Ser(R-2-PrOH)-OH)(0.11g,0.45mmol)、溴乙腈(0.11g,0.90mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.17g,1.35mmol)溶解于N,N-二甲基甲酰胺(1.00ml)中,于室温搅拌1小时。将反应液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了氰基甲基O-((R)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc99,Pen-Ser(R-2-PrOH)-OCH2CN)(0.11g,88%)。

  LCMS(ESI)m/z=285(M+H)+

  保留时间:0.46分钟(分析条件FA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-((R)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc100,Pen-Ser(R-2-PrOH)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(30.0ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(23.0mg,0.03mmol)及氰基甲基O-((R)-2-羟丙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc99,Pen-Ser(R-2-PrOH)-OCH2CN)(36.0mg,0.13mmol),于室温搅拌3小时30分钟。冷却至0度后,向反应液中加入乙酸(6.00ml),于室温搅拌2小时。向反应液中加入水(30.0ml),利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc100,Pen-Ser(R-2-PrOH)-pCpA)(9.80mg,35%)。

  LCMS(ESI)m/z=880(M+H)+

  保留时间:0.33分钟(分析条件FA05)

  N-甲基-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc101,H-MeSer(R-2-PrOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa171,Fmoc-MeSer(R-2-PrOTHP)-OH)(7.00g,14.5mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(50.0ml)溶液中,加入哌啶(20.0ml),于室温搅拌3小时。向反应液中加入己烷(1.500L),将析出的固体回收,以粗产物的形式得到了N-甲基-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc101,H-MeSer(R-2-PrOTHP)-OH)(2.40g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc102,Pen-MeSer(R-2-PrOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-甲基-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc101,H-MeSer(R-2-PrOTHP)-OH)(2.50g,9.57mmol)溶解于1,4-二噁烷(50.0ml)/水(50.0ml)中后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(4.70g,23.8mmol)和碳酸氢钠(1.60g,19.1mmol),于室温搅拌16小时。反应完全之后,利用乙酸乙酯洗涤3次,将水层冷冻干燥,由此以粗产物的形式得到了N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc102,Pen-MeSer(R-2-PrOTHP)-OH)(5.10g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc103,Pen-MeSer(R-2-PrOTHP)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物pc102,Pen-MeSer(R-2-PrOTHP)-OH)(3.10g,9.03mmol)、溴乙腈(4.30g,35.9mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(2.30g,17.8mmol)溶解于二氯甲烷(100ml)/N,N-二甲基甲酰胺(10.0ml)中,于25度搅拌16小时。将反应液浓缩,将残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc103,Pen-MeSer(R-2-PrOTHP)-OCH2CN)(1.01g,29%)。

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-((R)-2-羟丙基)-N-甲基-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc104,Pen-MeSer(R-2-PrOH)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(100ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.55mmol)及氰基甲基N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-O-((2R)-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc103,Pen-MeSer(R-2-PrOTHP)-OCH2CN)(846mg,2.21mmol),于室温搅拌2小时。向反应液中加入三氟乙酸(2.30ml)后,将反应液利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc104,Pen-MeSer(R-2-PrOH)-pCpA)(69.5mg,16%)。

  LCMS(ESI)m/z=894(M+H)+

  保留时间:0.35分钟(分析条件FA05)

  化合物pc106的合成依照以下方案进行。

  

  氰基甲基O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc105,Pen-Ser(tBuOH)-OCH2CN)的合成

  

  将N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟基-2-甲基丙基)-L-丝氨酸(化合物aa173,Fmoc-Ser(tBuOH)-OH)(200mg,0.501mmol)溶解于二氯甲烷(1.0ml)中,加入4-(3-苯基丙基)哌啶(318μl,1.502mmol),于室温搅拌1分钟。之后,向反应液中加入水(1ml),于室温搅拌1小时。之后,将水层利用反相柱层析(水/乙腈=95/5)进行纯化,得到了O-(2-羟基-2-甲基丙基)-L-丝氨酸(H-Ser(tBuOH)-OH)(72mg,81%)。

  将得到的O-(2-羟基-2-甲基丙基)-L-丝氨酸(H-Ser(tBuOH)-OH)(69mg,0.389mmol)和碳酸氢钠(124mg,1.168mmol)溶解于1,4-二噁烷/水(260μl/519μl),加入戊-4-烯酰氯(86μl,0.779mmol),于室温搅拌30分钟。之后,向水层加入盐酸水溶液(2M)而使为pH2,将水层利用乙酸乙酯进行萃取。用饱和食盐水洗涤有机层之后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤后减压浓缩,以粗产物的形式得到了O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(Pen-Ser(tBuOH)-OH)。

  将得到的O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(Pen-Ser(tBuOH)-OH)的粗产物和N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(151mg,1.167mmol)溶解于二甲基甲酰胺(DMF)(973μl)中,加入2-溴乙腈(52.4μl,0.778mmol),于室温搅拌1小时。之后,向反应液中加入乙酸乙酯后,将其用水洗涤3次。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,过滤,利用减压浓缩除去溶剂,将得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,得到了氰基甲基O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc105,Pen-Ser(tBuOH)-OCH2CN)(36mg,31%)。

  LCMS(ESI)m/z=299(M+H)+

  保留时间:0.51分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc106,Pen-Ser(tBuOH)-pCpA)的合成

  

  磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(21.8mg,0.030mmol)溶解于水(0.4ml)中,加入缓冲液A(6ml)中。向该水溶液中滴加氰基甲基O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc105,Pen-Ser(tBuOH)-OCH2CN)(36mg,0.121mmol)的乙腈溶液(0.2ml),于室温搅拌3小时。之后,向反应液添加乙酸(6ml),将该反应液于室温搅拌3小时。之后,添加水(30ml),利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc106,Pen-Ser(tBuOH)-pCpA)(10.1mg,38%)。

  LCMS(ESI)m/z=894(M+H)+

  保留时间:0.35分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc109(Pen-MeSer(tBuOH)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc107,Pen-MeSer(tBuOH)-OH)的合成

  

  将作为N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-甲基-O-(2-甲基-2-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丙基)-L-丝氨酸(化合物aa175,Fmoc-MeSer(tBuOTHP)-OH)的合成过程中得到的中间体的N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(Fmoc-MeSer(tBuOH)-OH)(416mg,1.006mmol)溶解于二氯甲烷(5.0ml),加入4-(3-苯基丙基)哌啶(426μl,2.012mmol),于室温搅拌9小时。之后,将反应液利用二氯甲烷稀释,用水进行萃取。将水层利用二氯甲烷洗涤之后,利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(H-MeSer(tBuOH)-OH)(137mg,71%)。

  将得到的O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-L-丝氨酸(H-MeSer(tBuOH)-OH)(110mg,0.575mmol)溶解于水(2.0ml)中,加入碳酸钠(140mg,1.323mmol)搅拌至溶解。之后,加入戊-4-烯酰氯(127μl,1.150mmol)的四氢呋喃溶液(2.0ml),于室温搅拌260分钟。之后,进一步加入戊-4-烯酰氯(63.5μl,0.575mmol)及碳酸钠(73mg,0.690mmol),于室温搅拌2小时。进一步加入戊-4-烯酰氯(63.5μl,0.575mmol)及碳酸钠(73mg,0.690mmol),于室温搅拌过夜。之后,向反应液中加入甲酸(0.221ml,5.75mmol),通过减压浓缩除去四氢呋喃,将得到的残渣利用二甲基亚砜进行稀释,利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc107,Pen-MeSer(tBuOH)-OH)(144mg,78%)。

  LCMS(ESI)m/z=274(M+H)+

  保留时间:0.46分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc108,Pen-Set(tBuOH)-OCH2CN)的合成

  

  将O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc107,Pen-MeSer(tBuOH)-OH)(120mg,0.439mmol)溶解于乙腈(1ml)中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(230μl,1.317mmol)及2-溴乙腈(183μl,2.63mmol),于室温搅拌110分钟。之后,追加2-溴乙腈(91.5μl,1.32mmol)和N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(115μl,0.659mmol),于室温搅拌30分钟后,将反应液减压浓缩。将由此得到的残渣、和使用O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc107,Pen-MeSer(tBuOH)-OH)(20mg,0.073mmol)进行同样的操作而得到的残渣合在一起,利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,由此得到了氰基甲基O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc108,Pen-Set(tBuOH)-OCH2CN)(137mg)。

  LCMS(ESI)m/z=313(M+H)+

  保留时间:0.58分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc109,Pen-MeSer(tBuOH)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(21ml)中加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(46.3mg,0.064mmol)的水溶液(1.4ml)、及氰基甲基O-(2-羟基-2-甲基丙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc108,Pen-Set(tBuOH)-OCH2CN)(80mg,0.256mmol)的乙腈溶液(0.7ml),于室温搅拌2小时。之后,将反应液冷冻干燥,将得到的残渣溶解于80%乙酸水溶液(4.0ml),于室温搅拌8小时。之后,将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc109,Pen-MeSer(tBuOH)-pCpA)(20mg,34%)。

  LCMS(ESI)m/z=908(M+H)+

  保留时间:0.38分钟(分析条件SQDFA05)

  O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-L-丝氨酸(化合物pc110,H-Ser(2-Me-BuOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-L-丝氨酸(化合物aa182,Fmoc-Ser(2-Me-BuOTHP)-OH)(9.50g,1.10mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(77.0ml)溶液中,加入哌啶(22.0ml),于室温搅拌3小时。向反应液中加入乙醚(500ml),将析出的固体回收,以粗产物的形式得到了O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-L-丝氨酸(化合物pc110,H-Ser(2-Me-BuOTHP)-OH)(2.90g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc111,Pen-Ser(2-Me-BuOTHP)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-L-丝氨酸(化合物pc110,H-Ser(2-Me-BuOTHP)-OH)(0.24g,0.86mmol)溶解于1,4-二噁烷(4.00ml)/水(4.00ml)中后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(0.34g,1.72mmol)和碳酸氢钠(0.14g,1.71mmol),于室温搅拌5小时。反应完全之后,用乙醚洗涤2次,向水层加入1M盐酸水溶液至达到pH2为止,利用二氯甲烷萃取2次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc111,Pen-Ser(2-Me-BuOTHP)-OH)(0.30g,98%)。

  氰基甲基O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc112,Pen-Ser(2-Me-BuOTHP)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc111,Pen-Ser(2-Me-BuOTHP)-OH)(3.76g,10.5mmol)、溴乙腈(5.06g,42.2mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(2.71g,21.0mmol)溶解于N,N-二甲基甲酰胺(10.0ml)/二氯甲烷(100ml),于室温搅拌2天。将反应液在减压下浓缩,得到的残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc112,Pen-Ser(2-Me-BuOTHP)-OCH2CN)(3.00g,72%)。

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc113,Pen-Ser(2-Me-BuOH)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(125ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,1.01mmol)、及氰基甲基O-(3-甲基-3-((四氢-2H-吡喃-2-基)氧基)丁基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc112,Pen-Ser(2-Me-BuOTHP)-OCH2CN)(877mg,1.21mmol),于室温搅拌2小时。向反应液中加入三氟乙酸(2.80ml)加入后,进行冷冻干燥而将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc113,Pen-Ser(2-Me-BuOH)-pCpA)(54.0mg,5%)。

  LCMS(ESI)m/z=909(M+H)+

  保留时间:0.36分钟(分析条件FA05)

  O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物pc114,H-MeSer(2-Me-BuOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa184,Fmoc-MeSer(2-Me-BuOH)-OH)(0.15g,0.35mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(1.50ml)溶液中,加入哌啶(0.37ml),于室温搅拌2小时。向反应液中加入己烷,将析出的固体回收,以粗产物的形式得到了O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物pc114,H-MeSer(2-Me-BuOH)-OH)(0.05g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc115,Pen-MeSer(2-Me-BuOH)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物pc114,H-MeSer(2-Me-BuOH)-OH)(0.07g,0.34mmol)溶解于1,4-二噁烷(1.00ml)/水(1.00ml)中后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(0.13g,0.67mmol)和碳酸氢钠(0.06g,0.68mmol),于室温搅拌7小时。反应完全之后,用乙醚洗涤3次后,加入2M盐酸水溶液至达到pH2为止,利用叔丁基甲基醚(TBME)萃取3次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵进行干燥,以粗产物的形式得到了O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc115,Pen-MeSer(2-Me-BuOH)-OH)(0.10g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  氰基甲基O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc116,Pen-MeSer(2-Me-BuOH)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc115,Pen-MeSer(2-Me-BuOH)-OH)(0.50g,1.74mmol)、溴乙腈(0.83g,6.91mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.45g,3.48mmol)溶解于二氯甲烷(15.0ml),于25度搅拌16小时。将反应液浓缩,将残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc116,Pen-MeSer(2-Me-BuOH)-OCH2CN)(0.36g,66%)。

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc117,Pen-MeSer(2-Me-BuOH)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(100ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.55mmol)及氰基甲基O-(3-羟基-3-甲基丁基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc116,Pen-MeSer(2-Me-BuOH)-OCH2CN)(360mg,1.10mmol),于室温搅拌1小时。向反应液中加入三氟乙酸(2.80ml)后,将反应液冷冻干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc117,Pen-MeSer(2-Me-BuOH)-pCpA)(86.0mg,8%)。

  LCMS(ESI)m/z=923(M+H)+

  保留时间:0.39分钟(分析条件FA05)

  N5,N5-二甲基-L-谷氨酰胺(化合物pc118,H-Gln(Me2)-OH)的合成

  

  将N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5,N5-二甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa94,Fmoc-Gln(Me2)-OH)(22.5g,56.76mmol)及哌啶(45ml)溶解于二甲基甲酰胺(DMF)(180ml)中,于室温搅拌16小时。向反应液中加入二乙醚而搅拌30分钟后,滤取析出物,得到了N5,N5-二甲基-L-谷氨酰胺(化合物pc118,H-Gln(Me2)-OH)(5.92g,60%)。

  LCMS(ESI)m/z=175(M+H)+

  保留时间:0.35分钟(分析条件SMD方法33)

  N5,N5-二甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酰胺(化合物pc119,Pen-Gln(Me2)-OH)的合成

  

  将N5,N5-二甲基-L-谷氨酰胺(化合物pc118,H-Gln(Me2)-OH)(5.92g,34.0mmol)溶解于水(80ml)与1,4-二噁烷(80ml)的混合液中,加入碳酸氢钠(0.89g,10.6mmol)和2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(1.25g,6.34mmol),于室温搅拌16小时。将反应液利用乙酸乙酯洗涤3次,将水层利用盐酸水溶液(1mol/L)将pH调整为2。利用二氯甲烷萃取3次,用饱和食盐水洗涤有机层,利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂。将作为得到的粗产物的利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了N5,N5-二甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酰胺(化合物pc119,Pen-Gln(Me2)-OH)(3.14g,36%)。

  LCMS(ESI)m/z=257(M+H)+

  保留时间:1.03分钟(分析条件SMD方法33)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N5,N5-二甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酸酯(化合物pc120,Pen-Gln(Me2)-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中将N5,N5-二甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酰胺(化合物pc118,Pen-Gln(Me2)-OH)(3.14g)及2-溴乙腈(6.23g,58.8mmol)溶解于二氯甲烷(DCM)(85ml),加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(3.35g,25.9mmol),于室温搅拌。16小时之后,将反应液在减压下蒸馏除去溶剂。将残渣利用柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N5,N5-二甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酸酯(Pent-Gln(Me2)-OCH2CN)(2.63g,73%)。

  在缓冲液A(75ml)中,加入上述氰基甲基N5,N5-二甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酸酯(Pent-Gln(Me2)-OCH2CN)(490mg,1.66mmol)及磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol),于室温搅拌5小时。向反应液中加入三氟乙酸(TFA)(1.7ml),将反应液冷冻干燥而得到的粗产物利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc120,Pen-Gln(Me2)-pCpA)(31mg,4%)。

  LCMS(ESI)m/z=891(M+H)+

  保留时间:0.33分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N2,N5,N5-三甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酸酯(化合物pc121,Pen-MeGln(Me2)-pCpA)的合成

  

  向N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N2,N5,N5-三甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa96,Fmoc-MeGln(Me2)-OH)(12.0g,31.3mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(48.0ml)溶液中,于室温加入哌啶(18.0ml)进行搅拌。16小时之后,向反应液中加入乙醚(100ml)和己烷(100ml),搅拌30分钟。滤取沉淀物,得到了N2,N5,N5-三甲基-L-谷氨酰胺(H-MeGln(Me2)-OH)(1.63g,32%)。

  将上述N2,N5,N5-三甲基-L-谷氨酰胺(H-MeGln(Me2)-OH)(1.63g,8.66mmol)溶解于水(68ml)与1,4-二噁烷(68ml)的混合溶液中,加入碳酸氢钠(1.51g,18.0mmol)和2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(2.05g,10.4mmol),于25度搅拌16小时。将反应液用乙醚洗涤3次,利用盐酸水溶液(1mol/L)将水层调整为pH=4。利用二氯甲烷(100ml)萃取2次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的粗产物利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了N2,N5,N5-三甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酰胺(Pent-MeGln(Me2)-OH)(400mg,17%)。

  依照上述进行了另外的合成之后,进行以下反应。

  将得到的N2,N5,N5-三甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酰胺(Pent-MeGln(Me2)-OH)(0.76g,2.81mmol)、2-溴乙腈(1.34g,11.2mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(727mg,5.63mmol)溶解于二氯甲烷(DCM)(20ml)中,于25度搅拌。16小时之后,将反应液在减压下蒸馏除去溶剂。将残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N2,N5,N5-三甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酸酯(Pen-MeGln(Me2)-OCH2CN)(520mg,60%)。

  在缓冲液A(75ml)中,加入上述氰基甲基N2,N5,N5-三甲基-N2-(戊-4-烯酰基)-L-谷氨酸酯(Pen-MeGln(Me2)-OCH2CN)(433mg,1.40mmol)的乙腈溶液(2ml)及磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(250mg,0.35mmol),于室温搅拌1小时。向反应液中加入三氟乙酸(TFA)(1.70ml),将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc121,Pen-MeGln(Me2)-pCpA)(55mg)。

  LCMS(ESI)m/z=905(M+H)+

  保留时间:0.35分钟(分析条件SQDFA05)

  O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-L-丝氨酸(化合物pc122,H-Ser(NtBu-Aca)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-L-丝氨酸(化合物aa104,Fmoc-Ser(NtBu-Aca)-OH)(10.0g,22.7mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(128ml)溶液中加入哌啶(32.0ml),于室温搅拌3小时。向反应液中加入乙醚(500ml),将析出的固体回收,以粗产物的形式得到了O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-L-丝氨酸(化合物pc122,H-Ser(NtBu-Aca)-OH)(3.10g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc123,Pen-Ser(NtBu-Aca)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-L-丝氨酸(化合物pc122,H-Ser(NtBu-Aca)-OH)(0.12g,0.55mmol)溶解于1,4-二噁烷(2.50ml)/水(2.50ml)中后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(0.22g,1.10mmol)和碳酸氢钠(0.09g,1.10mmol),于室温搅拌16小时。反应完全之后,用乙醚洗涤2次,向水层加入1M盐酸水溶液至达到pH2为止,利用二氯甲烷萃取2次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂し,将得到的残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc123,Pen-Ser(NtBu-Aca)-OH)(0.10g,61%)。

  氰基甲基O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc124,Pen-Ser(NtBu-Aca)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc123,Pen-Ser(NtBu-Aca)-OH)(3.10g,10.3mmol)、溴乙腈(4.97g,41.8mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(2.67g,20.6mmol)溶解于二氯甲烷(60.0ml)中,于25度搅拌16小时。将反应液在减压下浓缩,得到的残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc124,Pen-Ser(NtBu-Aca)-OCH2CN)(1.80g,51%)。

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc125,Pen-Ser(NtBu-Aca)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(125ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(500mg,0.69mmol)及氰基甲基O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc124,Pen-Ser(NtBu-Aca)-OCH2CN)(939mg,2.77mmol),于室温搅拌1小时。向反应液中加入三氟乙酸(2.80ml)后,进行冷冻干燥而将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc125,Pen-Ser(NtBu-Aca)-pCpA)(48.0mg,7%)。

  LCMS(ESI)m/z=935(M+H)+

  保留时间:0.40分钟(分析条件FA05)

  O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物pc126,H-MeSer(NtBu-Aca)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa105,Fmoc-MeSer(NtBu-Aca)-OH)(13.6g,29.9mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(150ml)溶液中,加入哌啶(44.0ml),于室温搅拌3小时。向反应液中加入己烷(500ml)/乙醚(500ml),于室温搅拌30分钟,将析出的固体回收,以粗产物的形式得到了O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物pc126,H-MeSer(NtBu-Aca)-OH)(4.10g)。不对其进行纯化而用于下个工序。

  O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc127,Pen-MeSer(NtBu-Aca)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物pc126,H-MeSer(NtBu-Aca)-OH)(4.50g,19.4mmol)溶解于1,4-二噁烷(90.0ml)/水(90.0ml)中后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(9.50g,48.2mmol)和碳酸氢钠(3.30g,39.3mmol),于25度搅拌16小时。反应完全之后,用乙醚洗涤3次后,加入1M盐酸水溶液至达到pH2为止,利用二氯甲烷萃取2次,将得到的有机层混合,用饱和食盐水对有机层进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,将得到的残渣利用正相柱层析(乙醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc127,Pen-MeSer(NtBu-Aca)-OH)(2.50g,41%)。

  氰基甲基O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc128,Pen-MeSer(NtBu-Aca)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc127,Pen-MeSer(NtBu-Aca)-OH)(2.30g,7.32mmol)、溴乙腈(3.52g,29.4mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(1.89g,14.6mmol)溶解于二氯甲烷(50.0ml)中,于25度搅拌16小时。将反应液浓缩,将残渣利用正相柱层析(乙醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc128,Pen-MeSer(NtBu-Aca)-OCH2CN)(1.10g,43%)。

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(4-氨基-7H-吡咯并“2,3-D”嘧啶-7-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-N-(戊基4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc129,Pen-MeSer(NtBu-Aca)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(75.0ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)及氰基甲基O-(2-(叔丁基氨基)-2-氧代乙基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc128,Pen-MeSer(NtBu-Aca)-OCH2CN)(586mg,1.66mmol),于室温搅拌2小时。向反应液中加入三氟乙酸(1.7ml)后,将反应液冷冻干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc129,Pen-MeSer(NtBu-Aca)-pCpA)(51.0mg,6%)。

  LCMS(ESI)m/z=949(M+H)+

  保留时间:0.43分钟(分析条件FA05)

  (S)-2-(戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸(化合物pc130,Pen-Hph-OH)的合成

  

  将市售的(S)-2-氨基-4-苯基丁酸(H-Hph-OH,CAS编号943-73-7)(1.00g,5.58mmol)、碳酸氢钠(0.94g,11.2mmol),2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(1.32g,6.69mmol)溶解于水(20ml)与1,4-二噁烷(20ml)的混合溶液中,于室温搅拌16小时。将反应液利用乙酸乙酯(20ml)洗涤2次,将水层利用盐酸水溶液(1mol/L)将pH调整为2。利用二氯甲烷(60ml)萃取3次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂。将残渣利用正相柱层析(二氯甲烷/甲醇)进行纯化,得到了(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸(化合物pc130,Pen-Hph-OH)(1.1g,75%)。

  LCMS(ESI)m/z=262(M+H)+

  保留时间:1.56分钟(分析条件ELSD1)

  (S)-2-(戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸氰基甲酯(化合物pc131,Pen-Hph-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸(化合物pc130,Pen-Hph-OH)(1.1g,4.21mmol)、2-溴乙腈(2.00g,16.7mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(1.1g)溶解于二氯甲烷(DCM)(20ml),于25度搅拌。16小时之后,将反应液在减压下蒸馏除去溶剂,得到了(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸氰基甲酯(化合物pc131,Pen-Hph-OCH2CN)(0.95g,75%)。

  LCMS(ESI)m/z=301(M+H)+

  保留时间:1.86分钟(分析条件ELSD2)

  (2S)-2-(戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc132,Pen-Hph-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(75ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)的水溶液(3ml)及(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸氰基甲酯(化合物pc131,Pen-Hph-OCH2CN)(504mg,1.68mmol)的乙腈溶液(2.25ml),于室温搅拌1小时。将反应液冷冻干燥,加入80%乙酸水溶液(10ml)而搅拌3小时。将混合物利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc132,Pen-Hph-pCpA)(37mg,10%)。

  LCMS(ESI)m/z=894(M-H)-

  保留时间:0.47分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc135(Pen-MeHph-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  (S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸(化合物pc133,Pen-MeHph-OH)的合成

  

  在带过滤器的反应容器中,放入2-氯三苯甲基氯化树脂(1.60mmol/g,100-200筛目,1%DVB,购自渡边化学,1.68g,2.69mmol)和脱水二氯甲烷(DCM)(15ml),于室温振荡10分钟。加入二氯甲烷(DCM)之后,在反应容器中添加(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-苯基丁酸(化合物aa11,Fmoc-MeHph-OH)(1.12g,2.68mmol)及二异丙基乙基胺(DIPEA)(1.40ml,8.05mmol)的脱水二氯甲烷(DCM)(25ml)溶液,振荡30分钟。向反应液中加入脱水甲醇(2.17ml,53.7mmol),振荡1小时。除去反应液之后,将树脂悬浊于二氯甲烷(DCM)中而除去溶液的操作重复4次。进一步将树脂悬浊在N,N-二甲基甲酰胺(DMF)中而除去溶液的操作重复4次。得到的树脂直接用于以下反应。

  向上述树脂中,加入包含2%(v/v)的1,8-二氮杂双环[5.4.0]-7-十一碳烯(DBU)的N,N-二甲基甲酰胺(DMF)(15.0ml),于室温振荡15分钟。除去反应液之后,将树脂悬浊于N,N-二甲基甲酰胺(DMF)(20.0ml)中而除去溶液的操作重复5次。得到的树脂直接用于以下反应。

  向上述树脂中,加入戊-4-烯酸(1.09ml,10.7mmol)、1-羟基-7-氮杂苯并三唑(HOAt)(1.09g,8.04mmol)及N,N′-二异丙基碳二亚胺(DIC)(2.09ml,13.4mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(DMF)(15ml)溶液,于室温振荡20小时。

  除去反应液之后,将树脂悬浊于N,N-二甲基甲酰胺(DMF)中而除去反应液的操作重复4次。进一步将树脂悬浊于二氯甲烷(DCM)中而除去反应液的操作重复4次。得到的树脂直接用于以下反应。

  将上述树脂悬浊于2,2,2-三氟乙醇(TFE)/二氯甲烷(DCM)(1/1,50ml)中,于室温振荡3小时。将滤液在减压下蒸馏除去溶剂,将作为得到的粗产物利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸(化合物pc133,Pen-MeHph-OH)(295mg,40%,4个工序)。

  LCMS(ESI)m/z=276(M+H)+

  保留时间:0.71分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸氰基甲酯(化合物pc134,Pen-MeHph-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸(化合物pc133,Pen-MeHph-OH)(295mg,1.07mmol)及2-溴乙腈(257mg,2.15mmol)溶解于N,N-二甲基甲酰胺(DMF)(2.68ml)中,加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(416mg,3.22mmol),于室温搅拌。10分钟后,加入2-溴乙腈(38.6mg,0.322mmol)而搅拌10分钟。向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,利用叔丁基甲基醚(MTBE)进行萃取。用饱和食盐水洗涤有机层,利用无水硫酸钠进行干燥。将滤液在减压下蒸馏除去溶剂,以粗产物的形式得到了(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸氰基甲酯(化合物pc134,Pen-MeHph-OCH2CN)(440mg)。

  LCMS(ESI)m/z=315(M+H)+

  保留时间:0.81分钟(分析条件SQDFA05)

  2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc135,Pen-MeHph-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(27.6ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(100mg,0.138mmol)的水溶液(1.50ml)及(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-4-苯基丁酸氰基甲酯(化合物pc134,Pen-MeHph-OCH2CN)(174mg,0.554mmol)的乙腈(0.770ml)溶液,在37度~40度之间搅拌1小时。向反应液中加入乙酸(30.0ml),于室温搅拌110分钟。将反应液冷冻干燥,将得到的粗产物利用反相柱层析(0.01%三氟乙酸水溶液/0.01%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc135,Pen-MeHph-pCpA)(48.6mg,39%)。

  LCMS(ESI)m/z=911(M+H)+

  保留时间:0.52分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc138(Pen-Ser(pH-2-Cl)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  O-(2-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc136,Pen-Ser(pH-2-Cl)-OH)的合成

  

  O-(2-氯苯基)-L-丝氨酸(化合物aa63,H-Ser(Ph-2-Cl)-OH)(124mg,0.575mmol)和碳酸钠(76mg,0.719mmol)溶解于四氢呋喃/水(1.5ml/1.5ml)中,加入戊-4-烯酰氯(76mg,0.719mmol)而于室温搅拌10分钟。之后,进一步加入戊-4-烯酰氯(7.5mg,0.0633mmol)及碳酸钠(7.6mg,0.0719mmol),于室温搅拌。之后,向反应液加入5N盐酸水溶液(0.322ml,1.6mmol),利用乙酸乙酯进行萃取。通过减压浓缩而除去乙酸乙酯,由此得到了O-(2-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc136,Pen-Ser(pH-2-Cl)-OH)(148mg,86%)。

  LCMS(ESI)m/z=298(M+H)+

  保留时间:0.66分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基O-(2-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc137,Pen-Ser(pH-2-Cl)-OCH2CN)的合成

  

  将O-(2-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc136,Pen-Ser(pH-2-Cl)-OH)(148mg,0.497mmol)溶解于二甲基甲酰胺(5ml)中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(174μl,0.994mmol)及2-溴乙腈(132μl,1.988mmol),于室温搅拌。之后,向反应液添加水,利用乙酸乙酯进行萃取。将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,减压浓缩。将得到的残渣利用正相柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,由此得到了氰基甲基O-(2-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc137,Pen-Ser(pH-2-Cl)-OCH2CN)(100.1mg,60%)。

  LCMS(ESI)m/z=337(M+H)+

  保留时间:0.76分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(2-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc138,Pen-Ser(pH-2-Cl)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(6.23ml)中加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(40.5mg,0.056mmol)的水溶液(1.0ml),加入氰基甲基O-(2-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc137,Pen-Ser(pH-2-Cl)-OCH2CN)(75.6mg,0.224mmol)的乙腈溶液(0.3ml),于室温搅拌35分钟。之后,向反应液中加入乙酸(0.257ml,4.49mmol),利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化。将级分进行冷冻干燥后而得到的固体溶解于水/乙酸(2.4ml/0.6ml)中,于室温搅拌2小时。之后,将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc138,Pen-Ser(pH-2-Cl)-pCpA)(18.7mg,36%)。

  LCMS(ESI)m/z=932(M+H)+

  保留时间:0.45分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基O-(2-氯苯基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc139,Pen-MeSer(Ph-2-Cl)-OCH2CN)的合成

  

  向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-氯苯基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa65,Fmoc-MeSer(Ph-2-Cl)-OH)(15g,33.2mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(80ml)溶液中,于室温加入哌啶(34ml)而进行搅拌。16小时之后,加入乙醚(500ml)、己烷(1000ml),滤取沉淀物,以粗产物的形式得到了O-(2-氯苯基)-N-甲基-L-丝氨酸(H-MeSer(Ph-2-Cl)-OH)(6.5g,85%)。

  将上述O-(2-氯苯基)-N-甲基-L-丝氨酸(H-MeSer(Ph-2-Cl)-OH)溶解于水(90ml)与1,4-二噁烷(90ml)的混合液中,加入碳酸氢钠(4.97g,59.2mmol)和2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(11.6g,58.8mmol),于室温搅拌16小时。将反应液用乙醚洗涤2次,将水层利用盐酸水溶液(1mol/L)中pH=2调整为的。利用二氯甲烷萃取2次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂。将残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了O-(2-氯苯基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(Pen-MeSer(Ph-2-Cl)-OH)(7.4g,77%)。

  向上述化合物O-(2-氯苯基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(Pen-MeSer(Ph-2-Cl)-OH)(1.00g)的二氯甲烷(DCM)(30ml)溶液中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(0.830g,6.42mmol)及2-溴乙腈(1.54g,12.8mmol),于25度搅拌。36小时之后,将反应液在减压下蒸馏除去溶剂。将残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基O-(2-氯苯基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc139,Pen-MeSer(Ph-2-Cl)-OCH2CN)(500mg)。

  LCMS(ESI)m/z=351(M+H)+

  保留时间:1.11分钟(分析条件SMD方法9)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(2-氯苯基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc140,Pen-MeSer(Ph-2-Cl)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(20ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(40.0mg,0.055mmol)的水溶液(2.0ml)及氰基甲基O-(2-氯苯基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc139,Pen-MeSer(Ph-2-Cl)-OCH2CN)(38.8mg,0.111mmol)的乙腈溶液(1.00ml),于室温搅拌1小时。将反应液进行冰冷却,加入三氟乙酸(TFA)(1ml)而搅拌90分钟。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc140,Pen-MeSer(Ph-2-Cl)-pCpA)(4.20mg,8%)。

  LCMS(ESI)m/z=944(M-H)-

  保留时间:0.52分钟(分析条件SQDFA05)

  O-(3-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc141,Pen-Ser(pH-3-Cl)-OH)的合成

  

  于室温,向(S)-2-氨基-3-(3-氯苯氧基)丙酸(化合物aa21,H-Ser(Ph-3-Cl)-OH)(200mg,0.927mmol)及碳酸钠(123mg,1.16mmol)的四氢呋喃(THF)(2.5ml)和水(2.5ml)的混合溶液中,加入4-戊烯酰氯(CAS编号39716-58-0)(121mg,1.02mmol),搅拌1小时。之后,加入碳酸钠(59mg)、4-戊烯酰氯(0.0514ml),搅拌1小时。加入5mol/L盐酸水溶液(1ml),利用乙酸乙酯进行萃取。有机层在减压下蒸馏除去溶剂,以粗产物的形式得到了O-(3-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc141,Pen-Ser(pH-3-Cl)-OH)(250mg)。

  LCMS(ESI)m/z=298(M+H)+

  保留时间:0.69分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基O-(3-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc142,Pen-Ser(pH-3-Cl)-OCH2CN)的合成

  

  于室温O-(3-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc141,Pen-Ser(pH-3-Cl)-OH)(221mg)的二甲基甲酰胺(DMF)(7.4ml)溶液中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(0.259ml,1.49mmol)、溴乙腈(0.198ml,2.97mmol),搅拌30分钟。向反应液中加入水,利用乙酸乙酯进行萃取。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的粗产物利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,定量地得到了氰基甲基O-(3-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc142,Pen-Ser(pH-3-Cl)-OCH2CN)(257mg)。

  LCMS(ESI)m/z=337(M+H)+

  保留时间:0.80分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(3-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc143,Pen-Ser(pH-3-Cl)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(30ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(53.6mg,0.074mmol)的水溶液(1.5ml)及氰基甲基O-(3-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc142,Pen-Ser(pH-3-Cl)-OCH2CN)(100mg,0.297mmol)的乙腈溶液(0.75ml),于室温搅拌40分钟。向反应液中加入乙酸(0.34ml,5.94mmol),利用反相柱层析进行纯化,得到了(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(3-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(Pen-Ser(pH-3-Cl)-pCpA(THF))。

  向得到的(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-(3-氯苯基)-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(Pen-Ser(pH-3-Cl)-pCpA(THF))中,加入乙酸(4ml)与水(1ml)的混合溶液,于室温搅拌140分钟。利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc143,Pen-Ser(pH-3-Cl)-pCpA)(15.6mg)。

  LCMS(ESI)m/z=932(M+H)+

  保留时间:0.88分钟(分析条件SMD方法25)

  (S)-4-(2-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc144,Pen-Hph(2-Cl)-OH)的合成

  

  将市售的(S)-2-氨基-4-(2-氯苯基)丁酸(H-Hph(2-Cl)-OH)(200mg,0.936mmol)溶解于水(650μl)中之后,于室温加入碳酸钠(228mg,2.153mmol),搅拌至成为透明溶液。向反应液于室温加入四氢呋喃(THF)(650μl)、戊-4-烯酰氯(207μl,1.872mmol),搅拌7.5小时之后,加入戊-4-烯酰氯(207μl,1.872mmol)和碳酸钠(228mg,2.153mmol),搅拌过夜。通过LC-MS确认原料消失后,将反应液用水稀释,加入甲酸(359μl),利用旋转蒸发仪在减压下除去四氢呋喃(THF)。向得到的混合物加入二甲基亚砜(DMSO),利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-4-(2-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc144,Pen-Hph(2-Cl)-OH)(223mg,81%)。

  LCMS(ESI)m/z=296(M+H)+

  保留时间:0.69分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(2-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc145,Pen-Hph(2-Cl)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-4-(2-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc144,Pen-Hph(2-Cl)-OH)(223mg,0.754mmol)溶解于乙腈(1.5ml)中,加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(395μl,2.262mmol)、2-溴乙腈(545mg,4.52mmol),于室温搅拌4小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-4-(2-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc145,Pen-Hph(2-Cl)-OCH2CN)(245mg,97%)。

  LCMS(ESI)m/z=335(M+H)+

  保留时间:0.78分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(2-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc146,Pen-Hph(2-Cl)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(18ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(40mg,0.055mmol)的水溶液(1.8ml)、(S)-4-(2-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc145,Pen-Hph(2-Cl)-OCH2CN)(37.1mg,0.111mmol)的乙腈溶液(0.9ml),于室温搅拌30分钟。于0度向反应液中加入三氟乙酸(900μl),搅拌30分钟后,将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc146,Pen-Hph(2-Cl)-pCpA)(17mg,2个工序33%)。

  LCMS(ESI)m/z=931(M+H)+

  保留时间:0.60分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc150(Pen-MeHph(2-Cl)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  (2S)-4-(2-氯苯基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc147,H-MeHph(2-Cl)-OH)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(2-氯苯基)丁酸(化合物aa75,Fmoc-MeHph(2-Cl)-OH)(274.3mg,0.610mmol)溶解于二氯甲烷(1.74ml)中,加入4-(3-苯基丙基)哌啶(258μl,1.219mmol),于室温搅拌5小时。之后,向反应液中加入水,将二氯甲烷通过减压浓缩除去。将得到的水层利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,定量地得到了(2S)-4-(2-氯苯基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc147,H-MeHph(2-Cl)-OH)(152.6mg)。

  LCMS(ESI)m/z=228(M+H)+

  保留时间:0.38分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(2-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸(化合物pc148,Pen-MeHph(2-Cl)-OH)的合成

  

  将(2S)-4-(2-氯苯基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc147,H-MeHph(2-Cl)-OH)(152.6mg,0.670mmol)溶解于四氢呋喃/水(0.96ml/0.96ml)中,添加了碳酸钠(234mg,2.212mmol)。之后,加入戊-4-烯酰氯(149μl,1.340mmol),于室温搅拌30分钟。之后,进一步加入戊-4-烯酰氯(149μl,1.340mmol)和碳酸钠(234mg,2.212mmol),于室温搅拌90分钟。加入甲酸(257μl,6.70mmol)而终止反应,将四氢呋喃通过减压浓缩除去而得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(2S)-4-(2-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸(化合物pc148,Pen-MeHph(2-Cl)-OH)(64.3mg,31%)。

  LCMS(ESI)m/z=310(M+H)+

  保留时间:0.75分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(2-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸氰基甲酯(化合物pc149,Pen-MeHph(2-Cl)-OCH2CN)的合成

  

  将(2S)-4-(2-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸(化合物pc148,Pen-MeHph(2-Cl)-OH)(61.8mg,0.199mmol)和2-溴乙腈(27.8μl,0.339mmol)溶解于二甲基甲酰胺(665μl)中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(105μl,0.598mmol),于室温搅拌。之后,向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,利用叔丁基甲基醚(MTBE)进行萃取。用饱和食盐水洗涤有机层之后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,由此得到了(2S)-4-(2-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸氰基甲酯(化合物pc149,Pen-MeHph(2-Cl)-OCH2CN)(66.3mg,95%)。

  LCMS(ESI)m/z=349(M+H)+

  保留时间:0.86分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(2-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸[(2R,3S,4R,5R)-2-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代-嘧啶-1-基)-4-羟基-2-(膦酰氧基甲基)四氢呋喃-3-基]氧基-羟基-磷酰基]氧基甲基]-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-4-羟基-四氢呋喃-3-基](化合物pc150,Pen-MeHph(2-Cl)-pCpA)的合成

  

  将磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(68.3mg,0.095mmol)溶解于水(2.9ml)中,加入缓冲液A(29ml)中。向该水溶液中加入(2S)-4-(2-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸氰基甲酯(化合物pc149,Pen-MeHph(2-Cl)-OCH2CN)(66.3mg,0.190mmol)的乙腈溶液(1.45ml),于室温搅拌90分钟。之后,向反应液中于0度加入三氟乙酸(1.45ml,18.82mmol),搅拌30分钟。之后,将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,由此得到了标题化合物(化合物pc150,Pen-MeHph(2-Cl)-pCpA)(43.2mg,48%)。

  LCMS(ESI)m/z=945(M+H)+

  保留时间:0.54分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc151,Pen-Hph(3-Cl)-OH)的合成

  

  将市售的(S)-2-氨基-4-(3-氯苯基)丁酸(H-Hph(3-Cl)-OH)(200mg,0.936mmol)溶解于水(650μl)中之后,于室温加入碳酸钠(228mg,2.153mmol),搅拌至成为透明溶液。向反应液于室温加入四氢呋喃(THF)(650μl)、戊-4-烯酰氯(207μl,1.872mmol),搅拌6小时。通过LC-MS确认原料消失后,向反应液中加入甲酸(359μl),利用旋转蒸发仪在减压下除去四氢呋喃(THF)。向得到的混合物中加入二甲基亚砜(DMSO),利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-4-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc151,Pen-Hph(3-Cl)-OH)(215mg,78%)。

  LCMS(ESI)m/z=296(M+H)+

  保留时间:0.70分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc152,Pen-Hph(3-Cl)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-4-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc151,Pen-Hph(3-Cl)-OH)(215mg,0.727mmol)溶解于乙腈(1.5ml)中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(381μl,2.181mmol)、2-溴乙腈(543mg,4.52mmol),于室温搅拌4小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-4-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc152,Pen-Hph(3-Cl)-OCH2CN)(237mg,97%)。

  LCMS(ESI)m/z=335(M+H)+

  保留时间:0.80分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc153,Pen-Hph(3-Cl)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(18ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(40mg,0.055mmol)的水溶液(1.8ml)、(S)-4-(3-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc152,Pen-Hph(3-Cl)-OCH2CN)(37.1mg,0.111mmol)的乙腈溶液(0.9ml),于室温搅拌30分钟。于0度向反应液中加入三氟乙酸(900μl),搅拌30分钟后,将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc153,Pen-Hph(3-Cl)-pCpA)(11mg,2个工序21%)。

  LCMS(ESI)m/z=931(M+H)+

  保留时间:0.62分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc157(Pen-MeHph(3-Cl)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  (2S)-4-(3-氯苯基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc154,H-MeHph(3-Cl)-OH)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(3-氯苯基)丁酸(化合物aa78,Fmoc-MeHph(3-Cl)-OH)(261.7mg,0.582mmol)溶解于二甲基甲酰胺(1.66ml)中,加入1,8-二氮杂双环[5.4.0]-7-十一碳烯(DBU)(52.6μl,0.349mmol),于室温搅拌2小时。之后,向反应液中加入0.1%甲酸水溶液,利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(2S)-4-(3-氯苯基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc154,H-MeHph(3-Cl)-OH)(50.5mg,38%)。

  LCMS(ESI)m/z=228(M+H)+

  保留时间:0.41分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(3-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸(化合物pc155,Pen-MeHph(3-Cl)-OH)的合成

  

  将(2S)-4-(3-氯苯基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc154,H-MeHph(3-Cl)-OH)(50.5mg,0.222mmol)溶解于四氢呋喃/水(0.32ml/0.32ml)中,添加了碳酸钠(78mg,0.732mmol)。之后,加入戊-4-烯酰氯(49.2μl,0.444mmol),于室温搅拌。之后,进一步加入戊-4-烯酰氯(49.2μl,0.444mmol)和碳酸钠(78mg,0.732mmol),于室温搅拌90分钟。加入甲酸(85μl,2.218mmol)终止反应,将四氢呋喃通过减压浓缩除去而得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(2S)-4-(3-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸(化合物pc155,Pen-MeHph(3-Cl)-OH)(39.0mg,57%)。

  LCMS(ESI)m/z=310(M+H)+

  保留时间:0.76分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(3-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸氰基甲酯(化合物pc156,Pen-MeHph(3-Cl)-OCH2CN)的合成

  

  将(2S)-4-(3-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸(化合物pc155,Pen-MeHph(3-Cl)-OH)(37.5mg,0.121mmol)和2-溴乙腈(16.9μl,0.242mmol)溶解于二甲基甲酰胺(403μl)中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(63.4μl,0.363mmol),于室温搅拌。之后,向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,利用叔丁基甲基醚进行萃取。用饱和食盐水洗涤有机层之后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,由此得到了(2S)-4-(3-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸氰基甲酯(化合物pc156,Pen-MeHph(3-Cl)-OCH2CN)(31.5mg,75%)。

  LCMS(ESI)m/z=349(M+H)+

  保留时间:0.86分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(3-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc157,Pen-MeHph(3-Cl)-pCpA)的合成

  

  将磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(32.6mg,0.045mmol)溶解于水(1.4ml)中,加入缓冲液A(14ml)中。向该水溶液中加入(2S)-4-(3-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸氰基甲酯(化合物pc156,Pen-MeHph(3-Cl)-OCH2CN)(31.5mg,0.090mmol)的乙腈溶液(0.7ml),于室温搅拌30分钟。之后,向反应液中于0度加入三氟乙酸(0.7ml,9.09mmol),搅拌30分钟。之后,将反应液利用水(16ml)稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc157,Pen-MeHph(3-Cl)-pCpA)(18.5mg,43%)。

  LCMS(ESI)m/z=945(M+H)+

  保留时间:0.55分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(4-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc158,Pen-Hph(4-Cl)-OH)的合成

  

  将市售的(S)-2-氨基-4-(4-氯苯基)丁酸(H-Hph(4-Cl)-OH)(200mg,0.936mmol)溶解于水(650μl)中之后,于室温加入碳酸钠(228mg,2.153mmol),于室温搅拌至成为透明溶液。向反应液于室温加入四氢呋喃(THF)(650μl)、戊-4-烯酰氯(207μl,1.872mmol),于室温搅拌6小时。通过LC-MS确认原料消失后,向反应液中加入甲酸(359μl),利用旋转蒸发仪在减压下除去四氢呋喃(THF)。向得到的混合物加入二甲基亚砜(DMSO),利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-4-(4-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc158,Pen-Hph(4-Cl)-OH)(130mg,47%)。

  LCMS(ESI)m/z=296(M+H)+

  保留时间:0.70分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(4-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc159,Pen-Hph(4-Cl)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-4-(4-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc158,Pen-Hph(4-Cl)-OH)(130mg,0.440mmol)溶解于乙腈(1.0ml)中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(230μl,1.319mmol)、2-溴乙腈(316mg,2.64mmol),于室温搅拌4小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-4-(4-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc159,Pen-Hph(4-Cl)-OCH2CN)(139mg,94%)。

  LCMS(ESI)m/z=335(M+H)+

  保留时间:0.80分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(4-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc160,Pen-Hph(4-Cl)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(18ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(40mg,0.055mmol)的水溶液(1.8ml)、(S)-4-(4-氯苯基)-2-(戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc159,Pen-Hph(4-Cl)-OCH2CN)(37.1mg,0.111mmol)的乙腈溶液(0.9ml),于室温搅拌6小时。于0度向反应液中加入三氟乙酸(900μl),搅拌40分钟后,将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc160,Pen-Hph(4-Cl)-pCpA)(12mg,2个工序23%)。

  LCMS(ESI)m/z=931(M+H)+

  保留时间:0.62分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc164(Pen-MeHph(4-Cl)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  (2S)-4-(4-氯苯基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc161,H-MeHph(4-Cl)-OH)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(4-氯苯基)丁酸(化合物aa81,Fmoc-MeHph(4-Cl)-OH)(180.5mg,0.401mmol)溶解于二甲基甲酰胺(1.15ml),加入1,8-二氮杂双环[5.4.0]-7-十一碳烯(DBU)(36.3μl,0.241mmol),于室温搅拌2小时。之后,向反应液中加入0.1%甲酸水溶液,利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(2S)-4-(4-氯苯基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc161,H-MeHph(4-Cl)-OH)(56.5mg,62%)。

  LCMS(ESI)m/z=228(M+H)+

  保留时间:0.42分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(4-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸(化合物pc162,Pen-MeHph(4-Cl)-OH)的合成

  

  将(2S)-4-(4-氯苯基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc161,H-MeHph(4-Cl)-OH)(56.5mg,0.248mmol)溶解于四氢呋喃/水(0.35ml/0.35ml)中,添加了碳酸钠(87mg,0.819mmol)。之后,加入戊-4-烯酰氯(55.0μl,0.496mmol),于室温搅拌。之后,进一步加入戊-4-烯酰氯(55.0μl,0.496mmol)和碳酸钠(87mg,0.819mmol),于室温搅拌90分钟。加入甲酸(95μl,2.481mmol)而终止反应,将四氢呋喃通过减压浓缩除去而得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(2S)-4-(4-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸(化合物pc162,Pen-MeHph(4-Cl)-OH)(55.1mg,72%)。

  LCMS(ESI)m/z=310(M+H)+

  保留时间:0.76分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(4-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸氰基甲酯(化合物pc163,Pen-MeHph(4-Cl)-OCH2CN)的合成

  

  将(2S)-4-(4-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸(化合物pc162,Pen-MeHph(4-Cl)-OH)(53.9mg,0.174mmol)和2-溴乙腈(24.27μl,0.348mmol)溶解于二甲基甲酰胺(580μl)中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(91μl,0.522mmol),于室温搅拌。之后,向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,利用叔丁基甲基醚进行萃取。用饱和食盐水洗涤有机层之后,利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,由此得到了(2S)-4-(4-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸氰基甲酯(化合物pc163,Pen-MeHph(4-Cl)-OCH2CN)(50.7mg,84%)。

  LCMS(ESI)m/z=349(M+H)+

  保留时间:0.86分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(4-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸[(2R,3S,4R,5R)-2-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代-嘧啶-1-基)-4-羟基-2-(膦酰氧基甲基)四氢呋喃-3-基]氧基-羟基-磷酰基]氧基甲基]-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-4-羟基-四氢呋喃-3-基](化合物pc164,Pen-MeHph(4-Cl)-pCpA)的合成

  

  将磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(52.5mg,0.073mmol)溶解于水(2.2ml)中,加入缓冲液A(22ml)中。向该水溶液中加入(2S)-4-(4-氯苯基)-2-[甲基(戊-4-烯酰基)氨基]丁酸氰基甲酯(化合物pc163,Pen-MeHph(4-Cl)-OCH2CN)(50.7mg,0.145mmol)的乙腈溶液(1.1ml),于室温搅拌30分钟。之后,向反应液中于0度加入三氟乙酸(1.1ml,14.28mmol),搅拌30分钟。之后,将反应液利用水(25ml)稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc164,Pen-MeHph(4-Cl)-pCpA)(31.3mg,46%)。

  LCMS(ESI)m/z=945(M+H)+

  保留时间:0.54分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-3-((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)丙酸(化合物pc165,Boc-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向氢化钠(731mg,18.27mmol,60%油分散)的N,N-二甲基甲酰胺溶液(10ml)中于0度滴加利用市售而购买的(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-3-羟基丙酸(Boc-Ser-OH)(1.136g,5.54mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(10ml)溶液,搅拌1小时。向反应溶液中滴加3-(溴甲基)-5-氟吡啶氢溴酸盐(化合物aa15)(1.5g,5.54mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(10ml)溶液,于室温搅拌16小时。向反应溶液中加入饱和氯化铵水溶液,利用乙酸乙酯进行两次萃取。将有机层利用水、饱和食盐水洗涤两次之后,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-3-((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)丙酸(化合物pc165,Boc-Ser(3-F,5-Me-Pyr)-OH)(500mg)。

  LCMS(ESI)m/z=313(M-H)-

  保留时间:0.63分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-3-((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(化合物pc166,Pen-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)的合成

  

  室温下,向(S)-2-((叔丁氧羰基)氨基)-3-((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)丙酸(化合物pc165,Boc-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(195mg,0.620mmol)的1,4-二噁烷溶液(2.2ml)中加入4N盐酸/1,4-二噁烷溶液(4ml),于室温搅拌2小时。向反应液中进一步加入4N盐酸/1,4-二噁烷溶液(2ml)而搅拌30分钟,进行减压浓缩。将得到的残渣和碳酸钠(255mg,2.40mol)溶解于水(5.01ml)与1,4-二噁烷(3.0ml),于室温加入戊-4-烯酰氯(146μl,1.32mmol)搅拌45分钟。进一步于室温加入戊-4-烯酰氯(45μl,0.41mmol)搅拌45分钟。将向反应液加入1N盐酸水溶液(1.60ml)而进行减压浓缩而得到的残渣用水稀释之后,利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-3-((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(化合物pc166,Pen-Ser(3-F,5-Me-Pyr)-OH)(95.4mg)。

  LCMS(ESI)m/z=297(M+H)+

  保留时间:0.59分钟(分析条件SQDAA05)

  3-((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc167,Pen-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-3-((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(化合物pc166,Pen-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(85mg,0.287mmol)的二甲基甲酰胺(DMF)溶液(2.87ml)中,于室温加入2-溴乙腈(20.0μl,0.0287mmol)、N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(75μl,0.43mmol),搅拌4小时。向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,利用乙酸乙酯萃取,利用水洗涤3次、利用饱和食盐水进行洗涤后,将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤,减压浓缩,得到了粗产物3-((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc167,Pen-Ser(3-F,5-Me-Pyr)-OCH2CN)(68.4mg,71%)。

  LCMS(ESI)m/z=336(M+H)+

  保留时间:0.72分钟(分析条件SQDAA05)

  3-((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc168,Pen-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(14ml)中,向磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(48.8mg,0.068mmol)的水溶液(0.9ml)中加入作为上述粗产物的3-((5-氟吡啶-3-基)甲氧基)-2-(戊-4-烯酰胺)丙酸(S)-氰基甲酯(化合物pc167,Pen-Ser(3-F,5-Me-Pyr)-OCH2CN)(68.0mg,0.203mmol)的乙腈溶液(0.55ml),于室温搅拌90分钟。向反应液于室温加入乙酸(14ml),搅拌90分钟。将反应液利用水(80ml)稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc168,Pen-Ser(3-F-5-Me-Pyr)-pCpA)(20.9mg,2个工序33%)。

  LCMS(ESI)m/z=931(M+H)+

  保留时间:0.37分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-3-[(5-氟吡啶-3-基)甲氧基]-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(化合物pc169,Pen-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OH)的合成

  

  N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa67,Fmoc-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(7.00g,15.5mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(DMF)(95ml)溶液中,于室温加入哌啶(24ml)而进行搅拌。16小时之后,加入乙醚(100ml),搅拌30分钟。滤取沉淀物,以粗产物的形式得到了(2S)-3-[(5-氟吡啶-3-基)甲氧基]-2-(甲基氨基)丙酸(H-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(2.75g)。

  将上述(2S)-3-[(5-氟吡啶-3-基)甲氧基]-2-(甲基氨基)丙酸(H-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OH)溶解于水(50ml)与1,4-二噁烷(50ml)的混合液中,碳酸氢钠(2.03g,24.2mmol)及2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(4.75g,24.1mmol)加入,于室温搅拌16小时。将反应液用乙醚洗涤2次,将水层利用盐酸水溶液(1mol/L)调整为pH=2。利用二氯甲烷萃取2次,利用无水硫酸钠进行干燥之后,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的粗产物利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(2S)-3-[(5-氟吡啶-3-基)甲氧基]-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(化合物pc169,Pen-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(1.66g,44%)。

  LCMS(ESI)m/z=311(M+H)+

  保留时间:1.14分钟(分析条件SMD方法33)

  (2S)-3-[(5-氟吡啶-3-基)甲氧基]-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸氰基甲酯(化合物pc170,Pen-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OCH2CN)的合成

  

  (2S)-3-[(5-氟吡啶-3-基)甲氧基]-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(化合物pc169,Pen-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OH)(1.65g,5.32mmol)、2-溴乙腈(2.55g,21.3mmol)及N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(1.37g,10.6mmol)溶解于二氯甲烷(DCM)(100ml)中,于25度搅拌。16小时之后,将反应液在减压下蒸馏除去溶剂。将残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(2S)-3-[(5-氟吡啶-3-基)甲氧基]-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸氰基甲酯(化合物pc170,Pen-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OCH2CN)(1.00g,54%)。

  LCMS(ESI)m/z=350(M+H)+

  保留时间:0.90分钟(分析条件SMD方法9)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-((5-氟吡啶-3-基)甲基)-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc171,Pen-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(75ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)及(2S)-3-[(5-氟吡啶-3-基)甲氧基]-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸氰基甲酯(化合物pc170,Pen-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-OCH2CN)(580mg,1.66mmol),于室温搅拌2小时。

  向反应液中加入三氟乙酸(TFA)(1.6ml),将反应液冷冻干燥,将残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc171,Pen-MeSer(3-F-5-Me-Pyr)-pCpA)(60mg,8%)。

  LCMS(ESI)m/z=945(M+H)+

  保留时间:0.42分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-氨基-5-苯基戊酸(化合物pc172,H-Phe{#(CH2)2}-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-5-苯基戊酸(Fmoc-Phe{#(CH2)2}-OH,购自渡边化学工业)(500mg,1.203mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液(1.2ml)中于室温加入4-(3-苯基丙基)哌啶(0.510ml,2.407mmol)。将反应液于室温搅拌23小时之后,利用二氯甲烷(DCM)稀释,用水进行萃取。将得到的水层浓缩,冷冻干燥,向得到的残渣加入二甲基亚砜(DMSO)和甲酸后,通过反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)纯化2次,得到了(S)-2-氨基-5-苯基戊酸(化合物pc172,H-Phe{#(CH2)2}-OH)(80mg,34%)。

  LCMS(ESI)m/z=194(M+H)+

  保留时间:0.37分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-(戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸(化合物pc173,Pen-Phe{#(CH2)2}-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-氨基-5-苯基戊酸(化合物pc172,H-Phe{#(CH2)2}-OH)(80mg,0.414mmol)的水溶液(2.0ml)中于室温加入碳酸钠(101mg,0.952mmol),搅拌至反应液变为透明。向反应液于室温滴加戊-4-烯酰氯(0.092ml,0.828mmol)的四氢呋喃(THF)溶液(2.0ml),搅拌8小时。于室温向反应液进一步加入戊-4-烯酰氯(0.092ml,0.828mmol)、碳酸钠(101mg,0.952mmol),1搅拌5小时。向反应液加入甲酸(0.159ml),通过减压浓缩除去四氢呋喃(THF)之后,利用二甲基亚砜(DMSO)进行稀释。将得到的溶液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸(化合物pc173,Pen-Phe{#(CH2)2}-OH)(67mg,59%)。

  LCMS(ESI)m/z=276(M+H)+

  保留时间:0.67分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-(戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸氰基甲酯(化合物pc174,Pen-Phe{#(CH2)2}-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸(化合物pc173,Pen-Phe{#(CH2)2}-OH)(67mg,0.243mmol)的乙腈溶液(0.5ml)中加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(0.127ml,0.730mmol)、2-溴乙腈(0.102ml,1.460mmol),于室温搅拌3小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸氰基甲酯(化合物pc174,Pen-Phe{#(CH2)2}-OCH2CN)(67mg,88%)。

  LCMS(ESI)m/z=315(M+H)+

  保留时间:0.77分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-2-(戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((膦酰氧基)甲基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基(pc175,Pen-Phe{#(CH2)2}-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(12ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(19.0mg,0.026mmol)的水溶液(1.2ml)、(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸氰基甲酯(化合物pc174,Pen-Phe{#(CH2)2}-OCH2CN)(33mg,0.105mmol)的乙腈溶液(0.6ml),于室温搅拌4小时30分钟。将反应液冷冻干燥,向得到的残渣中于室温加入80%乙酸水溶液(3.0ml),搅拌5小时。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc175,Pen-Phe{#(CH2)2}-pCpA)(8.5mg,2个工序36%)。

  LCMS(ESI)m/z=910(M+H)+

  保留时间:0.49分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-(甲基氨基)-5-苯基戊酸(化合物pc176,H-MePhe{#(CH2)2}-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-5-苯基戊酸(化合物aa82,Fmoc-MePhe{#(CH2)2}-OH)(488mg,1.136mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液(2.2ml)中于室温加入4-(3-苯基丙基)哌啶(0.481ml,2.272mmol),搅拌20小时。向反应液中加入二氯甲烷(DCM),过滤之后,将得到的固体用二氯甲烷(DCM)和己烷洗涤,以白色固体的形式得到了(S)-2-(甲基氨基)-5-苯基戊酸(化合物pc176,H-MePhe{#(CH2)2}-OH)(213mg,90%)。

  LCMS(ESI)m/z=208(M+H)+

  保留时间:0.38分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸(化合物pc177,Pen-MePhe{#(CH2)2}-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-(甲基氨基)-5-苯基戊酸(化合物pc176,H-MePhe{#(CH2)2}-OH)(213mg,1.028mmol)的水溶液(5.0ml)中于室温加入碳酸钠(251mg,2.364mmol),搅拌至反应液变为透明。向反应液中于室温滴加戊-4-烯酰氯(0.228ml,2.055mmol)的四氢呋喃(THF)溶液(5.0ml),搅拌4小时20分钟。于室温向反应液进一步加入戊-4-烯酰氯(0.228ml,2.055mmol)、碳酸钠(251mg,2.364mmol),搅拌40分钟。向反应液加入甲酸(0.394ml),通过减压浓缩除去四氢呋喃(THF)之后,利用二甲基亚砜(DMSO)进行稀释。将得到的溶液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸(化合物pc177,Pen-MePhe{#(CH2)2}-OH)(250mg,84%)。

  LCMS(ESI)m/z=290(M+H)+

  保留时间:0.74分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸氰基甲酯(化合物pc178,Pen-MePhe{#(CH2)2}-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸(化合物pc177,Pen-MePhe{#(CH2)2}-OH)(250mg,0.864mmol)的乙腈溶液(2.0ml)中加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(0.453ml,2.59mmol)、2-溴乙腈(0.361ml,5.18mmol),于室温搅拌5小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸氰基甲酯(化合物pc178,Pen-MePhe{#(CH2)2}-OCH2CN)(252mg,89%)。

  LCMS(ESI)m/z=329(M+H)+

  保留时间:0.84分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc179,Pen-MePhe{#(CH2)2}-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(25ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(50.0mg,0.069mmol)的水溶液(2.5ml)、(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-5-苯基戊酸氰基甲酯(化合物pc178,Pen-MePhe{#(CH2)2}-OCH2CN)(91mg,0.277mmol)的乙腈溶液(1.5ml),于室温搅拌3小时。将反应液冷冻干燥,向得到的残渣中于室温加入80%乙酸水溶液(8.0ml),搅拌7小时30分钟。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc179,Pen-MePhe{#(CH2)2}-pCpA)(30mg,2个工序47%)。

  LCMS(ESI)m/z=924(M+H)+

  保留时间:0.53分钟(分析条件SQDFA05)

  O-苄基-L-丝氨酸(化合物pc180,H-Ser(Bn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-苄基-L-丝氨酸(Fmoc-Ser(Bn)-OH,购自渡边化学工业)(490mg,1.174mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液(2.4ml)中于室温加入4-(3-苯基丙基)哌啶(0.497ml,2.348mmol),搅拌18小时。将反应液用二氯甲烷(DCM)稀释,过滤之后,将得到的固体用二氯甲烷(DCM)和己烷洗涤,得到了O-苄基-L-丝氨酸(化合物pc180,H-Ser(Bn)-OH)(211mg,92%)。

  LCMS(ESI)m/z=196(M+H)+

  保留时间:0.31分钟(分析条件SQDFA05)

  O-苄基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc181,Pen-Ser(Bn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向O-苄基-L-丝氨酸(化合物pc180,H-Ser(Bn)-OH)(211mg,1.081mmol)的水溶液(5.0ml)中于室温加入碳酸钠(263mg,2.486mmol),搅拌至反应液变为透明。向反应液中于室温滴加戊-4-烯酰氯(0.240ml,2.162mmol)的四氢呋喃(THF)溶液(5.0ml),搅拌8小时。于室温向反应液进一步加入戊-4-烯酰氯(0.240ml,2.162mmol)、碳酸钠(263mg,2.486mmol),搅拌15小时。向反应液中加入甲酸(0.415ml),通过减压浓缩除去四氢呋喃(THF)之后,利用二甲基亚砜(DMSO)进行稀释。将得到的溶液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-苄基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc181,Pen-Ser(Bn)-OH)(237mg,79%)。

  LCMS(ESI)m/z=278(M+H)+

  保留时间:0.60分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基O-苄基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc182,Pen-Ser(Bn)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向O-苄基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc181,Pen-Ser(Bn)-OH)(237mg,0.855mmol)的乙腈溶液(2.0ml)中加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(0.448ml,2.56mmol)、2-溴乙腈(0.357ml,5.13mmol),于室温搅拌3小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基O-苄基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc182,Pen-Ser(Bn)-OCH2CN)(252mg,93%)。

  LCMS(ESI)m/z=317(M+H)+

  保留时间:0.72分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-苄基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc183,Pen-Ser(Bn)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(22ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(45.7mg,0.063mmol)的水溶液(2.2ml)、氰基甲基O-苄基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc182,Pen-Ser(Bn)-OCH2CN)(80mg,0.253mmol)的乙腈溶液(1.1ml),于室温搅拌4小时30分钟。将反应液冷冻干燥,向得到的残渣于室温加入80%乙酸水溶液(5.0ml),搅拌5小时。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc183,Pen-Ser(Bn)-pCpA)(19.5mg,2个工序34%)。

  LCMS(ESI)m/z=912(M+H)+

  保留时间:0.63分钟(分析条件SMD方法24)

  O-苄基-N-甲基-L-丝氨酸(化合物pc184,H-MeSer(Bn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-苄基-N-甲基-L-丝氨酸(化合物aa83,Fmoc-MeSer(Bn)-OH)(425mg,0.985mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液(2.0ml)中,于室温加入4-(3-苯基丙基)哌啶(0.417ml,1.970mmol),搅拌20小时。向反应液中加入二氯甲烷(DCM),过滤之后,将得到的固体用二氯甲烷(DCM)和己烷洗涤,以白色固体的形式得到了O-苄基-N-甲基-L-丝氨酸(化合物pc184,H-MeSer(Bn)-OH)(183mg,89%)。

  LCMS(ESI)m/z=210(M+H)+

  保留时间:0.33分钟(分析条件SQDFA05)

  O-苄基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc185,Pen-MeSer(Bn)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向O-苄基-N-甲基-L-丝氨酸(化合物pc184,H-MeSer(Bn)-OH)(183mg,0.875mmol)的水溶液(5.0ml)中,于室温加入碳酸钠(213mg,2.012mmol),搅拌至反应液变为透明。向反应液于室温滴加戊-4-烯酰氯(0.194ml,1.749mmol)的四氢呋喃(THF)溶液(5.0ml),搅拌8小时30分钟。于室温向反应液进一步加入戊-4-烯酰氯(0.194ml,1.749mmol)、碳酸钠(213mg,2.012mmol),搅拌1小时40分钟。向反应液中加入甲酸(0.335ml),通过减压浓缩除去四氢呋喃(THF)之后,利用二甲基亚砜(DMSO)进行稀释。将得到的溶液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了O-苄基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc185,Pen-MeSer(Bn)-OH)(229mg,90%)。

  LCMS(ESI)m/z=292(M+H)+

  保留时间:0.66分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基O-苄基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc186,Pen-MeSer(Bn)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,向O-苄基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸(化合物pc185,Pen-MeSer(Bn)-OH)(229mg,0.786mmol)的乙腈溶液(2.0ml)中加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(0.412ml,2.358mmol)、2-溴乙腈(0.329ml,4.72mmol),于室温搅拌5小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基O-苄基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc186,Pen-MeSer(Bn)-OCH2CN)(252mg,97%)。

  LCMS(ESI)m/z=331(M+H)+

  保留时间:0.78分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基O-苄基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc187,Pen-MeSer(Bn)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(25ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(50.0mg,0.069mmol)的水溶液(2.5ml)、氰基甲基O-苄基-N-甲基-N-(戊-4-烯酰基)-L-丝氨酸酯(化合物pc186,Pen-MeSer(Bn)-OCH2CN)(91mg,0.277mmol)的乙腈溶液(1.5ml),于室温搅拌3小时。将反应液冷冻干燥,向得到的残渣中于室温加入80%乙酸水溶液(8.0ml),搅拌7小时30分钟。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc187,Pen-MeSer(Bn)-pCpA)(26.3mg,2个工序41%)。

  LCMS(ESI)m/z=926(M+H)+

  保留时间:0.48分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S,4R)-4-乙氧基-1-(戊-4-烯酰基)吡咯烷-2-羧酸(化合物pc188,Pen-Hyp(Et)-OH)的合成

  

  于温度20度,向(2S,4R)-1-[(叔丁氧基)羰基]-4-乙氧基吡咯烷-2-羧酸(Boc-Hyp(Et)-OH,CAS编号146060-18-6)(5g,19.28mmol)的二氯甲烷(DCM)(50ml)溶液中鼓入氯化氢气体,同时搅拌。4小时之后,将反应液在减压下蒸馏除去溶剂,以粗产物的形式得到了(2S,4R)-4-乙氧基吡咯烷-2-羧酸盐酸盐(H-Hyp(Et)-OH·HCl)(3.8g)。

  向作为上述粗产物的(2S,4R)-4-乙氧基吡咯烷-2-羧酸盐酸盐(H-Hyp(Et)-OH·HCl)(2.1g,10.7mmol)的水溶液(20ml)中,加入碳酸氢钠(2.50g,29.8mmol),加入2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(2.30g,11.7mmol)的1,4-二噁烷(20ml)溶液,于20度搅拌3小时。利用盐酸水溶液(1mol/L)将pH调整为2,利用乙酸乙酯进行萃取。用饱和食盐水洗涤有机层之后,利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,以粗产物的形式得到了(2S,4R)-4-乙氧基-1-(戊-4-烯酰基)吡咯烷-2-羧酸(Pen-Hyp(Et)-OH)(化合物pc188,2.1g)。

  LCMS(ESI)m/z=242(M+H)+

  保留时间:1.40分钟(分析条件SMD方法5)

  (2S,4R)-4-乙氧基-1-(戊-4-烯酰基)吡咯烷-2-羧酸氰基甲酯(化合物pc189,Pen-Hyp(Et)-OCH2CN)的合成

  

  向2S,4R)-4-乙氧基-1-(戊-4-烯酰基)吡咯烷-2-羧酸(Pen-Hyp(Et)-OH)(化合物pc188,1.50g,6.22mmol)的二氯甲烷(DCM)(20ml)溶液中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(2.00g,15.5mmol)及2-溴乙腈(4.00g,33.4mmol),于20度搅拌。2小时之后,将反应液在减压下蒸馏除去溶剂。将残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(2S,4R)-4-乙氧基-1-(戊-4-烯酰基)吡咯烷-2-羧酸氰基甲酯(化合物pc189,Pen-Hyp(Et)-OCH2CN)(662mg,38%)。

  LCMS(ESI)m/z=281(M+H)+

  保留时间:1.82分钟(分析条件ELSD2)

  (2S,4R)-4-乙氧基-1-(戊-4-烯酰基)吡咯烷-2-羧酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc190,Pen-Hyp(Et)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(100ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(250mg,0.346mmol)的水溶液(3.00ml)、和(2S,4R)-4-乙氧基-1-(戊-4-烯酰基)吡咯烷-2-羧酸氰基甲酯(化合物pc189,Pen-Hyp(Et)-OCH2CN)(388mg,1.38mmol)的乙腈溶液(1.5ml),于室温搅拌2小时。将反应液冷冻干燥,向得到的残渣中加入80%乙酸水溶液(0.6ml),搅拌6小时。将反应液利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc190,Pen-Hyp(Et)-pCpA)(40.8mg,13%)。

  LCMS(ESI)m/z=874(M-H)-

  保留时间:0.39分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-氨基-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物pc191,H-Abu(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物aa109,Fmoc-Abu(pip-4-F2)-OH)(300mg,0.675mmol)溶解于二氯甲烷(1.5ml)后,加入4-(3-苯基丙基)哌啶(286μl,1.35mmol)而于室温搅拌3小时。将得到的反应液直接利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,定量地得到了(S)-2-氨基-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物pc191,H-Abu(pip-4-F2)-OH)(150mg)。

  LCMS(ESI)m/z=223(M+H)+

  保留时间:0.16分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丁酸(化合物pc192,F-Pnaz-Abu(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  向用二甲基亚砜(3ml)溶解的(S)-2-氨基-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物pc191,H-Abu(pip-4-F2)-OH)(80mg,0.36mmol)中,加入另外制备的(4-硝基苯基)-4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(153mg,0.36mmol),于室温搅拌18小时。将得到的反应液直接利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丁酸(化合物pc192,F-Pnaz-Abu(pip-4-F2)-OH)(90mg,49%)。

  LCMS(ESI)m/z=508(M+H)+

  保留时间:0.52分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丁酸氰基甲酯(化合物pc193,F-Pnaz-Abu(pip-4-F2)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丁酸(化合物pc192,F-Pnaz-Abu(pip-4-F2)-OH)(30mg,0.059mmol)利用乙腈(500μl)溶解,向其中于0度加入2-溴乙腈(7.97μl,0.118mmol)、N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(31μl,0.177mmol),搅拌3小时。将反应液减压浓缩,将得到的粗产物利用正相硅胶层析法(己烷/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丁酸氰基甲酯(化合物pc193,F-Pnaz-Abu(pip-4-F2)-OCH2CN)(18.3mg,57%)。

  LCMS(ESI)m/z=547(M+H)+

  保留时间:0.56分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丁酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc194,F-Pnaz-Abu(pip-4-F2)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(8.34ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(9.91mg,0.014mmol)的水溶液(0.2ml)、和(S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丁酸氰基甲酯(化合物pc193,F-Pnaz-Abu(pip-4-F2)-OCH2CN)(15mg,0.027mmol)的乙腈溶液(417μl),于室温搅拌2小时。向反应液中于室温加入加入三氟乙酸(416μl),搅拌30分钟。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc194,F-Pnaz-Abu(pip-4-F2)-pCpA)(3.41mg,22%)。

  LCMS(ESI)m/z=1143(M+H)+

  保留时间:0.47分钟(分析条件SQDFA05)

  2-(4-氟苯基)-N-(4-(羟基甲基)苯基)乙酰胺(化合物pc195)的合成

  

  在氮气氛围中,对于2-(4-氟苯基)乙酸(300mg,1.95mmol)、4-氨基苯基甲醇(264mg,2.14mmol)、DMT-MM(646mg,2.34mmol)的混合物添加了四氢呋喃(9.7ml)后,于40度搅拌2小时。将反应液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了2-(4-氟苯基)-N-(4-(羟基甲基)苯基)乙酰胺(化合物pc195)(400.0mg,79.0%)。

  LCMS(ESI)m/z=260(M+H)+

  保留时间:0.55分钟(分析条件SQDFA05)

  (4-硝基苯基)-4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)的合成

  

  在氮气氛围中,将2-(4-氟苯基)-N-(4-(羟基甲基)苯基)乙酰胺(化合物pc195)(300mg,1.16mmol)溶解于四氢呋喃(1.00ml)中,添加吡啶(0.187ml,2.31mmol)后,将反应液冷却至0度。相对于该反应液于0度缓慢滴加4-硝基苯基氯甲酸酯(233mg,1.16mmol)的四氢呋喃溶液(1.13ml)后,于室温搅拌2小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用己烷-乙酸乙酯 3∶1进行洗涤,得到了(4-硝基苯基)-4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(330.0mg,67%)。

  LCMS(ESI)m/z=425(M+H)+

  保留时间:0.84分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc197,Pen-MeAbu(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  将(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物aa110,Fmoc-MeAbu(pip-4-F2)-OH)(1.4g,3.05mmol)溶解于N,N-二甲基甲酰胺(7ml)中,加入哌啶(2.8ml),于室温搅拌2小时。向得到的反应液加入乙醚(14ml),于室温搅拌30分钟之后,进行过滤。将得到的固体与2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(1.4g,7.10mmol)和碳酸钠(590mg,7.02mmol)的水/1,4-二噁烷溶液(1/1,20ml)于室温搅拌16小时。将反应溶液用乙醚洗涤3次,将水层的pH用5N盐酸水溶液调节为4之后,通过冷冻干燥而浓缩。将得到的残渣利用正相硅胶层析法(二氯甲烷/甲醇)进行纯化,得到了(2S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc197,Pen-MeAbu(pip-4-F2)-OH)(600mg,以2个工序计62%)。

  LCMS(ESI)m/z=319(M+H)+

  保留时间:0.137分钟(分析条件SMD方法16)

  (2S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc199,Pen-MeAbu(pip-4-F2)-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中,向(2S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc197,Pen-MeAbu(pip-4-F2)-OH)(600mg,1.88mmol)的二氯甲烷溶液(20ml)中加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(730mg,5.65mmol)、2-溴乙腈(898mg,7.49mmol),于室温搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(2S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc198,Pen-MeAbu(pip-4-F2)-OCH2CN)(280mg,42%)。

  在缓冲液A(75ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)、(2S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc198,Pen-MeAbu(pip-4-F2)-OCH2CN)(300mg,0.84mmol)的乙腈溶液(2ml),于室温搅拌90分钟。向反应溶液中加入三氟乙酸(1.6ml),将反应液冷冻干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc199,Pen-MeAbu(pip-4-F2)-pCpA)(21mg,2个工序3%)。

  LCMS(ESI)m/z=477(M+2H)2+

  保留时间:0.749分钟(分析条件SMD方法29)

  (2S)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc201,Pen-Abu(pip-3-F2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)丁酸(化合物aa116,Fmoc-MeAbu(pip-3-F2)-OH)(2g,4.36mmol)的N,N-二甲基甲酰胺溶液(10ml)于室温加入哌啶(4ml),搅拌2小时。向反应液加入乙醚(100ml)而搅拌30分钟,将得到的沉淀物过滤,得到了(2S)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc200,H-MeAbu(pip-3-F2)-OH)(979mg,95%)。

  在氮气氛围中,于室温将(2S)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)-2-(甲基氨基)丁酸(化合物pc200,H-MeAbu(pip-3-F2)-OH)(1g,4.23mmol)与2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(2.1g,10.70mmol)与碳酸氢钠(1.43g,17.02mmol)的水/1,4-二噁烷溶液(1/1,40ml)搅拌16小时。将反应溶液用乙醚洗涤3次,用5N盐酸水溶液将水层的pH调节为4,进行冷冻干燥。将得到的残渣利用正相硅胶层析法(二氯甲烷/甲醇)进行纯化,得到了(2S)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc201,Pen-MeAbu(pip-3-F2)-OH)(0.5g)。

  LCMS(ESI)m/z=319(M+H)+

  保留时间:0.334分钟(分析条件SMD方法16)

  (2S)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc203,Pen-MeAbu(pip-3-F2)-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中,向(2S)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸(化合物pc201,Pen-MeAbu(pip-3-F2)-OH)(500mg,1.57mmol)的二氯甲烷溶液(15ml)中加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(610mg)、2-溴乙腈(750mg,6.25mmol),于室温搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了(2S)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc202,Pen-MeAbu(pip-3-F2)-OCH2CN)(380mg)。

  在缓冲液A(75ml)中加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(350mg,0.48mmol)、(2S)-4-(3,3-二氟哌啶-1-基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丁酸氰基甲酯(化合物pc202,Pen-MeAbu(pip-3-F2)-OCH2CN)(350mg,0.98mmol)的乙腈溶液(2ml),于室温搅拌2小时。向反应液中于室温加入三氟乙酸(1.6ml),搅拌30分钟。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc203,Pen-MeAbu(pip-3-F2)-pCpA)(25mg,3%)。

  LCMS(ESI)m/z=477(M+2H)2+,953(M+H)+

  保留时间:0.887分,0.993分钟(分析条件SMD方法34)

  (S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸(化合物pc204,F-Pnaz-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸(化合物aa88,Fmoc-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(500mg,1.159mmol)的二氯甲烷溶液(5.0ml)中于室温加入4-(3-苯基丙基)哌啶(0.491ml,2.318mmol),搅拌过夜。向反应液中加入叔丁基甲基醚/己烷=1/4和水,利用叔丁基甲基醚/己烷=1/4进行洗涤。将得到的水层利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,定量地得到了(S)-2-氨基-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸(H-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(260mg)。

  向上述(S)-2-氨基-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸(H-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(100mg)的二甲基甲酰胺(DMF)溶液(500μl)中,于室温加入另外制备的(4-硝基苯基)4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(243mg,0.573mmol)、三乙胺(Et3N)(153μl,1.099mmol),于35度搅拌5小时。向反应液中加入水、二甲基亚砜(DMSO),利用反相层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化之后,再次利用反相层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,由此得到了(S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸(化合物pc204,F-Pnaz-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(55mg,2个工序24%)。

  LCMS(ESI)m/z=495(M+H)+

  保留时间:0.74分钟(分析条件SQDAA05)

  (2S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc205,F-Pnaz-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸(化合物pc204,F-Pnaz-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(20mg,0.040mmol)的乙腈溶液(0.4ml)中加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(21.19μl,0.121mmol)、2-溴乙腈(16.9μl,0.243mmol),于室温搅拌3小时30分钟。将反应液浓缩,以粗产物的形式得到了(S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸氰基甲酯(F-Pnaz-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OCH2CN)。

  在缓冲液A(20ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(14.9mg,0.021mmol)的水溶液(2.0ml)、作为上述粗产物的(S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸氰基甲酯(F-Pnaz-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-OCH2CN)的乙腈溶液(1.0ml),于室温搅拌2小时30分钟。于0度向反应液中加入三氟乙酸(TFA)(0.4ml),于0度搅拌40分钟后,将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc205,F-Pnaz-Ala(3-Pyr-4-NMe2)-pCpA)(6.7mg,29%)。

  LCMS(ESI)m/z=1129(M+H)+

  保留时间:0.43分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)丙酸(化合物pc206,F-Pnaz-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)丙酸(化合物aa186,Fmoc-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(181mg,0.406mmol)的二氯甲烷溶液(1.8ml)中于室温加入4-(3-苯基丙基)哌啶(0.172ml,0.813mmol),搅拌过夜。向反应液中加入叔丁基甲基醚/己烷=1/4和水,利用叔丁基甲基醚/己烷=1/4进行洗涤。将得到的水层利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-(甲基氨基)丙酸(H-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(47mg,52%)。

  向上述(S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-(甲基氨基)丙酸(H-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(33mg)的二甲基甲酰胺(DMF)溶液(200μl)中,于室温加入另外制备的(4-硝基苯基)4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(75mg,0.177mmol)、三乙胺(Et3N)(47.4μl,0.340mmol),于35度搅拌7小时之后,于55度搅拌过夜。向反应液中加入甲酸(28.3μl)后,利用反相层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化之后,再次利用反相层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,由此得到了(S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)丙酸(化合物pc206,F-Pnaz-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(19mg,25%)。

  LCMS(ESI)m/z=509(M+H)+

  保留时间:0.75分钟(分析条件SQDAA05)

  (2S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)丙酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc207,F-Pnaz-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)丙酸(化合物pc206,F-Pnaz-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OH)(19mg,0.037mmol)的乙腈溶液(0.4ml)中加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(19.58μl,0.112mmol)、2-溴乙腈(15.61μl,0.224mmol),于室温搅拌5小时30分钟。将反应液浓缩,以粗产物的形式得到了(S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)丙酸氰基甲酯(F-Pnaz-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OCH2CN)。

  在缓冲液A(20ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(13.52mg,0.019mmol)的水溶液(2.0ml)、作为上述粗产物的(S)-3-(6-(二甲基氨基)吡啶-3-基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)(甲基)氨基)丙酸氰基甲酯(F-Pnaz-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-OCH2CN)的乙腈溶液(1.0ml),于室温搅拌1小时30分钟。于0度向反应液中加入三氟乙酸(TFA)(0.4ml),于0度搅拌30分钟后,将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc207,F-Pnaz-MeAla(3-Pyr-4-NMe2)-pCpA)(3.0mg,14%)。

  LCMS(ESI)m/z=1141.5(M-H)-

  保留时间:0.45分钟(分析条件SQDFA05)

  叔丁基N-(叔丁氧羰基)-N-戊基甘氨酸酯(化合物pc208,Boc-nPenGly-OtBu)的合成

  

  在氮气氛围中,向氢化钠(5.2g,216.67mmol,60%油分散)的四氢呋喃(THF)溶液(100ml)中于0度加入叔丁基(叔丁氧羰基)甘氨酸酯(Boc-Gly-OtBu)(20g,86.47mmol)后,将反应液于室温搅拌30分钟,滴加了1-碘戊烷(51.4g,259.54mmol)的二甲基甲酰胺溶液(10ml)。将反应液于室温搅拌16小时之后,加入水,利用乙酸乙酯萃取3次。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵使其干燥而以粗产物的形式得到了叔丁基N-(叔丁氧羰基)-N-戊基甘氨酸酯(化合物pc208,Boc-nPenGly-OtBu)(6.3g)。

  LCMS(ESI)m/z=302(M+H)+

  保留时间:1.37分钟(分析条件SMD方法9)

  氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-N-戊基甘氨酸酯(化合物pc209,Pen-nPenGly-OCH2CN)的合成

  

  将作为如上所述进行得到的粗产物的叔丁基N-(叔丁氧羰基)-N-戊基甘氨酸酯(化合物pc208,Boc-nPenGly-OtBu)(10.2g,33.84mmol)溶解于1,4-二噁烷(37.5ml)中,于0度加入浓盐酸(37.5ml),于室温搅拌16小时。将反应液在减压下蒸馏除去,进一步利用泵使其干燥而以粗产物形式得到了戊基甘氨酸(H-nPenGly-OH)的盐酸盐(4.9g)。

  将如上所述进行得到的作为粗产物的戊基甘氨酸(H-nPenGly-OH)的盐酸盐(6.2g,42.7mmol)溶解于1,4-二噁烷(71ml)/水(71ml)中之后,加入利用文献记载(OrganicLetters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(20g,101.43mmol)和碳酸氢钠(5.7g,85.4mmol),将反应液于35度搅拌16小时。反应完全之后,将反应液用乙醚洗涤2次,添加1.0M盐酸水溶液至水层达到pH=2。将得到的混合物利用二氯甲烷萃取2次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了N-(戊-4-烯酰基)-N-戊基甘氨酸(Pen-nPenGly-OH)(1.8g,7.92mmol)。

  在氮气氛围中,将N-(戊-4-烯酰基)-N-戊基甘氨酸(Pen-nPenGly-OH)(1.8g,7.92mmol)、2-溴乙腈(3.8g,31.68mmol)及N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(2.0g,15.84mmol)的二氯甲烷溶液(36ml)于室温搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-N-戊基甘氨酸酯(化合物pc209,Pen-nPenGly-OCH2CN)(1.6g)。

  LCMS(ESI)m/z=267(M+H)+

  保留时间:1.05分钟(分析条件SMD方法9)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-(戊-4-烯酰基)-N-戊基甘氨酸酯(化合物pc210,Pen-nPenGly-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(75ml)中,加入将磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)、氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-N-戊基甘氨酸酯(化合物pc209,Pen-nPenGly-OCH2CN)(448mg,1.68mmol)的乙腈溶液(3.0ml),于室温搅拌2小时。向反应液中加入三氟乙酸(1.7ml),直接冷冻干燥,将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc210,Pen-nPenGly-pCpA)(40mg,6%)。

  LCMS(ESI)m/z=862(M+H)+

  保留时间:0.48分钟(分析条件SQDFA05)

  N-己基-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸(化合物pc211,Pen-nHexGly-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向氢化钠(6.0g,250mmol,60%油分散)的四氢呋喃(THF)溶液(150ml)中于0度加入叔丁基(叔丁氧羰基)甘氨酸酯(Boc-Gly-OtBu)(25g,108.09mmol)后,将反应液于室温搅拌30分钟,滴加了1-碘己烷(68.8g,324.42mmol)的二甲基甲酰胺溶液(15ml)。将反应液于室温搅拌16小时之后,加入水,利用乙酸乙酯萃取3次。将得到的有机层利用无水硫酸钠进行干燥,在减压下蒸馏除去溶剂,进一步利用泵使其干燥而以粗产物的形式得到了叔丁基N-(叔丁氧羰基)-N-己基甘氨酸酯(Boc-nHexGly-OtBu)(8.3g)。

  将作为粗产物的叔丁基N-(叔丁氧羰基)-N-己基甘氨酸酯(Boc-nHexGly-OtBu)(11.5g)溶解于1,4-二噁烷(40.4ml)中,于0度加入浓盐酸(40.4ml),于室温搅拌16小时。将反应液在减压下蒸馏除去,进一步利用泵使其干燥而以粗产物形式得到了己基甘氨酸(H-nHexGly-OH)的盐酸盐(5.8g)。

  将作为粗产物的己基甘氨酸(H-nHexGly-OH)的盐酸盐(7.1g)溶解于1,4-二噁烷(76ml)/水(76ml)中之后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(21.6g,109.54mmol)和碳酸氢钠(6.1g,72.61mmol),将反应液于35度搅拌16小时。反应完全之后,将反应液用乙醚洗涤2次,添加1.0M盐酸水溶液至水层的液性达到pH=2为止。将得到的混合物利用二氯甲烷萃取2次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了N-己基-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸(化合物pc211,Pen-nHexGly-OH)(4.0g,16.6mmol)。

  LCMS(ESI)m/z=242(M+H)+

  保留时间:0.98分钟(分析条件SMD方法9)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-己基-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸酯(化合物pc212,Pen-nHexGly-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-己基-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸(化合物pc211,Pen-nHexGly-OH)(4.0g,16.6mmol)、2-溴乙腈(8.0g,66.7mmol)及N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(4.3g,33.3mmol)的二氯甲烷溶液(70ml)于室温搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-己基-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸酯(Pen-nHexGly-OCH2CN)(1.2g,26%)。

  在缓冲液A(75ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)、氰基甲基N-己基-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸酯(Pen-nHexGly-OCH2CN)(465mg,1.66mmol)的乙腈溶液(3.0ml),于室温搅拌2小时。向反应液中加入三氟乙酸(1.7ml),直接冷冻干燥,将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc212,Pen-nHexGly-pCpA)(53mg,7%)。

  LCMS(ESI)m/z=876(M+H)+

  保留时间:0.52分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(戊-4-烯酰基)-N-苯乙基甘氨酸(化合物pc213,Pen-(PhEt)NGly-OH)的合成

  

  向2-苯基乙烷-1-胺(6.0g,49.51mmol)的水溶液(80ml)中于0度加入2-溴乙酸(2.3g,16.55mmol)的水溶液(20ml)之后,在于0度滴加了8N的氢氧化钠水溶液(8.2ml)。将反应液于室温搅拌16小时之后,利用乙酸乙酯洗涤3次。将得到的水层在减压下浓缩至达到60mL左右,浓使用盐酸中和至达到pH=7,以混合物的形式得到了苯乙基甘氨酸(H-(PhEt)NGly-OH)的水溶液。

  向为混合物形式的苯乙基甘氨酸(H-(PhEt)NGly-OH)的水溶液中加入1,4-二噁烷(60ml)后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(6.6g,33.47mmol)和碳酸氢钠(2.8g,33.33mmol),将反应液于25度搅拌16小时。将反应液用乙醚洗涤3次,添加1.0M盐酸水溶液至水层的液性达到pH=4。将得到的混合物利用二氯甲烷萃取2次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了N-(戊-4-烯酰基)-N-苯乙基甘氨酸(化合物pc213,Pen-(PhEt)NGly-OH)(1.4g,2个工序32%)。

  LCMS(ESI)m/z=262(M+H)+

  保留时间:0.90分钟(分析条件SMD方法16)

  氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-N-苯乙基甘氨酸酯(化合物pc214,Pen-(PhEt)NGly-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-(戊-4-烯酰基)-N-苯乙基甘氨酸(化合物pc213,Pen-(PhEt)NGly-OH)(1.5g,5.74mmol)、2-溴乙腈(2.74g,22.84mmol)及N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(1.48g,11.45mmol)的二氯甲烷溶液(45ml)于25度搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-N-苯乙基甘氨酸酯(化合物pc214,Pen-(PhEt)NGly-OCH2CN)(1.1g,64%)。

  LCMS(ESI)m/z=301(M+H)+

  保留时间:1.03分钟(分析条件SMD方法16)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-(戊-4-烯酰基)-N-苯乙基甘氨酸酯(化合物pc215,Pen-(PhEt)NGly-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(75ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)、氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-N-苯乙基甘氨酸酯(化合物pc214,Pen-(PhEt)NGly-OCH2CN)(373mg,1.24mmol)的乙腈溶液(2.0ml),于室温搅拌2小时。向反应液中加入三氟乙酸(1.6ml),直接冷冻干燥,将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc215,Pen-(PhEt)NGly-pCpA)(57.5mg,8%)。

  LCMS(ESI)m/z=897(M+H)+

  保留时间:0.50分钟(分析条件SQDFA05)

  氰基甲基N-(2-乙氧基乙基)-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸酯(化合物pc216,Pen-(EtOEt)NGly-OCH2CN)的合成

  

  向2-乙氧基乙烷-1-胺(9.6g,107.87mmol)的水溶液(160ml)中于0度加入2-溴乙酸(5.0g,35.97mmol)的水溶液(40ml)之后,于0度滴加了8N的氢氧化钠水溶液(17.8ml)。将反应液于室温搅拌16小时之后,利用乙酸乙酯洗涤3次。将得到的水层在减压下浓缩至达到200mL左右,使用浓盐酸中和至达到pH=7,得到了为混合物形式的(2-乙氧基乙基)甘氨酸(H-(EtOEt)NGly-OH)的水溶液。

  向为混合物形式的(2-乙氧基乙基)甘氨酸(H-(EtOEt)NGly-OH)的水溶液中加入1,4-二噁烷(200ml)后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(14.0g,71.36mmol)和碳酸氢钠(6.0g,71.42mmol),将反应液于25度搅拌16小时。将反应液用乙醚洗涤3次,添加1.0M盐酸水溶液至水层的液性达到pH=4。将得到的混合物利用二氯甲烷萃取2次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了N-(2-乙氧基乙基)-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸(Pen-(EtOEt)NGly-OH)(3.1g,2个工序38%)。

  在氮气氛围中,将N-(2-乙氧基乙基)-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸(Pen-(EtOEt)NGly-OH)(3.1g,13.52mmol)、2-溴乙腈(6.65g,55.44mmol)及N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(3.61g,27.93mmol)的二氯甲烷溶液(60ml)于25度搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-(2-乙氧基乙基)-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸酯(化合物pc216,Pen-(EtOEt)NGly-OCH2CN)(2.7g,74%)。

  LCMS(ESI)m/z=269(M+H)+

  保留时间:0.87分钟(分析条件SMD方法16)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-(2-乙氧基乙基)-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸酯(化合物pc217,Pen-(EtOEt)NGly-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(75ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)、氰基甲基N-(2-乙氧基乙基)-N-(戊-4-烯酰基)甘氨酸酯(化合物pc216,Pen-(EtOEt)NGly-OCH2CN)(343mg,1.28mmol)的乙腈溶液(2.0ml),于室温搅拌1小时。向反应液中加入三氟乙酸(1.6ml),直接冷冻干燥,将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc217,Pen-(EtOEt)NGly-pCpA)(50.0mg,7%)。

  LCMS(ESI)m/z=865(M+H)+

  保留时间:0.40分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(戊-4-烯酰基)-N-(2-苯氧基乙基)甘氨酸(化合物pc218,Pen-(PhOEt)NGly-OH)的合成

  

  向2-苯氧基乙烷-1-胺(14.8g,108.03mmol)的水溶液(160ml)中于0度加入2-溴乙酸(5.0g,35.97mmol)的水溶液(40ml)之后,于0度滴加了8N的氢氧化钠水溶液(17.8ml)。将反应液于室温搅拌16小时之后,利用乙酸乙酯洗涤3次。将得到的水层在减压下浓缩至达到100ml左右,使用浓盐酸中和至达到pH=7,得到了为混合物形式的(2-苯氧基乙基)甘氨酸(H-(PhOEt)NGly-OH)的水溶液。

  向为混合物形式的(2-苯氧基乙基)甘氨酸(H-(PhOEt)NGly-OH)的水溶液中加入1,4-二噁烷(100ml)后,加入利用文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(14.0g,71.36mmol)和碳酸氢钠(6.0g,71.42mmol),将反应液于25度搅拌16小时。将反应液用乙醚洗涤3次,添加5N盐酸水溶液至水层的液性达到pH=4。将得到的混合物利用二氯甲烷萃取2次,将有机层利用无水硫酸钠进行干燥,过滤之后,减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了N-(戊-4-烯酰基)-N-(2-苯氧基乙基)甘氨酸(化合物pc218,Pen-(PhOEt)NGly-OH)(2.2g,2个工序22%)。

  LCMS(ESI)m/z=278(M+H)+

  保留时间:0.91分钟(分析条件SMD方法16)

  氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-N-(2-苯氧基乙基)甘氨酸酯(化合物pc219,Pen-(PhOEt)NGly-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-(戊-4-烯酰基)-N-(2-苯氧基乙基)甘氨酸(化合物pc218,Pen-(PhOEt)NGly-OH)(2.2g,7.93mmol)、2-溴乙腈(3.78g,31.51mmol)及N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(2.04g,15.78mmol)的二氯甲烷溶液(60ml)于25度搅拌16小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,得到了氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-N-(2-苯氧基乙基)甘氨酸酯(化合物pc219,Pen-(PhOEt)NGly-OCH2CN)(2.0g,80%)。

  LCMS(ESI)m/z=317(M+H)+

  保留时间:1.02分钟(分析条件SMD方法16)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-(戊-4-烯酰基)-N-(2-苯氧基乙基)甘氨酸酯(化合物pc220,Pen-(PhOEt)NGly-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(75ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(300mg,0.42mmol)、氰基甲基N-(戊-4-烯酰基)-N-(2-苯氧基乙基)甘氨酸酯(化合物pc219,Pen-(PhOEt)NGly-OCH2CN)(393mg,1.24mmol)的乙腈溶液(2.0ml),于室温搅拌1小时。向反应液中加入三氟乙酸(1.6ml),直接冷冻干燥,将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc220,Pen-(PhOEt)NGly-pCpA)(53.3mg,7%)。

  LCMS(ESI)m/z=913(M+H)+

  保留时间:0.49分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc222(F-Pnaz-Pro(pip-4-F2)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  (2S,4R)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基]吡咯烷-2-羧酸(化合物pc221,F-Pnaz-Pro(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  将(2S,4R)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa129,H-Pro(pip-4-F2)-OH)(135mg,0.576mmol)溶解于二甲基亚砜(2ml)中,加入三乙胺(0.161ml,1.153mmol)及(4-硝基苯基)-4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(245mg,0.576mmol),于室温搅拌5小时。向反应液中加入0.1%乙酸铵水溶液(2ml)后,利用反相柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了(2S,4R)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基]吡咯烷-2-羧酸(化合物pc221,F-Pnaz-Pro(pip-4-F2)-OH)(143mg,48%)。

  LCMS(ESI)m/z=520(M+H)+

  保留时间:0.77分钟(分析条件SQDAA05)

  (2S,4R)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)吡咯烷-1,2-二羧酸1-(4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)2-((2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基)酯(化合物pc222,F-Pnaz-Pro(pip-4-F2)-pCpA)的合成

  

  将磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.554mmol)溶解于水(2.0ml)中,加入四丁基氢氧化铵(40%水溶液,0.9g,1.387mmol)进行搅拌。通过冷冻干燥除去水,由此得到了磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲基四丁基铵盐(0.723g)。

  接着将(2S,4R)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基]吡咯烷-2-羧酸(化合物pc221,F-Pnaz-Pro(pip-4-F2)-OH)(80mg,0.154mmol)及2-溴乙腈(10.2μl,0.146mmol)溶解于二甲基甲酰胺(0.6ml)中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(0.054ml,0.308mmol),于室温搅拌17小时。向该反应液中加入事先调整的磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲基四丁基铵盐(125mg),于50度搅拌46小时。冷却至室温之后,向反应液中加入甲酸(0.030ml,0.770mmol),利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)纯化。将级分进行冷冻干燥而得到的残渣溶解于5%三氟乙酸水溶液中,于室温搅拌30分钟。之后,添加水进行稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化。将级分进行冷冻干燥,得到了标题化合物(化合物pc222,F-Pnaz-Pro(pip-4-F2)-pCpA)(7.7mg,9%)。

  LCMS(ESI)m/z=1155(M+H)+

  保留时间:0.44分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc224(F-Pnaz-cisPro(pip-4-F2)-OH)的合成依照以下方案进行。

  

  (2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基]吡咯烷-2-羧酸(化合物pc223,F-Pnaz-cisPro(pip-4-F2)-OH)的合成

  

  将(2S,4S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)吡咯烷-2-羧酸(化合物aa132,H-cisPro(pip-4-F2)-OH)(90mg,0.384mmol)溶解于二甲基亚砜(1.5ml)中,加入三乙胺(0.107ml,0.768mmol)及(4-硝基苯基)-4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(163mg,0.384mmol),于室温搅拌5小时。向反应液加入0.1%乙酸铵水溶液(2ml)后,利用反相柱层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,得到了(2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基]吡咯烷-2-羧酸(化合物pc223,F-Pnaz-cisPro(pip-4-F2)-OH)(161mg,81%)。

  LCMS(ESI)m/z=520(M+H)+

  保留时间:0.80分钟(分析条件SQDAA05)

  (2S,4S)-4-(4,4-二氟哌啶-1-基)吡咯烷-1,2-二羧酸1-(4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)2-((2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基)酯(化合物pc224,F-Pnaz-cisPro(pip-4-F2)-pCpA)的合成

  

  将磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.554mmol)溶解于水(2.0ml)中,加入四丁基氢氧化铵(40%水溶液,0.9g,1.387mmol)进行搅拌。通过冷冻干燥除去水,由此得到了磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲基四丁基铵盐(0.723g)。

  接着将(2S,4S)-4-(4,4-二氟-1-哌啶基)-1-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基]吡咯烷-2-羧酸(化合物pc223,F-Pnaz-cisPro(pip-4-F2)-OH)(100mg,0.192mmol)及2-溴乙腈(0.013ml,0.183mmol)溶解于二甲基甲酰胺(0.6ml)中,加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(0.067ml,0.385mmol),于室温搅拌17小时。向该反应液加入事先调整的磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲基四丁基铵盐(155mg),于50度搅拌46小时。冷却至室温之后,向反应液加入甲酸(0.037ml,0.960mmol),利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化。将级分进行冷冻干燥而得到的残渣溶解于5%三氟乙酸水溶液中,于室温搅拌30分钟。之后,添加水进行稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化。将级分进行冷冻干燥,得到了标题化合物(化合物pc224,F-Pnaz-cisPro(pip-4-F2)-pCpA)(7.2mg,7%)。

  LCMS(ESI)m/z=1155(M+H)+

  保留时间:0.46分钟(分析条件SQDFA05)

  化合物pc228(F-Pnaz-Abu(Mor)-pCpA)的合成依照以下方案进行。

  

  (2S)-2-氨基-4-吗啉代-丁酸(化合物pc225,H-Abu(Mor)-OH)的合成

  

  (S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-4-吗啉代丁酸(化合物aa123,Fmoc-Abu(Mor)-OH)(12.5g,30.45mmol)溶解于二甲基甲酰胺(30ml)中,加入哌啶(8ml)搅拌2小时。之后,将反应液用乙醚稀释,将析出的固体回收,得到了(2S)-2-氨基-4-吗啉代-丁酸(化合物pc225,H-Abu(Mor)-OH)(4g,70%)。

  LCMS(ESI)m/z=189(M+H)+

  保留时间:0.238分钟(分析条件SMD方法39)

  (2S)-2-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基氨基]-4-吗啉代-丁酸(化合物pc226,F-Pnaz-Abu(Mor)-OH)的合成

  

  将(2S)-2-氨基-4-吗啉代-丁酸(化合物pc225,H-Abu(Mor)-OH)(640mg,3.40mmol),(4-硝基苯基)-4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(1.3g,3.06mmol)及三乙胺(0.85ml,6.12mmol)溶解于二甲基亚砜(12ml)中,在氮气氛围中于25度搅拌16小时。之后,将反应液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(2S)-2-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基氨基]-4-吗啉代-丁酸(化合物pc226,F-Pnaz-Abu(Mor)-OH)(1.0g,69%)。

  LCMS(ESI)m/z=474(M+H)+

  保留时间:0.74分钟(分析条件SMD方法43)

  (2S)-2-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基氨基]-4-吗啉代-丁酸氰基甲酯(化合物pc227,F-Pnaz-Abu(Mor)-OCH2CN)的合成

  

  将(2S)-2-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基氨基]-4-吗啉代-丁酸(化合物pc226,F-Pnaz-Abu(Mor)-OH)(1g,2.11mmol)、N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(540mg,4.18mmol)及2-溴乙腈(1g,8.34mmol)溶解于二氯甲烷(30ml)中,在氮气氛围中于25度搅拌48小时。之后,将反应液减压浓缩,将得到的残渣利用正相柱层析(二氯甲烷/丙酮)进行纯化,得到了(2S)-2-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基氨基]-4-吗啉代-丁酸氰基甲酯(化合物pc227,F-Pnaz-Abu(Mor)-OCH2CN)(505mg,47%)。

  LCMS(ESI)m/z=513(M+H)+

  保留时间:0.66分钟(分析条件SMD方法44)

  (2S)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)-4-吗啉代丁酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc228,F-Pnaz-Abu(Mor)-pCpA)的合成

  

  将磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.554mmol)溶解于缓冲液A(100ml)中,经历15分钟添加了(2S)-2-[[4-[[2-(4-氟苯基)乙酰基]氨基]苯基]甲氧基羰基氨基]-4-吗啉代-丁酸氰基甲酯(化合物pc227,F-Pnaz-Abu(Mor)-OCH2CN)(150mg,0.29mmol)的乙腈溶液(5.0ml)。于室温搅拌1小时之后,加入三氟乙酸(2.3ml),将反应液冷冻干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc228,F-Pnaz-Abu(Mor)-pCpA)(33.2mg,10%)。

  LCMS(ESI)m/z=1109(M+H)+

  保留时间:1.12分钟(分析条件SMD方法34)

  N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)-N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)甘氨酸(化合物pc229,F-Pnaz-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OH)的合成

  

  向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)甘氨酸(化合物aa126,Fmoc-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OH)(1.081mg,2.433mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液中于室温加入4-(3-苯基丙基)哌啶(2.061ml,9.73mmol),搅拌30分钟。向反应液中加入水,利用反相层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,由此得到了(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)甘氨酸(H-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OH)(585.6mg)。

  向上述(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)甘氨酸(H-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OH)(150mg)中加入二甲基亚砜(DMSO)(3.0ml)、三乙胺(Et3N)(400μl)后,于室温加入另外制备的(4-硝基苯基)-4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(356mg,0.829mmol),搅拌10分钟。将反应液利用二甲基亚砜(DMSO)稀释,通过反相层析(10mM乙酸铵水溶液/甲醇)进行纯化,由此得到了N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)-N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)甘氨酸(化合物pc229,F-Pnaz-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OH)(253.5mg,2个工序80%)。

  LCMS(ESI)m/z=508(M+H)+

  保留时间:0.75分钟(分析条件SQDAA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)-N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)甘氨酸酯(化合物pc230,F-Pnaz-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)-N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)甘氨酸(化合物pc229,F-Pnaz-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OH)(48mg,0.094mmol)、2-溴乙腈(13μl,0.188mmol)及N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(48μl,0.282mmol)的乙腈溶液(0.797ml)于室温搅拌30分钟。将反应液浓缩,将得到的氰基甲基N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)-N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)甘氨酸酯(F-Pnaz-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OCH2CN)的混合物直接用于以下反应。

  在缓冲液A(30ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(47.5mg,0.066mmol)、上述氰基甲基N-(2-(4,4-二氟哌啶-1-基)乙基)-N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)甘氨酸酯(F-Pnaz-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-OCH2CN)的混合物(25.7mg,0.047mmol)的乙腈溶液(3.0ml),于室温搅拌3小时。向反应液中于0度加入三氟乙酸(TFA)(1.7ml),搅拌15分钟。将反应液利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc230,F-Pnaz-(2-(pip-4-F2)-Et)Gly-pCpA)(11.9mg)。

  LCMS(ESI)m/z=1143(M+H)+

  保留时间:0.46分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-3-(4-(二氟甲基)苯基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸(化合物pc231,F-Pnaz-Phe(4-CHF2)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向市售的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(4-(二氟甲基)苯基)丙酸(Fmoc-Phe(4-CHF2)-OH)(300mg,0.686mmol)的二氯甲烷溶液(3.0ml)中于室温加入4-(3-苯基丙基)哌啶(0.291ml,1.372mmol),搅拌过夜。向反应液中加入叔丁基甲基醚/己烷=1/4和水,利用叔丁基甲基醚/己烷=1/4进行洗涤。将得到的水层利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-氨基-3-(4-(二氟甲基)苯基)丙酸(H-Phe(4-CHF2)-OH)(128mg,87%)。

  向上述(S)-2-氨基-3-(4-(二氟甲基)苯基)丙酸(H-Phe(4-CHF2)-OH)(128mg)的二甲基甲酰胺(DMF)溶液(2.0ml)中,于室温加入另外制备的(4-硝基苯基)-4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(303mg,0.714mmol)、三乙胺(Et3N)(191μl,1.368mmol),于40度搅拌2小时。向反应液于室温加入水、二甲基亚砜(DMSO),利用反相层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,由此得到了(S)-3-(4-(二氟甲基)苯基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸(化合物pc231,F-Pnaz-Phe(4-CHF2)-OH)(262mg,88%)。

  LCMS(ESI)m/z=501(M+H)+

  保留时间:0.72分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-3-(4-(二氟甲基)苯基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc232,F-Pnaz-Phe(4-CHF2)-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-3-(4-(二氟甲基)苯基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸(化合物pc231,F-Pnaz-Phe(4-CHF2)-OH)(35mg,0.070mmol)的乙腈溶液(0.8ml)中加入N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(36.6μl,0.210mmol)、2-溴乙腈(29.2μl,0.420mmol),于室温搅拌过夜。将反应液浓缩,以粗产物的形式得到了(S)-3-(4-(二氟甲基)苯基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸氰基甲酯(F-Pnaz-Phe(4-CHF2)-OCH2CN)。

  在缓冲液A(20ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(25mg,0.035mmol)的水溶液(2.0ml)、作为上述粗产物的(S)-3-(4-(二氟甲基)苯基)-2-((((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)氨基)丙酸氰基甲酯(F-Pnaz-Phe(4-CHF2)-OCH2CN)的乙腈溶液(1.0ml),于室温搅拌1小时20分钟。于0度向反应液中加入三氟乙酸(TFA)(0.4ml),于0度搅拌50分钟之后,将反应液于室温进一步搅拌1小时10分钟。将反应液用水稀释,利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc232,F-Pnaz-Phe(4-CHF2)-pCpA)(11mg,28%)。

  LCMS(ESI)m/z=1135(M+H)+

  保留时间:0.54分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-3-(3-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc233,Pen-MePhe(3-Cl)-pCpA)的合成

  

  在带过滤器的反应容器中加入2-氯三苯甲基树脂(15g,1.60mmol/g)、二氯甲烷,振荡10分钟使树脂溶胀。除去二氯甲烷后,加入通过WO2013/100132中记载的方法合成的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(3-氯苯基)丙酸(Fmoc-MePhe(3-Cl)-OH)(5.0g,11.47mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(7.4g,57.34mmol)的二氯甲烷溶液(50ml),于室温振荡3小时之后,除去二氯甲烷溶液,利用二氯甲烷将树脂洗涤3次。加入哌啶(20ml)的二甲基甲酰胺溶液(80ml),于室温振荡3小时后除去溶液,利用二甲基甲酰胺洗涤树脂3次。加入4-戊烯酸(2.29g,22.94mmol)、1-羟基-7-氮杂苯并三唑(HOAt)(3.12g,22.94mmol)及N,N′-二异丙基碳二亚胺(DIC)(3.18g,25.23mmol)的二甲基甲酰胺溶液(80ml),于室温振荡3小时。除去溶液,将树脂利用二甲基甲酰胺洗涤4次,利用二氯甲烷洗涤4次,加入2%三氟乙酸/二氯甲烷溶液(80ml),于室温振荡30分钟,通过过滤溶液,由此从树脂上切割溶液。将该操作重复3次,将得到的滤液浓缩之后,将残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,得到了(S)-3-(3-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(Pen-MePhe(3-Cl)-OH)(1.6g,47%)。

  在氮气氛围中,将(S)-3-(3-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸(Pen-MePhe(3-Cl)-OH)(1.0g,3.38mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(0.87g,6.76mmol)、2-溴乙腈(1.62g,13.51mmol)的二氯甲烷溶液(100ml)于室温搅拌16小时之后,利用蒸发仪蒸馏除去溶剂,将由此得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,由此得到了(S)-3-(3-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸氰基甲酯(Pen-MePhe(3-Cl)-OCH2CN)(0.7g,72%)。

  在缓冲液A(86.4ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(150mg,0.208mmol)的水溶液(4.69ml)、(S)-3-(3-氯苯基)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)丙酸氰基甲酯(Pen-MePhe(3-Cl)-OCH2CN)的乙腈溶液(2.3ml),于室温搅拌2小时之后,将反应液冷冻干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化之后,向得到的混合物中加入80%乙酸水溶液(3.0ml),于室温搅拌4小时。将反应液用水稀释,利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc233,Pen-MePhe(3-Cl)-pCpA)(45.1mg,23%)。

  LCMS(ESI)m/z=930(M+H)+

  保留时间:0.51分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(4-(三氟甲基)苯基)丙酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc234,Pen-Phe(4-CF3)-pCpA)的合成

  

  在带过滤器的反应容器中加入2-氯三苯甲基树脂(15g,1.60mmol/g)、二氯甲烷振荡10分钟,使树脂溶胀。除去二氯甲烷后,加入市售的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(4-(三氟甲基)苯基)丙酸(Fmoc-Phe(4-CF3)-OH)(5.0g,10.98mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(7.09g,54.84mmol)的二氯甲烷溶液(100ml),于室温振荡3小时之后,除去二氯甲烷溶液,利用二氯甲烷树脂洗涤4次。加入20%哌啶/二甲基甲酰胺溶液(80ml),于室温振荡3小时后除去溶液,利用二甲基甲酰胺将树脂洗涤4次。加入4-戊烯酸(2.52g,25.17mmol)、1-羟基-7-氮杂苯并三唑(HOAt)(3.43g,25.20mmol)及N,N′-二异丙基碳二亚胺(DIC)(3.49g,27.65mmol)的二甲基甲酰胺溶液(80ml),于室温振荡3小时之后除去溶液,将树脂利用二甲基甲酰胺洗涤4次,利用二氯甲烷洗涤4次。加入2%三氟乙酸/二氯甲烷溶液(80ml),于室温振荡30分钟,通过过滤溶液,由此从树脂上切割溶液。将该操作重复3次,将得到的滤液浓缩,由此以粗产物的形式得到了(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(4-(三氟甲基)苯基)丙酸(Pen-Phe(4-CF3)-OH)(1.6g)。

  在氮气氛围中,将(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(4-(三氟甲基)苯基)丙酸(Pen-Phe(4-CF3)-OH)(2.60g,8.25mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(3.61g,0.03mol)、2-溴乙腈(4.00g,33.35mmol)的二氯甲烷溶液(40ml)于室温搅拌16小时之后,利用蒸发仪蒸馏除去溶剂,将由此得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,由此得到了(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(4-(三氟甲基)苯基)丙酸氰基甲酯(Pen-Phe(4-CF3)-OCH2CN)(1.6g,55%)。

  在缓冲液A(86.4ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(150mg,0.208mmol)的水溶液(4.69ml)、(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(4-(三氟甲基)苯基)丙酸氰基甲酯(Pen-Phe(4-CF3)-OCH2CN)的乙腈溶液(2.3ml),于室温搅拌1小时30分钟后,将反应液冷冻干燥。将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化之后,向得到的混合物中加入80%乙酸水溶液(3.0ml),于室温搅拌5小时。将反应液用水稀释,利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc234,Pen-Phe(4-CF3)-pCpA)(58.9mg,30%)。

  LCMS(ESI)m/z=950(M+H)+

  保留时间:0.50分钟(分析条件SQDFA05)

  N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸(化合物pc235,F-Pnaz-Ser(Et-2-Mor)-OH)的合成

  

  在氮气氛围中,向N-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸(化合物aa191,Fmoc-Ser(Et-2-Mor)-OH)的合成中间体的O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸的盐酸盐(1.0g,3.94mmol)和另外制备的(4-硝基苯基)4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(1.39g,3.28mmol)的二甲基亚砜溶液(6.0ml)中于室温加入三乙胺(Et3N)(1.66g,16.4mmol),搅拌16小时。将反应液利用反相层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,由此得到了N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸(化合物pc235,F-Pnaz-Ser(Et-2-Mor)-OH)(1.7g,85%)。

  LCMS(ESI)m/z=504(M+H)+

  保留时间:0.98分钟(分析条件SMD方法13)

  氰基甲基N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc236,F-Pnaz-Ser(Et-2-Mor)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸(化合物pc235,F-Pnaz-Ser(Et-2-Mor)-OH)(500mg,0.993mmol)、N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(256.68mg,1.986mmol)、2-溴乙腈(476.44mg,3.972mmol)、催化剂量的二甲基甲酰胺的二氯甲烷溶液(10ml)于室温搅拌4小时。将反应液浓缩,将得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,由此得到了氰基甲基N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc236,F-Pnaz-Ser(Et-2-Mor)-OCH2CN)(140mg,25%)。

  LCMS(ESI)m/z=543(M+H)+

  保留时间:1.02分钟(分析条件SMD方法13)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc237,F-Pnaz-Ser(Et-2-Mor)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(100ml)中,使用注射泵经历15分钟加入了磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(250mg,0.3463mmol)的水溶液(2.0ml)加入后,氰基甲基N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(2-吗啉代乙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc236,F-Pnaz-Ser(Et-2-Mor)-OCH2CN)(120mg,0.2078mmol)的乙腈溶液(4.0ml)。将反应液于室温搅拌2小时之后,加入三氟乙酸(TFA)(1.84ml),利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc237,F-Pnaz-Ser(Et-2-Mor)-pCpA)(35mg,9%)。

  LCMS(ESI)m/z=1136(M-H)-

  保留时间:0.40分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-1-(戊-4-烯酰基)哌啶-2-羧酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc238,Pen-Pic(2)-pCpA)的合成

  

  将市售的(S)-哌啶-2-羧酸(H-Pic(2)-OH)(5.0g,38.71mmol)、通过文献记载(Organic Letters,2011,13,4906)的方法合成的2,5-二氧代吡咯烷-1-基戊-4-烯酸酯(23.0g,116.28mmol)、碳酸氢钠(6.5g,77.52mmol)的1.4-二噁烷/水溶液(65ml/65ml)于25度搅拌16小时。将反应液利用石油醚/乙酸乙酯=1/1洗涤,添加1N盐酸水溶液至水层的液性达到pH=3。将得到的混合物利用乙酸乙酯萃取,用饱和食盐水洗涤有机层,利用无水硫酸钠进行干燥,进行了过滤之后,减压浓缩,将得到的残渣利用正相硅胶柱层析(二氯甲烷/甲醇)进行纯化,得到了(S)-1-(戊-4-烯酰基)哌啶-2-羧酸(Pen-Pic(2)-OH)(5.182g)。

  将上述(S)-1-(戊-4-烯酰基)哌啶-2-羧酸(Pen-Pic(2)-OH)(5.182g,49.15mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(6.34g,0.03mol)、2-溴乙腈(11.79g,98.29mmol)的二氯甲烷溶液(112ml)于25度搅拌16小时之后,利用蒸发仪蒸馏除去溶剂,将由此得到的残渣利用正相柱层析(石油醚/乙酸乙酯)进行纯化,由此得到了(S)-1-(戊-4-烯酰基)哌啶-2-羧酸氰基甲酯(Pen-Pic(2)-OCH2CN)(4.018g)。

  在缓冲液A(50ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(150mg,0.208mmol)的水溶液(1.0ml)、(S)-1-(戊-4-烯酰基)哌啶-2-羧酸氰基甲酯(Pen-Pic(2)-OCH2CN)(207mg,0.83mmol)的乙腈溶液(1.0ml),于室温搅拌7小时之后,加入三氟乙酸(1.15ml),将反应液冷冻干燥。向得到的残渣加入水,利用乙酸乙酯洗涤2次,将水层冷冻干燥。将得到的残渣通过制备HPCL进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc238,Pen-Pic(2)-pCpA)(17mg,10%)。

  LCMS(ESI)m/z=844(M-H)-

  保留时间:0.39分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-L-苯丙氨酸酯(化合物pc239,F-Pnaz-Phe-pCpA)的合成

  

  向市售的L-苯丙氨酸(H-Phe-OH)(40mg,0.242mmol)、另外制备的(4-硝基苯基)4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(123mg,0.291mmol)的二甲基亚砜溶液(0.25ml)中加入三乙胺(33.8μl,0.242mmol),于室温搅拌过夜。将反应液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-L-苯丙氨酸(F-Pnaz-Phe-OH)(104.8mg,96%)。

  向上述(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-L-苯丙氨酸(F-Pnaz-Phe-OH)(30mg,0.067mmol)、2-溴乙腈(9.82μl,0.147mmol)的乙腈溶液(0.3ml)中于0度加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(18.61μl,0.107mol),搅拌5分钟后,于室温搅拌过夜。利用蒸发仪蒸馏除去溶剂,由此以粗产物的形式得到了氰基甲基(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-L-苯丙氨酸酯(F-Pnaz-Phe-OCH2CN)。

  在缓冲液A(40ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(97mg,0.134mmol)、作为上述粗产物的氰基甲基(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-L-苯丙氨酸酯(F-Pnaz-Phe-OCH2CN)的乙腈溶液(2.0ml),于室温搅拌1小时30分钟后,于0度加入三氟乙酸(2.0ml),于室温搅拌30分钟。将反应液利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc239,F-Pnaz-Phe-pCpA)(22.7mg,31%)。

  LCMS(ESI)m/z=1083(M-H)-

  保留时间:0.52分钟(分析条件SQDFA05)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-N-甲基-L-苯丙氨酸酯(化合物pc240,F-Pnaz-MePhe-pCpA)的合成

  

  向市售的甲基-L-苯丙氨酸(H-MePhe-OH)(40mg,0.223mmol)、另外制备的(4-硝基苯基)4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(114mg,0.268mmol)的二甲基亚砜溶液(0.25ml)中加入三乙胺(31.1μl,0.223mmol),于室温搅拌过夜。将反应液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-N-甲基-L-苯丙氨酸(F-Pnaz-MePhe-OH)(57.1mg,55%)。

  向上述N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-N-甲基-L-苯丙氨酸(F-Pnaz-MePhe-OH)(30mg,0.065mmol)、2-溴乙腈(6.06μl,0.090mmol)的乙腈溶液(0.3ml)中于0度加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(18.05μl,0.103mol),搅拌5分钟后,于室温搅拌2小时。向反应液中进一步加入2-溴乙腈(6.06μl,0.090mmol),于室温搅拌过夜。利用蒸发仪蒸馏除去溶剂,由此以粗产物的形式得到了氰基甲基N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-N-甲基-L-苯丙氨酸酯(F-Pnaz-MePhe-OCH2CN)。

  在缓冲液A(40ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(94mg,0.130mmol)、作为上述粗产物的氰基甲基N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-N-甲基-L-苯丙氨酸酯(F-Pnaz-MePhe-OCH2CN)的乙腈溶液(2.0ml),于室温搅拌2小时30分钟后,于0度加入三氟乙酸(2.0ml),于室温搅拌30分钟。将反应液利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc240,F-Pnaz-MePhe-pCpA)(21.54mg,30%)。

  LCMS(ESI)m/z=1097(M-H)-

  保留时间:0.54分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸(化合物pc241,Pen-Ala(3-Pyr)-OH)的合成

  

  向二氯甲烷(20ml)中加入2-氯三苯甲基树脂(1.60mmol/g,3.21g),振荡10分钟使树脂溶胀。除去二氯甲烷后,加入市售的(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-3-(吡啶-3-基)丙酸(Fmoc-Ala(3-Pyr)-OH)(2.00g,5.15mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(1.33g,10.3mmol)的二氯甲烷溶液(33ml),于室温振荡30分钟之后,加入甲醇(2.78ml)进一步振荡1小时。除去二氯甲烷溶液之后,利用二氯甲烷(15ml)将树脂洗涤2次,得到了化合物pc241+++。对于得到的化合物pc241++,加入2%1,8-二氮杂双环[5.4.0]-7-十一碳烯(DBU)/二甲基甲酰胺溶液(20ml),于室温15分钟振荡后除去溶液,利用二甲基甲酰胺(20ml)洗涤树脂5次,得到了化合物pc241++(2.35g,5.14mmol)。对于得到的化合物pc241++,加入4-戊烯酸(2.06g,20.6mmol)、1-羟基-7-氮杂苯并三唑(HOAt)(2.10g,15.4mmol)及N,N′-二异丙基碳二亚胺(DIC)(3.24g,25.7mmol)的二甲基甲酰胺溶液(20ml),于室温振荡过夜。除去溶液,将树脂利用二甲基甲酰胺(20ml)洗涤4次,利用二氯甲烷(20ml)洗涤4次,得到了化合物pc241+(2.76g,5.12mmol)。对于得到的化合物pc241+加入二氯甲烷(30ml),振荡15分钟使树脂溶胀。除去二氯甲烷后,加入2,2,2-三氟乙醇(TFE)(50ml)/二氯甲烷(50ml),于室温振荡2.5小时,从树脂上切割化合物pc241。除去切割液TFE/DCM(100ml),进一步利用TFE(30ml)/DCM(30ml)将树脂洗涤2次。将该洗涤液(计60ml)与刚才的切割液(100ml)合并,利用蒸发仪进行蒸馏除去,将得到的残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,得到了(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸(化合物pc241,Pen-Ala(3-Pyr)-OH)(564mg,44%)。

  LCMS(ESI)m/z=247(M-H)-

  保留时间:0.33分钟(分析条件SQDFA05)

  (S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸氰基甲酯(化合物pc242,Pen-Ala(3-Pyr)-OCH2CN)的合成

  

  在氮气氛围中,将(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸(化合物pc241,Pen-Ala(3-Pyr)-OH)(100mg,0.40mmol)及N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(106μl,0.60mmol)溶解于二甲基甲酰胺(1.00ml)中,于室温加入2-溴乙腈(28.1μl,0.40mmol),于室温搅拌30分钟后再次加入了N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(35μl,0.20mmol)及2-溴乙腈(8.43μl,0.12mmol)。于室温搅拌10分钟后,加入饱和氯化铵水溶液,利用叔丁基甲基醚进行萃取。用饱和食盐水洗涤有机层,利用无水硫酸钠进行干燥之后利用蒸发仪蒸馏除去溶剂,得到了粗产物(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸氰基甲酯(化合物pc242,Pen-Ala(3-Pyr)-OCH2CN)。将得到的粗产物溶解于乙腈(0.57ml)中,直接用于下个工序。

  LCMS(ESI)m/z=288(M+H)+

  保留时间:0.40分钟(分析条件SQDFA05)

  (2S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc243,Pen-Ala(3-PyR)-pCpA)的合成

  

  在缓冲液A(17ml)中,溶解磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(59.2mg,0.082mmol),投料(S)-2-(戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸氰基甲酯(化合物pc242,Pen-Ala(3-Pyr)-OCH2CN)的乙腈溶液(0.57ml),于室温搅拌60分钟。向反应液中加入乙酸(17ml)而搅拌1小时后,将反应液利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc243,Pen-Ala(3-PyR)-pCpA)(14.8mg,20.5%)。

  LCMS(ESI)m/z=896(M+H)+

  保留时间:0.39,0.41分钟(分析条件SMD方法6)

  (S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸(化合物pc244,Pen-MeAla(3-Pyr)-OH)的合成

  

  在带过滤器的反应容器中加入2-氯三苯甲基树脂(1.31g,1.60mmol/g)、二氯甲烷(15ml)振荡10分钟,使树脂溶胀。除去二氯甲烷之后,加入(S)-2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)(甲基)氨基)-3-(吡啶-3-基)丙酸(化合物aa197,Fmoc-MeAla(3-Pyr)-OH)(846.6mg,2.104mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(816mg,6.311mmol)的二氯甲烷溶液(25ml),于室温振荡30分钟之后,使用甲醇(1.704ml)将树脂的未反应的部分加帽。进行过滤,利用二氯甲烷将树脂洗涤4次。利用二甲基甲酰胺将树脂进行洗涤后,加入2%1,8-二氮杂双环[5.4.0]-7-十一碳烯(DBU)/二甲基甲酰胺溶液(15ml),于室温振荡15分钟后除去溶液,利用二甲基甲酰胺(20ml)将树脂洗涤5次。加入4-戊烯酸(0.841g,8.40mmol)、1-羟基-7-氮杂苯并三唑(HOAr)(0.858g,6.30mmol)及N,N′-二异丙基碳二亚胺(DIC)(1.325g,10.50mmol)的二甲基甲酰胺溶液(15ml),于室温振荡过夜之后,除去溶液,将树脂利用二甲基甲酰胺(15ml)洗涤4次,利用二氯甲烷(15ml)洗涤4次。加入2,2,2-三氟乙醇(TFE)/二氯甲烷溶液(1/1,50ml),于室温振荡2小时30分钟,过滤溶液,由此从树脂上进行切割后,将树脂利用2,2,2-三氟乙醇(TFE)/二氯甲烷溶液(1/1,30ml)洗涤2次。将得到的滤液浓缩,将残渣利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,由此得到了(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸(化合物pc244,Pen-MeAla(3-Pyr)-OH)(196.2mg,36%)。

  LCMS(ESI)m/z=263(M+H)+

  保留时间:0.39分钟(分析条件SQDFA05)

  2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸(2S)-(2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(化合物pc245,Pen-MeAla(3-PyR)-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中,向(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸(化合物pc244,Pen-MeAla(3-Pyr)-OH)(196.2mg,0.748mmol)、2-溴乙腈(52.2μl,0.748mmol)的二甲基甲酰胺溶液(1.87ml)中于室温加入N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(196μl,1.122mol),搅拌30分钟。向反应液中进一步加入2-溴乙腈(10.43μl,0.150mmol)、N-乙基-异丙基丙烷-2-胺(DIPEA)(40μl,0.229mmol),于室温搅拌15分钟。向反应液中加入饱和氯化铵水溶液,利用乙酸乙酯萃取之后,利用饱和食盐水进行洗涤,利用无水硫酸钠进行干燥,进行了过滤。将得到的有机溶剂在减压下浓缩,由此以粗产物的形式得到了(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸氰基甲酯(Pen-MeAla(3-Pyr)-OCH2CN)。

  在缓冲液A(37.14ml)中,滴加磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(134mg,0.186mmol)的水溶液(2.0ml)、作为上述粗产物的(S)-2-(N-甲基戊-4-烯酰胺)-3-(吡啶-3-基)丙酸氰基甲酯(Pen-MeAla(3-Pyr)-OCH2CN)的乙腈溶液(1.0ml),于室温搅拌1小时之后,向反应液中加入乙酸(37.1ml),进一步于室温搅拌2小时30分钟。将反应液用水稀释,利用反相硅胶柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc245,Pen-MeAla(3-PyR)-pCpA)(42mg,25%)。

  LCMS(ESI)m/z=895(M-H)-

  保留时间:0.41分钟(分析条件SMD方法6)

  甲基N-((苄氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc246,Cbz-Ser(1-CF3-EtOH)-OMe)的合成

  

  在氮气氛围中,向3,3,3-三氟丙烷-1,2-二醇(500mg,3.85mmol)和(S)-氮丙啶-1,2-二羧酸2-甲基1-苄基酯(2Cbz-Azy-OMe)(603mg,2.56mmol)的二氯甲烷溶液(7ml)中于0度加入三氟化硼乙醚络合物(BF3·OEt2)(54.7mg,0.39mmol)后,将反应液于0度搅拌30分钟。将反应液利用二氯甲烷稀释,利用饱和碳酸氢钠水溶液、水、饱和食盐水进行洗涤后,利用无水硫酸钠进行干燥,进行了过滤之后,在减压下蒸馏除去溶剂。将得到的残渣利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,由此得到了甲基N-((苄氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc246,Cbz-Ser(1-CF3-EtOH)-OMe)(250mg,27%)。

  LCMS(ESI)m/z=366(M+H)+

  保留时间:1.13分钟(分析条件SMD方法39)

  N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物pc247,F-Pnaz-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)的合成

  

  向氯化钙(911mg,8.21mmol)和氢氧化锂(57mg,2.19mmol)的水溶液(2.3ml)中加入异丙醇(9ml)、甲基N-((苄氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc246,Cbz-Ser(1-CF3-EtOH)-OMe)(200mg,0.55mmol)的四氢呋喃溶液(2.3ml),将反应液于室温搅拌2小时。向反应液加入1M盐酸水溶液,利用乙酸乙酯萃取2次。用饱和食盐水洗涤有机层,利用无水硫酸钠进行干燥后,进行过滤,在减压下蒸馏除去溶剂,由此以粗产物形式得到了N-((苄氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(Cbz-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)(346mg)。

  在氢气氛围中,将作为得到的粗产物的N-((苄氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(Cbz-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)(300mg,0,85mmol)和10%Pd/C(150mg)的甲醇混合液(7ml)于室温搅拌16小时之后,进行过滤,将得到的溶液在减压下蒸馏除去溶剂,由此以粗产物形式得到了O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(H-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)(49mg)。

  在氮气氛围中,将利用上述方法得到的作为粗产物的O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(H-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)(500mg,2.30mmol),-(4-硝基苯基)-4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基碳酸酯(化合物pc196)(814mg,l.92mmol)、三乙胺(388mg,3.84mmol)的二甲基亚砜溶液(2.5ml)于室温搅拌16小时。将反应液利用反相柱层析(0.1%甲酸水溶液/0.1%甲酸乙腈溶液)进行纯化,由此得到了N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物pc247,F-Pnaz-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)(726mg,75%)。

  LCMS(ESI)m/z=503(M+H)+

  保留时间:2.05分钟(分析条件SMD方法48)

  (2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-2-((膦酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基)氧基)(羟基)磷酰基)氧基)甲基)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸酯(化合物pc248,F-Pnaz-Ser(1-CF3-EtOH)-pCpA)的合成

  

  在氮气氛围中,将N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸(化合物pc247,F-Pnaz-Ser(1-CF3-EtOH)-OH)(500mg,0.995mmol)、2-溴乙腈(477.49mg,3.981mmol)、N,N-二异丙基乙基胺(DIPEA)(385.86mg,2.986mmol)的二氯甲烷溶液(20ml)于室温搅拌16小时。将反应液减压浓缩,将得到的粗产物利用反相柱层析(水/乙腈)进行纯化,得到了氰基甲基N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸酯(F-Pnaz-Ser(1-CF3-EtOH)-OCH2CN)(150mg,28%)。

  在缓冲液A(100ml)中,加入磷酸二氢((2R,3R,4R,5R)-5-(4-氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-3-(((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)甲氧基)(羟基)磷酰基)氧基)-4-((四氢呋喃-2-基)氧基)四氢呋喃-2-基)甲酯(化合物pc03)(400mg,0.554mmol)后,使用注射泵经历15分钟以上加入了氰基甲基N-(((4-(2-(4-氟苯基)乙酰胺)苄基)氧基)羰基)-O-(3,3,3-三氟-2-羟丙基)-L-丝氨酸酯(F-Pnaz-Ser(1-CF3-EtOH)-OCH2CN)(149.88mg,0.277mmol)的乙腈溶液(0.5ml)。将反应液于室温搅拌30分钟后,加入三氟乙酸(2.3ml)。将反应液冷冻干燥,将得到的残渣利用反相柱层析(0.05%三氟乙酸水溶液/0.05%三氟乙酸乙腈溶液)进行纯化,得到了标题化合物(化合物pc248,F-Pnaz-Ser(1-CF3-EtOH)-pCpA)(46.1mg,7%)。

  LCMS(ESI)m/z=1137(M+H)+

  保留时间:0.48分钟(分析条件SQDFA05)

  2-1-2.用于基于ARS的翻译合成的氨基酸的制备

  用于基于ARS的翻译合成的氨基酸,H-Phe(4-OCHF2)-OH购自ASIBA PHARMTECH公司。H-Gln(Me)-OH(化合物aa30)如下所述进行合成。

  N5-甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa30,H-Gln(Me)-OH)的合成

  

  将N2-(((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)-N5-甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa98,Fmoc-Gln(Me)-OH)(210mg,0.55mmol)溶解于二氯甲烷(DCM)(1.50ml)中,于室温加入4-(3-苯基丙基)哌啶(0.233ml,1.10mmol),搅拌4小时30分钟。向反应液中加入水,利用反相柱层析进行纯化,得到了N5-甲基-L-谷氨酰胺(化合物aa30,H-Gln(Me)-OH)(78mg,89%)。

  LCMS(ESI)m/z=161(M+H)+

  保留时间:0.15分钟(分析条件SQDFA05)

  2-2.酰化tRNA的合成

  利用专利文献(WO2013/100132)中记载的方法,制备了在淘选中使用的酰化tRNA。将使用的tRNA(CA缺失)的碱基序列示于表7。分别制备了表8所示的延伸体(Elongator)氨基酰化tRNA。以后,当在翻译中使用时,以使得最终浓度为20μM的方式制备了翻译液。

  [表7]

  tRNA Glu UAG(-CA)CUA密码子用RNA碱基序列:

  GUCCCCUUCGUCUAGAGGCCCAGGACACCGCCCUuagACGGCGGUAACAGGGGUUCGAAUCCCCUAGGGGACGC(序列编号:1)

  [表8]

  

  

  *tRNA Glu UAG CUA密码子用RNA碱基序列

  GUCCCCUUCGUCUAGAGGCCCAGGACACCGCCCUuagACGGCGGUAACAGGGGUUCGAAUCCCCUAGGGGACGCCA(序列编号:2)

  2-3.肽化合物的翻译合成

  将利用各种氨基酸进行氨基酰化后的tRNA加入无细胞翻译系统中而引发翻译,由此进行了含有期望的非天然氨基酸的肽化合物的翻译合成。翻译系统使用了作为来自原核生物的重建无细胞蛋白质合成体系的PURE系统。具体而言,通过以下进行:向翻译液(1mMGTP、1mM ATP、20mM磷酸肌酸、50mM HEPES-KOH pH7.6、100mM乙酸钾、10mM乙酸镁、2mM亚精胺、1mM二硫苏糖醇、1.5mg/ml E.coli MRE600(无RNase)来源的tRNA(罗氏公司)、0.1mM10-HCO-H4叶酸盐、0.6μM甲硫氨酰tRNA反式甲酰酶、0.26μM EF-G、0.24μM RF2、0.17μMRF3、0.5μM RRF、4μg/ml肌酸激酶、3μg/ml肌激酶、2单位/ml无机焦磷酸酶、1.1μg/ml核苷二磷酸激酶、2.7μM IF1、0.4μM IF2、1.5μM IF3、40μM EF-Tu、28μM EF-TS、1.2μM核糖体、0.73μM AlaRS、0.03μM ArgRS、0.38μM AsnRS、0.13μM AspRS、0.02μM CysRS、0.06μM GlnRS、0.23μM GluRS、0.09μM GlyRS、0.02μM HisRS、0.4μM IleRS、0.04μM LeuRS、0.11μM LysRS、0.03μM MetRS、0.68μM PheRS、0.16μM ProRS、0.04μM SerRS、0.09μM ThrRS、0.03μMTrpRS、0.02μM TyrRS、0.02μM ValRS)中添加模板mRNA(序列号:12),编码各自的模板mRNA的天然氨基酸组分别以各0.25mM,以及将氨基酰化tRNA添加至翻译反应混合物中,于37℃静置30分钟至1小时。对翻译产物而言,作为基质使用了α-氰基-4-羟基肉桂酸并测定MALDI-MS光谱而进行了鉴定。

  2-4.包含非天然氨基酸的肽化合物的翻译合成

  向1μM的模板mRNA(序列号:12)中,加入包含各0.25mM的除了Leu以外的19种构成蛋白质的氨基酸(Ala、Arg、Asn、Asp、Cys、Gln、Glu、Gly、His、Ile、Iys、Met、Phe、Pro、Ser、Thr、Trp、Tyr及Val)、20μM的酰化tRNA的上述转录翻译液,在翻译具有F-Pnaz保护的非天然氨基酸时加入0.5μM源自大肠杆菌的青霉素G酰胺酶(PGA),于37℃保温60分钟。需要说明的是,在评价Phe(4-OCHF2)时,不加入氨基酰tRNA,不包括Phe的氨基酸,取而代之以使得为1mM的方式添加Phe(4-OCHF2)。将得到的翻译反应物利用SEP C-TIP(日京Technos公司)进行纯化,利用MALDI-MS进行了分析。其结果为,以主产物形式观察到示出包含非天然氨基酸的肽化合物的分子量的质谱(MS)(图3~图6)。关于模板mRNA和期待的翻译肽化合物(序列号:11)、其分子量(计算值),记载于以下表9(分开翻译)中。

  [表9]

  

  

  实施例3使用了Caco-2细胞的膜透过性测定方法的改良方法的建立(1)细胞培养

  将Caco-2细胞(CACO-2 Lot No.028;Riken BRC Cell Bank)以1.0×105个细胞/孔的浓度接种至24孔的Transwell膜(Corning HTS Transwell,孔尺寸0.4μm,聚碳酸酯膜)上,在保持为温度37℃,5%CO2的培养箱内,利用含10%FBS、青霉素-链霉素-谷氨酰胺(100x)、L-谷氨酰胺氯化钠溶液及非必需氨基酸(Neaa)的DMEM培养基进行培养。培养基每2~3天进行交换,在接种后第21~23天将Caco-2细胞用于膜透过性测定。

  (2)预培养

  为了作为膜透过性测定方法的改良方法而实施长时间的培养,对于使用各种缓冲液对于培养时间给予细胞的影响,通过评价跨上皮细胞电阻(transepithelial electricresistance)(TEER)进行了研究。

  基于膜透过性测定方法的常规方法(Artursson,P.,2001.Adv Drug Deliv Rev46,27-43.,Mason,A.K.,2013.Drug Metab Dispos 41,1347-1366.,Polli,J.W.,2001.JPharmacol Exp Ther 299,620-628.,Sun,H.2008.Expert Opin Drug Metab Toxicol 4,395-411.),于顶侧添加禁食状态模拟胃肠液介质(fasted state simulated intestinaland stomach fluids)(FaSSIF)(具有1%DMSO),于底侧添加Hank平衡盐溶液(HBSS)(具有4%BSA),在37℃进行了培养,结果发现利用3小时的培养,TEER降低30%以上。由此可知,利用常规方法超出3小时进行培养是不可能的,且滞后时间大的化合物利用常规方法不能评价(图7)。

  接着,为了实施长时间的培养,对于在培养基(DMEM)中的培养时间(0、2、4、6、8、24hr)对细胞产生的影响,通过测定各时间的TEER进行了评价。其结果显示,通过向顶侧添加DMEM+FaSSIF(1%DMSO,2%二甲基乙酰胺(DMA)),向底侧添加DMEM,24小时间的TEER几乎没有降低。根据该结果可知,利用于顶侧添加DMEM+FaSSIF(1%DMSO,2%DMA)、于底侧添加DMEM的条件能够实施24小时的培养(图8)。

  (3)预培养后的膜透过性评价

  将作为环状肽的环孢菌素(化合物A)和其它环状肽(化合物B~H)作为被测物质,在利用上述(2)建立的预培养后,基于常规方法进行了从顶侧向底侧的膜透过性试验(A至B试验)。预培养在将Caco-2细胞按照上述(1)培养3周后进行。即,按照上述(2)以于顶侧添加DMEM+FaSSIF(1%DMSO,2%DMA)+被测物质,于底侧添加DMEM的条件下进行了24小时预培养。对预培养后的A至B试验而言,吸除顶侧及底侧的预培养溶液,向顶侧添加包含被测物质的FaSSIF/HBSS(具有1%DMSO,2%DMA)(pH 6.0),向底侧添加HBSS(4%BSA)(pH 7.4)而开始。各孔以保持37℃的方式加温,同时利用220rpm进行震荡。在开始30、60、90、120分钟后收集底侧的样品,利用LC/MS测定了透过量。根据该透过量算出了膜透过系数(Papp)。

  对吸收率(Fa)的算出而言,对于作为环状肽的环孢菌素和其它环状肽在小鼠中静脉内以及口服施用后的血浆中浓度及大便中排泄率进行评价而实施。对雄性小鼠(C57BL/6J,6周龄,日本CLEA公司制)静脉内以及口服施用化合物,使用作为抗凝剂的肝素处理过的血细胞比容管,从足背静脉经时获取从施用后24小时为止的血液,获取大便至72小时为止。测定使用LC/MS/MS装置(API3200,AB SCIEX公司制)实施。根据得到的血浆中及大便中药物浓度算出了吸收率(Fa)(Qingqing X.,et al 2016,Xenobiotica.46,913-921.)。

  在大部分的被测物质中,通过改良方法(进行长时间的预培养的方法)算出的膜透过系数比常规方法的那些更大,因此,可知利用常规方法,膜透过系数被过小评价了。特别是利用常规方法膜透过系数小于1.0×10-8cm/秒而不能评价的化合物H,利用改良方法变为3×10-7cm/秒,在膜透过系数小的化合物中发生了大的变化。另外,对化合物的Fa与膜透过系数的相关性而言,确认了与常规方法(预培养(-))相比,改良方法(预培养(+))的方法变得更好的倾向(表10、图9、图10)。因此,示出了通过利用上述改良方法进行膜透过性测定能够预测被测物质的吸收率。在通过改良方法测定的膜透过系数为1.0×10-6cm/秒以上的化合物中,由于Fa为0.3以上,因此,认为作为用于选择膜透过性高的肽化合物(例如,具有作为口服药能够开发的水平的膜透过性的肽化合物)的基准之一能够使用“膜透过系数(Papp)≥1.0×10-6cm/秒”。

  [表10]

  

  N.D.=未检测到

  以下实施例中的膜透过性的测定,基于通过上述建立的改良方法进行。即,将Caco-2细胞在96孔Transwell上培养3周后,向顶侧添加DMEM+FaSSIF(1%DMSO)+化合物,底侧添加DMEM,以5%CO2,37℃,80rpm实施了20~24小时预培养。预培养之后,吸除、洗涤顶侧及底侧的预培养溶液,向顶侧添加包含化合物的FaSSIF/HBSS缓冲液(1%DMSO)(pH 6.0),向底侧添加HBSS缓冲液(4%BSA)(pH 7.4),开始膜透过性的测定。各孔以5%CO2,37℃,80rpm进行震荡,在开始180分钟后收集底侧的样品,利用LC/MS测定了透过量。根据该透过量算出了膜透过系数(Papp)。需要说明的是,本说明书的表中的栏中的“Caco-2(cm/sec)”的记载与“Papp(cm/秒)”以同义使用。

  实施例4目标结合肽化合物的淘选(试管内选择)

  4-1.酰化tRNA的合成

  利用专利文献(WO2013/100132)中记载的方法制备了淘选中使用的酰化tRNA。将使用的tRNA(CA缺失)的碱基序列示于表11。制备了表12所示的延伸体氨基酰化tRNA混合物。以后,在翻译中使用时,以使为表12所示的最终浓度的方式制备了翻译液。对Acbz保护的pCpA氨基酸而言,取代了基于碘的脱保护而以使得最终浓度为42mM的方式添加了TCEP,于室温进行45分钟脱保护后,进行了苯酚萃取以后的操作。Pnaz保护的pCpA氨基酸不实施脱保护而进行了苯酚萃取以后的操作。对起始(Initiator)氨基酰化tRNA的制备而言,在连接反应之后,不实施脱保护而进行了苯酚萃取以后的操作。分别制备了表13所示的三种类型,在翻译中使用时也以表中示的最终浓度将任一个添加至翻译液中。

  [表11]

  

  [表12]

  

  [表13]

  4-2.编码肽化合物文库的经随机化的双链DNA文库

  通过专利文献(WO2013/100132)中记载的方法构建了DNA文库。在包含膜透过性低的长侧链的氨基酸的淘选中,对于iSP,制备了TTT、TTG、CTA、ATT、GTT、CCG、ACT、GCT、TAC、CAT、CAG、TGG、CGG、AGT、AGG、GGT中的任一种密码子随机地重复出现9次的那些,对于iRT,制备了CTT、CTA、ATT、ATG、GTT、ACT、TAC、CAG、TGG、AGT、GGT、TTT、TTG、CCG、GCT、TAG、CAT、AAC、GAA、CGG、AGG中的任一种密码子重复出现9次的那些,对于评价膜透过性高的长侧链的氨基酸的淘选,制备了随机区域的三联体(triplet)重复出现8次或至9次的那些。

  4-3.生物素化靶蛋白质的制备

  作为用于淘选的靶蛋白质,使用了GTPase KRas(KRAS)、双重特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶1(MEK1)、丝裂原激活的蛋白激酶3(ERK1)、白介素6受体(IL-6R)。KRAS、ERK1、IL-6R的生物素化使用了非专利文献BMC biotechnology,2008,8,41,及非专利文献Protein Science,1999,8,921-929的方法。IL-6R的制备依照非专利文献J Biochem.1990;108(4):673-6.进行。ERK1的制备根据Biochem Biophys Res Commun.2008 Dec 26;377(4):1123-7.的方法进行。MEK1购买了由Carna Bioscience公司进行生物素化的活性形式(产品编号:07-441-20N)。KRAS使用了利用大肠杆菌表达和纯化的KRAS。

  4-4.用于淘选的翻译液

  包含膜透过性低的长侧链的氨基酸的淘选中使用的翻译液由以下构成。1mM的GTP、1mM的ATP、20mM的磷酸肌酸、50mM的HEPES-KOH pH7.6、100mM的乙酸钾、10mM的乙酸镁、2mM的亚精胺、1mM的二硫苏糖醇、0.5mg/ml的E.coli MRE600(无RNase)来源的tRNA(罗氏公司)、4μg/ml的肌酸激酶、3μg/ml的肌激酶、2单位/ml的无机焦磷酸酶、1.1μg/ml的核苷二磷酸激酶、0.26μM的EF-G、2.7μM的IF1、0.4μM的IF2、1.5μM的IF3、40μM的EF-Tu、44μM的EF-TS、1.2μM的核糖体、2.73μM的AlaRS、0.09μM的GlyRS、0.4μM的IleRS、0.5μM的突变体PheRS05(WO2016/148044)、0.16μM的ProRS、1μM的突变体SerRS37(WO2016/148044)、0.09μM的ThrRS、0.01μM的TrpRS、0.02μM的TyrRS、1μM的突变体ValRS13(WO2016/148044)、0.11μM的LysRS、0.33μM的HisRS、3μM的体外转录大肠杆菌tRNA Ala1B、3μM的纯化大肠杆菌tRNA HisQUG(根据Nucleic Acids Res.2010 Apr;38(6):e89.的方法进行纯化)、250μM的甘氨酸、250μM的异亮氨酸、250μM的脯氨酸、250μM的苏氨酸、250μM的色氨酸、250μM的赖氨酸、5mM的N-甲基缬氨酸、5mM的N-甲基丝氨酸、5mM的N-甲基丙氨酸、5mM的N-甲基苯丙氨酸、250μM的3-氟酪氨酸、5mM的N-甲基组氨酸、表12所示的延伸体氨基酰化tRNA混合物(包含膜透过性低的长侧链的氨基酸的淘选)。进一步,在使用Initiation Suppression法(iSP)时,加入起始氨基酰化tRNA(表13)中的任一个,在使用Initiation Read-Through法(iRT)时,加入250μM的半胱氨酸及0.02μM的CysRS进行制备。用于膜透过性高的长侧链的氨基酸评价淘选的翻译液由以下构成。1mM的GTP、1mM的ATP、20mM的磷酸肌酸、50mM的HEPES-KOH pH7.6、100mM的乙酸钾、10mM的乙酸镁、2mM的亚精胺、1mM的二硫苏糖醇、1.0mg/ml的E.coli MRE600(无RNase)来源的tRNA(罗氏公司)、4μg/ml的肌酸激酶、3μg/ml的肌激酶、2单位/ml的无机焦磷酸酶、1.1μg/ml的核苷二磷酸激酶、0.26μM的EF-G、2.7μM的IF1、0.4μM的IF2、1.5μM的IF3、40μM的EF-Tu、46μM的EF-TS、1.2μM的核糖体、5.46μM的AlaRS、0.09μM的GlyRS、0.5μM的突变体PheRS05(WO2016/148044)、0.16μM的ProRS、0.09μM的ThrRS、1μM的突变体ValRS13(WO2016/148044)、3μM的体外转录大肠杆菌tRNA AlA1B、250μM的甘氨酸、250μM的脯氨酸、250μM的苏氨酸、5mM的N-甲基缬氨酸、5mM的N-甲基丙氨酸、5mM的N-甲基苯丙氨酸、表12所示的延伸体氨基酰化tRNA混合物(膜透过性高的长侧链的氨基酸评价淘选)、起始氨基酰化tRNA(表13)的ACbz-MeCys(StBu)-tRNAfMetCAU。

  4-5.淘选的实施

  使用上述双链DNA文库和翻译液,模仿WO2013/100132实施了淘选。在膜透过性高的长侧链的氨基酸评价淘选中,在靶蛋白质与生物素之间导入TEV蛋白酶识别序列,进行了基于TEV蛋白酶的洗脱。使肽文库与生物素化蛋白质相互作用后,利用链霉菌抗生物素蛋白固定化磁珠回收之后,进行了洗涤操作后,向珠添加TEV洗脱液(50mM Tris-HCl pH8.0、0.5mM EDTA、1mM DTT、0.1U/μl AcTEV蛋白酶(Thermo Fisher Scientific公司,产品编号12575015)),30℃反应了10分钟。反应后,回收上清而进行了PCR。将在各淘选中使用的N末端的氨基酸与目标的名单示于以下表14。

  [表14]

  

  4-6.浓缩序列的分析

  进行淘选的各回合的DNA池的碱基序列分析,进行了基于UPGMA的系统发生树的构建。在相似度矩阵中,使用了在氨基酸一致的情况赋予1,在不一致的情况赋予0的方式。将修剪线(Pruning line)从叶开始为0.2进行分簇。并且,将在最低1个回合以上中出现频率超过0.05%,且与将前面的回合的池分割而不添加目标地进行淘选的情况相比,在添加了目标的情况下的出现频率增加10倍以上的序列提取出来。对每个簇计算了随机区域的各氨基酸组(具有长侧链的氨基酸、不具有长侧链的芳香族氨基酸、不具有长侧链的非芳香族氨基酸)的出现频率。合计得到的全部簇的氨基酸出现频率除以簇数的值,作为在该淘选中各氨基酸组的出现频率。将氨基酸按照以下表15“氨基酸分类”分为3类,将在每个淘选的出现频率汇总后示于表16。分析的结果可知,存在不依赖于目标的长侧链的氨基酸的出现频率高的倾向。据此认为,在筛选能够与靶分子特异性结合的环状肽化合物时,通过使用包含具有长侧链的环状肽化合物的文库,能够提高与靶分子特异性结合的环状肽化合物的命中率,即能够提高筛选的效率。

  [表15]

  氨基酸分类表

  

  [表16]

  

  实施例5具有长侧链的环状肽化合物的膜透过性试验

  如上所述,可知具有诸如Trp、Tyr(3-F)、Phe(3-Cl)、MePhe(4-Cl)的侧链这样的长侧链的环状肽化合物,作为能够与靶分子特异性结合的命中化合物通过淘选而被缩小范围。下面,通过上述改良方法对这些具有侧链的环状肽化合物的膜透过性进行了评价。

  5-1.具有Trp的侧链的环状肽化合物的膜透过性试验

  合成了具有Trp的侧链的环状肽化合物、及不具有该侧链的环状肽化合物,通过改良方法进行了膜透过性试验。需要说明的是,由于MeTrp包含Trp的侧链,因此,在构成氨基酸中包含MeTrp的环状肽化合物,也包括在具有Trp的侧链的环状肽化合物中。其结果,不具有Trp的侧链的环状肽化合物可能通过使ClogP升高而实现Papp≥1.0×10-6cm/秒(图11)。另一方面,如果具有1个以上的Trp的侧链,则即使使ClogP升高,膜透过性也难以提高至Papp≥1.0×10-6cm/秒(图12)。例如,虽然将改变了Trp侧链的位置、N烷基的模式的那些而处于1.06≤ClogP/总aa≤1.43的范围的环状肽化合物的序列示于表17中,但这些难以实现Papp≥1.0×10-6cm/秒的膜透过性。

  ClogP为利用计算机计算的分配系数,使用DayLight Chemical InformationSystems,Inc.公司的DayLight Version 4.95计算。需要说明的是,将进行了膜透过性评价的肽序列(pd50-pd70、pd100-pd247、及pd300-pd504)的结构信息及分析信息汇总记载于下述表26、表27中。

  以pd100为例,对于表17的栏进行说明。将交叉单元的部分定义为第1位的氨基酸。在pd100的情况,Asp符合。将在交叉单元(Asp)的旁边且构成环状部的氨基酸定义为第2位的氨基酸(在pd100的情况,Thr符合),然后至第3位、第4位和N末端(▲单元)重复进行(在pd100的情况,为第3位MeAla、第4位MeGly,由于环状部由11个残基构成,因此N末端(▲单元)为第11位的D-Val)。另外,C-端的栏是指与C末端的氨基酸的羧酸部位进行缩合的官能团,pip表示哌啶,pyrro是指吡咯烷。在C-端为none时,表示在C末端中羧酸以原样存在(在pd100的情况下,C末端的氨基酸为交叉单元的Asp,其羧酸部位为与pip(哌啶)缩合而成的结构)。然后,将为▲单元和交叉单元利用酰胺键而环化而成的肽示于表17中。关于正文中记载的环状肽化合物,在没有特别记载的情况下,全部以同样的方法表现。需要说明的是,在表17中记载的全部的化合物中,第1位与第11位的氨基酸残基形成了环状部。

  

  [表17]

  具有Trp侧链的环状肽化合物的膜透过性

  

  如以上所述,示出了具有Trp的侧链的环状肽化合物即使通过修饰而使ClogP/总aa升高,也难以将膜透过性提高至Papp≥1.0×10-6cm/秒的水平。

  5-2.具有Tyr(3-F)或Tyr的侧链的环状肽化合物的膜透过性试验

  合成具有Tyr(3-F)或Tyr的侧链的环状肽化合物,通过改良方法进行了膜透过性试验。其结果,具有Tyr(3-F)或Tyr的侧链的环状肽化合物也为与具有Trp的侧链的环状肽化合物相同的倾向。虽然将处于1.06≤ClogP/总aa≤1.29的范围的环状肽化合物的序列示于表18,但与Trp的情况相同,这些也难以实现Papp≥1.0×10-6cm/秒。

  [表18]

  具有Tyr(3-F)或Tyr侧链的环状肽化合物的膜透过性

  

  5-3.具有Phe(3-Cl)、MePhe(4-Cl),或Phe(4-CF3)的侧链的环状肽化合物的膜透过性试验

  合成具有Phe(3-Cl)、MePhe(4-Cl),或Phe(4-CF3)的侧链的环状肽化合物,通过改良方法进行了膜透过性试验。结果为在具有这些侧链的环状肽化合物中,在ClogP/总aa≥1.10的区域中,实现了Papp≥1.0×10-6cm/秒的有多种。图13中示出了Phe(4-CF3)的例子。具有Phe(4-CF3)的侧链的环状肽化合物在ClogP/总aa≥1.10的范围内,能够实现Papp≥1.0×10-6cm/秒(图13)。

  将在具有Phe(4-CF3)的侧链的环状肽化合物中,在1.10≤ClogP/总aa≤1.50的范围中,Papp≥1.0×10-6cm/秒的环状肽化合物的一部分的序列示于表19。

  [表19]

  

  具有Phe(3-Cl)的侧链的环状肽化合物也为与具有Phe(4-CF3)的侧链的环状肽化合物相同的倾向。将在1.17≤ClogP/总aa≤1.31的范围中,Papp≥1.0×10-6cm/秒的环状肽化合物的一部分的序列示于表20。

  [表20]

  

  具有MePhe(4-Cl)的侧链的环状肽化合物也为与具有Phe(3-Cl),或Phe(4-CF3)的侧链的环状肽化合物相同的倾向。将在1.22≤ClogP/总aa≤1.31的范围中,Papp≥1.0×10-6cm/秒的环状肽化合物的一部分的序列示于表21。

  [表21]

  

  根据以上可知,即使对具有Trp、Tyr、及Tyr(3-F)的侧链的环状肽化合物加以修饰而使ClogP/总aa升高,也难以得到满足Papp≥1.0×10-6cm/秒的基准的环状肽化合物。另一方面,具有其它长侧链的环状肽化合物能够通过加以修饰而使ClogP/总aa升高,由此得到多种满足Papp≥1.0×10-6cm/秒的基准的化合物。

  在对例如包含具有长侧链的氨基酸(Ser(iPEn)、MeSer(iPEn)、Hph、MeHph、Ser(nPr)、Hnl(7-F2)、Ser(pH-2-Cl)、Ser(pH-3-Cl)、Ser(3-F-5-Me-Pyr)、Ser(F(4)nPr)、Hph(2-Cl)、Hph(3-Cl)、Hph(4-Cl)、Phe{#(CH2)2}、Ser(Bn)、Hyp(Et)、MeAbu(pip-3-F2)、MeAbu(pip-4-F2)、AlA(3-Pyr-4-NMe2)、nPenGly、nHexGly、(PhEt)NGly、(EtOEt)NGly、(PhOEt)Gly、Ser(S-2-PrOH)、Ser(tBuOH)、Ser(2-ME-2-BuOH)、Gln(Me2)、Ser(NtBu-Aca)、MeSer(NtBu-Aca)、Hse(Et)、Nle(6-OH)、MeAbu(Mor)、2-((pip-4-F2)-Et)Gly、Pro(pip-4-F2)、cisPro(pip-4-F2)、Gln(Me)、Ahp(2)(3-R-OH)、Lys(Ac)、Phe(4-CHF2)、Phe(4-OCHF2)、Ser(Et-2-Mor)、Abu(5-Oxo-Odz)、Ser(EtOH)、Ser(R-2-PrOH)、Hnl(7-F3-6-OH)、Ser(1-CF3-EtOH)的环状肽的膜透过性进行评价时,在1.13≤ClogP/总aa≤1.35的区域中能够实现CACO-2≥1.0×10-6cm/sec。以下示出了序列信息的一部分。

  [表22]

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  虽并非意在以特定的理论进行限制,但本发明人有如下思考。根据上述结果可认为,即使得到具有诸如Trp、Tyr,或Tyr(3-F)的侧链的环状肽化合物作为命中化合物,也难以通过命中至先导策略(hit to lead)而提高膜透过性。另一方面,认为如果是其它长侧链,则淘选时能够有助于与靶分子的结合,具有这些侧链的环状肽化合物能够具有高膜透过性,因此,能够与靶分子特定地结合,且对得到膜透过性高的环状肽化合物有用。

  实施例6环状肽中的芳环的数量(ARC)对膜透过性产生的影响的评价

  根据以下数据显示,为了实现Papp≥1.0×10-6,环状肽化合物的环状部的侧链中包含的芳环的数量(ARC)优选为3以下(图14)。随着ARC增加,存在环状肽化合物的Papp降低,即膜透过性降低的倾向,如果ARC为4以上,则难以实现Papp≥1.0×10-6。

  需要说明的是,在本分析中,将在环状部的侧链具有稠环结构的那些,以及具有取代及未取代的羟苯基的环状肽化合物从分析对象中除外。在ARC=3的情况下,在ClogP/总AA为0.88以上的序列中,确认了1.0×10-6以上的Papp。另一方面,在ARC=4时,即使是与上述ARC=3的化合物组为同程度的ClogP/总AA(0.88以上)的化合物,也几乎不存在Papp为1.0×10-6以上的化合物。由此显示,尽管为同程度的脂溶性的序列组,将ARC=3与ARC=4进行比较时,ARC=3的一方显示了良好的膜透过性(表23-1、表23-2、表24)。另外,以作为包含直链部1的肽的pd198为例,对表23-1、表23-2及表24的栏进行说明。如上所述,将交叉单元的部分定义为第1位的氨基酸。在pd198的情况,Asp符合。将在交叉单元(Asp)的旁边且构成环状部的氨基酸定义为第2位的氨基酸(在pd198的情况,Phe符合),然后至第3位、第4位和N末端(▲单元)重复进行(在pd198的情况,为第3位MeVal、第4位MeLeu,由于环状部由10个残基构成,因此N末端(▲单元)为第10位的g-MeAbu)。另外,将直链部1的氨基酸从接近交叉单元(pd198的情况,为Asp)的顺序,以H-1、H-2、H-3表示。在pd198的情况下,由于H-1为MePhe、H-2为Ala,因此意味着直链部1在作为交叉单元的Asp的C末端与MePhe结合,接着结合了Ala。另外,C-端的栏是指与C末端的氨基酸的羧酸部位进行缩合的官能团,pip表示哌啶,pyrro是指吡咯烷(pyrroridine)。在C-端为none时,表示在C末端中羧酸以原样存在(pd198的情况下,C末端的氨基酸为H-2的Ala,其羧酸部位为与pip(哌啶)缩合而成的结构)。然后,将为▲单元和交叉单元利用酰胺键而环化而成的肽示于表23-1、表23-2及表24中。关于正文中记载的环状肽,在没有特别记载的情况下,全部以同样的方法表现。

  [表23-1]

  ARC=3且Papp≥1.0×10-6的序列

  

  [表23-2]

  

  [表24]

  ARC=4且Papp<1.0×10-6的序列

  

  在具有碱性及酸性侧链的氨基酸中,关于膜透过性,难以实现Papp≥1.0×10-6cm/秒的氨基酸的例子。

  包含实测值的碱性pKa为9.1,计算值的碱性pKa为8.9的氨基酸的Ser(Et-2-NMe2)的序列在1.21≤ClogP/总aa≤1.36的范围内,关于膜透过性难以实现Papp≥1.0×10-6cm/秒(pd50~pd58)。另一方面,如本说明书中记载的那样,包含MeAbu(pip-4-F2)、MeAbu(Mor)、Ser(Et-2-Mor)、MeAbu(pip-3-F2)的序列能够实现膜透过性Papp≥1.0×10-6cm/秒。

  另一方面,包含实测值的pKa为3.8,计算值的pKa为5.3的氨基酸的Gln(Ms)的序列在1.20≤ClogP/总aa≤1.33的范围内,关于膜透过性难以实现Papp≥1.0×10-6cm/秒(pd59~pd70)。另一方面,如本说明书中记载的那样,包含Abu(5-Oxo-Odz)的序列能够实现膜透过性Papp≥1.0×10-6cm/秒。

  包含Ser(Et-2-NMe2)或Gln(Ms)的环状肽化合物的膜透过性

  [表25]

  

  对膜透过性进行了评价的环状肽的一部分的结构信息

  [表26]

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  评价了膜透过性的环状肽的一部分的分析信息

  [表27]

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  

  将具有利用本说明书中记载的方法进行了碱性pKa的计算的碱性侧链的氨基酸的一部分示于下述表。

  [表28]

  

  将具有利用本说明书中记载的方法进行了pKa的计算的酸性侧链的氨基酸的一部分示于下述表。

  [表29]

  

  在本说明书中,氨基酸侧链的pKa的实际测量按照以下顺序进行。

  使用装置

  Sirius T3(Sirius Analytical Instruments Ltd.,Forest Row,East Sussex,RH18 5DW,UK)

  [表30]

  测定条件

  (实施顺序)

  向被测物质约1mg的粉体或10mM的DMSO溶液约100uL中添加0.15M的KCl,在为碱性化合物的情况下添加0.5M的HCl至达到pH2为止后,利用0.5M的KOH进行滴定至pH12为止。

  在为酸性化合物的情况下,添加0.5M的KOH至达到pH12为止后,利用0.5M的HCl进行滴定至pH2为止。

  滴定操作利用Sirius公司制T3自动进行,使用Sirius T3 Refinement软件根据得到的滴定曲线求出了pKa。

  另外,作为参照化合物使用盐酸丙咪嗪,盐酸普萘洛尔,华法林而同样地求出pKa,确认了处于利用Sirius公司得到的试验结果范围内。

  氨基酸侧基的pKa通过合成了以下序列而求出:将期望评价的氨基酸导入至包含下述所示的3个残基的肽的第2个残基(下述表的X的位置)的序列。

  [表31]

  以下示出其结果。

  [表32]

  

  工业实用性

  通过使用本申请的一个实施方式,可以有效地筛选能够与靶分子特异性结合且具有高细胞膜透过性的环状肽化合物。本申请在例如可以期待作为药物有用的环状肽化合物的制造、筛选等领域中有用。

  

  

  

  

  

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